genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  231  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71413206--71413377	93	1.8	93	93	2	301	28	30	20	20	1.98
71413199--71413374	46	3.8	46	79	14	200	29	30	20	19	1.97
71418710--71418841	29	4.6	29	82	1	140	25	15	32	26	1.96
71421878--71422105	40	5.7	40	92	3	370	25	27	22	24	2.00
71424401--71424602	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
71424400--71424551	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
71431986--71432057	35	2.1	34	94	5	128	31	20	12	34	1.90
71432668--71432834	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
71432684--71432834	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
71438081--71438231	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
71438118--71438247	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
71446143--71446307	40	4.2	40	78	5	149	23	27	23	26	2.00
71446159--71446306	78	1.9	77	83	6	192	22	27	23	25	2.00
71448216--71448240	12	2.1	12	100	0	50	16	20	8	56	1.65
71449188--71449284	37	2.5	40	81	6	119	27	22	25	23	2.00
71449224--71449349	39	3.2	40	77	10	109	23	23	26	25	2.00
71457998--71458223	40	5.7	40	93	4	379	25	27	22	24	2.00
71474029--71474192	71	2.3	71	96	0	310	34	17	28	19	1.95
71476388--71476436	24	2.0	24	96	0	89	36	12	2	48	1.52
71477198--71477233	18	2.0	18	94	0	63	22	2	25	50	1.63
71482245--71482282	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
71483908--71483976	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71490253--71490290	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
71491918--71491986	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
71498556--71498737	40	4.6	40	86	2	251	22	26	23	27	2.00
71506560--71506741	40	4.6	40	87	2	251	21	28	24	25	1.99
71510512--71510683	46	3.7	46	74	13	172	22	19	27	30	1.98
71516900--71517069	93	1.8	93	93	2	297	28	28	20	22	1.99
71516892--71517067	46	3.8	46	80	5	212	29	28	19	22	1.98
71519454--71519542	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
71519454--71519533	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
71519465--71519542	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
71522471--71522640	93	1.8	93	94	0	304	28	28	21	22	1.99
71522463--71522638	46	3.8	46	81	4	219	28	28	20	22	1.98
71525088--71525321	96	2.5	95	82	2	281	30	19	24	25	1.98
71525087--71525328	48	5.1	48	77	3	227	30	19	24	26	1.98
71525099--71525388	144	2.1	138	80	8	309	30	19	25	25	1.98
71527133--71527198	29	2.3	29	100	0	132	19	36	28	15	1.92
71531368--71531535	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
71536398--71536565	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
71539774--71539841	35	1.9	35	93	0	118	27	23	22	26	1.99
71539774--71539853	35	2.3	35	88	0	115	27	23	22	26	2.00
71539787--71539861	35	2.1	35	85	4	98	28	22	22	26	1.99
71547092--71547428	27	12.5	27	84	6	342	27	15	16	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71547791--71547838	18	2.7	18	75	12	62	27	25	16	31	1.97
71548458--71548487	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
71554112--71554150	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
71564962--71565020	30	2.0	30	89	0	91	27	22	16	33	1.95
71565218--71565406	24	8.0	24	89	5	269	26	21	23	29	1.99
71565218--71565407	71	2.7	72	88	4	280	26	21	23	29	1.99
71565464--71565520	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
71565460--71565522	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
71565559--71565606	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
71566777--71566862	27	3.2	27	76	0	91	30	8	24	37	1.84
71566841--71567268	27	15.8	27	84	4	486	39	7	23	29	1.83
71567257--71567363	54	2.0	54	81	7	128	31	10	19	38	1.85
71567274--71567363	27	3.3	27	85	3	119	33	10	16	40	1.82
71567274--71567378	27	3.9	27	79	9	90	35	9	16	39	1.81
71569722--71569897	24	7.4	24	92	3	275	26	21	22	29	1.99
71569729--71569897	47	3.6	47	93	1	293	26	20	23	29	1.99
71569722--71569898	71	2.5	72	90	2	286	25	21	22	29	1.99
71569956--71570012	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
71569952--71570014	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
71571339--71571711	27	13.8	27	84	4	457	39	8	24	27	1.84
71571717--71571806	27	3.3	26	83	6	108	32	11	16	40	1.84
71571717--71571821	27	3.9	27	81	7	90	34	10	16	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71587560--71587647	34	2.5	35	78	10	92	45	15	6	31	1.73
71592408--71592575	46	3.6	46	83	9	177	23	30	18	27	1.98
71598037--71598458	27	15.6	27	84	3	501	28	22	8	40	1.82
71598101--71598501	81	5.0	81	83	1	266	29	22	8	39	1.83
71599785--71599861	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
71599794--71599865	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
71599783--71599865	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
71599919--71600108	24	8.0	24	90	3	278	29	23	21	26	1.99
71599919--71600087	47	3.6	47	92	1	284	30	23	20	26	1.98
71599918--71600108	71	2.7	71	88	5	278	29	23	20	26	1.99
71600302--71600365	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
71603951--71604063	46	2.5	45	84	9	133	23	30	21	25	1.99
71605706--71605776	36	2.0	36	91	0	115	38	8	18	35	1.81
71612322--71612354	12	2.7	13	95	4	52	48	0	3	48	1.17
71612326--71612354	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
71626482--71626794	47	6.7	47	73	12	193	28	19	28	23	1.98
71626482--71626745	140	1.9	140	82	8	340	27	18	29	24	1.98
71626482--71626791	140	2.2	139	80	10	337	28	19	28	23	1.98
71638716--71638865	57	2.6	58	81	3	151	33	23	12	30	1.92
71638749--71638865	58	2.0	57	83	4	146	35	21	13	29	1.92
71642473--71642641	46	3.6	48	78	9	154	22	28	19	29	1.98
71645512--71645644	56	2.4	54	89	2	194	33	25	12	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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71645658--71645943	84	3.4	84	90	1	423	30	25	17	27	1.97
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71655475--71655660	30	6.4	30	82	12	235	47	14	17	19	1.82
71655475--71655660	85	2.2	84	95	0	327	47	14	17	19	1.82
71655779--71655851	27	2.7	26	81	6	83	36	19	24	19	1.94
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71656440--71656635	27	7.3	27	83	2	241	25	19	18	36	1.95
71656640--71657132	27	18.3	27	84	5	566	40	10	22	26	1.86
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71659146--71659301	30	5.4	30	82	10	207	48	12	16	21	1.80
71659146--71659326	30	6.7	24	74	22	137	47	13	17	22	1.81
71659146--71659303	85	1.9	84	97	0	271	48	12	16	22	1.79
71659446--71659517	27	2.7	26	85	6	90	37	19	25	18	1.94
71659468--71659525	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
71659682--71659733	22	2.4	22	80	0	59	32	21	25	21	1.98
71659828--71659910	27	3.1	26	82	5	94	39	21	19	19	1.92
71660109--71660211	27	3.8	27	88	0	143	24	23	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71662196--71662354	29	5.5	29	82	5	171	25	16	31	25	1.97
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71674705--71674888	30	6.4	30	82	13	235	47	14	17	20	1.82
71674705--71674861	54	2.8	54	85	10	210	48	14	17	19	1.81
71674705--71674864	6	26.8	6	76	17	156	48	14	16	20	1.81
71675005--71675069	27	2.4	27	75	12	71	38	20	23	18	1.93
71675240--71675297	22	2.6	22	80	0	62	32	22	25	18	1.97
71675386--71675465	27	3.0	26	82	8	90	38	18	21	21	1.93
71675664--71675856	53	3.7	52	80	8	192	25	19	18	36	1.94
71675665--71675856	27	7.3	27	83	5	232	26	19	18	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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