genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  160  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48730607--48730745	22	6.1	22	73	11	102	35	17	22	23	1.95
48730607--48730745	45	3.1	46	77	11	153	35	17	22	23	1.95
48732669--48732724	26	2.2	26	93	0	94	25	25	21	28	1.99
48734704--48735100	50	7.9	50	81	1	472	25	18	25	30	1.98
48734704--48735100	101	4.0	101	83	2	476	25	18	25	30	1.98
48734913--48734945	14	2.5	14	90	9	52	24	9	27	39	1.85
48734661--48735108	151	3.0	151	88	1	637	25	18	25	30	1.98
48736609--48736738	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
48736625--48736775	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
48736609--48736775	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
48741709--48741835	23	5.4	24	78	10	120	34	18	18	27	1.95
48741729--48741843	46	2.5	45	83	5	133	35	19	18	26	1.94
48748504--48748725	40	5.6	40	91	1	340	28	26	22	22	1.99
48754090--48754133	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
48754360--48754581	40	5.6	40	90	1	340	28	26	22	22	1.99
48764914--48764961	24	2.0	25	91	4	80	37	16	18	27	1.92
48764921--48765027	46	2.3	47	83	4	146	32	14	22	30	1.93
48764912--48765026	23	4.9	23	75	4	106	32	13	23	30	1.94
48765429--48765474	24	1.9	24	86	0	65	47	6	4	41	1.49
48767766--48767878	54	2.1	54	94	0	199	53	9	17	18	1.70
48773743--48773767	7	3.6	7	100	0	50	0	0	88	12	0.53
48774064--48774138	10	7.3	10	76	7	53	64	5	1	29	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48774453--48774517	28	2.3	29	81	7	71	36	1	3	58	1.23
48776402--48776462	30	2.1	29	93	3	104	36	24	14	24	1.93
48779835--48780208	182	2.1	182	96	0	685	32	21	14	30	1.94
48783445--48783502	30	1.9	30	100	0	116	36	24	12	27	1.91
48785700--48785954	55	4.8	53	78	9	238	35	16	25	21	1.95
48785707--48785907	108	1.8	110	88	4	309	33	17	25	22	1.96
48786146--48786176	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
48788005--48788121	62	1.9	61	84	5	155	23	23	27	25	2.00
48787997--48788132	62	2.2	62	77	7	152	21	25	27	26	1.99
48788541--48788575	9	3.9	9	84	0	52	74	0	22	2	0.95
48788540--48788582	18	2.6	16	85	10	59	74	0	23	2	0.93
48788567--48788591	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
48788559--48788605	16	2.9	16	84	9	51	76	2	21	0	0.89
48790167--48790273	43	2.5	43	80	3	126	28	17	26	27	1.98
48792065--48792167	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
48797324--48797357	8	4.1	8	85	7	50	35	0	2	61	1.11
48797324--48797372	17	2.9	18	80	17	52	38	0	4	57	1.18
48798764--48798840	38	2.0	38	100	0	154	35	10	20	33	1.87
48802079--48802251	56	3.0	56	78	11	156	33	18	17	30	1.94
48817674--48817718	19	2.4	19	100	0	90	42	24	4	28	1.74
48818440--48818616	45	4.1	43	76	7	171	32	27	16	23	1.96
48818403--48818616	43	5.0	43	76	8	175	30	27	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48819971--48820040	25	2.8	25	86	0	95	24	21	25	28	1.99
48820261--48820447	27	7.0	27	82	6	220	23	22	18	35	1.96
48820243--48820448	54	3.8	53	84	6	256	24	22	18	34	1.96
48820445--48820549	27	4.0	27	81	7	90	31	10	20	38	1.86
48820459--48820570	27	4.2	26	81	5	125	29	10	19	40	1.85
48820475--48820570	27	3.6	27	88	1	131	27	10	20	41	1.85
48820590--48820769	27	6.7	27	86	1	209	42	7	20	30	1.79
48820590--48820748	81	2.0	80	88	1	237	42	6	20	29	1.78
48820599--48820769	80	2.1	81	86	1	236	43	7	20	28	1.79
48820585--48820817	107	2.2	108	77	2	254	40	7	19	33	1.79
48823129--48823174	21	2.2	21	96	0	83	8	28	41	21	1.83
48830142--48830212	27	2.6	28	93	2	117	28	14	28	29	1.95
48830166--48830224	27	2.2	27	84	0	73	30	15	23	30	1.95
48835935--48836035	27	3.8	26	75	12	80	19	21	21	36	1.95
48838136--48838187	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
48838838--48838956	27	4.4	27	86	0	157	26	21	18	34	1.96
48841925--48842081	43	3.7	43	78	9	169	35	26	15	22	1.94
48841920--48842084	86	1.9	85	85	6	226	35	26	15	22	1.94
48842751--48842798	23	2.1	22	85	11	62	52	18	4	25	1.63
48848536--48848698	43	3.8	43	80	10	181	31	25	18	23	1.97
48848538--48848696	86	1.9	85	84	9	216	32	25	18	23	1.97
48853044--48853110	34	2.0	34	96	0	125	40	19	8	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48853407--48853453	22	2.1	22	96	0	85	42	10	12	34	1.78
48856304--48856344	21	2.0	21	85	0	55	26	36	19	17	1.94
48873339--48873369	12	2.6	12	100	0	62	6	41	19	32	1.77
48878913--48878959	19	2.5	20	75	10	53	21	21	21	36	1.96
48881981--48882124	39	3.7	39	91	0	234	26	20	29	23	1.99
48881982--48882164	78	2.3	79	89	1	269	24	21	29	24	1.99
48888182--48888332	39	3.8	39	78	10	130	22	22	28	26	1.99
48897950--48898113	40	4.1	40	80	6	188	25	21	28	25	1.99
48899501--48899599	40	2.5	40	83	3	110	22	23	29	25	1.99
48901281--48901342	32	1.9	32	100	0	124	41	12	11	33	1.79
48905788--48905890	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
48913782--48913884	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
48922855--48922910	28	2.0	28	100	0	112	25	21	7	46	1.76
48928103--48928572	94	5.0	94	96	0	843	30	10	19	40	1.84
48928601--48928664	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
48935203--48935245	19	2.3	19	88	8	61	51	16	9	23	1.73
48939601--48939742	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
48939640--48939768	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
48947614--48947755	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
48947653--48947781	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
48952879--48953050	46	3.7	45	80	7	202	29	29	20	20	1.98
48952884--48953057	93	1.9	93	92	2	296	28	31	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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48987277--48987336	20	3.0	20	70	4	59	56	1	0	41	1.09
48987259--48987313	15	3.7	15	75	22	62	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48987260--48987329	29	2.7	24	82	13	68	52	1	0	45	1.09
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48987252--48987336	14	6.2	14	73	13	70	54	1	0	44	1.07
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48994569--48994686	51	2.3	52	88	4	168	45	3	7	43	1.49
48994569--48994687	26	4.6	26	89	4	170	45	3	7	43	1.49
48994733--48994761	15	1.9	15	100	0	58	31	48	0	20	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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