Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  187  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57838675--57838846
46
3.8
45
80
11
215
21
21
27
29
1.99
57838672--57838841
92
1.8
92
96
0
313
21
21
28
28
1.99
57846213--57846385
46
3.7
46
78
13
210
21
21
27
28
1.99
57846210--57846380
93
1.8
93
96
0
315
21
21
28
28
1.99
57850568--57850861
40
7.5
40
88
4
404
22
21
28
27
1.99
57850568--57850835
79
3.4
77
89
3
401
21
21
29
27
1.98
57850568--57850861
156
1.9
159
88
5
454
22
21
28
27
1.99
57857821--57858118
40
7.5
40
91
1
431
23
22
27
26
1.99
57861237--57861315
25
3.1
25
68
13
79
37
6
8
46
1.60
57861237--57861315
26
3.0
27
63
26
69
37
6
8
46
1.60
57868466--57868506
22
2.0
22
85
9
59
7
19
17
56
1.64
57868657--57868708
21
2.5
20
76
17
52
32
0
7
59
1.26
57871799--57871842
6
7.2
6
84
5
61
40
0
59
0
0.98
57877590--57877678
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
57877590--57877669
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
57877601--57877678
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
57880625--57880795
93
1.8
93
96
0
315
28
29
21
21
1.98
57880617--57880792
46
3.8
46
80
12
225
28
28
21
21
1.98
57882706--57882794
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
57882706--57882785
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
57882717--57882794
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
57885740--57885910
93
1.8
93
96
0
315
28
29
21
21
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57885732--57885907
46
3.8
46
80
12
225
28
28
21
21
1.98
57887338--57887377
19
2.1
19
86
9
55
32
2
5
60
1.32
57898930--57899060
29
4.5
29
78
5
122
25
17
32
25
1.97
57899095--57899131
2
18.5
2
100
0
74
48
0
0
51
1.00
57902022--57902082
10
5.9
10
78
18
54
13
3
0
83
0.76
57902022--57902082
20
3.0
20
85
4
79
13
3
0
83
0.76
57902035--57902103
12
5.4
13
75
16
72
17
2
0
79
0.85
57902022--57902102
26
3.2
26
81
8
78
16
3
0
80
0.85
57902022--57902069
6
7.8
6
77
13
53
12
2
0
85
0.69
57902034--57902101
20
3.7
19
79
12
72
16
2
0
80
0.82
57904998--57905022
13
1.9
13
100
0
50
44
0
8
48
1.32
57907202--57907271
27
2.5
28
88
2
106
31
25
14
28
1.95
57915279--57915348
27
2.5
28
88
2
106
31
25
14
28
1.95
57919435--57919534
27
3.7
28
77
9
100
40
21
9
30
1.84
57919435--57919541
54
2.0
54
83
3
135
38
21
9
30
1.85
57919437--57919553
54
2.2
53
80
7
128
38
22
10
29
1.87
57919530--57919794
27
9.8
27
84
4
311
28
24
7
39
1.83
57919773--57919953
27
6.7
27
81
4
168
38
19
8
32
1.83
57919654--57919822
54
3.1
54
81
5
146
28
21
9
40
1.84
57919530--57919794
81
3.3
81
90
2
372
28
24
7
39
1.83
57919573--57919822
81
3.1
81
86
1
250
29
22
8
39
1.83
57919787--57919912
54
2.3
54
91
2
200
40
19
8
31
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57919787--57919994
54
3.8
53
79
9
181
40
17
9
32
1.82
57919788--57919942
81
1.9
81
84
7
208
39
19
9
31
1.84
57920056--57920120
27
2.4
27
82
5
78
36
20
23
20
1.95
57921369--57921452
20
4.2
20
95
0
150
34
11
21
32
1.90
57921373--57921447
11
7.4
11
68
17
63
36
13
20
30
1.91
57921499--57921640
24
6.0
24
88
4
191
28
22
21
27
1.99
57921498--57921641
47
3.0
47
88
4
200
29
22
20
27
1.98
57923259--57923424
40
4.2
40
92
0
262
25
27
23
23
2.00
57928966--57929217
68
3.8
64
75
9
190
29
16
28
25
1.96
57931857--57932021
43
3.9
42
72
15
142
23
18
26
32
1.97
57931857--57931982
44
3.0
41
76
13
121
22
16
27
33
1.95
57944480--57944655
46
3.8
46
78
11
180
20
19
29
30
1.97
57944477--57944646
93
1.8
93
91
2
279
21
20
29
29
1.98
57946166--57946338
85
2.0
85
96
2
321
26
28
8
35
1.86
57953519--57953576
29
2.2
26
85
14
75
34
27
18
18
1.95
57958684--57958745
31
2.0
31
90
0
97
41
14
14
29
1.85
57959161--57959203
20
2.2
21
84
12
56
67
2
0
30
1.03
57960431--57960464
17
2.0
17
94
0
59
61
5
20
11
1.50
57962544--57962573
13
2.3
13
100
0
60
23
0
30
46
1.52
57962560--57962643
42
2.0
42
90
4
134
34
7
23
34
1.82
57964765--57964816
19
2.7
19
93
0
86
23
32
30
13
1.93
57967579--57967617
20
2.0
20
85
10
53
35
17
2
43
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57979186--57979231
6
7.5
6
80
4
56
17
6
0
76
1.00
57979186--57979234
18
2.6
19
83
6
64
18
8
0
73
1.07
57989351--57989514
71
2.3
71
97
0
310
18
28
18
34
1.95
57989351--57989548
71
2.8
70
90
3
249
20
28
17
32
1.96
57996858--57997044
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
57996881--57997044
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
57996881--57997078
71
2.8
70
91
3
258
20
28
17
33
1.95
58001546--58001732
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
58001569--58001732
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
58001569--58001766
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
58009113--58009299
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
58009136--58009299
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
58009136--58009333
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
58021184--58021222
13
3.0
12
88
11
51
10
17
0
71
1.12
58021184--58021222
12
3.0
13
85
11
53
10
17
0
71
1.12
58022484--58022533
23
2.2
23
85
0
64
42
14
10
34
1.78
58022493--58022539
23
2.0
23
95
0
85
44
10
8
36
1.70
58023418--58023521
27
3.9
27
72
5
93
35
24
8
31
1.86
58023506--58023645
27
5.2
27
86
2
176
33
17
22
27
1.96
58023506--58023647
53
2.7
53
86
5
180
33
17
21
26
1.96
58024424--58024539
6
18.8
6
68
18
69
20
17
13
48
1.81
58024453--58024525
37
2.0
37
89
5
112
20
17
15
46
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58026587--58026695
27
4.0
27
89
0
155
34
17
20
27
1.95
58027026--58027075
22
2.3
22
86
6
66
22
28
22
28
1.99
58027399--58027478
6
13.0
6
75
15
74
18
20
15
46
1.84
58027402--58027465
25
2.6
25
92
0
101
17
21
15
45
1.85
58027430--58027494
19
3.5
19
79
12
80
18
21
13
46
1.84
58027421--58027511
37
2.5
37
88
0
119
18
19
16
45
1.86
58027486--58027532
18
2.6
19
83
9
55
23
10
14
51
1.74
58029695--58030033
123
2.8
123
95
0
597
30
10
25
33
1.90
58030002--58030245
40
6.1
40
88
1
301
24
21
26
27
1.99
58037104--58037428
123
2.6
123
97
0
596
30
10
25
33
1.90
58038761--58038878
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
58038729--58038892
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
58040220--58040413
40
4.8
40
92
1
291
24
21
26
27
1.99
58041966--58042136
44
3.8
44
83
9
209
24
30
18
26
1.98
58041921--58042134
94
2.3
92
84
8
265
23
30
17
28
1.97
58045426--58045466
15
2.8
16
82
14
52
7
4
7
80
1.02
58058509--58058543
11
3.3
11
92
4
54
62
11
25
0
1.28
58065921--58066083
40
4.1
39
80
10
177
25
22
26
25
2.00
58075183--58075243
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
58082211--58082298
45
2.0
44
84
2
113
27
31
7
32
1.86
58082274--58082645
47
8.1
47
89
4
499
26
29
9
34
1.88
58082312--58082645
92
3.6
93
91
2
503
26
28
9
35
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58082312--58082645
138
2.4
139
91
3
539
26
28
9
35
1.88
58087249--58087273
7
3.6
7
100
0
50
12
0
28
60
1.32
58088149--58088218
27
2.5
28
90
2
115
25
12
28
32
1.93
58095097--58095121
7
3.6
7
100
0
50
12
0
28
60
1.32
58095997--58096066
27
2.5
28
90
2
115
25
12
28
32
1.93
58102904--58103067
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
58102904--58103101
71
2.8
70
91
3
258
20
28
17
33
1.95
58105883--58106006
66
1.9
66
86
0
176
30
19
21
28
1.98
58107375--58107415
21
2.0
21
90
0
64
26
31
7
34
1.84
58110148--58110261
27
4.2
26
84
11
140
16
22
22
37
1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438