genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  129  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38301800--38301883	25	3.4	25	75	9	75	27	22	19	30	1.98
38310809--38310938	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
38310825--38310976	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
38310825--38310976	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
38314909--38315089	24	7.6	23	90	4	218	35	24	16	23	1.95
38314931--38315089	48	3.3	48	98	0	300	37	25	16	21	1.93
38314931--38315089	72	2.2	72	97	0	300	37	25	16	21	1.93
38319094--38319146	20	2.7	20	90	0	88	18	32	33	15	1.92
38329351--38329400	16	3.1	16	82	0	55	48	30	4	18	1.66
38329354--38329401	24	2.0	24	91	0	78	47	27	4	20	1.68
38330653--38330687	16	2.2	16	89	0	52	48	17	22	11	1.79
38330913--38330986	29	2.6	29	84	0	76	25	21	27	25	2.00
38330935--38331012	29	2.7	29	84	5	97	24	15	29	30	1.95
38335836--38335903	23	2.8	24	78	10	68	32	16	26	25	1.96
38346336--38346448	29	3.9	29	80	1	129	30	29	15	24	1.95
38349266--38349660	49	7.9	49	91	6	623	33	8	28	30	1.86
38349264--38349660	157	2.6	148	88	8	615	33	8	27	30	1.86
38349264--38349665	206	2.0	205	94	1	709	33	7	27	31	1.86
38349747--38349837	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
38352944--38353041	40	2.5	40	79	0	106	29	23	26	20	1.99
38352984--38353093	40	2.7	39	84	5	130	27	22	27	22	1.99
38353020--38353106	40	2.2	40	85	0	120	28	22	25	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38354966--38355117	40	3.8	40	94	0	259	25	19	28	26	1.99
38358874--38359026	49	3.1	49	96	0	279	33	7	28	30	1.85
38358990--38359061	35	2.1	35	94	0	126	34	5	29	30	1.80
38359025--38359146	47	2.6	47	97	2	226	32	8	29	29	1.86
38358941--38359109	84	2.0	84	95	0	302	33	7	29	30	1.84
38359233--38359323	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
38362692--38362918	48	4.8	48	73	10	209	27	23	21	27	1.99
38365045--38365147	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
38373023--38373125	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
38375717--38375828	57	1.9	57	92	1	188	28	21	20	29	1.98
38382609--38382690	26	3.0	28	67	22	84	25	9	15	48	1.76
38382604--38382712	53	2.1	53	96	0	200	25	9	15	49	1.74
38392461--38392660	54	3.7	54	84	4	242	35	16	25	23	1.95
38394254--38394302	25	2.0	25	95	0	89	34	8	20	36	1.82
38396433--38396541	42	2.6	43	82	5	132	26	14	23	34	1.94
38396392--38396554	43	3.8	43	78	8	161	25	15	25	33	1.96
38403180--38403333	42	3.7	41	80	5	164	29	14	24	31	1.94
38405146--38405281	26	5.2	26	93	0	227	33	5	25	36	1.80
38411343--38411451	42	2.6	41	80	9	114	25	24	18	31	1.98
38416813--38416921	53	2.1	53	100	0	218	42	20	13	23	1.88
38419232--38419294	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
38425665--38425727	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38433394--38433549	24	6.6	23	89	6	204	35	23	17	23	1.95
38433394--38433549	48	3.3	48	94	2	262	35	23	17	23	1.95
38433416--38433551	47	2.9	47	98	1	263	36	24	16	22	1.94
38433416--38433549	71	1.9	72	96	1	252	36	24	17	21	1.94
38435222--38435416	46	4.2	45	74	13	157	27	29	17	26	1.97
38435251--38435461	94	2.3	93	83	6	261	25	28	18	27	1.98
38457617--38457863	28	8.8	28	89	0	377	24	14	31	28	1.95
38458193--38458548	27	13.2	27	83	3	396	40	19	7	33	1.79
38458539--38458626	26	3.3	27	87	6	117	36	15	17	30	1.91
38463798--38463997	40	5.0	39	85	3	188	27	27	21	25	1.99
38463798--38463997	80	2.5	78	83	6	238	27	27	21	25	1.99
38469045--38469098	23	2.3	23	76	17	58	33	7	0	59	1.25
38470920--38471011	27	3.4	26	83	5	112	29	25	5	40	1.78
38471015--38471191	80	2.2	80	80	10	193	41	21	9	27	1.84
38471010--38471206	27	7.3	27	79	8	181	40	20	10	28	1.85
38471043--38471248	27	7.6	28	76	11	94	41	20	8	29	1.82
38471204--38471255	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
38471043--38471249	110	1.9	107	82	6	256	41	20	8	29	1.82
38472180--38472269	25	3.6	25	88	4	119	26	25	25	22	2.00
38474834--38474925	27	3.4	27	80	5	114	27	23	8	40	1.84
38474957--38475086	27	4.9	27	80	5	147	38	22	9	30	1.85
38476093--38476214	25	4.9	24	80	10	113	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38476093--38476187	25	3.8	25	84	6	122	27	23	23	26	2.00
38476407--38476481	31	2.4	31	93	0	132	28	16	25	30	1.96
38477823--38477923	45	2.3	45	81	5	107	43	13	21	20	1.87
38478057--38478173	27	4.3	27	77	18	127	41	18	20	19	1.91
38478046--38478173	54	2.4	53	77	15	152	40	20	20	18	1.91
38480766--38480937	27	6.4	27	87	0	227	35	18	21	25	1.95
38480922--38480996	34	2.2	34	97	0	141	25	13	21	40	1.89
38481330--38481394	33	1.9	34	87	3	96	26	23	27	23	2.00
38485876--38486020	72	2.0	72	93	0	245	22	25	28	23	1.99
38492671--38492734	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
38492931--38493097	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
38492930--38493097	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
38493147--38493207	20	3.0	20	90	0	104	34	21	9	34	1.86
38493250--38493297	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
38494539--38494733	27	7.2	27	83	4	259	38	8	23	29	1.83
38494539--38494776	27	8.8	27	78	6	128	38	8	22	30	1.84
38494727--38494789	27	2.3	27	94	0	117	30	6	20	42	1.77
38500557--38500848	145	2.0	145	91	1	478	47	13	11	27	1.77
38503155--38503217	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
38507442--38507629	40	4.7	40	87	1	252	22	21	29	26	1.99
38507438--38507649	80	2.7	80	85	3	293	23	21	28	27	1.99
38515449--38515519	25	2.8	26	81	10	76	32	21	25	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38516332--38516372	20	2.0	21	85	4	57	19	12	4	63	1.46
38517741--38517781	21	2.0	20	86	9	57	24	2	26	46	1.65
38519363--38519474	43	2.6	42	83	2	143	32	16	22	28	1.96
38526199--38526309	46	2.4	46	92	0	177	30	18	24	27	1.97
38542050--38542201	39	3.9	39	92	0	250	23	22	32	21	1.98
38544311--38544358	10	4.8	10	86	0	60	22	8	4	64	1.38
38544632--38544702	35	2.0	35	91	0	115	22	18	14	45	1.85
38549999--38550046	5	9.8	5	82	13	64	20	0	0	79	0.74
38550129--38550288	75	2.1	75	84	0	212	28	32	11	27	1.92
38552851--38552880	4	7.5	4	100	0	60	53	0	0	46	1.00
38553516--38553563	10	4.8	10	87	10	62	22	8	2	66	1.29
38554288--38554359	38	1.9	37	91	2	117	26	12	4	56	1.54
38559744--38560066	47	6.8	47	73	14	215	26	30	17	25	1.98
38559751--38559922	49	3.5	50	81	5	156	27	30	17	24	1.97
38559751--38560015	96	2.8	98	81	12	272	27	30	17	24	1.97
38559793--38560063	94	2.9	92	79	10	273	26	29	18	24	1.98
38561283--38561368	20	4.3	20	69	8	68	8	33	23	34	1.84
38563060--38563230	48	3.6	47	75	7	150	25	29	18	26	1.98
38563105--38563276	94	1.8	94	84	2	238	23	29	18	29	1.98
38563152--38563276	48	2.7	47	83	7	148	24	28	18	28	1.98
38564776--38564804	13	2.2	13	100	0	58	31	48	13	6	1.69
38566101--38566162	26	2.3	26	89	8	90	46	22	14	16	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38566206--38566264	26	2.3	26	84	0	73	44	18	13	23	1.86
38567069--38567110	21	2.0	21	100	0	84	28	23	0	47	1.52
38582748--38582798	12	4.2	12	82	7	52	13	3	1	80	0.94
38584674--38584727	25	2.2	24	77	9	56	16	7	5	70	1.30
38586303--38586330	7	4.0	7	100	0	56	57	42	0	0	0.99
38590266--38590395	65	2.0	65	96	0	242	39	19	2	39	1.64
38595681--38595811	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
38603661--38603791	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
38604189--38604231	21	2.0	21	100	0	86	27	9	23	39	1.85
38606422--38606551	29	4.5	29	87	1	163	29	15	31	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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