genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6405364--6405530	47	3.5	47	86	4	221	29	22	20	26	1.99
6405364--6405529	71	2.3	71	89	3	253	28	22	21	27	1.99
6405723--6405786	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
6414768--6415048	141	2.0	141	100	0	562	32	19	24	23	1.98
6415023--6415068	17	2.7	17	89	0	65	17	23	34	23	1.96
6415185--6415223	18	2.2	18	86	4	53	33	15	20	30	1.94
6416993--6417029	18	2.1	18	94	0	65	29	5	16	48	1.68
6419398--6420073	289	2.3	289	94	0	1165	31	18	20	29	1.96
6420132--6420238	44	2.4	44	90	3	162	27	15	28	28	1.96
6421948--6422010	23	2.7	24	79	20	80	34	0	4	60	1.18
6422387--6422445	21	2.8	21	82	17	77	32	0	1	66	1.02
6428963--6429638	289	2.3	289	94	0	1165	31	18	20	29	1.96
6429697--6429803	44	2.4	44	90	3	162	27	15	28	28	1.96
6431513--6431575	23	2.7	24	79	20	80	34	0	4	60	1.18
6431952--6432010	21	2.8	21	82	17	77	32	0	1	66	1.02
6438527--6439202	289	2.3	289	94	0	1165	31	18	20	29	1.96
6439261--6439367	44	2.4	44	90	3	162	27	15	28	28	1.96
6441078--6441140	23	2.8	22	77	20	67	33	1	4	60	1.27
6441517--6441575	21	2.8	21	82	17	77	32	0	1	66	1.02
6441887--6441945	18	2.9	22	65	19	54	40	3	8	47	1.51
6444936--6445019	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
6446684--6446730	13	3.5	13	75	13	51	51	12	17	19	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6453586--6453655	28	2.5	28	88	4	106	32	7	28	31	1.84
6466627--6466814	26	7.2	26	90	0	295	34	5	23	37	1.78
6472440--6472619	26	7.2	26	84	9	241	34	5	24	36	1.77
6472465--6472505	19	2.2	19	95	0	73	39	0	29	31	1.57
6474097--6474149	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
6479812--6479851	20	2.0	20	90	9	64	10	27	12	50	1.72
6479812--6479849	19	2.0	20	89	5	60	7	28	13	50	1.69
6498398--6498436	18	2.2	18	90	4	62	35	15	20	28	1.93
6499507--6499543	18	2.1	18	94	0	65	29	5	16	48	1.68
6506723--6507109	41	9.5	41	90	0	587	34	22	24	18	1.96
6507271--6507304	14	2.4	15	85	14	54	32	0	23	44	1.54
6511000--6511252	134	1.9	133	97	0	479	19	9	19	51	1.74
6513242--6513281	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
6514309--6515070	372	2.0	372	98	0	1488	36	13	10	39	1.79
6518143--6518193	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
6518448--6518514	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
6518566--6518751	43	4.3	42	88	6	223	23	29	20	25	1.99
6518589--6518752	86	1.9	86	94	0	292	21	32	20	25	1.98
6519092--6519262	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
6519087--6519259	46	3.7	46	75	13	192	29	27	20	22	1.99
6524703--6524737	13	2.6	14	81	9	54	48	17	17	17	1.81
6532266--6532349	40	2.1	40	90	0	132	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6532397--6532459	28	2.2	28	85	0	90	36	6	26	30	1.81
6534337--6534391	27	2.0	28	82	10	69	32	0	21	45	1.52
6538540--6538715	46	3.8	46	75	14	164	21	19	27	31	1.97
6538537--6538707	93	1.8	93	88	2	263	21	19	28	30	1.98
6545137--6545195	30	2.0	30	96	0	109	30	32	20	16	1.95
6545175--6545231	12	4.5	12	70	12	51	28	29	24	17	1.97
6545392--6545482	33	2.8	33	87	0	128	30	17	20	30	1.96
6545560--6545617	22	2.6	22	86	0	80	32	20	15	31	1.94
6546225--6546307	41	2.0	41	100	0	166	36	7	18	38	1.78
6550904--6550961	30	1.9	31	85	3	82	37	3	8	50	1.50
6553012--6553065	26	2.1	25	86	3	72	27	1	0	70	0.98
6553109--6553205	9	10.6	9	67	15	56	28	6	1	63	1.25
6553106--6553206	28	3.7	26	74	20	82	30	5	0	62	1.26
6555476--6555830	27	13.1	27	89	0	521	27	22	10	39	1.88
6555790--6555856	35	1.9	35	81	0	80	29	20	8	40	1.83
6555849--6556134	27	10.7	27	81	8	212	39	22	11	26	1.87
6556045--6556314	27	10.0	27	88	0	378	34	20	20	24	1.96
6556641--6556676	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
6556851--6556917	6	10.8	6	76	17	66	17	19	11	50	1.77
6556851--6556918	25	2.7	25	90	0	109	17	20	11	50	1.77
6556949--6557012	34	2.0	32	82	14	78	25	20	23	31	1.98
6559040--6559241	27	7.5	27	90	0	80	32	24	7	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6559084--6559481	54	7.4	54	85	2	541	29	22	7	40	1.82
6559084--6559481	27	14.8	27	87	2	487	29	22	7	40	1.82
6559460--6559682	27	8.3	27	79	8	159	39	21	9	30	1.85
6559474--6559667	54	3.6	54	85	4	214	40	20	9	29	1.83
6559474--6559709	81	2.9	81	83	5	237	39	21	9	29	1.85
6559688--6559938	27	9.3	27	83	4	337	35	17	21	25	1.95
6559557--6559898	80	4.2	77	80	8	233	36	19	16	27	1.93
6560184--6560235	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
6561094--6561157	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
6561348--6561490	24	6.0	24	90	4	200	27	22	21	28	1.99
6561362--6561489	47	2.7	48	91	3	195	27	22	21	28	1.99
6561347--6561490	71	2.0	72	87	4	211	27	22	21	29	1.99
6561540--6561600	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
6561643--6561690	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
6562835--6562914	27	3.0	27	78	10	78	23	23	18	33	1.97
6562968--6563196	27	8.4	27	78	4	147	32	9	19	38	1.83
6562945--6563182	54	4.4	54	78	5	219	31	9	19	39	1.84
6563028--6563181	80	1.9	81	86	6	224	30	9	20	40	1.83
6563058--6563261	54	3.8	52	79	10	137	35	7	20	36	1.81
6563175--6563383	27	7.8	27	89	1	269	39	8	23	28	1.83
6563380--6563478	27	3.7	26	78	10	92	30	9	19	41	1.82
6563372--6563478	54	2.0	54	83	3	135	30	9	20	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6566254--6566317	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
6566508--6566626	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
6566508--6566626	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
6566676--6566736	20	3.0	20	95	0	113	34	19	11	34	1.88
6566676--6566731	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
6566779--6566826	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
6567973--6568050	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
6568091--6568346	27	9.4	27	78	4	147	33	9	19	37	1.84
6568068--6568305	54	4.4	54	78	5	219	31	9	19	39	1.84
6568151--6568304	80	1.9	81	86	6	224	30	9	20	40	1.83
6568298--6568505	27	7.8	26	86	7	269	39	9	23	27	1.85
6568298--6568499	80	2.5	80	86	6	268	40	9	22	28	1.85
6568298--6568505	53	3.9	54	86	6	291	39	9	23	27	1.85
6568511--6568600	27	3.3	26	83	6	108	32	10	17	40	1.83
6568511--6568615	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
6569557--6569594	15	2.5	15	95	0	67	31	31	15	21	1.94
6571395--6571457	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
6571634--6571752	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
6571634--6571752	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
6571801--6571861	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
6571904--6571951	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
6573090--6573169	27	3.0	27	78	10	78	23	23	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6573223--6573479	27	9.4	27	77	5	140	33	9	19	37	1.84
6573313--6573452	54	2.6	54	82	4	183	31	7	21	39	1.82
6573430--6573637	27	7.9	27	83	7	232	39	7	23	29	1.81
6573431--6573631	79	2.5	80	86	6	266	40	7	22	29	1.81
6573431--6573637	106	2.0	106	85	5	285	39	7	23	29	1.82
6573420--6573664	106	2.3	106	80	4	280	37	7	23	31	1.82
6573643--6573732	27	3.3	26	80	6	99	32	8	17	41	1.81
6573627--6573732	54	2.0	53	83	5	133	31	9	19	39	1.84
6574812--6574890	6	12.8	6	74	15	72	17	18	11	51	1.75
6574812--6574879	25	2.7	25	88	0	109	17	20	11	50	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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