genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.356.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  356  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111083394--111083437	19	2.3	19	92	0	70	18	13	31	36	1.90
111091424--111091504	27	3.0	27	91	7	137	32	14	24	28	1.95
111091486--111091772	27	10.7	27	80	4	242	38	19	11	30	1.87
111091830--111091921	27	3.4	27	83	3	96	35	19	22	21	1.96
111092090--111092141	27	1.9	27	88	0	77	25	23	21	30	1.99
111092309--111092379	33	2.2	33	94	0	124	26	21	23	28	1.99
111095196--111095372	48	3.7	49	79	9	202	22	26	20	30	1.98
111095196--111095372	47	3.7	48	79	10	159	22	26	20	30	1.98
111104832--111105017	48	3.8	50	82	11	233	24	27	19	28	1.98
111104839--111105017	96	1.8	97	88	4	272	25	27	18	28	1.98
111106170--111106214	12	3.4	12	78	21	54	48	8	24	17	1.75
111112822--111112873	20	2.5	22	76	17	58	51	28	11	7	1.65
111113469--111113771	46	6.6	46	73	13	196	31	18	26	24	1.97
111113414--111113771	92	3.8	93	73	11	238	31	17	27	23	1.97
111113418--111113772	138	2.6	138	93	2	579	30	17	27	23	1.97
111123853--111123993	40	3.4	40	74	11	99	29	28	14	28	1.95
111133649--111133690	20	2.1	20	100	0	84	33	23	9	33	1.87
111135671--111135712	20	2.1	20	95	0	75	33	21	9	35	1.86
111143058--111143194	68	2.0	68	100	0	274	32	33	5	27	1.81
111153301--111153380	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
111153292--111153379	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
111158018--111159353	665	2.0	667	97	0	2541	38	18	10	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111160912--111161121	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
111169048--111169257	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
111178675--111178852	29	6.2	29	94	2	308	30	15	28	26	1.96
111178676--111178889	87	2.5	87	87	3	292	28	15	30	26	1.96
111178676--111178918	87	2.8	87	85	4	271	27	16	30	25	1.96
111178953--111178985	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
111181249--111181281	5	6.6	5	100	0	66	21	21	18	39	1.93
111181336--111181510	27	6.5	27	88	1	253	41	16	14	27	1.88
111186178--111186212	8	4.4	8	92	0	52	11	28	11	48	1.74
111187427--111187565	69	2.0	69	98	0	269	26	28	7	37	1.84
111193669--111193700	14	2.3	14	100	0	64	53	18	0	28	1.45
111194435--111194565	47	2.8	45	73	15	124	29	29	19	21	1.98
111208450--111208597	42	3.5	42	85	2	190	29	22	15	31	1.95
111211953--111212064	43	2.6	43	84	2	136	27	14	26	31	1.95
111213591--111213815	49	4.5	49	86	4	263	25	16	27	30	1.97
111216260--111216356	30	3.2	30	97	0	176	31	27	21	18	1.97
111224371--111224419	25	2.0	25	88	8	73	40	10	0	48	1.37
111232200--111232244	21	2.1	22	83	4	56	57	17	0	24	1.40
111237929--111237977	25	2.0	25	88	8	73	40	10	0	48	1.37
111243026--111243075	25	2.0	25	96	0	91	34	0	20	46	1.51
111246887--111246932	19	2.4	19	85	3	56	43	13	2	41	1.55
111248723--111248932	39	5.4	39	90	0	312	23	30	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111262590--111262618	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
111272496--111272635	43	3.2	45	88	5	200	37	25	12	25	1.91
111272543--111272611	22	3.2	21	68	12	59	40	26	11	21	1.87
111272559--111272632	21	3.5	21	69	10	69	39	25	13	21	1.90
111277104--111277171	33	2.1	33	100	0	136	23	26	14	35	1.94
111277794--111277824	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
111277998--111278155	68	2.3	67	95	0	262	31	13	31	24	1.93
111278032--111278229	68	2.9	67	82	8	174	33	14	30	21	1.93
111280735--111280794	26	2.3	26	100	0	120	18	20	0	61	1.34
111283858--111284043	40	4.7	40	88	5	236	25	22	26	25	2.00
111285892--111285960	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
111287587--111287624	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
111293889--111293957	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
111298475--111298615	40	3.5	40	83	1	158	22	28	22	26	1.99
111306588--111306728	40	3.5	40	83	1	158	22	28	22	26	1.99
111306588--111306767	40	4.6	39	80	7	152	22	26	23	27	1.99
111318975--111319084	42	2.6	42	77	12	118	29	20	23	26	1.99
111336057--111336243	40	4.7	40	82	0	194	26	22	25	24	2.00
111336057--111336264	40	5.2	39	80	5	193	25	22	26	25	2.00
111336058--111336264	80	2.6	78	80	8	229	25	22	26	25	2.00
111352417--111352921	49	10.3	49	94	2	838	31	7	30	30	1.85
111352413--111352921	200	2.6	197	93	2	857	31	7	30	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111361937--111362099	43	3.8	42	75	8	141	26	17	26	28	1.98
111372260--111372307	25	1.9	25	86	0	69	31	14	18	35	1.91
111372651--111373081	47	9.2	47	91	0	655	24	29	12	34	1.91
111375382--111375407	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
111377253--111377322	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
111385190--111385259	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
111387911--111388258	40	8.7	40	89	1	518	28	28	18	24	1.98
111389751--111389841	46	2.0	46	84	0	119	27	29	7	35	1.85
111389858--111389979	23	5.3	22	63	27	56	25	27	13	33	1.93
111389821--111390418	47	12.9	47	86	3	786	24	28	12	35	1.91
111390037--111390204	22	7.2	22	70	25	123	22	29	14	33	1.94
111390271--111390345	22	3.3	21	74	17	69	22	29	13	34	1.92
111392717--111392742	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
111394137--111394196	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
111395898--111396004	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
111396012--111396081	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
111403118--111403224	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
111403232--111403301	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
111405954--111406017	28	2.3	28	94	2	112	29	25	14	31	1.94
111415692--111415809	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
111415715--111415809	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
111416001--111416143	24	6.0	24	90	4	200	26	22	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111416001--111416142	47	3.0	48	89	5	198	26	22	21	28	1.99
111416000--111416143	71	2.0	72	87	4	211	26	22	21	29	1.99
111416194--111416253	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
111416194--111416248	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
111419600--111419748	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
111419641--111419748	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
111421944--111422009	33	2.0	33	81	3	78	30	24	21	24	1.99
111422044--111422125	31	2.7	31	94	3	141	29	25	15	29	1.96
111423821--111423918	29	3.4	29	94	0	169	31	14	27	26	1.95
111423844--111423978	29	4.7	29	82	3	96	25	16	32	25	1.96
111423813--111423939	58	2.2	59	83	4	161	29	14	29	25	1.95
111425529--111425598	25	2.8	26	80	6	90	25	21	25	27	1.99
111426408--111426473	27	2.4	27	82	5	80	21	22	18	37	1.94
111426526--111426746	27	8.1	27	81	6	167	32	9	19	39	1.82
111426503--111426741	54	4.4	54	76	6	230	30	9	19	39	1.84
111426734--111426890	54	2.9	55	86	3	221	39	8	22	29	1.83
111426706--111426901	81	2.4	81	81	1	223	37	8	21	32	1.83
111426734--111426890	27	5.8	27	83	0	197	39	8	22	29	1.83
111431342--111431467	47	2.7	47	86	3	157	34	28	15	21	1.94
111431732--111431817	42	2.0	42	97	0	163	25	19	16	38	1.92
111436993--111437049	28	2.0	28	96	0	105	24	5	31	38	1.78
111437001--111437057	28	2.2	24	82	17	62	24	7	35	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111438774--111438901	71	1.9	67	81	13	156	34	15	29	20	1.94
111444406--111444590	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
111444407--111444598	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
111444406--111444623	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
111452394--111452578	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
111452395--111452586	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
111452394--111452611	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
111457472--111457525	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
111460935--111460959	9	2.8	9	100	0	50	56	20	0	24	1.43
111461733--111461998	47	5.7	47	74	14	196	28	19	29	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438