genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  247  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76558572--76558756	40	4.7	40	80	9	191	26	26	22	24	2.00
76561799--76561927	46	2.8	47	90	4	192	30	26	20	23	1.98
76566794--76566899	28	3.9	27	74	16	94	46	15	16	21	1.84
76567307--76567339	17	1.9	17	93	0	57	42	12	0	45	1.41
76574017--76574095	34	2.3	34	82	0	95	35	24	18	21	1.96
76584063--76584120	28	2.2	27	88	11	86	50	18	15	15	1.79
76589146--76589205	26	2.3	26	83	8	70	25	23	21	30	1.99
76592164--76592276	53	2.3	50	83	10	135	30	27	16	24	1.97
76592194--76592344	52	2.9	51	76	12	146	31	27	15	25	1.96
76593699--76593788	43	2.1	43	83	4	110	26	16	23	33	1.96
76595205--76595330	46	2.7	46	93	0	207	20	20	27	30	1.98
76600044--76600083	16	2.5	17	88	8	57	2	12	0	85	0.71
76605391--76605433	22	2.0	22	81	9	52	39	25	6	27	1.81
76613370--76613487	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
76613338--76613501	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
76617150--76617191	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
76623168--76623231	26	2.5	26	89	0	101	34	25	7	32	1.84
76627362--76627416	24	2.2	25	87	9	85	45	41	0	12	1.42
76627913--76627951	7	5.6	7	84	0	51	23	43	5	28	1.75
76629589--76629783	55	3.6	53	78	2	201	20	24	17	37	1.93
76633108--76633157	26	1.9	26	91	0	82	38	10	10	42	1.72
76635296--76635347	24	2.2	24	82	0	59	51	5	7	34	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76640049--76640085	19	1.9	19	89	10	58	72	0	2	24	0.97
76643038--76643078	16	2.6	16	96	3	75	51	4	4	39	1.45
76643312--76643386	38	2.0	38	100	0	150	32	13	18	36	1.90
76651456--76651514	29	2.0	29	96	0	109	59	6	5	28	1.45
76652529--76652658	69	1.9	69	91	3	217	43	10	4	42	1.59
76658164--76658231	29	2.3	29	87	0	91	13	30	0	55	1.38
76666707--76666758	8	6.8	8	76	24	58	57	0	1	40	1.10
76666700--76666785	14	6.5	14	70	21	69	54	0	2	43	1.13
76666707--76666752	24	1.9	24	95	0	83	58	0	2	39	1.10
76666711--76666786	24	3.0	26	80	16	81	53	0	2	43	1.14
76668606--76668631	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
76668603--76668637	14	2.5	13	86	13	52	25	0	14	60	1.35
76669122--76669197	30	2.6	29	83	6	89	34	39	18	7	1.80
76669278--76669312	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
76672885--76673402	126	4.1	127	89	3	787	29	16	16	38	1.90
76672885--76673402	251	2.1	252	91	1	826	29	16	16	38	1.90
76673619--76673645	12	2.2	12	100	0	54	59	0	40	0	0.98
76676067--76676112	14	3.2	14	77	22	51	67	0	2	30	1.03
76676067--76676121	19	2.7	19	77	8	56	69	0	1	29	0.99
76676844--76676903	28	2.1	28	81	6	68	50	1	5	43	1.34
76676862--76676910	15	3.4	15	70	18	50	38	2	4	55	1.31
76677478--76677530	21	2.5	20	85	11	63	45	1	1	50	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76679847--76680003	56	2.7	57	79	16	162	52	3	1	42	1.28
76680624--76680663	19	2.1	19	95	0	71	67	2	0	30	1.04
76681490--76681573	25	3.2	25	73	12	78	51	16	7	25	1.70
76689642--76689677	10	3.7	10	92	3	56	36	11	19	33	1.87
76689648--76689697	20	2.4	21	80	6	57	34	12	22	32	1.90
76689743--76689814	25	2.9	25	95	0	126	27	25	20	26	1.99
76689745--76689827	25	3.4	25	85	9	93	30	21	21	26	1.99
76690033--76690102	31	2.3	31	90	2	106	28	18	24	28	1.98
76697582--76697638	10	5.6	10	77	8	53	35	10	21	33	1.87
76697588--76697638	21	2.4	21	83	0	66	35	11	21	31	1.90
76697684--76697755	25	2.9	25	95	0	126	27	23	20	27	1.99
76697686--76697768	25	3.4	25	85	9	84	30	20	21	27	1.98
76699662--76699812	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
76699699--76699828	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
76707381--76707531	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
76707418--76707547	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
76708909--76708970	31	2.0	31	84	3	81	30	14	24	30	1.95
76710706--76710746	8	5.1	8	84	0	55	46	17	29	7	1.74
76710709--76710746	16	2.4	16	90	0	67	50	15	28	5	1.66
76711147--76711236	27	3.3	27	86	6	112	43	18	17	20	1.88
76713606--76713643	20	1.9	20	88	0	58	36	18	2	42	1.64
76718688--76718727	2	20.0	2	89	0	62	50	2	2	45	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76719367--76719440	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
76721767--76721836	26	2.7	26	95	0	122	34	5	22	37	1.78
76725261--76725458	47	4.0	50	92	5	341	32	8	27	31	1.86
76725261--76725451	96	2.0	98	96	2	359	32	8	28	30	1.87
76725258--76725458	51	4.1	49	90	5	318	32	7	27	31	1.86
76725443--76725594	48	3.2	48	85	0	232	34	6	27	30	1.82
76725312--76725595	96	2.9	97	81	10	266	33	7	27	31	1.85
76725634--76725761	37	3.4	37	95	1	220	23	18	32	25	1.97
76732927--76733111	27	6.9	27	89	1	273	41	19	7	31	1.79
76733095--76733169	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
76732927--76733166	107	2.2	108	83	5	290	40	20	8	31	1.82
76732932--76733292	54	6.7	54	82	6	148	36	20	9	34	1.85
76733161--76733506	27	12.8	27	87	2	419	28	22	8	40	1.82
76733485--76733570	27	3.2	27	74	0	82	38	25	6	29	1.82
76734745--76734792	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
76734835--76734874	20	2.0	20	95	0	71	32	12	20	35	1.90
76734925--76735030	24	4.4	24	93	1	167	29	21	22	26	1.99
76735232--76735313	31	2.6	31	96	0	146	42	13	19	24	1.87
76736342--76736396	25	2.2	25	90	6	85	27	30	12	29	1.93
76736558--76736637	40	2.0	40	95	2	144	28	27	22	21	1.99
76740093--76740137	3	15.3	3	86	4	56	62	0	6	31	1.21
76742169--76742271	37	2.8	38	91	5	167	24	30	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76742411--76743253	48	17.3	48	86	7	657	31	27	6	34	1.82
76742411--76743253	96	8.6	96	79	11	919	31	27	6	34	1.82
76742417--76743253	144	5.7	144	77	12	907	31	27	6	34	1.82
76742706--76742773	31	2.2	31	100	0	136	27	27	8	35	1.87
76742658--76742821	79	2.1	79	98	0	319	30	27	7	34	1.84
76742610--76743236	127	5.0	127	75	15	580	30	27	6	34	1.83
76742562--76743253	175	3.9	175	95	4	1188	31	27	6	34	1.82
76742881--76742948	31	2.2	31	100	0	136	27	27	8	35	1.87
76742833--76742996	79	2.1	79	98	0	319	30	27	7	34	1.84
76745653--76745969	40	8.0	40	94	1	548	26	31	22	19	1.98
76747298--76747569	48	5.7	48	98	0	526	32	26	6	34	1.82
76751020--76751154	30	4.5	30	76	7	103	23	24	11	40	1.88
76754762--76754951	39	4.8	40	88	1	208	24	31	21	22	1.98
76754798--76754959	39	4.2	39	91	2	254	24	32	20	23	1.98
76754806--76754961	77	2.0	78	92	1	260	22	31	20	25	1.98
76762727--76762925	39	5.1	39	90	0	236	24	31	21	22	1.98
76762763--76762925	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
76764814--76764868	18	3.2	17	76	19	60	3	34	0	61	1.13
76765890--76765948	26	2.3	25	80	13	66	38	23	10	27	1.87
76766054--76766169	27	4.3	27	82	5	144	18	23	21	37	1.94
76766055--76766169	28	4.2	28	82	3	137	18	23	20	37	1.94
76766054--76766169	55	2.1	54	85	6	162	18	23	21	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76769603--76769720	23	5.0	24	89	9	172	27	22	21	28	1.99
76769774--76769816	20	2.2	20	95	0	77	30	18	13	37	1.90
76769853--76769900	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
76772865--76772926	25	2.5	24	77	10	63	72	1	17	8	1.17
76774091--76774155	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
76775716--76775807	25	3.7	25	83	0	121	28	22	18	30	1.97
76778210--76778278	25	2.8	24	76	10	68	30	23	21	24	1.99
76781340--76781387	25	2.0	23	84	8	60	75	0	16	8	1.04
76782676--76782767	29	3.2	29	96	0	166	31	15	27	26	1.95
76782672--76782806	58	2.3	58	82	3	157	27	14	31	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438