genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  61  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15936616--15936755	54	2.6	55	86	2	176	20	23	21	35	1.96
15938550--15938650	50	2.0	52	82	5	125	60	3	7	27	1.43
15938625--15938667	18	2.4	18	84	0	59	55	2	11	30	1.48
15938736--15938781	17	2.7	18	87	12	62	67	2	4	26	1.21
15938924--15938986	26	2.4	25	72	17	65	66	1	6	25	1.24
15939328--15939377	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
15941335--15941374	19	2.1	19	85	0	53	50	7	2	40	1.44
15944082--15944138	17	3.3	17	75	2	51	24	3	3	68	1.21
15944072--15944138	35	2.0	33	85	5	89	22	4	2	70	1.19
15945056--15945093	12	3.2	12	96	0	67	2	15	13	68	1.32
15945056--15945093	18	2.1	18	95	0	67	2	15	13	68	1.32
15957220--15957315	43	2.2	43	79	1	102	38	25	18	17	1.93
15957243--15957531	43	6.7	43	72	11	182	35	22	21	20	1.96
15957372--15957538	87	1.9	88	83	3	221	35	21	22	20	1.96
15957586--15957788	68	3.0	68	88	0	271	27	22	21	28	1.99
15957809--15958422	44	13.6	44	70	14	349	31	18	23	27	1.97
15957803--15958285	226	2.1	226	97	0	912	30	18	24	26	1.98
15958079--15958522	137	3.2	137	92	2	692	32	17	22	27	1.96
15959759--15959880	12	9.5	12	64	18	50	26	4	1	67	1.20
15959750--15959794	22	2.0	23	86	4	65	24	6	0	68	1.13
15959754--15959812	25	2.6	23	80	17	70	22	5	0	72	1.03
15959836--15959904	26	2.7	26	81	4	77	31	5	2	59	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15960231--15960284	23	2.3	23	75	9	56	37	3	9	50	1.52
15960381--15960433	24	2.2	25	83	10	65	39	15	3	41	1.65
15960594--15960629	18	2.0	18	88	0	54	25	5	2	66	1.27
15960763--15960810	6	8.0	6	85	0	60	10	14	6	68	1.37
15964795--15964828	15	2.3	15	89	0	50	32	14	11	41	1.82
15970240--15970337	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
15970230--15970337	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
15975970--15976041	8	9.1	8	76	11	69	84	1	11	2	0.78
15975970--15976041	17	4.4	16	76	10	74	84	1	11	2	0.78
15975970--15976038	25	2.9	23	85	12	95	84	1	11	2	0.81
15976895--15977200	44	7.0	44	72	8	237	32	17	22	27	1.97
15976895--15977200	132	2.3	132	93	0	504	32	17	22	27	1.97
15977160--15978094	206	4.5	206	92	0	1500	30	18	21	29	1.97
15983324--15983401	19	4.1	19	90	9	124	38	10	15	35	1.81
15983324--15983401	36	2.1	38	90	9	124	38	10	15	35	1.81
15983324--15983379	17	3.4	15	84	15	51	39	10	14	35	1.81
15992623--15992668	17	3.0	16	76	20	53	13	34	39	13	1.83
16001266--16001334	27	2.4	29	80	7	79	23	27	18	30	1.98
16001376--16001430	28	2.0	28	88	0	83	21	27	18	32	1.96
16001925--16001991	35	1.9	35	81	0	80	32	23	16	26	1.96
16003624--16003713	44	2.0	46	86	4	130	32	5	26	35	1.80
16003883--16003915	17	1.9	17	93	0	57	63	3	0	33	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16005540--16005701	26	6.2	26	97	0	279	33	5	24	36	1.79
16011385--16011546	26	6.2	26	91	2	254	35	5	21	37	1.77
16014935--16014960	9	2.9	9	100	0	52	0	0	19	80	0.71
16018549--16018592	22	1.9	22	86	9	61	0	13	15	70	1.17
16019261--16019322	21	2.9	21	75	15	65	14	38	27	19	1.90
16021575--16021644	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
16022454--16022531	27	2.9	26	76	14	86	20	19	21	38	1.94
16022571--16022800	27	8.4	27	75	12	103	33	9	18	39	1.82
16022556--16022786	54	4.2	54	74	7	198	32	9	16	41	1.81
16022778--16022935	54	2.9	54	83	3	228	39	8	22	29	1.83
16022761--16022926	81	2.0	81	82	2	199	41	8	19	30	1.81
16022779--16022959	81	2.2	81	87	1	256	38	8	22	31	1.83
16022779--16022935	27	5.8	27	87	0	206	39	8	22	29	1.83
16022779--16022980	81	2.5	81	82	3	201	38	7	21	32	1.82
16026897--16027010	40	2.8	39	84	2	138	25	28	22	22	1.99
16034909--16035059	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
16034909--16035059	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
16037601--16037663	31	2.0	31	96	0	117	15	23	7	52	1.69
16039015--16039375	41	8.9	41	79	5	326	37	19	16	26	1.92
16039036--16039375	81	4.2	83	84	7	405	36	19	16	27	1.93
16039969--16040028	15	3.9	15	76	10	68	21	0	36	41	1.54
16039964--16040032	22	3.1	22	80	12	72	21	0	36	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16039967--16040029	8	8.4	7	78	15	56	20	0	36	42	1.52
16042464--16042516	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
16044002--16044110	26	4.2	26	92	1	175	36	23	5	33	1.78
16044653--16044807	27	5.7	27	88	6	217	35	22	23	18	1.95
16044653--16044820	81	2.1	81	93	2	284	35	23	23	18	1.96
16046383--16046490	26	4.2	26	95	0	189	36	25	6	32	1.81
16046953--16047070	41	2.9	39	85	9	155	38	14	19	27	1.90
16047388--16047420	17	1.9	17	100	0	66	18	18	6	57	1.60
16049063--16049344	9	31.2	9	68	16	120	47	14	2	35	1.59
16049055--16049276	25	9.0	25	68	16	106	47	13	2	36	1.58
16049072--16049340	16	17.0	16	71	12	119	47	14	2	35	1.59
16049074--16049231	64	2.5	63	87	5	237	47	13	3	35	1.59
16049148--16049325	93	1.9	94	89	4	279	47	14	3	34	1.60
16049148--16049325	46	3.8	46	91	3	275	47	14	3	34	1.60
16049296--16049370	34	2.2	34	78	4	80	48	16	1	34	1.54
16053601--16053629	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
16054022--16054061	21	1.9	21	89	0	62	30	20	47	2	1.63
16057911--16058020	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
16059639--16059751	27	4.2	26	81	7	118	18	23	21	36	1.95
16059637--16059760	54	2.3	54	81	2	151	18	25	21	34	1.96
16061476--16061505	15	2.0	15	93	0	51	6	13	36	43	1.70
16076387--16076494	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16081658--16081695	20	1.9	20	88	0	58	21	5	7	65	1.38
16081722--16081761	18	2.2	18	95	0	71	7	2	50	40	1.44
16082023--16082074	27	2.0	27	84	3	70	17	26	19	36	1.94
16083860--16083918	23	2.5	23	83	2	64	32	5	35	27	1.79
16088663--16088700	15	2.5	15	87	8	51	39	0	5	55	1.23
16088975--16089062	45	2.0	42	82	6	104	28	7	15	47	1.74
16089932--16089968	16	2.3	16	90	0	56	45	5	48	0	1.25
16095578--16095623	24	1.9	24	82	8	58	8	8	4	78	1.09
16106263--16106372	26	4.2	26	95	0	175	33	6	23	36	1.80
16107837--16108004	54	3.1	54	86	6	234	18	23	23	35	1.96
16107837--16108004	81	2.1	81	93	2	284	18	23	23	35	1.96
16107850--16108004	27	5.7	26	87	7	211	18	23	22	35	1.95
16108545--16108652	26	4.2	25	91	4	171	34	5	23	37	1.78
16110133--16110185	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
16115017--16115049	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
16116343--16116396	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
16117877--16117986	26	4.2	26	96	0	193	37	24	4	33	1.76
16118595--16118726	25	5.2	26	90	7	218	36	4	21	37	1.74
16122009--16122039	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
16126913--16127043	25	5.2	25	89	9	196	35	4	22	37	1.75
16137308--16137343	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
16138912--16138959	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16138908--16138963	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
16138908--16138959	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
16139132--16139179	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
16139132--16139183	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
16140617--16140706	3	30.0	3	87	4	128	33	1	2	63	1.14
16140617--16140735	12	10.1	12	79	15	97	31	0	5	61	1.26
16140993--16141173	24	7.3	25	71	18	103	32	7	4	55	1.48
16141250--16141340	16	6.1	14	75	17	60	31	5	2	60	1.32
16141296--16141349	26	2.0	27	85	3	74	29	5	3	61	1.36
16146220--16146265	19	2.4	18	82	10	56	21	23	10	43	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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