genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23270045--23270094	10	5.0	10	83	9	57	68	2	6	24	1.23
23271139--23271185	2	23.5	2	95	0	85	51	46	2	0	1.13
23289764--23289945	39	4.7	39	93	2	312	26	20	29	22	1.99
23289764--23289945	77	2.3	78	93	2	312	26	20	29	22	1.99
23296839--23297021	39	4.7	39	93	0	312	26	21	29	22	1.99
23303873--23303928	28	2.0	28	86	6	78	28	30	12	28	1.93
23303917--23304049	40	3.3	39	87	2	167	34	22	18	24	1.96
23305698--23305865	40	4.2	40	83	5	189	27	27	21	23	1.99
23305714--23305865	80	1.9	80	86	5	218	26	26	22	24	2.00
23307755--23307794	20	2.0	20	85	0	53	52	17	2	27	1.57
23317897--23318042	27	5.4	27	89	1	188	28	21	8	41	1.82
23317886--23317990	54	1.9	54	84	0	138	30	20	8	40	1.83
23318032--23318173	54	2.7	53	76	10	137	37	22	11	28	1.90
23318041--23318186	27	5.4	27	73	8	118	39	19	10	29	1.86
23318094--23318279	54	3.4	54	75	7	151	39	18	9	31	1.83
23318127--23318256	27	4.7	27	74	12	104	42	19	7	30	1.79
23318301--23318374	27	2.7	27	78	12	80	37	21	20	20	1.94
23319021--23319097	21	3.7	20	74	5	64	33	12	18	35	1.89
23320973--23321156	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
23329132--23329272	40	3.6	39	80	7	142	26	22	28	22	1.99
23329132--23329242	39	2.8	39	83	8	134	27	22	27	21	1.99
23333762--23333964	40	5.2	39	81	8	209	24	27	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23333762--23333963	77	2.6	79	82	3	230	24	27	22	25	2.00
23338832--23339055	40	5.7	40	87	5	278	24	28	20	26	1.99
23338833--23339055	79	2.8	78	83	6	270	24	28	20	26	1.99
23340270--23340300	16	1.9	16	93	0	53	3	12	0	83	0.75
23342496--23342610	23	4.9	23	77	9	90	38	18	20	23	1.93
23342511--23342645	69	1.9	70	86	10	195	37	19	18	24	1.94
23344293--23344427	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
23344239--23344428	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
23349391--23349542	71	2.1	71	98	0	295	42	19	5	33	1.73
23351396--23351456	27	2.3	26	94	2	104	32	22	14	29	1.94
23351738--23351793	28	2.0	28	100	0	112	46	7	28	17	1.75
23352764--23352871	53	2.0	53	91	3	173	30	15	19	34	1.93
23353327--23353377	26	2.0	26	84	0	66	54	11	5	27	1.59
23354540--23354573	6	5.3	6	89	10	50	76	5	0	17	0.98
23355345--23355385	20	2.0	21	90	4	66	51	0	0	48	1.00
23355344--23355390	20	2.4	19	82	6	58	51	0	0	48	1.00
23356865--23356894	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
23357309--23357369	21	2.9	21	70	18	54	31	14	8	45	1.74
23360940--23361122	90	2.0	90	84	2	233	26	26	13	33	1.94
23363443--23363494	10	5.1	10	77	11	52	80	1	15	1	0.88
23363458--23363497	20	2.0	20	90	9	64	82	2	10	5	0.91
23363458--23363513	20	2.8	19	81	10	58	80	1	10	7	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23366668--23366698	11	2.8	11	95	0	53	41	0	25	32	1.56
23372136--23372295	42	3.8	42	85	4	223	30	15	24	29	1.96
23372136--23372295	85	1.9	84	85	3	223	30	15	24	29	1.96
23372870--23372925	20	2.8	20	76	15	62	26	8	1	62	1.35
23376673--23376749	15	5.3	14	77	22	70	22	3	0	74	0.98
23376685--23376749	5	12.4	5	75	15	60	21	3	0	75	0.94
23376649--23376749	28	3.4	30	78	18	113	20	4	0	74	1.00
23376682--23376745	25	2.4	25	80	12	67	23	3	0	73	0.97
23377339--23377366	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23379813--23379898	40	2.2	40	91	0	136	24	27	23	24	2.00
23379829--23379978	40	3.8	40	78	7	135	22	25	25	26	2.00
23384396--23384455	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
23388732--23388998	46	5.8	46	90	1	365	39	15	24	20	1.91
23389076--23389125	26	1.9	26	84	8	66	44	2	18	36	1.61
23394453--23394605	42	3.6	42	79	8	157	31	15	22	30	1.95
23395518--23395551	18	1.9	18	88	5	52	29	5	32	32	1.81
23397213--23397268	25	2.2	25	81	6	69	46	1	0	51	1.11
23397598--23397679	38	2.2	37	93	4	139	30	12	2	54	1.50
23402776--23402956	78	2.3	80	82	6	217	25	22	27	24	2.00
23402776--23402992	40	5.5	40	79	9	223	25	22	27	24	2.00
23404526--23404582	16	3.8	16	73	21	52	26	0	1	71	0.95
23404596--23404653	25	2.4	23	83	16	73	34	1	0	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23404620--23404653	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
23404608--23404661	25	2.2	25	90	6	83	33	1	1	62	1.16
23405106--23405143	19	2.0	20	89	5	60	71	2	5	21	1.19
23407139--23407224	43	2.0	43	100	0	172	30	23	23	23	1.99
23407938--23408017	33	2.4	33	93	0	133	41	12	7	38	1.71
23411754--23411798	22	2.0	22	100	0	90	35	13	22	28	1.92
23418521--23418567	23	2.0	23	87	0	67	36	21	12	29	1.91
23424935--23424983	23	2.2	23	81	3	55	22	0	28	48	1.50
23425069--23425138	38	1.9	36	83	16	92	31	0	27	41	1.56
23425673--23426055	126	3.0	126	86	0	532	36	17	18	27	1.93
23430135--23430170	7	5.0	7	89	3	54	55	13	5	25	1.60
23430977--23431085	47	2.3	46	82	7	121	52	4	7	35	1.50
23430952--23431085	48	2.8	46	80	7	137	54	5	8	31	1.54
23438674--23438871	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
23438740--23438857	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
23438708--23438871	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
23445800--23445997	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
23445866--23445983	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
23445834--23445997	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
23450084--23450143	30	2.0	30	90	6	95	23	36	25	15	1.93
23457861--23457991	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
23470345--23470369	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23471093--23471400	47	6.6	46	71	11	225	27	20	29	22	1.98
23477261--23477285	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
23482406--23482534	69	1.9	68	88	1	195	51	3	3	40	1.38
23482399--23482499	20	5.6	18	70	20	61	51	4	1	41	1.35
23485579--23485786	40	5.2	40	82	2	193	25	23	25	25	2.00
23485581--23485786	80	2.6	80	82	4	220	25	23	25	25	2.00
23488452--23488716	48	5.5	48	81	7	315	26	19	30	23	1.98
23488434--23488716	96	2.9	96	89	1	406	26	18	30	24	1.98
23488452--23488716	144	1.8	143	87	4	399	26	19	30	23	1.98
23500031--23500350	48	6.7	46	79	8	270	24	28	19	27	1.98
23500030--23500363	144	2.3	143	81	9	369	25	28	19	26	1.98
23500843--23500958	57	2.0	57	100	0	232	33	14	13	37	1.86
23503642--23503692	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
23504477--23504604	48	2.7	49	84	6	165	27	22	29	20	1.98
23504475--23504652	95	1.9	97	84	4	245	26	20	30	22	1.98
23510220--23510270	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
23510456--23510585	65	2.0	65	95	3	235	37	17	23	21	1.94
23510985--23511154	46	3.6	46	81	7	173	30	20	28	21	1.98
23511189--23511224	17	2.1	17	94	0	63	25	25	22	27	2.00
23511206--23511252	24	2.0	24	95	0	85	25	21	25	27	1.99
23511642--23511680	20	1.9	21	84	5	53	38	5	12	43	1.65
23521224--23521457	48	4.9	48	73	5	168	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23525715--23525752	20	1.9	20	89	10	60	34	0	28	36	1.58
23527554--23527699	42	3.4	42	80	10	145	33	26	17	22	1.96
23530442--23530529	23	3.8	22	85	11	115	34	18	23	23	1.96
23534712--23534746	16	2.2	17	90	10	56	20	14	0	65	1.26
23536242--23536285	23	1.9	23	90	0	70	45	2	13	38	1.56
23536265--23536298	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
23549359--23549580	39	5.6	39	89	3	295	23	31	20	25	1.98
23549359--23549580	117	1.9	119	87	3	333	23	31	20	25	1.98
23549390--23549591	39	5.2	39	92	3	300	23	31	19	25	1.98
23561869--23561968	40	2.5	40	81	3	112	24	24	30	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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