genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  245  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75983460--75983504	21	2.2	21	88	4	65	40	6	11	42	1.67
75983948--75983981	16	2.2	16	89	5	52	26	8	14	50	1.72
75987099--75987242	39	3.7	40	84	0	175	23	22	29	23	1.99
75994122--75994279	51	3.1	51	87	0	235	32	17	21	28	1.96
76002393--76002566	46	3.8	45	76	15	185	29	28	20	21	1.98
76002400--76002570	93	1.8	93	89	2	272	29	28	20	21	1.98
76009713--76009993	39	7.2	39	81	4	300	18	30	18	32	1.95
76009865--76009927	19	3.2	20	71	8	58	19	38	14	28	1.90
76014367--76014541	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
76021941--76022116	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
76021938--76022109	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
76032867--76032892	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
76040927--76041028	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
76044059--76044189	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
76044058--76044189	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
76053954--76054084	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
76053954--76054084	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
76056414--76056554	40	3.5	40	80	4	135	22	26	22	27	1.99
76064387--76064554	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
76069795--76069923	46	2.8	46	93	0	213	19	21	28	30	1.98
76073029--76073144	43	2.7	43	80	11	157	31	25	18	24	1.98
76080755--76080784	12	2.5	12	94	0	51	60	3	23	13	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76083915--76083966	22	2.4	22	96	0	95	53	15	7	23	1.67
76091962--76092163	53	3.8	53	76	3	188	37	18	23	20	1.94
76092841--76092904	31	2.1	31	87	0	92	25	21	14	39	1.91
76093127--76093222	51	1.9	50	87	6	140	27	23	21	27	1.99
76093127--76093222	25	3.8	25	88	2	138	27	23	21	27	1.99
76093272--76093328	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
76099929--76099958	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
76103951--76104046	25	3.8	25	93	2	156	27	23	22	26	2.00
76103951--76104046	51	1.9	50	91	2	156	27	23	22	26	2.00
76104096--76104170	20	3.8	20	89	6	102	34	17	9	38	1.82
76104142--76104180	18	2.3	17	86	8	53	33	17	7	41	1.79
76108600--76108643	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
76109353--76109574	39	5.6	39	86	4	270	23	21	28	26	1.99
76109353--76109607	79	3.2	78	82	8	225	25	21	27	25	1.99
76116075--76116106	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
76116815--76117038	40	5.7	40	86	5	271	23	21	28	26	1.99
76116815--76117045	79	2.9	79	83	6	297	24	21	28	26	1.99
76116822--76117071	79	3.2	78	81	8	274	25	20	27	26	1.99
76127598--76127718	38	3.2	37	83	6	163	19	19	27	33	1.96
76127838--76127867	15	2.0	15	100	0	60	33	13	6	46	1.69
76128596--76128620	8	3.1	8	100	0	50	0	12	0	88	0.53
76129650--76129686	12	3.1	12	96	0	65	0	29	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76129646--76129686	14	3.1	14	83	16	52	0	31	0	68	0.90
76133867--76133979	19	5.7	21	79	11	71	38	16	8	35	1.80
76133867--76133924	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
76133903--76134011	19	5.9	19	89	8	181	35	15	11	36	1.85
76133903--76134011	37	3.0	37	94	4	186	35	15	11	36	1.85
76133917--76134009	18	5.5	15	83	7	62	35	16	11	36	1.85
76134128--76134171	23	2.0	22	86	4	61	13	2	13	70	1.26
76140295--76140480	40	4.7	40	86	5	234	27	27	20	24	1.99
76142626--76142661	18	2.0	18	100	0	72	22	27	16	33	1.95
76153688--76153751	29	2.2	30	88	2	94	20	29	18	31	1.96
76155629--76155694	33	2.0	33	96	0	123	25	33	13	27	1.94
76156627--76156673	22	2.1	22	96	0	85	34	21	19	25	1.96
76161285--76161315	9	3.4	9	95	0	53	38	9	25	25	1.86
76162074--76162121	20	2.3	20	86	10	62	50	2	0	47	1.12
76162043--76162118	33	2.4	31	79	14	84	51	1	0	47	1.09
76184052--76184179	43	3.0	45	77	11	151	25	16	28	28	1.97
76184475--76184681	38	5.5	38	89	3	303	21	21	25	31	1.98
76184448--76184681	75	3.1	76	86	3	303	22	21	25	30	1.99
76184673--76184794	43	2.8	43	90	5	183	21	22	28	27	1.99
76192907--76193220	38	8.3	38	90	0	484	21	21	25	31	1.98
76194619--76194750	43	3.0	46	80	10	168	25	16	28	30	1.97
76194616--76194750	45	3.1	45	79	8	170	25	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76195047--76195217	38	4.5	38	88	1	209	21	19	26	32	1.97
76195210--76195334	45	2.8	45	91	2	198	20	24	28	27	1.99
76195213--76195369	45	3.5	44	84	4	127	22	24	28	24	2.00
76203899--76203942	2	22.0	2	95	0	79	47	0	0	52	1.00
76204288--76204341	20	2.7	20	85	0	63	38	22	7	31	1.82
76204486--76204542	24	2.4	23	77	13	62	36	15	24	22	1.94
76207639--76207817	40	4.5	40	90	1	261	22	22	27	26	1.99
76207639--76207839	40	5.0	40	88	2	208	23	22	26	27	1.99
76207639--76207839	80	2.5	80	84	6	239	23	22	26	27	1.99
76216347--76216496	40	3.8	38	78	7	131	22	27	24	26	1.99
76221907--76221939	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
76224051--76224095	10	4.4	10	80	2	54	46	20	4	28	1.69
76230354--76230521	40	4.2	40	78	6	153	23	25	23	27	2.00
76230372--76230519	80	1.9	80	83	8	194	22	26	22	27	2.00
76237989--76238115	40	3.2	40	79	9	136	23	26	24	25	2.00
76240005--76240172	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
76247994--76248160	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
76252107--76252252	40	3.6	41	84	3	206	28	28	22	19	1.98
76254830--76254929	27	3.7	28	81	6	98	41	20	9	30	1.83
76254925--76255182	27	9.6	27	85	0	246	28	22	8	41	1.83
76254871--76255054	81	2.3	81	78	1	199	31	23	8	36	1.85
76254925--76255182	81	3.2	81	86	2	347	28	22	8	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76254925--76255182	54	4.8	54	86	0	345	28	22	8	41	1.83
76255141--76255258	27	4.3	27	78	12	107	36	17	9	36	1.82
76255677--76255753	41	1.9	41	84	7	104	71	1	18	9	1.19
76256910--76256974	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
76265984--76266045	25	2.5	24	80	10	72	74	1	17	6	1.11
76267210--76267274	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
76268734--76268799	27	2.4	27	90	5	98	34	19	24	21	1.96
76269959--76270006	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
76270049--76270109	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
76270159--76270301	24	6.0	24	90	4	200	29	22	21	26	1.99
76270159--76270301	47	3.0	47	89	5	198	29	22	21	26	1.99
76270159--76270302	71	2.0	72	87	4	211	29	22	21	26	1.99
76270492--76270555	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
76277195--76277341	41	3.6	41	82	1	197	26	28	25	19	1.99
76277195--76277343	81	1.8	81	85	0	208	26	28	24	20	1.99
76279182--76279265	28	3.0	28	82	6	91	28	28	16	26	1.97
76285606--76285782	46	3.8	46	78	5	205	28	28	20	21	1.98
76285614--76285784	92	1.8	93	91	1	281	28	29	21	21	1.98
76287989--76288759	89	8.9	85	81	9	579	44	10	11	33	1.76
76288212--76288759	176	3.2	170	79	9	509	42	10	12	34	1.76
76293422--76293487	33	2.0	33	100	0	132	27	18	24	30	1.98
76294121--76294167	12	3.4	15	72	22	57	57	0	40	2	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76295549--76295589	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
76295699--76295833	39	3.4	38	74	10	112	28	27	20	24	1.99
76296793--76296838	25	1.9	25	86	8	69	10	13	4	71	1.27
76298258--76298395	43	3.2	43	91	1	224	43	19	7	28	1.79
76300028--76300076	15	3.2	15	88	2	71	36	38	6	18	1.76
76300361--76300762	64	6.2	63	84	7	432	47	14	12	24	1.80
76300543--76300593	26	2.0	26	92	0	84	49	21	11	17	1.79
76300611--76300650	16	2.5	16	87	0	62	47	17	15	20	1.83
76300895--76300934	12	3.3	12	82	0	53	55	17	2	25	1.55
76300897--76300978	18	4.9	18	66	22	61	52	13	7	26	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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