genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  253  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78382316--78382349	13	2.6	13	100	0	68	23	23	32	20	1.98
78385449--78385612	40	4.1	40	81	4	161	25	28	20	25	1.99
78388899--78389022	40	3.1	40	79	0	140	25	27	20	25	1.99
78396976--78397099	40	3.1	40	79	0	140	25	27	20	25	1.99
78403856--78404089	85	2.8	85	86	3	294	26	24	20	27	1.99
78403856--78404088	43	5.5	42	71	10	143	27	24	21	27	1.99
78403889--78404043	42	3.7	42	75	6	152	27	25	20	26	1.99
78407957--78408128	86	2.0	86	95	0	308	26	23	16	33	1.96
78411346--78411468	43	2.9	42	77	7	131	30	22	19	26	1.98
78411295--78411468	85	2.0	85	87	0	249	28	23	19	28	1.98
78411303--78411451	43	3.5	43	77	5	149	26	23	19	30	1.98
78413344--78413397	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
78417029--78417131	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
78424130--78424337	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
78424130--78424336	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
78432159--78432365	40	5.2	40	82	2	211	25	26	23	25	2.00
78441270--78441451	78	2.3	81	83	6	221	24	24	27	23	2.00
78441323--78441461	40	3.5	40	82	8	151	25	25	28	21	1.99
78449295--78449475	77	2.3	80	82	5	217	24	24	28	23	2.00
78449348--78449485	38	3.5	40	79	10	133	24	24	28	21	1.99
78452290--78452465	46	3.8	46	78	4	183	21	21	28	27	1.99
78452286--78452458	93	1.9	93	91	0	283	21	21	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78461136--78461279	71	2.0	71	98	0	279	36	3	18	42	1.67
78471454--78471649	53	3.6	54	74	7	182	21	24	17	36	1.95
78476386--78476564	40	4.4	40	82	3	198	26	24	25	24	2.00
78476386--78476564	80	2.2	81	85	3	236	26	24	25	24	2.00
78476420--78476590	80	2.1	80	81	2	191	28	24	24	22	2.00
78487635--78487775	27	5.3	27	84	8	171	27	22	9	40	1.84
78487647--78487775	53	2.4	54	88	6	183	28	23	7	40	1.82
78487807--78487984	27	6.6	27	78	7	175	41	21	7	29	1.81
78487765--78487956	54	3.6	54	82	6	167	39	20	10	30	1.86
78487774--78487929	81	1.9	80	87	5	224	39	18	12	30	1.87
78487827--78487985	54	2.9	52	87	3	201	40	20	8	31	1.81
78487807--78488014	81	2.5	81	82	4	231	41	20	7	30	1.80
78487832--78488047	27	7.9	27	76	6	103	40	18	8	31	1.81
78490119--78490306	40	4.7	40	88	3	281	25	26	22	26	2.00
78492247--78492316	25	2.8	24	89	4	95	24	25	24	25	2.00
78492247--78492343	25	4.0	23	84	8	86	26	23	23	25	2.00
78492372--78492410	20	2.0	20	90	10	62	10	2	46	41	1.51
78492446--78492579	42	3.2	42	98	0	259	31	14	20	33	1.93
78492603--78492681	31	2.5	31	91	0	131	27	16	26	29	1.97
78497284--78497357	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
78497341--78497416	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
78497284--78497416	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78505162--78505235	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
78505219--78505294	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
78505162--78505294	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
78507307--78507373	32	2.1	32	100	0	134	55	17	5	20	1.63
78511902--78511963	20	3.3	20	66	25	62	24	9	25	40	1.85
78511893--78511966	36	2.1	36	100	0	148	24	8	25	41	1.82
78521839--78521941	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
78531337--78531439	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
78537225--78537264	19	2.0	19	85	9	53	47	22	0	30	1.52
78542844--78542907	20	3.4	20	68	24	66	23	7	26	42	1.81
78542837--78542910	36	2.1	36	97	0	139	24	6	25	43	1.79
78546694--78546795	49	2.1	49	83	0	123	44	6	23	25	1.78
78547103--78547159	29	2.0	29	96	0	105	28	29	17	24	1.97
78556872--78557044	93	1.9	93	95	0	310	27	31	21	19	1.98
78556865--78557040	46	3.8	46	81	10	214	28	30	21	19	1.97
78559422--78559509	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
78559422--78559500	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
78559433--78559509	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
78562432--78562604	93	1.9	93	90	2	276	27	29	21	21	1.98
78562425--78562600	46	3.8	46	79	11	189	28	28	21	21	1.98
78562476--78562619	46	3.1	46	72	11	132	29	28	20	21	1.98
78565560--78565597	20	1.9	20	88	0	58	21	23	0	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78569531--78569596	13	5.1	13	72	7	62	33	6	24	36	1.80
78569531--78569596	26	2.5	26	80	0	78	33	6	24	36	1.80
78569875--78569931	23	2.5	23	94	2	98	59	3	1	35	1.25
78572316--78572370	26	2.2	25	96	3	101	16	20	20	43	1.88
78574562--78574802	39	6.2	39	96	0	428	22	19	32	24	1.98
78582680--78582851	39	4.4	39	95	1	301	23	19	33	23	1.97
78582680--78582882	39	5.2	39	92	1	291	23	21	32	23	1.98
78582680--78582920	78	3.1	78	86	5	247	24	20	31	23	1.98
78587877--78588115	39	6.2	39	94	2	410	23	19	32	24	1.97
78587894--78588146	116	2.2	117	89	2	384	22	21	32	22	1.98
78595177--78595237	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
78610024--78610084	30	2.0	30	87	0	86	32	22	8	36	1.84
78611273--78611335	26	2.5	26	94	2	110	26	15	11	46	1.80
78612032--78612064	14	2.2	16	89	10	52	18	12	0	69	1.18
78618091--78618159	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
78619791--78619828	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
78620516--78620573	27	2.2	27	87	3	82	39	6	20	32	1.79
78622831--78622998	6	27.3	6	72	15	121	48	16	16	18	1.81
78622840--78622988	19	8.1	18	73	14	81	48	17	16	17	1.82
78622857--78622998	31	4.6	31	89	0	194	48	16	16	19	1.81
78622857--78622998	62	2.3	62	90	0	221	48	16	16	19	1.81
78623130--78623203	27	2.8	26	87	2	94	37	21	22	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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78626262--78626417	19	8.4	18	70	17	88	46	16	17	19	1.84
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78627665--78627839	54	3.3	53	86	1	215	31	10	20	38	1.86
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78629778--78629933	19	8.4	18	70	17	88	47	16	16	19	1.83
78629804--78629851	25	1.9	25	91	0	78	39	14	22	22	1.91
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78629832--78629933	31	3.3	31	90	2	161	49	15	14	20	1.80
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78630298--78630361	22	2.9	22	77	9	67	35	23	21	18	1.95
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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