genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  255  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79045078--79045199	26	4.8	26	91	2	178	27	23	22	27	1.99
79045458--79045536	31	2.5	31	95	0	140	29	17	26	26	1.98
79049057--79049233	48	3.7	47	75	10	171	28	20	28	23	1.99
79049054--79049228	96	1.8	96	86	2	253	28	20	28	23	1.99
79052527--79052817	51	5.8	49	82	4	325	25	19	25	29	1.98
79052535--79052855	150	2.1	151	82	5	355	26	18	25	29	1.98
79056174--79056542	56	6.6	56	86	2	499	27	15	23	32	1.96
79056174--79056544	168	2.2	168	92	0	607	27	16	23	32	1.96
79059780--79059905	59	2.2	59	98	1	245	30	3	23	42	1.69
79059783--79059875	29	3.2	29	66	19	84	32	2	23	41	1.66
79061489--79061513	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
79065008--79065044	18	2.1	19	90	10	60	29	8	27	35	1.85
79071519--79071593	37	2.0	37	100	0	150	30	13	21	34	1.92
79072541--79072577	18	2.1	19	90	10	60	29	8	27	35	1.85
79078165--79078307	40	3.5	40	82	1	160	24	16	25	33	1.95
79078166--79078270	41	2.6	40	86	1	138	23	18	25	32	1.97
79079358--79079405	12	4.1	12	81	2	53	27	37	25	10	1.88
79079354--79079404	24	2.1	25	85	3	68	27	39	23	9	1.86
79082389--79082552	40	4.1	40	81	1	150	24	26	22	26	2.00
79085404--79085534	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
79093462--79093524	29	2.2	29	97	0	117	30	15	28	25	1.96
79101520--79101611	22	4.0	23	74	25	95	29	13	29	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79101566--79101687	29	4.2	29	76	6	104	24	17	32	25	1.96
79113496--79113646	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
79113532--79113662	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
79115405--79115490	42	2.0	42	100	0	172	30	6	26	36	1.83
79128399--79128649	27	9.3	27	85	6	312	28	23	8	39	1.84
79128410--79128737	27	12.2	27	81	1	93	31	23	8	36	1.85
79128399--79128648	54	4.6	54	91	0	401	28	23	8	39	1.84
79128399--79128649	81	3.1	81	85	4	371	28	23	8	39	1.84
79128642--79128794	27	5.7	26	80	4	180	39	20	7	32	1.81
79128642--79128794	80	1.9	80	87	0	225	39	20	7	32	1.81
79128642--79128791	53	2.8	54	92	2	248	40	20	7	31	1.80
79132254--79132504	27	9.3	27	85	6	312	28	23	8	39	1.84
79132265--79132593	27	12.2	27	81	1	102	31	23	8	36	1.85
79132254--79132503	54	4.6	54	91	0	401	28	23	8	39	1.84
79132254--79132504	81	3.1	81	85	4	371	28	23	8	39	1.84
79132497--79132650	27	5.7	27	83	0	209	39	20	7	31	1.81
79132490--79132650	81	2.0	81	87	0	232	39	20	8	32	1.82
79132497--79132647	54	2.8	54	92	0	248	40	21	7	31	1.80
79135195--79135263	22	3.1	22	71	8	59	10	15	23	50	1.74
79135510--79135549	20	1.9	22	85	10	57	17	12	17	52	1.74
79137220--79137263	18	2.4	18	96	3	79	43	11	0	45	1.40
79142517--79142580	21	3.0	21	81	0	56	25	6	20	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79146679--79146742	17	3.7	17	69	17	51	56	4	4	34	1.41
79147095--79147127	11	2.8	12	86	9	50	36	0	0	63	0.95
79147129--79147168	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
79147252--79147310	30	2.0	30	96	0	109	59	8	3	28	1.43
79148109--79148164	14	3.6	16	79	18	64	48	0	0	51	1.00
79149363--79149436	22	3.3	22	67	14	69	36	22	18	21	1.95
79149355--79149421	22	3.0	21	68	10	53	34	22	22	20	1.97
79149355--79149449	46	2.1	46	100	0	190	33	22	23	21	1.97
79150054--79150083	15	1.9	16	93	6	53	46	13	6	33	1.69
79150130--79150168	18	2.2	18	86	9	53	35	12	12	38	1.82
79157231--79157356	40	3.2	40	88	3	184	23	21	26	29	1.99
79159789--79159915	46	2.8	46	82	0	155	32	25	15	25	1.96
79159732--79159915	92	2.0	92	83	2	235	32	24	16	27	1.96
79165351--79165566	39	5.5	39	85	3	274	31	19	21	26	1.98
79167708--79167843	48	2.8	48	80	0	155	27	14	26	30	1.95
79174356--79174422	29	2.3	29	87	2	91	29	13	28	28	1.94
79174376--79174440	28	2.3	29	89	2	96	26	13	32	27	1.94
79175781--79175961	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
79175783--79175953	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
79178909--79178977	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
79178900--79178987	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
79182998--79183164	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79190455--79190615	42	3.8	42	83	7	211	31	14	24	30	1.94
79190462--79190634	85	2.1	83	84	6	224	28	13	26	31	1.94
79199394--79199555	42	3.9	41	77	3	162	31	16	23	28	1.96
79201287--79201472	40	4.6	41	75	10	141	30	25	17	27	1.97
79204911--79204991	42	1.9	43	85	7	112	30	29	18	20	1.97
79207408--79207514	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
79215330--79215435	29	3.7	29	78	7	99	23	31	16	29	1.96
79215343--79215435	29	3.2	28	84	3	114	23	27	16	32	1.96
79223550--79223711	43	3.8	43	77	8	143	31	22	19	26	1.98
79227335--79227538	53	3.8	53	75	8	160	38	16	23	21	1.93
79231344--79231534	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
79231384--79231534	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
79239933--79240123	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
79239973--79240123	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
79243155--79243227	37	2.0	37	91	0	119	54	13	13	17	1.70
79243181--79243346	6	26.8	6	71	19	110	50	15	16	18	1.79
79243195--79243283	25	3.6	25	89	0	133	49	14	16	19	1.80
79243150--79243323	31	5.6	31	74	19	98	50	14	16	19	1.79
79243158--79243346	87	2.2	87	88	1	281	49	14	16	19	1.79
79243286--79243346	25	2.4	25	88	0	95	49	13	18	19	1.79
79243248--79243318	19	3.8	19	83	10	101	46	15	19	18	1.84
79243862--79243924	27	2.4	26	78	5	72	28	20	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79298705--79298879	80	2.2	81	81	5	203	25	22	25	26	2.00
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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