genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.380.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  380  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118495496--118495626	57	2.3	57	87	0	190	19	16	35	29	1.94
118498851--118498914	28	2.3	28	83	5	76	25	35	18	20	1.95
118501608--118501752	39	3.7	39	90	0	227	26	20	31	22	1.98
118501607--118501775	39	4.3	39	84	5	171	26	20	30	23	1.98
118508296--118508456	44	3.7	44	90	5	247	32	26	15	24	1.95
118508296--118508455	87	1.8	87	89	5	252	33	26	15	25	1.95
118512211--118512365	42	3.6	43	78	12	167	32	27	19	21	1.97
118514549--118514678	54	2.4	54	92	2	208	26	16	24	31	1.97
118518562--118518633	15	4.9	15	76	10	60	13	8	18	59	1.58
118529161--118529186	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
118530271--118530444	46	3.7	46	79	7	190	29	18	28	22	1.98
118530276--118530492	46	4.7	44	76	12	143	29	19	27	23	1.98
118541677--118541852	46	3.8	46	81	10	214	20	21	29	28	1.98
118541673--118541844	93	1.8	93	93	0	299	20	22	30	27	1.98
118544757--118544806	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
118547177--118547537	46	7.8	46	83	8	428	20	21	29	28	1.98
118547177--118547537	93	3.9	91	82	8	390	20	21	29	28	1.98
118547173--118547537	139	2.6	139	95	0	640	20	21	29	28	1.98
118549029--118549137	36	3.0	36	81	4	121	30	26	14	28	1.95
118549099--118549276	48	3.8	48	81	5	206	29	25	17	26	1.97
118550896--118550961	27	2.4	26	90	5	96	33	10	21	34	1.88
118554502--118554630	39	3.3	39	85	0	168	24	24	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118557126--118557275	40	3.8	40	78	7	160	26	21	26	26	1.99
118563269--118563453	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
118563270--118563461	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
118563269--118563486	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
118568953--118569119	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
118576960--118577126	40	4.2	39	75	8	142	25	23	27	23	2.00
118580145--118580199	6	9.5	6	90	7	87	83	0	1	14	0.73
118580135--118580198	12	5.6	11	85	10	76	79	0	3	17	0.85
118585624--118585649	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
118587950--118588174	40	5.6	40	83	3	281	22	23	28	25	1.99
118587950--118588174	83	2.8	81	88	4	348	22	23	28	25	1.99
118590865--118590928	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
118591120--118591308	24	8.0	24	91	4	278	25	21	23	28	1.99
118591145--118591307	23	7.0	23	94	2	263	26	21	24	27	1.99
118591119--118591309	47	4.0	48	89	5	273	25	21	23	29	1.99
118591364--118591420	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
118591361--118591422	20	3.1	20	95	0	115	32	19	12	35	1.90
118591459--118591506	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
118592746--118593054	27	11.6	27	84	5	396	39	9	23	28	1.85
118592746--118593054	53	5.8	54	85	4	396	39	9	23	28	1.85
118592746--118593054	80	3.9	81	87	4	396	39	9	23	28	1.85
118595899--118595962	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118596155--118596342	23	8.0	23	88	5	263	26	21	23	29	1.99
118596156--118596342	24	8.0	24	89	5	260	26	21	23	28	1.99
118596177--118596342	47	3.6	47	89	5	266	26	20	23	29	1.99
118596398--118596456	9	6.1	9	74	14	55	35	20	8	35	1.83
118596400--118596458	20	3.0	20	94	0	109	33	20	10	35	1.86
118596495--118596542	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
118597783--118598122	27	12.6	27	85	2	423	39	9	23	27	1.86
118609587--118609685	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
118614957--118614985	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
118617380--118617521	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
118617419--118617547	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
118625794--118625920	45	2.9	44	79	8	118	25	27	21	25	1.99
118626253--118626361	43	2.5	43	92	0	182	32	31	24	11	1.92
118626354--118626555	38	5.3	38	86	2	269	30	24	22	22	1.99
118626359--118626555	78	2.6	76	83	3	259	30	23	22	22	1.99
118630467--118630504	5	7.6	5	93	0	67	39	0	0	60	0.97
118631883--118631935	16	3.3	16	76	10	54	32	5	26	35	1.80
118633159--118633193	13	2.8	13	91	4	54	28	0	0	71	0.86
118633405--118633447	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
118633412--118633452	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
118633824--118634137	156	2.0	156	98	0	601	37	12	21	28	1.90
118638509--118638536	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118642365--118642401	17	2.2	17	90	0	56	37	0	8	54	1.30
118644523--118644866	191	1.8	190	86	1	501	38	10	20	29	1.86
118647602--118647642	19	2.2	20	86	8	59	36	2	2	58	1.24
118653044--118653081	16	2.4	16	86	4	51	34	5	5	55	1.45
118655838--118655863	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
118656391--118656431	19	2.2	19	91	4	66	51	0	14	34	1.43
118657105--118657189	43	2.0	43	88	4	127	51	2	23	22	1.59
118658213--118658254	22	2.0	22	85	4	59	33	11	7	47	1.68
118658493--118658600	49	2.2	49	91	1	171	43	7	24	25	1.80
118663186--118663345	87	1.8	86	81	6	198	25	13	20	41	1.88
118667538--118667635	28	3.5	28	94	1	162	25	14	29	30	1.95
118667593--118667647	27	2.0	27	85	0	74	27	16	25	30	1.96
118671108--118671132	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
118672616--118672644	9	3.2	9	100	0	58	79	0	0	20	0.74
118675180--118675416	47	5.0	47	90	0	357	34	9	30	26	1.88
118677956--118678262	47	6.5	47	91	0	443	27	30	8	33	1.86
118684340--118684478	40	3.5	40	87	2	174	23	20	30	25	1.99
118684321--118684494	79	2.2	78	77	8	181	25	20	27	26	1.99
118686369--118686539	93	1.8	93	97	0	324	28	29	21	21	1.98
118686364--118686536	46	3.7	46	80	13	228	29	28	20	21	1.98
118686957--118687016	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
118687503--118687563	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118687613--118687741	24	5.4	24	90	2	188	29	21	21	27	1.99
118687613--118687741	47	2.7	47	89	3	186	29	21	21	27	1.99
118690803--118690872	35	2.0	35	100	0	140	37	17	8	37	1.80
118697835--118697909	39	1.9	39	100	0	150	40	13	12	34	1.81
118699732--118699898	46	3.6	45	77	11	160	29	17	27	24	1.98
118699921--118700045	49	2.6	49	80	2	135	28	20	25	24	1.99
118705782--118705902	48	2.6	46	82	7	136	30	15	29	23	1.96
118705819--118706191	46	7.9	48	74	13	247	28	17	28	24	1.97
118705779--118706088	46	6.6	46	75	13	163	30	17	28	23	1.97
118705968--118706141	49	3.6	49	80	9	178	27	17	29	25	1.98
118705963--118706141	50	3.6	50	80	8	181	27	17	29	25	1.98
118713937--118714038	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
118722114--118722176	31	2.0	31	100	0	126	22	22	15	39	1.92
118722368--118722510	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
118722368--118722509	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
118722367--118722510	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
118722561--118722614	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
118722561--118722619	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
118722662--118722709	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
118730122--118730215	31	3.1	31	95	3	172	23	21	15	39	1.92
118730407--118730525	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
118730407--118730525	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118730576--118730635	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
118730576--118730630	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
118730678--118730725	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
118734096--118734134	5	7.8	5	100	0	78	41	0	0	58	0.98
118736210--118736368	43	3.7	43	73	15	141	25	19	22	32	1.98
118738403--118738513	43	2.6	41	79	16	118	27	18	23	31	1.97
118741567--118741620	25	2.2	25	100	0	108	35	3	11	50	1.56
118742256--118742293	2	19.0	2	91	0	58	44	0	2	52	1.14
118742259--118742303	14	3.2	14	87	0	54	35	0	8	55	1.31
118742731--118742895	24	6.9	24	78	10	149	20	13	32	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438