genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  268  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83221625--83221751	37	3.4	37	96	3	238	25	31	18	24	1.98
83221791--83221990	48	4.2	48	97	0	373	32	28	6	33	1.83
83222006--83222041	18	2.0	18	88	0	54	33	22	11	33	1.89
83221903--83222148	123	2.0	123	97	0	465	32	27	8	32	1.86
83221936--83222195	57	4.5	57	72	13	187	31	28	8	31	1.87
83222105--83222391	49	5.9	49	95	1	506	29	27	9	33	1.88
83240161--83240268	28	3.9	28	84	4	128	30	32	14	22	1.94
83240255--83240351	40	2.4	40	87	0	131	31	27	18	21	1.97
83242492--83242524	17	1.9	17	93	0	57	39	21	18	21	1.93
83250495--83250598	27	3.9	27	67	5	75	37	23	7	31	1.83
83250591--83250695	27	3.9	27	84	0	138	36	17	20	25	1.94
83250583--83250705	27	4.6	27	78	4	131	35	17	20	26	1.94
83250583--83250716	54	2.5	54	83	0	160	33	15	22	28	1.95
83251216--83251345	27	4.8	26	80	6	134	22	22	20	34	1.97
83251216--83251345	53	2.4	54	82	7	156	22	22	20	34	1.97
83260792--83260842	24	2.1	24	88	0	75	50	17	23	7	1.72
83260812--83260842	16	1.9	16	93	0	53	45	19	29	6	1.75
83261053--83261138	28	3.0	28	86	3	118	26	15	29	29	1.96
83263927--83264012	40	2.2	39	87	8	129	26	29	20	23	1.99
83263986--83264041	28	2.0	29	92	3	96	28	32	19	19	1.97
83270102--83270276	40	4.4	41	88	5	182	25	25	21	27	1.99
83270108--83270287	80	2.2	80	84	7	240	23	26	22	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83270139--83270287	40	3.7	41	90	5	225	25	26	20	27	1.99
83276422--83276570	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
83276463--83276570	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
83288395--83288524	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
83294208--83294251	19	2.3	19	84	0	52	20	13	0	65	1.26
83298961--83299176	43	5.0	43	81	7	224	24	16	25	32	1.96
83298961--83299176	86	2.5	88	80	8	248	24	16	25	32	1.96
83300989--83301063	33	2.3	33	86	4	98	20	12	29	38	1.88
83309956--83309985	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
83312941--83313171	48	4.8	48	85	2	286	25	19	28	26	1.98
83314564--83314603	19	2.0	19	85	9	53	30	7	2	60	1.38
83315122--83315330	38	5.0	38	75	18	184	30	24	15	29	1.95
83315162--83315300	48	2.9	48	90	1	217	30	21	15	31	1.95
83322281--83322481	38	5.0	38	78	12	206	29	25	15	28	1.96
83322357--83322451	48	2.0	48	89	0	145	31	22	15	30	1.95
83327081--83327141	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
83333806--83333891	44	2.0	44	83	0	109	33	30	18	17	1.94
83340569--83340676	27	4.0	27	77	11	89	38	20	13	26	1.90
83340604--83340804	27	7.4	27	81	4	199	42	18	8	30	1.80
83340625--83340782	81	2.0	81	86	5	221	40	18	9	31	1.83
83340720--83340838	27	4.4	27	79	1	85	46	15	5	31	1.70
83341313--83341376	21	3.0	22	80	11	78	20	23	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83341514--83341539	8	3.2	8	100	0	52	11	23	23	42	1.86
83341586--83341661	22	3.5	22	92	0	125	13	18	27	40	1.88
83345242--83345608	182	2.0	181	90	1	574	33	10	22	33	1.88
83348864--83349102	51	4.8	51	79	4	274	26	18	25	28	1.98
83348864--83349102	99	2.4	100	92	1	392	26	18	25	28	1.98
83353962--83354048	43	2.0	43	84	0	111	28	27	20	22	1.99
83354019--83354126	43	2.5	42	75	1	108	36	27	12	23	1.91
83355795--83355852	29	2.0	29	89	0	89	29	15	24	31	1.95
83359339--83359556	40	5.5	40	91	1	323	26	26	22	25	2.00
83361463--83361647	40	4.6	40	82	8	223	25	27	22	24	2.00
83373848--83373908	31	2.0	32	93	6	108	29	13	14	42	1.84
83374151--83374217	31	2.2	31	88	0	98	35	7	8	47	1.63
83378182--83378206	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
83379577--83379635	16	3.7	16	83	0	73	38	18	25	16	1.92
83384858--83384926	35	1.9	36	91	2	113	50	10	28	10	1.68
83386528--83386677	57	2.6	57	79	7	151	34	20	14	30	1.93
83388322--83388400	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
83389046--83389075	8	3.8	8	90	0	51	40	10	0	50	1.36
83395654--83395837	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
83395694--83395882	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
83403755--83403938	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
83403795--83403983	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83406659--83406809	78	1.9	79	91	1	250	25	23	29	21	1.99
83406659--83406810	39	3.9	39	90	0	223	25	23	30	21	1.99
83409162--83409325	23	6.9	24	75	13	103	33	18	21	26	1.96
83409231--83409325	26	3.9	25	77	12	90	36	16	20	26	1.93
83413255--83413487	50	4.6	50	77	5	227	27	18	24	30	1.98
83413256--83413437	101	1.8	101	88	0	283	27	18	24	29	1.98
83418642--83418691	20	2.5	20	93	0	82	20	42	30	8	1.80
83420908--83420956	23	2.1	24	85	11	66	26	0	16	57	1.40
83423859--83423920	30	2.1	30	100	0	124	40	3	9	46	1.53
83429688--83429868	40	4.5	40	80	7	197	24	25	23	25	2.00
83429688--83429866	80	2.2	81	86	3	245	24	26	24	25	2.00
83433422--83433629	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
83433424--83433629	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
83458741--83458809	20	3.3	20	66	18	59	27	31	21	18	1.97
83458737--83458992	88	2.9	92	91	6	420	28	30	19	21	1.97
83458730--83458988	44	5.8	46	75	15	224	29	30	18	21	1.97
83464131--83464289	47	3.4	47	75	13	175	30	27	19	22	1.98
83464078--83464342	92	2.9	93	87	1	370	29	27	20	22	1.98
83467964--83468050	6	13.3	6	73	15	50	33	0	64	2	1.06
83468839--83468953	61	1.9	60	82	7	142	40	4	16	39	1.68
83469776--83469804	6	4.8	6	100	0	58	17	31	0	51	1.45
83476810--83476912	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83484000--83484131	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
83490388--83490612	125	1.8	125	84	1	308	31	10	24	34	1.88
83498485--83498707	123	1.8	123	85	1	313	30	9	24	34	1.88
83498705--83498814	40	2.8	39	84	8	141	22	25	30	21	1.99
83505254--83505582	165	2.0	162	91	2	534	32	22	12	32	1.91
83511535--83511560	12	2.2	12	100	0	52	38	19	26	15	1.91
83517707--83517889	79	2.3	81	84	7	232	26	27	21	24	1.99
83517705--83517889	40	4.7	40	85	6	234	26	28	21	24	1.99
83522451--83524270	628	2.9	627	92	2	2965	37	9	18	34	1.84
83526222--83526345	47	2.7	44	78	14	117	30	20	26	22	1.98
83527699--83527915	40	5.5	40	87	6	284	25	28	23	22	1.99
83527699--83527912	79	2.7	78	87	7	274	25	28	22	22	1.99
83535799--83536016	40	5.5	40	89	4	293	25	28	23	22	1.99
83538579--83538816	49	4.8	50	80	6	268	26	17	26	29	1.97
83538571--83538854	150	1.9	150	86	2	410	27	16	26	29	1.97
83541514--83541645	29	4.6	29	80	5	115	23	33	15	27	1.95
83547380--83547536	43	3.7	43	80	7	194	29	25	19	25	1.98
83547380--83547539	85	1.9	85	88	6	243	30	25	19	25	1.98
83564600--83564706	52	2.1	52	96	0	196	22	20	14	42	1.89
83565058--83565092	6	5.8	6	86	0	52	54	0	25	20	1.45
83573862--83573908	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
83581961--83582132	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83581953--83582128	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
83584044--83584132	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
83584044--83584123	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
83584055--83584132	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
83587086--83587257	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
83587078--83587253	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
83591917--83591987	36	2.0	36	100	0	142	29	16	14	39	1.88
83595669--83595708	21	1.9	21	94	0	71	20	27	40	12	1.88
83598522--83598728	46	4.4	46	72	12	136	23	27	18	30	1.98
83611137--83611236	43	2.3	43	85	0	146	28	16	25	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438