genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  289  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90513472--90513643	45	3.8	45	93	0	292	21	22	29	26	1.99
90519122--90519281	49	3.3	49	92	1	243	30	30	8	31	1.86
90527486--90527670	39	4.7	40	88	0	205	23	31	21	23	1.98
90527516--90527670	39	3.9	39	91	0	247	24	31	20	23	1.98
90538924--90539107	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
90540659--90540777	55	2.2	54	79	11	127	25	30	23	21	1.99
90541576--90541796	44	4.7	46	73	13	148	24	29	20	25	1.99
90542648--90542680	15	2.1	16	94	5	59	57	0	33	9	1.30
90544630--90544742	44	2.7	41	77	9	118	23	12	26	37	1.91
90559483--90559536	23	2.3	23	78	18	58	12	11	3	72	1.25
90570624--90570735	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
90570624--90570735	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
90572153--90572202	24	2.1	24	92	0	82	22	42	4	32	1.72
90578423--90578534	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
90578423--90578534	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
90582882--90583129	40	6.2	40	84	4	277	25	26	22	25	2.00
90582882--90583129	120	2.1	120	83	3	320	25	26	22	25	2.00
90588104--90588266	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
90588104--90588297	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
90596017--90596179	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
90596017--90596210	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
90608478--90608644	40	4.2	40	81	3	176	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90610336--90610466	40	3.3	39	82	2	145	23	27	21	27	1.99
90616574--90616771	27	7.3	27	88	2	272	28	25	7	37	1.83
90616574--90616771	81	2.4	81	92	1	317	28	25	7	37	1.83
90616763--90616953	27	7.1	27	75	9	124	40	20	9	29	1.84
90616770--90616925	54	2.9	54	83	5	156	40	18	10	30	1.84
90616803--90616952	81	1.9	81	88	2	230	41	20	8	30	1.82
90616803--90616954	54	2.8	54	81	4	164	40	20	8	30	1.82
90617070--90617134	27	2.4	27	79	5	69	35	16	24	23	1.95
90621838--90621907	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
90621837--90621920	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
90622055--90622146	42	2.2	42	100	0	184	31	14	20	33	1.92
90637007--90637040	17	2.1	15	89	10	50	5	64	0	29	1.17
90641123--90641156	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
90642626--90642787	47	3.5	46	80	8	175	26	18	30	24	1.98
90643750--90643785	13	2.8	13	100	0	72	22	22	47	8	1.77
90649805--90649922	46	2.5	47	85	8	161	27	20	30	22	1.98
90649805--90649966	47	3.5	46	76	11	141	27	19	29	23	1.98
90655732--90655758	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
90657114--90657210	40	2.4	40	82	0	113	24	16	25	32	1.96
90657197--90657250	28	1.9	28	84	0	72	27	12	27	31	1.93
90659641--90659858	49	4.6	46	74	14	185	24	30	18	27	1.98
90659641--90659857	96	2.3	95	80	10	232	24	30	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90662463--90662504	15	2.8	15	76	23	52	59	16	9	14	1.60
90666053--90666279	49	4.7	50	73	15	178	23	29	18	27	1.98
90666146--90666273	50	2.7	46	82	9	136	22	32	19	25	1.98
90678982--90679109	55	2.3	57	78	10	140	15	28	27	28	1.96
90683431--90683690	90	2.9	90	87	1	371	41	10	22	25	1.84
90683432--90683690	45	5.8	45	84	0	331	42	10	22	25	1.84
90684798--90684826	12	2.4	12	100	0	58	6	27	41	24	1.80
90686927--90686996	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
90692494--90692646	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
90705262--90705377	43	2.7	44	76	6	130	31	16	23	29	1.96
90713011--90713102	33	2.8	33	84	0	94	22	20	17	39	1.93
90713529--90713703	43	4.1	43	85	3	212	31	24	14	29	1.94
90716082--90716205	27	4.6	27	92	0	185	40	22	8	28	1.84
90716082--90716261	27	6.7	26	81	5	144	40	22	8	28	1.84
90716264--90716801	27	19.9	26	83	5	529	30	20	7	41	1.81
90716264--90716801	54	10.0	54	87	1	657	30	20	7	41	1.81
90716229--90716801	81	7.1	81	83	2	598	30	21	7	40	1.81
90718466--90718595	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
90718482--90718632	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
90718466--90718632	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
90721406--90721434	14	2.1	14	100	0	58	13	27	24	34	1.93
90726504--90726670	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90726520--90726670	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
90727952--90727991	22	2.0	21	85	14	57	12	22	0	65	1.26
90732116--90732243	40	3.3	39	83	6	170	24	28	24	22	1.99
90732116--90732240	39	3.2	39	84	10	157	23	29	24	22	1.99
90740029--90740158	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
90746377--90746460	24	3.5	24	96	0	159	21	16	25	36	1.94
90746377--90746482	48	2.2	48	91	3	169	24	16	23	34	1.95
90746377--90746482	24	4.4	24	90	2	151	24	16	23	34	1.95
90770373--90770429	29	2.0	29	89	0	87	21	26	26	26	1.99
90770738--90770860	61	2.0	61	93	0	210	21	19	14	44	1.86
90773154--90773375	40	5.6	40	84	8	292	25	26	23	24	2.00
90773154--90773375	81	2.8	80	86	6	299	25	26	23	24	2.00
90773154--90773373	121	1.8	119	88	5	336	25	26	24	24	2.00
90778871--90779043	40	4.3	40	78	7	163	26	21	26	25	1.99
90781721--90781926	80	2.6	81	87	8	298	24	21	28	25	1.99
90781721--90781903	40	4.6	40	91	1	287	23	21	28	25	1.99
90783420--90783447	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
90783701--90783829	54	2.4	53	91	3	206	25	20	18	35	1.95
90783697--90783829	27	5.0	27	86	1	171	25	19	19	35	1.95
90786229--90786297	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
90788088--90788131	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
90790504--90790572	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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90833140--90833240	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
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90841136--90841306	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90845914--90846097	50	3.7	49	82	5	210	25	18	27	29	1.98
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90874537--90874580	12	3.7	11	80	14	52	50	6	15	27	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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