genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.308.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  308  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96217718--96217799	36	2.3	36	86	0	119	34	10	15	39	1.83
96218680--96218733	21	2.6	21	81	0	72	22	25	29	22	1.99
96219021--96219082	21	3.0	21	70	0	61	38	24	16	20	1.92
96220306--96220338	16	2.0	17	94	5	59	0	21	0	78	0.75
96220309--96220350	17	2.5	17	84	3	50	2	21	2	73	1.06
96220385--96220477	45	2.1	43	84	9	118	55	2	0	41	1.11
96227915--96228006	44	2.1	44	83	0	112	22	21	19	35	1.96
96231164--96231207	22	2.0	22	81	4	52	36	6	20	36	1.79
96235715--96235890	3	59.0	3	72	7	81	29	6	5	59	1.44
96235799--96235838	19	2.1	19	85	0	53	37	2	0	60	1.11
96241643--96241675	3	11.7	3	87	12	52	72	0	27	0	0.85
96242007--96242110	53	2.0	53	88	0	154	20	12	10	56	1.65
96242540--96242688	46	3.2	46	75	3	138	36	14	24	24	1.93
96243127--96244091	44	21.6	42	67	16	225	32	16	20	30	1.95
96243033--96244017	179	5.5	179	85	2	1175	32	16	20	30	1.95
96243176--96243422	135	1.8	137	82	9	326	31	18	21	29	1.97
96243033--96244017	359	2.7	358	86	2	1310	32	16	20	30	1.95
96243894--96244017	43	2.6	48	81	9	141	25	16	25	33	1.96
96245486--96245517	13	2.6	12	90	9	55	53	15	0	31	1.43
96250120--96250154	17	2.1	17	100	0	70	28	0	42	28	1.56
96253915--96253946	13	2.6	12	90	9	55	53	15	0	31	1.43
96255575--96255603	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96255604--96255820	3	72.0	3	80	0	209	29	5	3	61	1.34
96255828--96255895	33	2.1	32	86	2	91	32	4	1	61	1.24
96259231--96259270	18	2.2	18	95	0	71	35	0	27	37	1.57
96262952--96262982	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
96263639--96263748	48	2.3	49	80	3	116	33	27	11	27	1.92
96263589--96263748	24	6.7	24	70	5	90	33	28	13	24	1.94
96268562--96268655	3	31.3	3	73	18	72	64	1	4	29	1.19
96268602--96268657	8	6.9	8	78	10	60	71	0	1	26	0.96
96268955--96269003	25	2.0	25	88	8	73	53	24	2	20	1.56
96268989--96269035	23	2.2	23	85	11	64	55	29	2	12	1.49
96271284--96271309	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
96272624--96272738	3	37.7	3	77	6	115	34	0	4	60	1.16
96275085--96275235	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
96275122--96275251	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
96283105--96283255	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
96283142--96283271	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
96287272--96287518	118	2.1	118	95	1	442	38	9	11	40	1.74
96288312--96288370	29	2.0	29	96	0	109	27	6	22	44	1.78
96297309--96297339	16	1.9	16	93	0	53	48	22	19	9	1.78
96297560--96297650	29	3.2	30	84	9	120	24	15	32	27	1.95
96301783--96301943	87	1.9	87	89	2	252	29	14	19	36	1.92
96303036--96303125	12	6.6	13	71	15	67	58	3	3	34	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96303199--96303259	17	3.8	17	76	20	60	54	3	6	36	1.43
96304019--96304055	14	2.5	14	91	8	56	18	5	13	62	1.50
96304018--96304056	15	2.5	16	87	4	62	17	5	12	64	1.46
96304017--96304057	16	2.5	17	80	11	59	17	4	12	65	1.42
96304285--96304399	30	3.9	30	80	5	119	43	2	22	31	1.67
96304287--96304399	59	1.9	58	82	5	138	43	2	22	31	1.67
96304733--96305227	87	5.7	87	82	5	569	36	19	15	28	1.92
96305151--96305180	14	2.1	14	93	0	51	66	3	6	23	1.30
96304821--96305308	259	1.9	252	83	5	635	34	20	16	28	1.94
96313589--96313616	4	7.0	4	100	0	56	50	0	25	25	1.50
96319036--96319208	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
96319036--96319205	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
96326584--96326756	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
96326581--96326751	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
96332048--96332130	37	2.2	37	97	0	157	22	34	18	24	1.96
96332225--96332462	49	4.9	49	96	2	435	30	28	8	32	1.87
96332225--96332464	96	2.5	96	97	1	444	30	28	8	32	1.86
96336947--96336985	16	2.3	18	91	8	64	56	12	2	28	1.50
96337108--96337165	17	3.6	17	71	21	61	62	0	1	36	1.06
96337461--96337580	7	17.9	7	69	24	64	60	2	3	34	1.27
96337461--96337586	20	6.4	19	78	14	105	60	2	3	34	1.26
96340437--96340466	15	1.9	16	93	6	53	0	0	13	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96347406--96347465	24	2.5	24	88	0	84	15	20	20	45	1.86
96351379--96351436	17	3.6	17	67	21	52	62	1	1	34	1.16
96351732--96351842	13	8.3	13	69	26	65	59	0	4	36	1.18
96351732--96351847	20	5.8	19	80	14	128	60	0	4	35	1.17
96351786--96351846	9	6.1	9	74	20	50	59	0	3	37	1.14
96355311--96355372	31	2.0	31	96	0	115	48	8	19	24	1.75
96358530--96358677	43	3.5	43	89	2	210	28	20	24	27	1.99
96361246--96361308	29	2.2	29	85	2	83	30	30	14	25	1.95
96367955--96368176	46	4.8	46	82	11	274	31	27	19	21	1.97
96370578--96370644	15	4.5	15	75	22	61	61	13	11	13	1.58
96379791--96379826	8	4.6	8	89	6	56	22	30	41	5	1.76
96379788--96379826	15	2.5	16	91	8	71	25	30	38	5	1.78
96380081--96380132	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
96380165--96380192	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
96382115--96382281	43	3.9	43	77	9	151	29	24	17	27	1.98
96382115--96382242	42	3.0	42	80	12	143	29	24	17	28	1.98
96383796--96383925	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
96383796--96383963	40	4.2	40	79	4	153	22	27	24	25	2.00
96391834--96391963	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
96391834--96392000	40	4.2	40	79	5	153	22	27	23	25	2.00
96396887--96397017	27	4.9	27	88	0	172	28	23	8	39	1.84
96396968--96397269	27	11.1	27	73	12	109	39	19	8	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96397009--96397187	27	6.7	26	83	4	214	42	19	7	30	1.79
96396995--96397187	81	2.4	80	86	3	253	40	20	7	30	1.81
96397057--96397213	54	2.9	54	77	12	146	42	19	7	30	1.78
96397331--96397422	27	3.4	27	87	3	123	33	19	26	20	1.96
96398664--96398767	20	5.2	20	95	0	181	34	11	21	32	1.89
96398661--96398767	40	2.7	40	98	0	205	34	11	21	32	1.89
96398814--96399028	23	9.1	23	90	3	322	28	20	20	29	1.98
96399244--96399307	31	2.1	31	87	0	92	39	14	23	23	1.91
96400236--96400287	21	2.5	21	87	0	77	15	28	36	19	1.92
96403598--96403720	46	2.6	47	86	7	153	22	27	21	28	1.99
96405231--96405256	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
96405745--96405863	41	2.9	41	88	2	159	27	27	21	23	1.99
96406182--96406332	81	1.9	81	85	2	214	27	9	23	40	1.85
96406118--96406383	27	9.9	27	75	4	142	30	9	21	39	1.85
96406377--96406528	80	1.9	81	89	4	236	28	23	17	31	1.96
96406367--96406528	53	3.0	52	85	5	209	27	22	17	32	1.97
96406372--96406528	27	5.9	27	88	5	205	28	22	16	32	1.96
96411138--96411305	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
96411154--96411303	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
96413688--96413718	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
96418849--96419021	46	3.8	46	75	12	185	21	19	28	29	1.98
96426389--96426564	46	3.8	46	74	12	180	22	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96426386--96426557	93	1.8	93	93	0	299	22	20	29	27	1.99
96428452--96428541	40	2.2	40	82	7	121	23	23	28	24	1.99
96432644--96432743	42	2.4	43	86	8	152	31	13	24	32	1.93
96434132--96434163	13	2.5	13	100	0	64	6	21	40	31	1.78
96436398--96436655	47	5.5	45	80	7	176	34	17	24	23	1.96
96436705--96436789	30	2.8	31	80	5	120	29	18	27	24	1.98
96441860--96442197	120	2.8	119	88	4	459	24	22	26	26	2.00
96441860--96442181	40	8.1	39	88	4	405	24	22	25	27	2.00
96447177--96447298	47	2.6	47	94	2	210	37	13	23	25	1.91
96447277--96447484	54	3.9	54	81	6	242	35	17	24	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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