genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19282309--19282356	17	2.9	17	78	3	53	81	0	18	0	0.70
19288218--19288251	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
19289247--19289357	43	2.6	42	75	8	116	32	24	12	30	1.92
19293461--19293505	22	2.0	22	95	0	81	48	13	13	24	1.78
19302168--19302200	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
19310454--19310902	27	16.6	27	85	4	539	40	9	22	28	1.84
19314897--19315342	27	16.6	27	85	4	553	41	9	21	28	1.83
19316599--19316695	45	2.2	45	92	1	160	36	7	23	32	1.82
19325009--19325206	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
19325075--19325192	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
19325043--19325206	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
19328717--19328926	49	4.4	49	91	3	347	30	30	7	32	1.85
19328717--19328923	96	2.2	94	91	5	342	29	29	7	32	1.85
19338034--19338209	68	2.6	68	81	12	184	34	16	28	21	1.95
19353474--19353843	189	2.0	189	87	2	537	34	20	19	26	1.96
19362753--19362792	19	2.1	19	90	0	62	32	0	30	37	1.58
19369161--19369198	20	1.9	20	84	10	51	57	0	13	28	1.36
19369666--19369763	41	2.4	40	79	6	108	28	18	20	32	1.96
19370479--19370521	21	2.1	20	82	4	50	39	0	18	41	1.51
19372334--19372434	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
19375903--19375937	17	2.1	17	100	0	70	34	17	5	42	1.73
19379589--19379657	27	2.6	28	80	13	74	43	5	0	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19379625--19379659	18	1.9	18	88	0	52	37	5	0	57	1.23
19393384--19393483	42	2.4	42	83	6	114	19	23	29	29	1.98
19395492--19395525	16	2.1	16	94	0	59	14	17	32	35	1.91
19397741--19397770	12	2.5	12	94	0	51	6	20	46	26	1.75
19399168--19399197	14	2.1	14	93	0	51	50	0	6	43	1.28
19411201--19411556	27	13.2	27	83	6	303	20	17	20	41	1.90
19411201--19411556	81	4.4	80	80	7	369	20	17	20	41	1.90
19411229--19411556	54	6.1	54	81	4	342	20	17	20	42	1.90
19420898--19421196	47	6.6	45	74	13	183	24	29	17	28	1.97
19420989--19421202	45	4.7	44	74	14	191	24	28	19	27	1.98
19421028--19421196	94	1.8	91	86	8	243	24	27	18	28	1.98
19422995--19423049	27	2.0	27	100	0	110	40	21	18	20	1.92
19436962--19436997	9	4.0	9	100	0	72	22	44	0	33	1.53
19440475--19440788	47	6.7	46	75	14	241	24	31	17	26	1.97
19440475--19440788	94	3.3	94	77	10	304	24	31	17	26	1.97
19444026--19444088	30	2.1	30	96	0	117	28	33	14	23	1.94
19449334--19449441	44	2.5	44	82	7	123	25	27	17	28	1.98
19456855--19457038	49	3.8	50	74	13	141	27	19	28	23	1.98
19456768--19457034	46	5.7	47	74	12	185	28	18	29	23	1.98
19456855--19457036	96	1.9	98	85	5	253	27	19	29	23	1.98
19463532--19463561	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
19468069--19468206	40	3.5	40	100	0	276	22	28	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19476132--19476341	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
19487647--19487686	21	1.9	21	85	10	55	30	27	17	25	1.97
19490037--19490068	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
19491413--19491524	44	2.5	44	82	2	145	33	23	15	27	1.94
19493119--19493195	39	2.0	38	87	7	111	25	16	27	29	1.97
19502797--19502826	15	1.9	16	93	6	53	53	20	0	26	1.46
19505327--19505367	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
19512283--19512308	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
19522106--19522303	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
19522172--19522289	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
19522140--19522303	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
19536041--19536231	39	4.8	40	88	0	208	24	32	20	21	1.98
19536077--19536239	39	4.2	39	90	0	254	24	33	19	22	1.97
19539718--19539763	24	1.9	24	86	8	67	10	19	19	50	1.77
19542556--19542654	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
19547428--19547456	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
19557895--19558164	47	5.7	47	90	2	414	33	8	30	28	1.87
19557893--19558191	96	3.1	96	91	2	462	33	7	30	28	1.85
19557892--19558164	143	1.9	142	96	1	501	33	8	30	28	1.87
19559607--19559663	21	2.6	22	80	5	71	15	33	31	19	1.93
19560851--19560987	58	2.4	57	74	8	134	32	22	16	27	1.96
19579733--19579784	20	2.6	20	96	0	95	23	32	28	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19592865--19593034	67	2.6	64	74	11	175	27	17	31	23	1.97
19597862--19598124	40	6.7	39	79	9	275	26	27	20	25	1.99
19597864--19598124	79	3.3	79	84	4	314	26	27	20	25	1.99
19611770--19611813	22	2.0	22	100	0	88	31	27	13	27	1.94
19611772--19611819	22	2.2	22	92	0	78	31	29	16	22	1.96
19612174--19612375	80	2.5	80	88	4	300	25	26	22	25	2.00
19612203--19612375	40	4.3	40	90	1	267	26	26	22	24	2.00
19614207--19614309	29	3.6	28	82	5	118	28	26	15	30	1.96
19633898--19634296	40	10.0	40	88	0	591	22	20	29	28	1.98
19634460--19634510	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
19641826--19641997	67	2.7	64	76	7	186	28	16	29	25	1.97
19649090--19649184	40	2.4	40	87	0	127	22	17	27	32	1.96
19652738--19652807	33	2.1	33	89	0	104	24	21	25	28	1.99
19657701--19657801	28	3.6	28	87	2	141	23	15	33	26	1.95
19657708--19657821	28	4.0	28	86	3	95	28	14	32	24	1.95
19664997--19665036	21	1.9	21	84	0	53	30	7	22	40	1.81
19665534--19665638	28	3.8	28	82	5	140	28	13	31	26	1.94
19670798--19670894	40	2.4	40	84	0	104	25	17	23	32	1.96
19682798--19683220	27	15.7	27	84	6	419	40	8	22	27	1.84
19682800--19683220	54	7.8	54	84	3	506	40	9	22	27	1.84
19682800--19683220	81	5.2	81	84	2	515	40	9	22	27	1.84
19687226--19687672	27	16.6	27	85	4	553	41	9	21	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19688929--19689025	45	2.2	45	92	1	160	36	7	23	32	1.82
19701520--19701559	16	2.7	14	78	14	53	50	0	17	32	1.47
19701530--19701556	4	6.8	4	100	0	54	51	0	22	25	1.48
19708052--19708157	42	2.5	42	84	0	131	16	36	23	22	1.94
19708081--19708169	42	2.1	42	82	0	106	16	32	25	24	1.96
19707953--19708241	146	2.0	146	81	2	339	21	31	22	23	1.98
19711733--19711757	13	1.9	13	100	0	50	56	8	8	28	1.57
19716971--19717003	16	2.1	16	100	0	66	51	18	12	18	1.76
19719676--19719780	43	2.4	43	90	0	165	27	24	15	32	1.95
19735716--19735746	16	1.9	16	93	0	53	74	0	3	22	0.96
19736222--19736265	22	2.0	22	100	0	88	40	27	4	27	1.75
19740098--19740213	29	4.0	29	89	0	151	27	12	29	30	1.93
19751676--19751700	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
19770209--19770356	57	2.6	57	78	7	156	32	22	16	27	1.96
19770899--19770943	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
19774161--19774300	51	2.7	51	81	6	133	27	28	17	27	1.97
19774191--19774391	51	4.0	51	78	7	160	31	25	15	27	1.96
19776501--19776584	42	2.0	42	95	0	150	39	20	0	40	1.52
19778504--19778545	9	4.8	9	82	5	59	57	0	2	40	1.12
19778508--19778618	11	10.4	11	68	22	51	63	2	1	32	1.19
19778592--19778659	20	3.4	20	82	11	77	58	2	2	35	1.28
19778569--19778638	10	6.9	10	71	12	54	61	1	2	34	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19781049--19781099	18	2.9	18	73	2	59	52	7	5	33	1.54
19781820--19781844	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
19782752--19782795	14	3.4	13	84	6	54	72	0	0	27	0.85
19782753--19782796	17	2.5	17	89	10	63	72	0	0	27	0.85
19787142--19787182	11	3.9	11	78	12	50	53	7	2	36	1.42
19787233--19787270	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
19787525--19787589	25	2.5	26	85	5	87	52	4	7	35	1.51
19787628--19787670	23	2.0	21	86	9	59	62	4	6	25	1.40
19787895--19787925	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
19787949--19788040	26	3.5	26	68	16	73	52	3	8	35	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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