genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18656044--18656241	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
18663138--18663301	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
18663138--18663335	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
18668326--18668381	24	2.3	25	78	9	62	44	14	14	26	1.83
18673700--18673758	25	2.4	25	91	0	91	28	25	20	25	1.99
18675155--18675249	30	3.2	30	90	0	145	20	29	31	18	1.96
18676699--18676736	18	2.1	18	85	9	51	36	5	0	57	1.21
18679624--18679668	24	2.0	24	86	8	67	22	28	0	48	1.50
18681713--18681865	40	3.8	40	77	5	139	25	27	23	23	2.00
18687835--18688021	29	6.5	28	88	2	239	21	30	10	36	1.88
18687734--18688021	58	4.9	57	82	4	274	22	28	10	37	1.88
18687745--18688002	87	2.9	86	84	4	293	22	28	10	38	1.86
18687734--18688021	87	3.3	85	80	5	290	22	28	10	37	1.88
18689569--18689761	43	4.5	43	84	1	235	27	15	26	30	1.96
18701209--18701294	37	2.3	37	97	0	163	23	33	19	23	1.97
18701343--18701610	48	5.6	48	93	0	428	30	27	8	33	1.86
18701588--18701710	47	2.6	47	96	0	219	29	30	8	31	1.88
18701338--18701657	96	3.3	96	87	2	306	30	27	8	34	1.86
18701338--18701657	144	2.2	143	84	3	356	30	27	8	34	1.86
18704860--18704989	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
18712908--18712970	26	2.4	25	79	7	72	33	14	19	33	1.91
18716997--18717051	27	2.0	27	96	0	101	50	7	9	32	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18726444--18726613	46	3.7	46	79	12	204	22	19	27	30	1.98
18726438--18726608	93	1.8	93	92	2	290	21	19	28	30	1.98
18726838--18726875	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
18728581--18728620	22	1.9	22	90	10	66	62	2	0	35	1.09
18732893--18732955	20	3.2	20	84	6	85	60	4	0	34	1.18
18732893--18732955	19	3.3	19	82	6	74	60	4	0	34	1.18
18732973--18733048	10	7.7	10	77	15	70	64	2	0	32	1.07
18732975--18733048	20	3.8	20	82	8	91	66	2	0	31	1.06
18734607--18734679	38	1.9	38	91	2	121	43	16	19	20	1.88
18734659--18734768	41	2.7	41	94	0	184	27	23	20	28	1.99
18735120--18735189	22	3.2	20	75	13	59	22	1	34	41	1.63
18735214--18735248	14	2.4	14	90	4	52	22	2	42	31	1.68
18735263--18735311	22	2.3	22	89	10	75	28	0	26	44	1.54
18735410--18735448	14	2.8	14	84	0	51	23	0	28	48	1.51
18735486--18735518	14	2.3	15	89	5	50	15	3	45	36	1.61
18735544--18735614	32	2.2	32	92	2	117	35	2	16	45	1.63
18739612--18739719	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
18740585--18740678	37	2.5	37	92	0	152	22	29	21	26	1.99
18740821--18741350	48	11.0	48	95	0	925	30	27	6	35	1.82
18750179--18750291	26	4.3	26	90	0	181	32	5	24	37	1.78
18753756--18753844	44	2.0	44	100	0	178	26	13	13	46	1.80
18755654--18755701	20	2.4	21	82	10	64	22	2	6	68	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18757383--18757474	41	2.3	41	86	5	125	27	21	26	25	2.00
18758096--18758186	35	2.5	36	82	12	132	16	0	41	41	1.48
18758093--18758188	7	13.4	7	78	12	97	17	0	39	42	1.50
18758974--18759315	158	2.2	157	80	7	379	36	12	21	29	1.91
18759894--18759919	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18760370--18760466	28	3.5	28	95	2	169	27	4	25	42	1.73
18761113--18761170	8	7.4	8	77	11	57	36	1	29	32	1.68
18761829--18762112	99	2.9	99	92	4	452	44	7	5	42	1.57
18761997--18762031	16	2.2	16	89	0	52	42	8	0	48	1.33
18762219--18762243	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
18762310--18762334	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
18762133--18762516	187	2.1	185	91	4	621	33	6	4	55	1.46
18762315--18762462	43	3.3	42	67	22	113	30	8	4	56	1.49
18762075--18762531	91	5.0	91	89	6	664	34	6	4	54	1.48
18762709--18762815	9	11.7	9	73	9	83	43	14	1	40	1.55
18767891--18767919	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
18768332--18768400	21	3.3	21	84	11	88	31	21	46	0	1.52
18768814--18768963	43	3.5	43	81	5	187	30	30	14	25	1.94
18770594--18770630	16	2.3	16	90	0	56	62	8	8	21	1.49
18783563--18783641	31	2.5	31	91	0	131	26	22	20	30	1.98
18783665--18783756	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
18783901--18784049	26	5.8	26	90	0	212	27	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18783901--18784049	52	2.9	52	90	2	239	27	22	22	28	1.99
18784826--18784904	27	2.9	27	94	3	133	20	26	22	30	1.98
18784942--18785301	27	13.3	27	76	5	242	30	9	20	39	1.85
18784944--18785287	54	6.4	53	78	4	267	30	9	20	40	1.84
18785053--18785287	81	2.9	81	87	3	323	29	8	21	41	1.81
18785279--18785382	27	3.9	27	88	0	154	43	8	19	28	1.80
18785262--18785396	54	2.5	54	82	0	171	40	8	18	32	1.82
18787022--18787266	122	2.0	122	95	0	445	38	7	21	32	1.82
18787412--18787530	41	2.9	41	85	0	175	29	12	23	34	1.92
18789230--18789292	32	2.0	32	96	0	117	36	7	15	39	1.77
18804322--18804450	40	3.2	40	84	5	154	29	17	25	27	1.97
18807575--18807729	56	2.8	56	83	0	211	33	22	14	29	1.93
18807548--18807750	56	3.6	56	74	12	175	32	24	15	28	1.96
18807712--18807807	41	2.3	43	78	8	108	34	22	16	26	1.95
18812867--18812900	15	2.3	15	94	0	59	35	5	11	47	1.65
18815305--18815495	83	2.3	83	81	11	223	27	13	25	33	1.93
18815312--18815454	40	3.5	42	80	11	161	28	14	25	30	1.95
18815332--18815495	42	4.0	41	80	11	167	29	13	25	32	1.93
18815311--18815495	42	4.5	41	78	11	157	27	14	25	32	1.94
18821137--18821181	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
18821297--18821504	55	3.8	53	79	6	213	22	25	16	35	1.95
18821297--18821497	108	1.8	110	88	4	309	22	25	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18825350--18825457	37	2.9	37	95	0	198	24	33	19	23	1.97
18825502--18826276	48	16.0	48	90	1	1127	29	27	7	35	1.84
18827986--18828013	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
18839577--18839656	42	1.9	42	82	5	99	23	35	22	18	1.96
18846040--18846201	43	3.8	43	80	9	179	32	22	17	27	1.96
18846888--18847025	69	2.0	69	98	0	267	45	15	16	21	1.85
18847027--18847112	34	2.5	34	80	1	109	25	24	22	27	1.99
18847303--18847367	22	2.9	22	67	24	55	26	20	27	26	1.99
18847530--18847603	27	2.7	27	91	0	121	35	18	18	27	1.95
18848936--18849098	71	2.3	71	98	1	319	19	27	17	35	1.94
18856510--18856673	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
18856510--18856707	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
18859049--18859111	27	2.4	28	91	5	96	20	9	25	44	1.82
18859059--18859115	27	2.1	27	100	0	114	17	12	22	47	1.81
18860696--18860733	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
18866985--18867053	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
18868670--18868707	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
18873734--18873789	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
18876530--18876610	40	2.0	40	97	0	153	19	13	13	53	1.73
18878041--18878208	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
18878041--18878208	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
18886031--18886198	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18886031--18886198	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
18897895--18898110	46	4.7	46	79	10	201	23	30	20	26	1.98
18915512--18915596	28	3.2	27	73	9	68	16	18	22	42	1.89
18917711--18917984	43	6.4	42	76	8	171	31	23	20	24	1.98
18917834--18917995	43	3.7	43	90	4	245	31	22	17	28	1.97
18917834--18917995	88	1.9	86	88	5	245	31	22	17	28	1.97
18918872--18918909	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
18924029--18924072	21	2.1	21	82	0	52	38	11	11	38	1.77
18924454--18924493	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
18928077--18928218	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
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