genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  169  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51778262--51778492	115	2.0	115	97	0	435	33	18	22	26	1.96
51784015--51784224	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
51792150--51792359	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
51810534--51810767	40	5.9	40	92	0	380	22	26	23	27	1.99
51816910--51816938	9	3.2	9	100	0	58	58	0	10	31	1.31
51817993--51818022	12	2.5	12	94	0	51	40	33	6	20	1.78
51821305--51821433	40	3.3	39	81	5	145	24	28	24	23	1.99
51835591--51835691	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
51842315--51842415	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
51844868--51844919	26	2.0	26	92	3	86	34	15	17	32	1.91
51851661--51851767	43	2.5	42	87	6	144	33	26	15	24	1.95
51856253--51856292	4	10.0	4	89	10	64	50	0	0	50	1.00
51856257--51856302	20	2.3	20	92	7	76	50	2	0	47	1.13
51864287--51864340	9	6.1	9	76	23	53	29	3	0	66	1.09
51864287--51864350	28	2.3	28	86	10	87	29	3	0	67	1.06
51864471--51864532	29	2.2	29	83	13	78	64	4	3	27	1.29
51870810--51870836	10	2.7	10	100	0	54	40	7	7	44	1.60
51877605--51877671	28	2.4	28	80	7	75	19	31	23	25	1.98
51882471--51882521	18	3.2	18	65	35	53	27	7	15	49	1.72
51884135--51884512	50	7.5	50	76	5	298	25	16	25	31	1.97
51884188--51884462	101	2.8	99	83	4	331	27	17	24	30	1.97
51884139--51884419	151	1.8	152	87	3	422	26	17	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51890916--51891000	26	3.3	26	64	18	68	24	11	27	36	1.90
51890913--51891297	50	7.6	50	78	4	380	26	18	25	29	1.98
51890959--51891297	101	3.4	100	83	3	288	26	18	25	28	1.98
51890917--51891295	151	2.5	151	90	1	571	26	17	25	30	1.98
51891115--51891299	101	1.8	101	94	1	327	24	20	26	28	1.99
51890918--51891341	151	2.8	151	86	2	474	25	17	26	29	1.98
51904586--51904835	49	5.3	48	72	15	150	31	16	22	29	1.96
51904626--51905008	44	8.7	44	73	10	291	31	18	20	29	1.96
51904628--51905007	93	4.3	93	72	14	264	31	18	20	29	1.96
51907896--51907920	11	2.3	11	100	0	50	28	8	8	56	1.57
51910188--51910252	23	2.7	23	95	4	112	35	4	15	44	1.67
51915653--51915791	40	3.5	40	87	1	197	27	26	20	25	1.99
51923737--51923918	40	4.5	40	83	3	172	28	26	20	24	1.99
51926214--51926433	27	8.1	27	86	4	282	41	22	16	19	1.90
51926214--51926433	81	2.7	81	88	0	314	41	22	16	19	1.90
51926425--51926612	27	7.0	27	77	4	184	21	14	22	40	1.90
51926436--51926553	52	2.2	52	83	3	137	21	16	19	43	1.88
51926437--51926612	79	2.2	80	81	6	196	21	15	21	41	1.90
51926936--51927008	18	4.1	18	80	0	83	21	20	16	41	1.90
51933229--51933283	29	1.9	28	82	10	67	36	41	5	16	1.71
51935950--51936059	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
51939553--51939683	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51947361--51947491	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
51951529--51951700	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
51951521--51951696	46	3.8	46	81	12	225	29	28	20	21	1.98
51957858--51957967	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
51961483--51961519	14	2.6	14	100	0	74	48	5	24	21	1.71
51969223--51969342	43	2.8	42	79	8	127	25	18	26	30	1.98
51975700--51975747	20	2.4	20	96	0	87	39	12	4	43	1.62
51977088--51977133	23	2.0	23	100	0	92	39	26	8	26	1.85
51977423--51977488	34	1.9	34	100	0	132	33	25	12	28	1.92
51982975--51983159	40	4.7	39	83	4	219	23	24	28	23	2.00
51982972--51983182	79	2.7	80	80	5	268	24	23	27	24	2.00
51991591--51991765	46	3.8	46	78	14	207	20	20	29	29	1.98
51991588--51991758	92	1.8	93	94	1	308	21	21	29	28	1.98
51993240--51993264	12	2.1	12	100	0	50	28	0	16	56	1.41
52001342--52001430	37	2.4	37	84	0	115	31	16	22	29	1.96
52001602--52001645	13	3.4	13	93	0	70	40	0	22	36	1.54
52004573--52004627	22	2.5	22	93	0	92	41	14	21	21	1.89
52004672--52004829	71	2.2	71	86	2	210	27	17	22	32	1.96
52006879--52006948	29	2.3	30	82	9	79	15	10	21	52	1.71
52007144--52007173	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
52008556--52008589	16	2.1	16	88	0	50	41	0	26	32	1.56
52008853--52008933	29	2.9	29	73	12	71	44	0	1	54	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52013058--52013096	20	2.0	20	85	10	53	74	7	5	12	1.20
52019829--52019986	24	6.6	24	66	7	88	25	13	27	32	1.94
52028308--52028410	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
52028521--52028616	48	2.0	48	100	0	192	20	16	31	31	1.95
52040641--52040700	29	2.1	29	84	3	77	41	0	26	31	1.56
52041177--52041340	43	3.8	43	80	11	169	27	14	25	33	1.94
52069906--52070007	29	3.5	28	74	10	80	29	30	16	23	1.96
52074493--52074614	50	2.5	48	81	9	147	27	29	17	26	1.97
52074493--52074701	46	4.4	44	77	15	154	26	29	17	26	1.98
52074478--52074729	46	5.3	48	75	12	150	26	28	17	26	1.98
52076160--52076322	29	5.6	29	85	1	175	27	25	16	30	1.97
52076163--52076322	58	2.8	58	85	1	205	28	25	16	30	1.97
52076161--52076322	87	1.9	87	81	2	200	27	25	16	30	1.97
52078666--52078692	13	2.1	13	100	0	54	62	14	7	14	1.51
52080602--52080681	23	3.5	22	85	8	99	27	21	17	33	1.96
52080836--52080893	20	3.0	20	87	7	84	37	3	22	36	1.71
52080919--52080960	20	2.1	20	86	0	57	38	2	16	42	1.61
52089717--52089764	25	1.9	25	91	0	78	37	35	2	25	1.68
52093063--52093138	37	2.0	38	92	2	127	32	14	11	40	1.82
52094149--52094221	3	24.3	3	100	0	146	67	0	0	32	0.91
52094758--52094818	30	2.1	30	93	3	106	39	11	13	36	1.80
52097987--52098030	21	2.2	20	91	4	70	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52097987--52098030	10	4.3	10	88	5	70	72	0	0	27	0.85
52101170--52101408	96	2.5	96	92	0	388	28	23	19	28	1.98
52102752--52102906	9	17.0	9	68	16	61	63	2	1	32	1.19
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52102852--52102910	28	2.2	26	82	14	66	59	1	3	35	1.24
52102861--52102924	28	2.2	28	81	10	67	59	4	4	31	1.38
52103081--52103152	20	3.6	21	72	10	62	26	9	2	61	1.41
52103150--52103206	18	3.2	17	82	9	60	28	5	1	64	1.25
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52103079--52103237	19	8.2	20	71	12	75	26	8	1	63	1.33
52103214--52103278	19	3.4	19	72	14	62	29	6	1	63	1.28
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52120305--52120382	25	3.2	25	68	26	76	30	14	26	28	1.95
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52127389--52127446	30	1.9	31	85	3	82	36	6	25	31	1.83
52128152--52128273	47	2.6	47	92	2	192	33	13	26	26	1.94
52128246--52128447	54	3.7	54	80	4	237	36	15	24	23	1.93
52128265--52128447	55	3.4	53	79	6	170	36	16	24	22	1.94
52135166--52135484	48	6.6	48	84	1	388	30	15	27	26	1.96
52135166--52135537	144	2.6	142	79	5	399	30	16	26	25	1.97
52135166--52135537	96	3.9	95	79	6	367	30	16	26	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52136722--52136760	21	1.9	21	94	5	71	10	33	30	25	1.89
52137635--52137733	40	2.6	38	76	12	101	38	35	10	16	1.82
52141311--52141380	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
52141311--52141392	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
52149230--52149299	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
52149230--52149311	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
52154414--52154456	16	2.7	15	82	13	50	51	13	23	11	1.74
52154667--52154757	29	3.2	29	85	1	112	26	14	29	29	1.95
52158770--52158864	40	2.4	39	75	11	104	36	35	11	15	1.84
52159042--52159115	4	18.5	4	100	0	148	50	24	0	25	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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