genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.371.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  371  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115479683--115479718	19	1.9	19	94	5	65	38	13	19	27	1.90
115479944--115480129	72	2.6	71	92	0	300	47	16	12	23	1.81
115483121--115483153	16	2.0	17	88	5	50	42	12	6	39	1.67
115484849--115484878	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
115484878--115484904	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
115490893--115491100	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
115490893--115491098	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
115498873--115499080	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
115498873--115499078	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
115502187--115502239	13	4.1	13	85	0	79	35	28	7	28	1.84
115502621--115502667	25	1.9	24	87	12	69	29	0	2	68	1.02
115502647--115502698	15	3.3	15	75	8	50	38	1	0	59	1.08
115502662--115502708	25	1.9	25	86	4	69	46	4	0	48	1.21
115508565--115508618	22	2.5	22	81	3	65	14	29	35	20	1.93
115522057--115522089	14	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
115529051--115529088	2	19.0	2	88	0	58	50	2	2	44	1.30
115529728--115529801	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
115541687--115541719	14	2.3	15	89	5	50	54	6	15	24	1.63
115547522--115547595	27	2.7	28	78	15	84	17	24	20	37	1.93
115550672--115550703	16	2.0	16	93	0	55	31	3	0	65	1.08
115559702--115559748	14	3.1	14	78	21	51	21	2	0	76	0.89
115559695--115559743	4	12.5	4	76	20	50	20	2	2	75	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115559695--115559744	17	2.8	18	90	3	75	20	2	2	76	0.99
115564605--115564766	38	4.3	38	91	0	243	22	22	25	29	1.99
115564759--115564883	43	2.9	43	91	0	205	12	24	34	28	1.91
115565202--115565328	45	2.9	45	78	10	113	25	19	28	25	1.99
115566444--115566513	27	2.6	27	82	6	81	17	21	20	41	1.90
115566623--115566705	44	1.9	42	85	4	112	20	28	13	37	1.90
115572013--115572112	50	2.0	50	88	3	148	35	21	11	33	1.88
115576607--115576642	17	2.1	17	90	10	56	61	5	11	22	1.50
115583415--115583467	12	4.4	12	82	0	52	22	43	0	33	1.54
115583416--115583467	24	2.2	24	82	6	61	23	44	0	32	1.54
115584793--115584835	23	1.9	22	86	13	61	44	16	16	23	1.86
115584900--115584973	27	2.7	27	80	0	94	20	14	18	45	1.85
115584926--115585060	27	5.0	26	81	8	85	35	15	12	36	1.86
115584963--115585117	27	5.7	27	89	0	220	37	17	13	31	1.89
115603581--115603619	20	2.1	17	86	13	51	71	2	2	23	1.10
115608110--115608150	5	8.4	5	89	5	66	17	0	2	80	0.82
115608197--115608232	16	2.2	17	90	5	56	61	8	22	8	1.51
115611732--115611982	50	5.0	50	78	5	236	26	18	24	31	1.98
115611792--115611975	101	1.8	101	91	0	305	26	20	23	29	1.99
115611813--115612019	101	2.0	101	80	1	227	27	19	24	28	1.98
115629551--115629900	172	2.0	173	94	1	614	19	15	20	45	1.86
115632615--115632657	11	3.8	11	81	6	59	67	0	2	30	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115632610--115632656	23	2.0	23	100	0	94	63	0	4	31	1.13
115636042--115636095	27	2.0	27	100	0	108	29	11	14	44	1.80
115637222--115637301	27	3.0	27	98	0	151	47	17	5	30	1.69
115638548--115638592	23	2.0	23	95	0	81	20	0	31	48	1.49
115638573--115638609	15	2.4	15	90	4	56	24	0	24	51	1.49
115639283--115639538	126	2.0	127	93	0	442	34	19	19	26	1.96
115643030--115643072	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
115644652--115644784	48	2.8	46	83	8	153	52	5	9	33	1.55
115645891--115646110	70	3.1	70	81	5	246	50	11	2	35	1.53
115646995--115647053	21	2.7	22	82	12	61	54	3	6	35	1.44
115649610--115649651	19	2.3	18	84	12	50	47	4	4	42	1.45
115650726--115650794	21	3.3	21	87	2	95	56	8	23	11	1.62
115653433--115653462	16	1.9	16	93	6	53	56	0	6	36	1.26
115667128--115667265	40	3.5	40	82	4	156	26	20	28	25	1.99
115680330--115680549	46	4.7	46	76	9	198	28	20	29	22	1.98
115681608--115681647	21	2.0	20	90	5	62	12	35	27	25	1.92
115685711--115685743	17	1.9	17	88	11	50	21	6	12	60	1.53
115695784--115695881	48	2.0	48	90	0	151	37	12	5	44	1.64
115698434--115698572	39	3.6	39	80	5	165	44	21	5	28	1.75
115701928--115702035	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
115703474--115703537	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
115703642--115703781	27	5.2	27	83	7	171	17	22	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115703642--115703781	54	2.6	53	88	3	201	17	22	23	35	1.95
115703642--115703799	27	5.9	26	81	8	131	18	23	22	35	1.96
115706188--115706234	24	1.9	25	87	12	71	34	6	0	59	1.23
115706358--115706491	12	11.2	12	69	24	63	34	3	0	61	1.19
115706379--115706427	22	2.4	21	83	16	59	32	6	0	61	1.21
115706419--115706496	17	4.6	17	74	17	56	34	1	1	62	1.11
115718061--115718851	206	3.8	206	88	1	1133	31	17	21	29	1.96
115720592--115720696	24	4.4	24	71	17	67	34	2	0	61	1.17
115721023--115721088	15	4.2	16	72	20	50	37	3	0	59	1.13
115725587--115725663	21	3.7	21	78	0	82	36	16	6	40	1.75
115734682--115734744	28	2.2	28	97	0	117	28	0	17	53	1.44
115742977--115743025	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
115743848--115744014	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
115746610--115746706	49	2.0	49	87	4	142	21	18	30	28	1.97
115750560--115750613	22	2.3	23	87	6	74	40	16	20	22	1.91
115756227--115756289	28	2.1	30	82	8	76	57	9	11	22	1.62
115759139--115759273	26	5.2	26	97	0	227	36	24	5	34	1.78
115763339--115763500	26	6.2	26	97	0	279	37	24	4	33	1.77
115764523--115764727	39	5.3	38	88	4	261	27	12	24	34	1.92
115764523--115764727	78	2.6	78	86	2	288	27	12	24	34	1.92
115767774--115767860	43	2.0	43	88	0	129	31	32	9	27	1.88
115771753--115771783	15	2.1	15	93	0	53	51	6	3	38	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115774113--115774156	18	2.4	19	84	3	54	45	2	6	45	1.42
115775594--115775642	10	4.9	10	85	9	73	20	8	2	69	1.24
115777100--115777248	43	3.5	43	78	5	142	30	22	16	30	1.96
115778842--115778882	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
115780358--115780439	41	2.0	41	95	0	146	37	10	17	34	1.85
115785050--115785154	27	3.9	27	85	9	126	19	23	21	35	1.96
115792938--115792997	27	2.2	27	88	5	86	20	23	23	33	1.97
115795419--115795566	57	2.6	57	80	5	181	31	17	21	29	1.96
115797462--115797826	184	2.0	184	84	4	486	31	12	16	38	1.87
115804540--115804577	20	1.9	20	84	10	51	47	10	5	36	1.61
115818987--115819068	27	3.0	27	78	8	85	34	19	24	21	1.97
115819014--115819153	67	2.1	67	82	2	163	30	21	27	20	1.98
115821626--115822074	27	16.6	27	84	0	540	40	21	8	29	1.81
115821626--115822047	54	7.8	54	89	1	621	41	21	7	29	1.81
115821626--115822129	27	18.6	28	80	6	497	40	21	8	29	1.83
115822058--115822183	27	4.7	26	71	5	63	34	23	11	30	1.89
115822173--115822493	27	11.9	26	87	3	349	36	17	22	24	1.95
115822173--115822493	81	4.0	81	88	2	432	36	17	22	24	1.95
115822912--115823110	6	32.3	6	71	16	140	19	18	13	49	1.79
115822915--115823084	25	6.8	25	76	12	122	19	18	13	48	1.81
115822949--115823078	19	6.6	19	73	19	106	20	18	12	49	1.79
115822940--115823021	37	2.2	37	88	0	128	19	19	13	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115822912--115823084	62	2.8	62	90	0	274	19	18	13	48	1.80
115823008--115823089	37	2.2	37	88	0	128	19	18	12	50	1.78
115829489--115829528	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
115829561--115829612	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
115847755--115847801	23	2.0	23	91	0	76	25	36	8	29	1.86
115850875--115851077	54	3.8	53	74	7	158	37	18	23	20	1.94
115859042--115859128	28	3.1	28	96	0	165	25	8	35	31	1.85
115864603--115864660	30	1.9	30	89	0	89	58	6	5	29	1.46
115875115--115875153	14	2.9	13	85	7	51	79	0	5	15	0.90
115875270--115875324	13	4.5	13	82	13	80	49	12	0	38	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438