genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  275  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85641894--85641937	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
85642163--85642343	40	4.6	40	90	2	278	28	25	23	22	1.99
85642163--85642343	80	2.3	79	93	3	310	28	25	23	22	1.99
85648717--85648760	22	2.0	22	86	8	63	40	13	13	31	1.84
85648986--85649166	40	4.6	40	88	3	260	28	25	22	23	1.99
85648986--85649159	79	2.2	80	91	4	282	28	26	22	22	1.99
85650997--85651079	41	2.0	41	97	0	157	19	14	19	46	1.83
85653576--85653869	50	5.8	50	74	6	209	32	24	16	26	1.96
85653641--85653822	101	1.8	100	85	4	258	30	24	17	26	1.97
85653584--85653871	151	1.9	149	85	3	389	32	24	17	26	1.97
85663398--85663638	40	6.1	40	87	2	308	26	28	22	21	1.99
85664886--85665022	61	2.2	62	83	11	183	15	21	8	54	1.66
85671555--85671811	40	6.5	40	87	3	333	24	28	23	23	2.00
85673302--85673464	71	2.3	71	98	1	319	19	29	17	33	1.95
85673302--85673498	71	2.8	70	91	4	267	20	29	17	32	1.96
85675829--85675942	59	1.9	59	92	0	192	18	23	9	48	1.77
85686774--85686905	42	3.1	42	76	4	140	18	25	30	25	1.98
85687928--85688063	71	1.9	71	92	0	227	38	17	16	27	1.92
85690297--85690345	25	2.0	25	91	0	80	55	0	0	44	0.99
85690297--85690339	12	3.5	12	81	6	50	55	0	0	44	0.99
85691296--85691340	21	2.2	20	84	4	54	66	0	4	28	1.11
85691327--85691398	19	3.7	19	76	12	67	69	1	2	26	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85691392--85691430	20	2.0	20	89	0	60	41	0	0	58	0.98
85691547--85691600	3	18.0	3	96	0	99	35	0	0	64	0.94
85691703--85691728	9	2.9	9	100	0	52	23	0	0	76	0.78
85715209--85715294	43	2.0	43	93	0	145	23	17	30	29	1.97
85721515--85721654	23	6.1	22	73	12	93	19	2	31	46	1.64
85721566--85721654	46	2.0	45	86	2	124	19	1	33	46	1.57
85726464--85726592	40	3.2	40	83	5	165	21	24	29	24	1.99
85734425--85734554	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
85736292--85736356	34	1.9	34	90	6	105	21	23	24	30	1.99
85743044--85743161	29	4.1	29	92	1	193	23	13	33	29	1.93
85743062--85743176	57	2.0	58	84	3	153	24	16	31	27	1.96
85744563--85744617	21	2.6	21	88	0	83	23	27	34	14	1.94
85746401--85746481	40	2.0	40	100	0	162	37	23	14	24	1.93
85747965--85748042	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
85755820--85755897	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
85778158--85778187	13	2.4	13	94	5	53	76	0	0	23	0.78
85783165--85783461	47	6.3	47	90	0	459	34	9	30	26	1.87
85783165--85783461	141	2.1	142	95	1	533	34	9	30	26	1.87
85787069--85787149	42	1.9	42	82	5	101	23	32	22	22	1.98
85794627--85794834	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
85794627--85794832	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
85802697--85802904	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85802697--85802902	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
85804749--85805007	56	4.6	56	88	1	358	25	15	23	34	1.95
85804749--85805036	112	2.6	112	85	4	323	25	15	24	34	1.95
85810946--85811118	27	6.4	27	83	0	193	34	17	21	26	1.96
85810958--85811117	81	2.0	81	85	2	214	35	17	21	26	1.95
85811765--85812023	96	2.6	100	84	7	316	22	26	19	32	1.97
85811949--85812007	25	2.3	24	80	8	64	20	22	18	38	1.93
85813657--85813925	118	2.3	118	90	3	415	24	17	25	33	1.96
85813657--85813977	174	1.8	174	89	0	507	24	16	24	33	1.96
85813657--85813977	56	5.6	56	87	4	426	24	16	24	33	1.96
85813955--85814041	43	2.0	43	84	8	115	24	12	29	33	1.92
85815076--85815101	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
85820402--85820590	48	4.0	47	83	8	242	27	25	19	27	1.99
85824853--85824899	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
85826310--85826335	13	2.0	13	100	0	52	69	0	7	23	1.14
85833563--85833624	24	2.6	24	89	0	88	32	12	24	30	1.93
85834551--85834617	33	2.0	33	97	0	125	38	19	8	32	1.83
85838822--85838854	13	2.5	13	100	0	66	0	27	48	24	1.51
85839262--85839365	42	2.5	41	79	4	118	27	27	16	27	1.97
85846171--85846337	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
85855423--85855587	39	4.2	40	77	9	162	26	21	27	24	1.99
85863387--85863537	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85865735--85865780	19	2.4	19	89	7	67	13	30	34	21	1.91
85871000--85871173	46	3.8	46	80	11	196	20	22	29	27	1.99
85876334--85876541	40	5.2	39	84	1	218	25	25	21	26	2.00
85876334--85876541	80	2.6	80	82	1	247	25	25	21	26	2.00
85883558--85883764	40	5.2	39	84	2	218	25	25	22	26	2.00
85883558--85883764	80	2.6	79	83	2	245	25	25	22	26	2.00
85896781--85896833	5	10.0	5	80	11	61	41	0	1	56	1.10
85896778--85896834	8	6.6	9	74	22	59	43	0	1	54	1.10
85896779--85896834	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
85898151--85898189	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
85898431--85898565	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
85898688--85898728	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
85901603--85901652	25	2.0	25	88	7	75	80	0	14	6	0.90
85902403--85902488	43	2.0	43	84	4	111	48	1	24	25	1.58
85907127--85907229	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
85910698--85910863	46	3.6	47	78	15	152	28	27	21	22	1.99
85910698--85910875	44	3.9	46	70	18	129	28	28	20	22	1.98
85914449--85914480	10	3.2	10	95	0	55	37	28	0	34	1.57
85916197--85916365	93	1.8	93	90	2	277	29	28	20	21	1.98
85916190--85916365	46	3.8	47	78	10	191	30	28	19	21	1.98
85920391--85920422	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
85928470--85928618	40	3.7	41	79	3	153	24	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85936552--85936732	40	4.5	40	85	1	202	23	27	23	25	2.00
85940733--85940764	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
85942402--85942574	40	4.3	40	87	0	238	24	19	24	31	1.98
85944891--85945012	43	2.9	41	83	7	154	30	16	25	27	1.97
85946433--85946612	89	2.0	89	95	0	324	29	16	21	32	1.95
85953325--85953394	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
85960511--85960580	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
85963053--85963098	19	2.4	19	88	3	74	47	15	10	26	1.78
85963082--85963119	14	2.7	14	91	0	58	36	18	7	36	1.80
85966756--85966818	27	2.3	27	83	0	81	34	15	20	28	1.94
85966907--85967076	88	1.9	88	92	0	286	36	4	27	31	1.78
85969044--85969221	40	4.5	40	87	3	218	24	24	27	23	2.00
85977050--85977221	40	4.3	40	88	3	233	25	22	26	25	2.00
85982051--85982087	2	18.5	2	88	0	56	0	5	43	51	1.24
85983653--85983754	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
85991504--85991605	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
85999351--85999452	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
86004463--86004501	20	1.9	21	84	5	53	51	5	0	43	1.24
86004455--86004556	53	1.9	53	80	7	118	54	5	1	37	1.36
86004578--86004640	24	2.7	23	87	9	83	58	0	4	36	1.19
86004668--86004702	18	1.9	18	88	0	52	28	0	5	65	1.15
86006895--86006934	17	2.4	16	83	4	53	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86006876--86006930	18	3.0	18	81	10	67	63	3	0	32	1.12
86006869--86006930	10	6.6	10	74	9	51	62	3	0	33	1.11
86019449--86019549	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
86027403--86027503	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
86033437--86033513	40	1.9	40	91	0	127	38	12	19	28	1.89
86034376--86034435	26	2.3	26	85	0	75	45	13	8	33	1.73
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86040101--86040144	22	2.0	22	95	0	79	43	9	6	40	1.63
86043651--86043720	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
86043651--86043732	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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