genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.343.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  343  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107150276--107150308	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
107153040--107153247	40	5.2	39	84	1	218	25	26	22	26	2.00
107153040--107153245	80	2.6	81	85	3	256	24	26	22	26	2.00
107155129--107155184	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
107162159--107162264	51	2.1	51	96	3	196	31	6	26	35	1.82
107162159--107162264	25	4.2	26	96	3	198	31	6	26	35	1.82
107165392--107165420	14	2.0	15	93	6	51	48	6	31	13	1.69
107165714--107166167	72	6.2	71	82	7	462	32	19	16	30	1.95
107165412--107166700	150	8.5	146	79	10	1296	33	19	16	30	1.94
107166243--107166700	72	6.2	71	83	7	499	34	17	16	32	1.92
107165415--107166620	460	2.6	456	94	1	2053	32	19	16	30	1.94
107166187--107166663	223	2.1	223	88	2	697	32	19	16	31	1.94
107170012--107170153	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
107170051--107170179	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
107178049--107178190	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
107178088--107178216	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
107189929--107189970	19	2.4	19	80	11	54	59	2	0	38	1.10
107190257--107190648	3	128.7	3	72	16	276	59	2	4	33	1.29
107190353--107190383	16	1.9	16	93	0	53	61	6	6	25	1.45
107190582--107190707	18	7.1	16	79	17	60	65	2	0	30	1.10
107195495--107195625	25	5.2	25	80	7	124	19	25	19	35	1.96
107195502--107195644	50	2.9	50	78	4	137	21	25	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107197512--107197561	22	2.3	23	79	10	59	48	4	6	42	1.46
107199906--107200091	27	6.9	27	93	0	300	41	19	7	31	1.80
107199911--107200145	81	2.9	81	87	2	276	40	21	8	29	1.82
107200075--107200149	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
107199962--107200272	54	5.8	54	82	5	150	34	21	9	34	1.86
107200141--107200486	27	12.8	27	87	2	419	28	22	8	40	1.83
107200168--107200530	81	4.5	81	81	4	203	29	22	8	39	1.84
107201723--107201770	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
107201814--107201872	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
107201923--107202075	24	6.4	24	93	2	245	29	21	22	26	1.99
107202281--107202381	31	2.8	38	74	21	117	40	14	21	22	1.90
107202277--107202358	31	2.6	31	96	0	146	42	13	19	24	1.87
107203291--107203349	31	1.9	31	100	0	118	38	16	11	32	1.86
107203351--107203389	14	2.8	14	100	0	78	30	25	7	35	1.84
107208347--107208388	20	2.0	22	90	9	70	30	7	14	47	1.71
107209062--107209123	31	2.0	31	100	0	124	29	9	22	38	1.86
107216518--107216553	18	2.0	18	94	0	63	33	8	16	41	1.78
107226610--107226734	29	4.3	29	86	1	171	32	29	13	24	1.94
107231013--107231108	29	3.3	29	83	1	113	30	31	14	23	1.95
107232706--107232740	17	2.1	17	88	0	52	25	20	2	51	1.61
107235201--107235227	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
107236255--107236288	10	3.5	10	88	4	52	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107236253--107236297	14	3.4	14	81	9	58	71	0	0	28	0.87
107240384--107240414	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
107248525--107248551	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
107255048--107255088	18	2.2	19	91	4	66	4	31	2	60	1.30
107257724--107257908	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
107257705--107257908	40	5.1	39	76	8	169	24	27	24	24	2.00
107259874--107259932	25	2.4	25	86	11	77	35	6	1	55	1.36
107263210--107263250	18	2.2	19	91	4	66	4	29	0	65	1.13
107267256--107267304	20	2.3	23	79	10	59	32	10	8	48	1.66
107269082--107269336	55	4.8	53	78	11	247	37	17	24	20	1.94
107269089--107269289	108	1.8	110	84	4	273	35	17	25	21	1.95
107269518--107269548	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
107276696--107276775	26	3.0	26	80	3	88	30	5	7	57	1.48
107279526--107279780	55	4.8	53	77	10	238	36	17	25	21	1.95
107279533--107279733	108	1.8	110	87	4	300	34	17	25	22	1.96
107284737--107284763	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
107284749--107284818	33	2.2	30	82	9	86	52	2	5	38	1.40
107285031--107285084	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
107285186--107285234	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
107286238--107286306	35	2.0	35	91	0	111	23	10	47	18	1.79
107286897--107287814	73	12.5	74	89	4	1279	31	20	15	32	1.94
107286897--107287824	145	6.3	146	88	4	1296	32	19	15	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107300216--107300285	33	2.2	30	80	14	79	52	2	5	38	1.40
107300501--107300551	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
107300657--107300893	3	76.3	3	77	12	162	61	5	2	30	1.32
107301378--107301413	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
107301499--107301526	11	2.5	11	100	0	56	14	0	7	78	0.95
107301765--107301930	82	2.0	83	95	2	298	31	19	7	41	1.79
107303961--107303999	3	12.7	3	94	5	69	66	0	2	30	1.05
107304120--107304158	13	2.9	14	88	11	64	41	0	0	58	0.98
107306442--107306559	50	2.3	52	89	2	177	33	16	12	37	1.86
107307051--107307091	20	2.0	20	100	0	82	9	36	29	24	1.87
107312599--107312869	46	5.9	46	83	5	334	22	19	28	29	1.98
107337929--107337958	16	1.9	16	93	6	53	63	3	13	20	1.43
107340824--107340942	50	2.3	52	86	2	170	31	15	14	37	1.88
107341899--107341933	18	1.9	18	94	0	61	48	17	17	17	1.81
107342300--107342361	27	2.3	27	94	0	106	33	19	14	32	1.92
107347985--107348025	13	3.2	13	83	10	57	31	0	0	68	0.90
107355629--107355672	21	2.1	21	91	8	72	40	13	13	31	1.84
107360502--107360536	16	2.1	17	89	5	54	2	14	0	82	0.77
107363006--107363031	13	2.0	13	100	0	52	7	30	0	61	1.24
107367201--107367322	43	2.9	41	80	7	136	29	24	13	31	1.94
107370738--107370996	40	6.4	40	89	0	329	26	22	26	24	2.00
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107378847--107379025	40	4.4	40	82	3	198	26	22	25	25	2.00
107378847--107379025	80	2.2	81	85	3	236	26	22	25	25	2.00
107378881--107379051	80	2.1	80	82	2	200	28	23	24	23	2.00
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107401792--107401886	25	3.8	25	86	5	129	26	20	25	28	1.99
107402092--107402334	27	9.1	27	84	1	292	24	20	19	35	1.95
107402092--107402334	107	2.3	107	85	0	306	24	20	19	35	1.95
107402320--107402486	27	6.3	27	81	4	160	31	8	21	38	1.83
107402320--107402472	81	1.9	79	83	2	198	30	8	20	40	1.82
107402465--107402618	27	5.7	27	87	0	218	40	5	21	32	1.77
107402474--107402618	54	2.7	54	92	0	245	41	6	21	31	1.78
107402465--107402648	81	2.3	81	81	3	201	38	5	22	33	1.79
107405049--107405100	25	2.1	25	85	3	70	28	21	17	32	1.96
107405063--107405125	25	2.5	25	92	5	101	26	23	23	25	2.00
107405332--107405544	27	7.9	27	86	1	266	24	21	17	36	1.94
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107405534--107405635	27	3.8	27	83	5	118	32	8	19	39	1.83
107405348--107405577	107	2.1	107	86	4	322	26	18	18	37	1.93
107405548--107405687	54	2.6	54	81	4	149	31	7	17	42	1.78
107405679--107405833	54	2.9	54	84	0	193	41	9	20	29	1.83
107405689--107405833	27	5.4	27	83	3	166	42	9	20	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107405681--107405836	81	1.9	81	88	0	231	41	8	19	29	1.82
107407743--107407776	14	2.3	15	90	5	52	70	0	2	26	1.01
107410265--107410432	40	4.2	40	87	2	223	23	21	28	26	1.99
107413813--107413851	20	2.0	20	85	5	53	51	0	25	23	1.49
107414248--107414309	24	2.6	24	97	0	115	40	22	11	25	1.87
107414266--107414302	19	2.0	18	89	5	56	40	24	10	24	1.87
107417190--107417549	47	7.7	45	73	11	235	28	20	27	23	1.99
107417193--107417550	94	3.8	93	81	10	417	29	19	27	23	1.98
107417190--107417549	141	2.6	140	77	9	358	28	20	27	23	1.99
107418500--107418543	19	2.3	19	100	0	88	13	36	36	13	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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