genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  220  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67852096--67852284	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
67854711--67854947	51	4.7	51	83	5	263	24	20	25	29	1.99
67857392--67857422	15	2.1	15	93	0	53	19	0	9	70	1.14
67857956--67858989	517	2.0	517	98	0	1987	35	21	5	37	1.78
67867283--67867410	40	3.2	39	84	5	150	24	22	28	25	2.00
67875491--67875532	21	2.0	22	90	4	68	35	0	11	52	1.38
67878026--67878196	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
67886037--67886137	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
67886037--67886218	40	4.6	40	82	4	181	28	22	26	23	1.99
67889176--67889327	40	3.8	39	79	6	135	21	26	24	26	1.99
67894000--67894164	40	4.1	40	78	4	145	24	26	23	25	2.00
67895402--67895438	18	2.1	18	90	5	58	0	13	5	81	0.86
67896348--67896421	27	2.8	27	83	2	105	37	18	14	28	1.91
67900157--67900227	27	2.6	27	84	6	99	42	22	7	28	1.79
67905635--67905711	38	2.0	38	100	0	154	41	12	27	18	1.87
67906573--67906684	27	4.2	26	84	7	134	15	23	23	38	1.92
67906573--67906684	54	2.1	54	86	3	154	15	23	23	38	1.92
67909535--67909633	40	2.4	41	81	11	112	28	18	26	27	1.98
67910002--67910034	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
67910651--67910725	32	2.3	32	93	0	123	30	30	17	21	1.96
67915848--67915878	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
67915845--67915884	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67916117--67916275	53	2.9	55	80	5	198	22	25	16	35	1.95
67917740--67917908	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
67925746--67925922	40	4.5	40	83	4	180	23	25	22	28	1.99
67932467--67932536	27	2.5	28	93	2	115	30	14	25	30	1.95
67932491--67932548	27	2.1	27	84	6	73	31	15	22	31	1.95
67940283--67940352	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
67940283--67940364	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
67954358--67954637	43	6.5	43	94	0	470	10	24	33	31	1.89
67954358--67954715	43	8.2	45	88	2	160	13	23	32	31	1.92
67958784--67959191	43	9.5	43	89	0	609	10	24	32	31	1.90
67959165--67959269	45	2.3	45	81	3	122	20	21	27	29	1.98
67966984--67967016	14	2.4	14	94	0	57	42	36	6	15	1.71
67970315--67970522	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
67970317--67970522	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
67978356--67978563	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
67978358--67978563	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
67982448--67982737	47	6.2	47	91	1	458	27	31	8	33	1.87
67982448--67982743	92	3.2	92	89	2	466	27	31	8	32	1.87
67986130--67986273	39	3.7	39	86	0	189	25	20	27	27	1.99
67986502--67986532	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
67993000--67993105	39	2.7	39	95	0	185	24	21	27	26	1.99
67993007--67993163	78	2.0	77	80	12	171	23	23	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67998438--67998488	20	2.5	20	96	0	93	37	9	23	29	1.87
67999402--67999559	43	3.7	42	77	10	169	24	18	25	31	1.98
68001492--68001531	19	2.1	19	85	0	53	30	20	25	25	1.99
68009263--68009298	16	2.2	16	90	0	54	58	19	13	8	1.61
68009521--68009634	29	4.0	29	85	3	124	27	14	32	25	1.95
68015949--68016125	67	2.6	67	82	7	200	31	15	31	21	1.94
68018049--68018114	30	2.2	30	97	0	123	36	13	24	25	1.92
68025068--68025193	39	3.2	39	93	2	200	26	31	18	23	1.97
68028853--68028886	16	2.1	16	94	0	59	47	38	5	8	1.59
68030359--68030467	58	1.9	57	84	5	148	22	16	34	25	1.95
68030359--68030469	29	3.9	28	83	5	125	23	16	34	26	1.95
68043914--68043953	21	1.9	21	84	0	53	22	30	12	35	1.91
68046851--68047022	93	1.8	93	92	0	290	29	29	20	20	1.98
68046843--68047018	46	3.8	46	81	10	205	30	28	19	21	1.98
68051392--68051513	41	3.0	41	85	3	156	27	27	21	22	1.99
68051778--68052193	27	15.4	27	74	6	153	29	9	19	41	1.83
68051771--68052176	54	7.5	54	74	5	196	29	9	19	41	1.83
68051837--68052150	81	3.9	80	75	3	245	28	9	19	42	1.82
68052133--68052200	26	2.5	26	90	4	100	29	8	22	39	1.84
68052190--68052293	27	3.8	26	82	5	109	27	21	18	32	1.96
68054935--68054996	22	2.8	22	72	13	56	35	24	22	17	1.95
68055139--68055259	41	3.0	41	87	0	161	28	30	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68055496--68055566	27	2.6	27	81	0	79	30	12	21	35	1.91
68055518--68055945	27	15.9	27	76	8	219	29	10	19	40	1.85
68055516--68055885	54	6.9	54	78	5	291	29	10	20	40	1.84
68055516--68055884	81	4.6	80	76	5	278	29	10	20	40	1.85
68055673--68055813	53	2.6	52	85	6	174	27	9	21	41	1.84
68055891--68055945	26	2.1	27	86	3	76	32	10	16	40	1.83
68055934--68056037	27	3.9	27	93	0	172	28	23	16	31	1.96
68058653--68058716	22	2.9	22	81	9	76	32	20	23	23	1.98
68060138--68060297	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
68060138--68060297	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
68068013--68068171	28	5.5	30	86	9	213	27	25	13	32	1.94
68068013--68068171	58	2.8	57	87	6	214	27	25	13	32	1.94
68069985--68070105	41	3.0	41	88	0	179	28	28	21	21	1.99
68070370--68070816	27	16.7	27	76	9	168	30	9	19	40	1.83
68070370--68070525	55	2.9	54	85	4	179	29	8	17	44	1.78
68070370--68070525	54	2.9	55	83	8	201	29	8	17	44	1.78
68070455--68070729	54	5.1	54	77	5	193	29	8	20	41	1.82
68070509--68070666	54	2.9	54	85	2	194	28	6	22	42	1.79
68070427--68070738	81	3.9	81	78	4	276	29	8	20	42	1.80
68070749--68070801	26	2.0	26	96	0	97	32	15	22	30	1.94
68072451--68072535	40	2.1	40	86	4	118	29	27	20	23	1.99
68074061--68074285	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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68082086--68082253	80	2.1	80	82	4	205	25	23	26	23	2.00
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68131634--68131805	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
68131627--68131802	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
68134740--68134793	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
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68151346--68151370	9	2.8	9	100	0	50	52	0	24	24	1.48
68157444--68157685	48	5.1	48	78	12	248	27	23	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68159626--68159663	19	2.0	19	100	0	76	5	21	10	63	1.46
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68164302--68164358	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
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68168098--68168146	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
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68176092--68176140	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
68176963--68177129	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
68181972--68182081	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
68187648--68187960	47	6.5	47	90	3	464	31	7	30	30	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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