genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.346.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  346  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108036261--108036436	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
108041291--108041475	40	4.6	39	81	7	196	24	21	27	25	1.99
108041344--108041508	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
108044189--108044241	24	2.3	24	83	6	65	28	1	18	50	1.57
108047741--108047775	17	2.0	18	88	5	54	17	11	42	28	1.83
108051097--108051127	10	2.9	11	95	4	55	9	3	0	87	0.66
108057085--108057225	72	2.0	72	88	2	212	33	18	26	21	1.96
108059282--108059323	22	2.0	21	90	4	66	33	0	7	59	1.25
108059571--108059612	22	2.0	21	90	4	66	33	0	7	59	1.25
108059643--108059706	13	4.4	14	70	18	51	25	4	1	68	1.17
108059095--108060297	145	8.1	144	78	11	1140	30	7	6	55	1.53
108059095--108060297	155	8.1	140	74	15	657	30	7	6	55	1.53
108059971--108060006	12	2.8	13	87	4	56	22	2	0	75	0.94
108060103--108060164	13	4.6	12	73	23	52	24	1	3	70	1.10
108060103--108060162	30	2.1	28	87	6	84	25	1	3	70	1.12
108060117--108060164	25	1.9	25	83	8	62	25	2	2	70	1.09
108059095--108060297	303	4.1	289	89	6	1575	30	7	6	55	1.53
108059145--108060323	591	2.0	580	84	8	1508	30	8	6	55	1.54
108060385--108060441	29	1.9	30	92	3	98	26	5	1	66	1.22
108060877--108060939	14	4.4	14	74	14	58	0	31	0	68	0.90
108060888--108060934	19	2.6	18	78	15	51	0	36	0	63	0.94
108060967--108061034	3	23.0	3	74	14	61	0	35	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108060967--108061035	16	4.5	15	71	18	61	0	34	0	65	0.93
108060982--108061034	8	6.9	8	81	14	58	0	37	0	62	0.96
108065318--108065350	13	2.6	13	90	4	50	48	6	0	45	1.27
108076787--108076838	4	13.0	4	100	0	104	50	25	0	25	1.50
108077464--108077732	77	3.6	76	74	8	228	40	12	8	39	1.73
108082076--108082118	2	21.5	2	95	0	77	51	2	0	46	1.13
108082341--108082374	18	1.9	18	88	5	52	50	0	8	41	1.34
108083294--108083339	16	2.9	16	80	3	58	78	4	4	13	1.05
108084048--108084246	90	2.2	90	83	2	249	28	20	18	32	1.96
108084170--108084512	133	2.6	133	83	4	377	28	23	17	29	1.97
108084273--108084664	178	2.2	178	82	1	473	30	23	17	28	1.97
108084451--108084788	133	2.5	133	88	0	505	29	22	19	28	1.98
108084265--108084787	45	11.8	44	68	8	175	29	24	18	28	1.98
108091825--108091994	85	2.0	84	88	1	250	31	19	20	28	1.97
108092014--108092273	43	6.0	43	68	17	144	28	26	15	30	1.96
108091911--108092450	176	3.1	177	86	4	727	27	24	18	30	1.98
108092309--108092407	44	2.2	44	100	0	198	23	24	22	30	1.99
108092353--108092717	176	2.1	177	89	1	554	25	25	19	29	1.98
108092134--108092583	220	2.0	220	91	2	726	26	25	18	29	1.98
108092134--108092670	220	2.4	219	86	5	665	26	26	17	29	1.98
108092967--108093222	64	4.0	64	87	0	377	37	15	16	30	1.90
108093254--108093278	13	1.9	13	100	0	50	28	8	8	56	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108094327--108094393	7	9.0	7	77	16	55	19	2	0	77	0.89
108094327--108094393	15	4.5	14	72	18	55	19	2	0	77	0.89
108100311--108100901	49	12.3	49	95	1	1004	29	29	8	32	1.86
108104130--108104164	18	1.9	18	88	0	52	28	28	20	22	1.98
108109789--108109835	17	2.7	18	75	18	55	44	4	0	51	1.21
108110220--108110294	37	2.0	37	86	0	105	21	22	13	42	1.87
108113767--108113801	19	1.9	18	88	11	54	51	2	11	34	1.53
108113967--108114027	10	6.1	9	74	20	50	70	1	6	21	1.19
108114595--108115022	156	2.8	152	88	6	619	44	9	4	41	1.57
108117813--108118024	43	5.0	43	78	10	193	26	17	27	28	1.98
108130383--108130434	13	3.6	13	72	22	50	25	3	11	59	1.49
108130382--108130443	31	2.0	31	100	0	124	25	6	12	54	1.62
108130390--108130454	31	2.1	31	88	5	96	29	9	9	52	1.64
108130504--108130545	19	2.2	19	87	8	59	35	0	0	64	0.94
108131211--108131316	54	1.9	55	92	1	178	25	11	5	57	1.55
108138879--108139107	48	4.8	48	85	2	289	27	16	25	31	1.96
108139060--108139150	42	2.2	42	84	7	114	26	14	24	35	1.93
108140682--108140775	40	2.4	40	82	3	111	38	36	10	14	1.81
108160616--108160783	40	4.2	41	79	5	175	26	22	26	25	2.00
108160616--108160783	80	2.1	80	82	5	198	26	22	26	25	2.00
108167342--108167508	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
108175338--108175464	40	3.2	40	82	3	141	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108189015--108189093	39	2.0	39	95	0	140	21	16	26	35	1.94
108191957--108192156	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	32	1.83
108192148--108192383	47	4.9	49	92	4	408	29	28	8	33	1.86
108192148--108192383	96	2.5	96	97	0	436	29	28	8	33	1.86
108197237--108197283	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
108197256--108197306	19	2.9	16	78	18	57	35	17	9	37	1.83
108197254--108197296	19	2.1	21	91	8	72	34	18	9	37	1.83
108197704--108197783	40	2.0	40	100	0	160	52	15	10	22	1.71
108199770--108199811	18	2.5	17	79	20	52	30	0	0	69	0.89
108200342--108200375	17	2.0	17	88	11	52	67	5	0	26	1.13
108200960--108201000	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
108202236--108202302	20	3.2	20	91	8	116	26	17	34	20	1.96
108202239--108202302	22	3.0	22	95	4	114	28	18	34	18	1.95
108202296--108202364	21	3.3	21	93	0	111	13	40	26	20	1.88
108210128--108210197	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
108216790--108216841	18	2.8	18	82	8	61	44	11	1	42	1.51
108218947--108218984	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
108223094--108223149	22	2.4	24	73	5	62	19	10	7	62	1.50
108234352--108234535	40	4.6	39	84	4	208	28	22	25	23	2.00
108234351--108234556	80	2.6	80	83	5	238	26	22	25	25	2.00
108234350--108234556	40	5.2	40	83	5	204	27	22	25	25	2.00
108240558--108240687	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
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108245559--108245743	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
108245558--108245764	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
108245557--108245764	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
108248882--108248927	23	2.0	22	84	12	58	19	6	13	60	1.54
108256209--108256264	28	2.0	28	100	0	112	39	25	3	32	1.73
108259828--108259908	41	2.0	41	87	0	117	30	22	17	29	1.96
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108273433--108273476	19	2.2	20	84	4	54	56	4	0	38	1.20
108277570--108277722	23	6.7	22	82	8	155	28	16	15	39	1.89
108277570--108277719	46	3.3	46	80	3	176	28	16	15	39	1.89
108277570--108277722	69	2.2	69	85	6	204	28	16	15	39	1.89
108285476--108285506	13	2.4	13	100	0	62	12	32	38	16	1.86
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108308367--108308404	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
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108317120--108317163	23	1.9	23	90	9	72	31	52	0	15	1.44
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108322366--108322542	48	3.7	48	86	7	227	27	31	17	24	1.97
108322366--108322542	96	1.8	96	87	2	266	27	31	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108328498--108328565	28	2.4	28	80	0	82	30	22	10	36	1.87
108334123--108334151	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
108337661--108337694	17	2.1	17	88	5	52	29	0	0	70	0.87
108341276--108341360	24	3.3	24	66	30	68	30	5	14	49	1.66
108341264--108341371	53	2.0	53	100	0	216	28	5	16	49	1.68
108342258--108342289	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
108349826--108349876	5	10.0	5	91	2	75	37	1	21	39	1.65
108351225--108351271	24	2.0	23	83	4	58	65	0	2	31	1.04
108354295--108354502	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
108354297--108354502	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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