genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  186  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57468307--57468441	48	2.8	48	91	0	216	33	8	28	29	1.86
57468588--57468696	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
57469974--57470435	40	11.6	40	89	3	700	24	21	28	25	1.99
57469992--57470435	236	1.9	238	90	0	721	24	21	28	25	1.99
57470611--57470661	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
57474024--57474099	22	3.3	22	65	28	59	30	15	28	25	1.96
57473999--57474333	47	7.1	47	92	1	537	33	13	28	25	1.93
57474540--57474644	37	2.8	37	88	0	156	25	16	30	27	1.96
57492392--57492564	46	3.7	46	76	10	181	22	19	27	30	1.98
57492389--57492559	93	1.8	93	89	0	270	22	19	28	29	1.98
57492789--57492826	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
57497095--57497290	40	4.7	40	85	8	284	29	26	22	22	1.99
57497095--57497288	86	2.3	81	89	6	291	28	26	22	22	1.99
57497290--57497342	21	2.4	23	79	20	60	43	22	5	28	1.76
57499839--57500020	41	4.5	41	82	6	203	24	21	27	26	1.99
57499835--57500021	81	2.3	81	84	6	229	23	21	27	27	1.99
57499826--57500047	81	2.7	78	77	11	207	23	20	28	27	1.99
57506775--57506957	41	4.5	41	85	6	223	24	21	27	26	2.00
57506759--57506958	81	2.5	81	83	6	244	24	21	27	27	1.99
57510573--57510796	46	4.9	46	79	11	219	27	20	29	23	1.99
57511859--57512015	27	5.8	26	78	4	118	38	18	10	33	1.84
57511831--57512015	53	3.5	53	81	5	203	38	18	9	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57511999--57512247	27	9.2	27	83	1	284	36	17	20	26	1.94
57511861--57512040	80	2.2	79	80	8	193	38	17	11	31	1.86
57511970--57512231	81	3.2	81	80	4	278	37	17	17	27	1.93
57511999--57512248	81	3.1	81	83	2	322	36	17	20	26	1.94
57512476--57512554	27	3.0	26	83	5	86	20	21	21	36	1.95
57512605--57512842	98	2.4	98	85	1	298	19	19	27	33	1.96
57516146--57516202	27	2.1	27	83	3	71	29	19	19	31	1.96
57516158--57516273	27	4.3	27	82	2	126	22	19	18	39	1.92
57516265--57516392	27	4.7	27	90	0	202	35	17	14	32	1.91
57521695--57521765	37	1.9	36	86	11	99	42	1	4	52	1.29
57521756--57521824	20	3.6	19	70	20	54	44	2	7	44	1.46
57525158--57525214	30	1.9	30	85	0	78	29	21	7	42	1.79
57528242--57528275	17	2.1	16	89	10	52	14	38	29	17	1.90
57534498--57534707	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
57542632--57542841	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
57547113--57547210	24	4.0	24	89	1	133	36	3	37	22	1.70
57547953--57548056	27	3.9	27	82	6	95	17	25	19	37	1.93
57547987--57548063	27	2.9	26	84	5	100	16	27	18	37	1.92
57551068--57551113	24	1.9	24	82	8	58	23	21	23	30	1.99
57553549--57553608	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
57560500--57560670	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
57560495--57560667	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57563019--57563079	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
57563790--57563961	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
57563814--57563997	67	2.9	63	78	8	201	28	16	30	23	1.97
57568017--57568090	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
57568074--57568149	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
57568017--57568149	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
57575892--57575965	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
57575949--57576024	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
57575892--57576024	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
57578471--57578637	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
57586454--57586620	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
57589916--57589989	24	3.0	24	94	2	130	37	5	36	20	1.76
57589915--57589979	12	5.4	12	67	7	51	40	3	36	20	1.68
57591378--57591478	27	3.8	27	85	1	123	17	23	19	38	1.93
57599489--57599585	40	2.4	40	85	0	122	24	16	24	34	1.96
57599567--57599637	28	2.6	29	80	8	94	26	11	29	32	1.91
57600385--57600452	35	1.9	35	96	0	127	39	10	32	17	1.84
57602675--57602788	39	2.9	39	86	1	156	23	31	21	23	1.98
57610031--57610213	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
57615511--57615661	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
57615548--57615677	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
57623496--57623646	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57623533--57623662	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
57625086--57625152	31	2.2	31	91	0	107	49	13	14	22	1.79
57625098--57625149	25	2.1	26	75	17	56	51	15	15	17	1.76
57625283--57625384	27	3.8	26	84	5	114	37	20	22	19	1.95
57627205--57627287	29	2.9	29	94	3	143	30	14	28	26	1.95
57635073--57635150	29	2.7	29	96	2	140	26	15	30	26	1.96
57639092--57639133	20	2.0	22	86	9	61	4	26	16	52	1.63
57640551--57640717	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
57640567--57640717	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
57641542--57641587	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
57648558--57648724	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
57648574--57648724	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
57649549--57649594	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
57677289--57677538	55	4.7	53	80	9	235	22	24	18	35	1.95
57677336--57677536	108	1.8	110	89	4	318	22	24	18	34	1.96
57685242--57685399	43	3.7	43	74	10	128	29	25	18	25	1.98
57694001--57694080	27	3.0	27	77	0	97	35	20	18	26	1.95
57697599--57697780	40	4.6	40	89	2	260	25	26	22	24	2.00
57702162--57702379	40	5.6	40	92	3	349	27	26	22	23	2.00
57710550--57710716	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
57718538--57718703	40	4.2	40	77	7	151	25	21	27	24	1.99
57721531--57721648	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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57731037--57731221	41	4.6	41	82	7	200	29	27	20	22	1.98
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57789913--57790083	38	4.4	38	82	4	175	22	21	24	31	1.98
57791154--57791249	29	3.4	28	78	8	104	28	13	27	31	1.94
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57806038--57806147	50	2.2	49	84	6	143	21	15	25	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57812215--57812388	24	7.2	24	94	1	303	27	20	20	31	1.98
57812215--57812388	73	2.4	72	94	1	303	27	20	20	31	1.98
57812439--57812505	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
57812439--57812494	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
57819712--57819763	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
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57823617--57823678	27	2.3	27	91	5	99	30	8	20	40	1.82
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57826971--57827152	40	4.6	40	93	2	305	23	23	26	26	2.00
57834976--57835156	40	4.6	40	91	2	287	23	23	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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