genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  109  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31538414--31538523	54	2.1	53	89	1	166	34	17	21	26	1.95
31539143--31539175	16	2.1	16	100	0	66	45	12	6	36	1.66
31541522--31541568	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
31541982--31542035	27	2.0	27	96	0	99	40	35	11	12	1.79
31542994--31543105	27	4.2	26	75	12	100	16	21	22	39	1.92
31544984--31545134	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
31545021--31545150	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
31552953--31553137	40	4.6	40	81	5	189	25	24	27	22	2.00
31561009--31561166	40	4.0	40	80	4	160	26	24	25	23	2.00
31561009--31561193	40	4.6	40	79	6	137	26	24	25	23	2.00
31564437--31564955	259	2.0	259	99	0	1020	35	15	13	35	1.87
31565906--31565946	22	1.9	21	85	5	55	53	0	2	43	1.13
31565968--31566000	14	2.5	13	86	13	50	48	0	0	51	1.00
31565968--31566002	13	2.6	14	91	8	56	48	0	0	51	1.00
31566251--31566275	8	3.1	8	100	0	50	28	24	0	48	1.52
31567087--31567149	21	2.8	24	76	14	78	46	22	22	9	1.80
31569384--31569556	46	3.7	46	76	10	181	23	20	26	29	1.99
31569381--31569551	93	1.8	93	89	0	270	23	20	27	28	1.99
31569781--31569818	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
31571022--31571070	6	8.2	6	95	0	89	48	0	51	0	1.00
31571294--31571341	19	2.5	20	93	6	82	22	4	4	68	1.24
31571885--31571974	40	2.3	39	81	7	103	18	3	32	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31572230--31572372	7	20.1	7	72	5	63	40	35	0	23	1.60
31572257--31572454	14	13.9	14	66	13	55	43	31	2	22	1.65
31572595--31572642	23	2.1	22	84	3	60	18	2	29	50	1.59
31572555--31572672	54	2.2	54	80	4	130	20	0	30	48	1.56
31572683--31572782	41	2.4	41	93	0	164	16	21	27	36	1.94
31572683--31572802	41	2.9	40	83	4	152	18	20	25	35	1.95
31578921--31579081	29	5.6	29	87	1	207	25	16	32	26	1.96
31586863--31587023	29	5.6	29	87	1	207	25	16	32	26	1.96
31590060--31590192	29	4.6	29	88	0	167	30	15	30	24	1.95
31598135--31598265	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
31603599--31603705	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
31603713--31603782	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
31605880--31605938	28	2.1	28	96	0	109	25	18	10	45	1.81
31607543--31607575	17	1.9	17	100	0	66	48	6	12	33	1.65
31625289--31625509	46	4.8	47	76	10	163	24	30	17	27	1.97
31625382--31625507	47	2.7	44	82	11	146	24	29	16	29	1.97
31628746--31628953	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
31628748--31628953	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
31636760--31636967	40	5.2	40	86	0	236	25	22	26	25	2.00
31636762--31636967	80	2.6	80	85	1	261	25	22	26	25	2.00
31640862--31640911	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
31640882--31640940	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31642045--31642117	38	1.9	38	86	5	103	35	12	13	38	1.83
31648133--31648202	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
31648133--31648214	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
31656160--31656229	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
31656160--31656241	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
31660305--31660337	17	1.9	17	93	0	57	24	12	18	45	1.83
31661470--31661587	26	4.5	26	86	0	119	33	35	10	20	1.86
31661470--31661587	52	2.3	52	83	2	139	33	35	10	20	1.86
31672234--31672263	11	2.7	11	94	0	51	70	0	3	26	1.03
31673505--31673552	16	2.9	16	77	17	53	39	0	0	60	0.97
31673505--31673545	9	4.9	9	82	11	52	39	0	0	60	0.96
31676344--31676377	17	2.0	17	100	0	68	47	11	23	17	1.81
31681667--31681717	6	8.8	6	85	8	52	82	5	11	0	0.83
31681666--31681721	16	3.5	15	75	17	58	82	5	12	0	0.83
31681668--31681722	28	2.0	27	85	3	74	80	5	14	0	0.89
31695787--31695850	24	2.7	24	90	0	92	48	9	4	37	1.56
31695942--31696000	29	2.0	29	93	0	100	35	33	8	22	1.84
31698447--31698487	18	2.3	18	86	0	55	21	36	24	17	1.94
31702441--31702527	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
31702596--31702944	49	7.1	49	95	0	599	28	27	10	33	1.90
31705841--31706060	40	5.5	40	86	0	278	27	22	25	24	2.00
31705841--31706060	80	2.7	80	87	0	314	27	22	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31705841--31706095	120	2.1	121	80	2	280	27	22	25	25	2.00
31715280--31715538	40	6.4	40	88	0	320	26	23	26	23	2.00
31715314--31715564	80	3.1	80	84	2	218	27	23	25	23	2.00
31723841--31723949	42	2.6	42	80	0	128	29	28	12	29	1.93
31740871--31740899	9	3.3	9	95	4	51	51	24	0	24	1.48
31748580--31748622	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
31749176--31749356	48	3.8	48	88	5	285	18	19	28	33	1.96
31757518--31757634	61	2.0	61	88	5	177	49	4	4	41	1.42
31757610--31757661	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
31767282--31767329	24	2.0	24	100	0	96	45	20	8	25	1.79
31768918--31768942	12	2.1	12	100	0	50	8	24	0	68	1.16
31768893--31768940	18	2.5	20	83	13	64	10	22	2	64	1.35
31771400--31771546	40	3.7	40	92	0	231	48	12	11	27	1.76
31785796--31785936	42	3.3	43	80	10	148	24	19	26	29	1.98
31789243--31789314	35	2.0	36	89	2	110	20	19	8	51	1.72
31790399--31790461	27	2.4	26	76	5	72	31	12	11	44	1.78
31793762--31793922	82	2.0	82	93	0	277	29	21	13	35	1.92
31795440--31795496	26	2.2	25	84	3	69	35	14	8	42	1.76
31815344--31815421	22	3.6	23	80	14	85	43	0	6	50	1.28
31815359--31815409	11	4.6	11	95	4	86	37	0	9	52	1.34
31815359--31815421	11	5.9	10	90	5	72	42	0	7	49	1.32
31818453--31818607	50	3.1	49	83	7	188	28	17	19	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31818483--31818606	25	5.0	25	87	3	169	29	18	16	35	1.93
31820044--31820174	68	1.9	68	82	3	165	30	12	23	32	1.92
31820274--31820357	34	2.5	33	86	1	114	22	9	20	47	1.78
31820272--31820357	17	5.1	17	70	2	66	22	9	20	47	1.78
31822327--31822364	19	2.0	20	89	5	60	39	10	15	34	1.82
31824253--31824316	29	2.2	29	81	8	78	26	0	4	68	1.09
31831414--31831555	58	2.4	58	80	4	171	43	2	2	51	1.28
31831690--31831792	24	4.4	24	73	22	71	46	0	1	51	1.12
31831687--31831753	12	5.7	12	77	18	54	47	0	1	50	1.10
31831701--31831816	55	2.1	54	78	15	123	42	0	2	55	1.13
31832013--31832066	16	3.4	15	82	14	56	33	25	1	38	1.67
31836369--31836467	33	3.0	33	90	0	153	17	8	41	33	1.78
31845434--31845502	21	3.3	21	85	2	86	11	23	8	56	1.62
31847168--31847198	16	1.9	16	93	0	53	58	0	6	35	1.24
31847216--31847246	12	2.5	12	94	5	53	19	16	0	64	1.29
31847241--31847296	8	7.2	8	77	22	66	41	0	0	58	0.98
31847242--31847300	20	3.2	19	84	15	72	42	0	0	57	0.98
31847241--31847305	30	2.3	27	85	15	87	41	0	0	58	0.98
31847241--31847303	21	3.3	20	87	10	80	41	0	0	58	0.98
31849246--31849271	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
31849263--31850004	247	3.0	247	97	0	1398	32	13	8	45	1.73
31854854--31854919	33	2.0	33	96	0	123	30	40	9	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31859104--31859128	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
31860392--31860419	14	2.0	14	100	0	56	71	7	7	14	1.29
31863541--31863580	12	3.7	12	75	25	52	10	20	20	50	1.76
31863534--31863580	20	2.3	20	100	0	94	8	19	19	53	1.70
31876314--31876564	135	1.9	133	85	6	346	35	3	4	55	1.40
31882349--31882389	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
31882892--31882944	20	2.9	17	76	15	52	39	16	15	28	1.89
31883088--31883131	22	2.0	22	95	0	79	31	20	13	34	1.92
31883361--31883484	45	2.7	46	87	6	180	43	8	2	45	1.46
31883630--31883762	68	1.9	67	82	10	162	42	7	10	39	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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