genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  236  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73177994--73178138	37	3.9	37	96	0	254	25	31	20	22	1.98
73178270--73178517	48	5.2	48	91	1	401	31	25	6	36	1.81
73181921--73182084	29	5.7	30	71	15	114	29	29	17	23	1.97
73181921--73182084	58	2.9	57	90	1	249	29	29	17	23	1.97
73181921--73182106	58	3.3	55	86	7	236	30	29	16	23	1.96
73182238--73182415	43	4.2	43	93	1	304	30	32	23	13	1.93
73182238--73182415	85	2.1	86	96	1	331	30	32	23	13	1.93
73184035--73184209	36	4.8	36	96	1	314	26	31	18	23	1.98
73184354--73184595	48	5.0	48	93	0	412	31	25	6	36	1.82
73184346--73184595	96	2.6	96	96	0	455	32	25	6	36	1.81
73189186--73189303	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
73189154--73189317	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
73196757--73196874	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
73196725--73196888	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
73206596--73206642	21	2.2	21	100	0	94	25	4	31	38	1.75
73212801--73213108	171	1.8	170	83	3	413	41	19	11	27	1.86
73214226--73214264	19	2.0	20	95	5	71	23	0	5	71	1.05
73214230--73214272	19	2.3	19	88	8	61	25	0	4	69	1.07
73214244--73214290	25	2.0	23	83	8	58	34	0	6	59	1.23
73214831--73214860	15	2.0	15	100	0	60	33	0	0	66	0.92
73215312--73215382	29	2.4	30	83	6	92	56	1	0	42	1.08
73219601--73219626	13	2.0	13	100	0	52	46	15	30	7	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73225267--73225296	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
73225499--73225785	50	5.7	50	79	2	279	31	26	17	25	1.97
73225557--73225738	101	1.8	101	88	0	283	28	24	19	27	1.98
73225500--73225785	151	1.9	151	87	2	421	31	26	17	24	1.97
73229232--73229319	45	2.0	45	90	4	142	39	23	10	26	1.86
73230865--73230909	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
73231456--73231504	25	2.0	25	84	8	64	36	0	8	55	1.30
73235452--73235505	19	2.8	20	91	2	83	20	20	22	37	1.95
73236437--73236518	28	2.9	28	96	0	146	41	19	8	30	1.81
73239601--73239776	55	3.3	53	78	10	162	23	6	27	41	1.80
73239643--73239804	54	3.0	56	79	12	178	22	6	29	41	1.78
73239654--73239820	53	3.1	52	78	6	165	22	6	28	42	1.78
73240164--73240217	22	2.5	22	76	5	58	38	5	0	55	1.23
73241801--73241924	60	2.1	60	100	0	248	26	24	11	37	1.89
73242078--73242158	32	2.5	33	78	6	94	24	14	22	38	1.92
73242084--73242178	32	3.0	30	77	11	82	25	11	22	41	1.87
73242161--73242218	17	3.4	17	78	0	71	22	5	31	41	1.76
73245192--73245217	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
73246580--73246744	48	3.4	48	94	0	294	33	7	28	29	1.85
73246917--73247019	37	2.8	37	93	0	170	23	18	33	25	1.97
73254105--73254362	40	6.5	40	89	4	346	26	27	22	23	1.99
73262097--73262266	49	3.5	49	97	0	322	27	8	32	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73262368--73262452	37	2.3	37	89	0	125	28	20	30	21	1.98
73266116--73266332	40	5.5	40	92	2	332	26	28	22	23	1.99
73268866--73269075	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
73277000--73277209	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
73288254--73288473	40	5.6	40	92	2	340	21	27	23	26	1.99
73292902--73293071	40	4.2	40	77	4	164	25	27	22	24	2.00
73293049--73293096	23	2.1	23	100	0	96	25	20	20	33	1.97
73295115--73295718	144	4.2	145	84	5	674	28	17	28	25	1.97
73295112--73295723	48	12.8	48	74	7	460	27	17	28	25	1.98
73299988--73300154	48	3.5	48	80	3	185	26	14	31	28	1.95
73302887--73302926	21	1.9	21	84	0	53	27	30	17	25	1.97
73307786--73307887	53	1.9	53	83	0	132	16	25	21	36	1.94
73308330--73308388	29	2.0	29	83	6	75	28	22	10	38	1.86
73315257--73315464	53	3.9	53	76	6	195	22	24	17	36	1.94
73315270--73315464	55	3.6	53	76	7	178	21	24	18	36	1.95
73333372--73333430	29	2.0	29	96	0	109	38	16	15	28	1.89
73340263--73340467	80	2.6	80	82	3	227	25	23	26	24	2.00
73340261--73340467	40	5.2	40	81	5	204	25	23	26	25	2.00
73348260--73348467	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
73348262--73348467	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
73351582--73351775	22	9.0	22	75	11	125	33	21	23	22	1.97
73351604--73351775	44	3.9	44	77	4	186	34	20	21	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73351604--73351767	66	2.5	66	76	5	161	34	21	21	22	1.97
73356560--73356617	29	2.0	29	93	0	98	31	34	8	25	1.86
73357646--73357723	25	3.1	25	78	14	97	33	20	23	23	1.97
73360085--73360136	16	3.2	16	75	0	59	28	26	5	38	1.79
73371316--73371344	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
73372558--73372652	37	2.6	37	88	1	129	29	8	9	52	1.63
73373360--73373407	25	1.9	25	83	8	62	50	4	27	18	1.65
73375952--73376178	49	4.6	49	85	3	301	31	26	16	25	1.96
73375952--73376184	100	2.3	98	86	2	313	30	27	16	25	1.97
73376432--73376485	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
73376635--73376797	80	2.0	80	92	0	272	23	20	12	42	1.86
73376863--73376919	30	1.9	30	85	7	80	28	24	7	40	1.81
73381952--73382140	50	3.8	49	79	5	202	31	25	16	26	1.96
73382392--73382445	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
73382595--73382755	78	2.0	79	93	2	279	24	21	12	42	1.87
73383851--73383927	22	3.5	23	92	3	106	41	18	3	36	1.69
73383899--73383949	19	2.9	17	77	11	57	33	17	11	37	1.86
73383861--73383940	22	3.8	20	88	6	81	37	17	7	37	1.78
73388988--73389032	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
73389014--73389064	19	2.9	17	83	11	66	35	17	9	37	1.83
73388985--73389042	22	2.6	22	86	7	82	43	18	3	34	1.68
73388998--73389055	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73390204--73390234	15	2.1	15	100	0	62	54	6	19	19	1.65
73391537--73391576	7	5.9	7	88	5	64	42	0	0	57	0.98
73391537--73391576	20	2.0	20	90	5	62	42	0	0	57	0.98
73399698--73399906	40	4.9	40	72	16	152	33	18	23	24	1.97
73399841--73399925	40	2.1	40	80	4	91	36	16	22	24	1.94
73400030--73400071	21	2.0	21	85	0	57	19	0	35	45	1.50
73400237--73400288	21	2.5	21	84	6	61	21	0	26	51	1.47
73400499--73400579	26	3.2	26	68	10	87	40	8	3	46	1.52
73400499--73400611	49	2.3	49	100	0	226	39	8	3	47	1.52
73401625--73401706	43	1.9	43	90	5	130	24	25	21	28	1.99
73401623--73401730	43	2.5	43	83	4	128	25	26	19	28	1.99
73407026--73407209	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
73407066--73407254	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
73414452--73414481	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
73415847--73415972	47	2.7	46	83	9	159	23	19	27	29	1.98
73422187--73422314	40	3.2	40	91	4	188	28	27	19	25	1.99
73422187--73422370	40	4.6	40	80	5	176	27	26	21	25	1.99
73427171--73427350	40	4.5	40	86	6	224	26	26	22	25	2.00
73432099--73432279	39	4.6	39	85	8	217	27	25	22	24	2.00
73440137--73440302	40	4.2	40	84	5	185	26	26	20	26	1.99
73440175--73440355	40	4.5	40	84	5	179	25	27	22	24	2.00
73440170--73440355	80	2.3	81	80	5	209	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73444648--73444820	46	3.8	45	76	13	165	23	18	26	31	1.98
73444645--73444815	93	1.8	93	87	7	258	23	18	27	30	1.98
73446299--73446404	42	2.5	42	87	0	158	31	19	14	34	1.92
73447957--73448123	82	2.0	83	86	3	230	27	8	14	48	1.74
73450181--73450310	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
73457285--73457414	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
73458938--73459082	75	1.9	75	98	0	281	45	22	4	26	1.72
73461125--73461158	16	2.2	16	89	5	52	67	0	2	29	1.05
73461101--73461164	23	2.7	23	77	13	67	67	1	1	29	1.09
73461374--73461430	9	6.6	9	78	6	64	68	0	1	29	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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