genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.161.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  161  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48994861--48994913	28	1.9	27	92	3	88	37	39	1	20	1.64
48994958--48995050	37	2.5	36	81	10	107	35	39	1	23	1.62
48995030--48995072	22	2.0	22	95	0	77	39	32	0	27	1.57
48995100--48995151	15	3.6	14	74	7	50	40	30	0	28	1.57
48995852--48996025	40	4.3	40	75	8	165	24	22	21	31	1.98
48995852--48996023	81	2.1	81	82	3	204	23	22	22	31	1.98
49001780--49001817	15	2.5	16	83	12	53	18	21	2	57	1.52
49002379--49002422	21	2.1	21	91	0	70	38	29	13	18	1.89
49007087--49007150	18	3.6	18	72	8	58	70	1	28	0	0.97
49013541--49013682	44	3.3	42	80	9	137	24	16	25	33	1.96
49015579--49015638	30	2.0	30	86	0	84	28	23	8	40	1.83
49017010--49017061	22	2.3	23	74	9	54	17	1	28	51	1.56
49022194--49022222	12	2.5	12	94	5	51	10	6	24	58	1.55
49022461--49022493	17	2.0	17	88	5	50	27	3	0	69	1.03
49024363--49024424	32	2.0	33	84	9	85	50	1	0	48	1.10
49024413--49024458	22	2.1	21	84	4	56	43	2	2	52	1.25
49025448--49025476	14	2.1	14	100	0	58	58	6	0	34	1.25
49026433--49026479	6	7.8	6	95	0	85	0	46	0	53	1.00
49026433--49026480	24	2.0	24	100	0	96	0	45	0	54	0.99
49028375--49028403	14	2.1	14	100	0	58	31	6	13	48	1.69
49030687--49030715	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
49035310--49035384	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49054593--49054625	16	2.1	16	94	0	57	57	0	6	36	1.23
49054989--49055051	30	2.1	30	90	0	99	57	12	3	26	1.51
49055476--49055520	22	2.1	21	84	12	56	35	6	6	51	1.55
49066529--49066573	21	2.2	21	92	4	74	28	2	8	60	1.39
49066535--49066577	21	2.0	21	100	0	86	34	0	9	55	1.32
49067622--49067665	22	2.0	22	100	0	88	36	4	22	36	1.75
49069770--49069812	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
49075098--49075128	10	3.1	10	90	0	53	41	0	0	58	0.98
49075485--49075543	29	2.1	29	96	3	111	57	8	0	33	1.29
49077692--49077817	46	2.7	46	77	10	114	25	19	31	23	1.98
49077998--49078042	20	2.2	20	92	0	72	40	13	17	28	1.88
49079797--49079836	18	2.3	18	87	8	57	35	15	0	50	1.44
49080050--49080078	13	2.2	13	100	0	58	55	6	10	27	1.59
49090868--49091009	40	3.5	40	82	1	124	27	24	26	21	1.99
49090906--49091035	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
49103792--49103903	42	2.7	42	79	8	122	24	17	26	31	1.97
49105613--49105667	28	2.0	28	100	0	110	32	10	21	34	1.89
49108696--49108863	40	4.2	40	77	1	149	22	26	24	26	2.00
49115904--49116071	40	4.2	40	77	1	149	22	26	23	26	2.00
49115920--49116069	80	1.9	80	86	5	214	21	26	24	27	1.99
49120376--49120421	19	2.4	19	85	7	67	41	2	17	39	1.62
49120950--49121092	43	3.4	42	80	10	150	24	20	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49120950--49121110	43	3.8	41	76	11	146	24	19	24	31	1.98
49120947--49121110	85	1.9	85	83	9	210	23	20	25	31	1.98
49123520--49123570	18	3.0	18	72	21	56	23	19	0	56	1.42
49125582--49125723	69	2.1	69	100	0	284	39	12	15	32	1.85
49126417--49126523	43	2.5	41	76	7	106	31	18	23	26	1.97
49134096--49134206	43	2.6	42	81	8	118	29	24	15	30	1.95
49137706--49137859	49	3.1	49	96	0	272	29	9	30	30	1.88
49137706--49137889	98	1.9	97	84	2	242	30	9	30	29	1.89
49137930--49138016	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
49146506--49146581	40	1.9	40	86	0	107	36	15	18	28	1.92
49149248--49149406	43	3.7	43	77	7	162	25	15	25	33	1.95
49153337--49153375	20	2.0	20	84	0	51	33	23	2	41	1.68
49153623--49153762	58	2.5	55	81	3	154	22	24	19	34	1.96
49153613--49153817	113	1.8	109	84	10	281	22	24	18	34	1.96
49159360--49159575	40	5.4	40	92	1	312	25	27	22	24	2.00
49165203--49165387	48	3.9	48	91	0	280	27	15	30	27	1.96
49165217--49165430	48	4.4	49	88	2	166	25	15	29	28	1.96
49165203--49165476	96	2.9	96	79	4	265	26	15	28	29	1.96
49165217--49165519	48	6.6	43	77	10	148	26	16	28	28	1.97
49168333--49168508	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
49168330--49168501	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
49177450--49177526	25	3.2	25	66	23	74	33	10	27	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49177422--49177641	47	4.7	47	91	0	350	34	12	28	25	1.92
49177473--49177548	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
49177612--49177795	98	1.9	96	92	4	307	35	7	27	30	1.83
49177611--49177795	48	3.8	48	90	5	300	35	7	27	30	1.83
49177940--49178048	37	2.9	37	93	0	182	22	18	31	27	1.97
49179318--49179464	40	3.7	40	99	0	285	26	22	26	24	2.00
49181142--49181293	40	3.8	40	80	5	164	28	23	25	22	1.99
49181144--49181293	80	1.9	80	84	5	205	28	24	26	22	1.99
49181180--49181309	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
49181142--49181309	80	2.1	80	81	6	198	27	23	25	23	2.00
49182671--49182959	40	7.2	40	92	0	452	24	21	28	25	1.99
49186776--49186840	29	2.2	29	83	0	85	23	23	38	15	1.92
49189484--49189608	48	2.7	46	89	8	184	23	28	18	29	1.98
49196652--49196721	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
49196729--49196835	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
49201154--49201223	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
49201231--49201337	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
49224737--49224847	42	2.6	42	77	4	107	25	24	22	27	2.00
49230096--49230300	40	5.2	40	88	2	290	24	22	25	26	2.00
49230096--49230291	80	2.5	80	90	4	324	23	22	26	27	2.00
49231754--49232029	48	5.9	48	77	8	237	27	15	28	27	1.96
49231909--49232115	42	4.6	44	76	10	136	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49232021--49232116	48	2.0	48	82	8	115	29	14	26	30	1.95
49233700--49233817	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
49233668--49233831	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
49243420--49243456	19	1.9	19	100	0	74	10	32	32	24	1.90
49249868--49250039	48	3.6	48	85	0	227	29	19	26	24	1.98
49250060--49250149	42	2.1	42	85	0	117	27	11	28	32	1.91
49255358--49255417	30	2.0	30	83	6	77	25	41	18	15	1.89
49263115--49263179	25	2.9	23	82	15	75	66	9	0	24	1.21
49263141--49263179	19	2.0	20	95	5	71	71	10	0	17	1.12
49275588--49275629	20	2.1	20	100	0	84	21	19	11	47	1.81
49280219--49280266	20	2.4	20	89	0	69	37	20	10	31	1.87
49280235--49280310	20	3.8	20	78	3	64	32	17	11	38	1.86
49282788--49282834	23	2.0	23	100	0	94	27	12	25	34	1.92
49283257--49283517	47	5.7	45	77	11	205	28	18	29	24	1.98
49283257--49283517	46	5.7	47	76	13	197	28	18	29	24	1.98
49284684--49284723	21	2.0	20	90	5	62	15	40	27	17	1.89
49297206--49297274	25	2.8	25	97	2	131	40	7	0	52	1.29
49304220--49304358	49	2.8	49	83	2	161	25	22	25	26	2.00
49307753--49307855	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
49315680--49315782	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
49317865--49317909	21	2.1	21	95	0	81	28	24	11	35	1.90
49323871--49323993	42	2.9	42	80	0	147	35	14	20	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49333571--49333636	25	2.6	25	85	0	87	12	36	22	28	1.90
49339101--49339151	8	6.4	8	81	0	57	50	19	21	7	1.72
49339101--49339146	24	1.9	24	95	0	83	50	21	21	6	1.71
49339332--49339446	29	4.0	28	84	2	131	28	15	27	27	1.96
49339340--49339455	57	2.0	57	83	3	144	27	16	30	25	1.97
49343553--49343600	23	2.0	23	84	12	60	39	22	4	33	1.74
49345259--49345304	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
49351029--49351065	5	7.4	5	87	0	56	78	0	18	2	0.87
49353591--49353636	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
49356208--49356289	42	1.9	43	87	7	123	36	25	15	21	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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