genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  278  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86747711--86747884	94	1.9	94	87	2	260	28	18	29	23	1.98
86756321--86756461	24	5.9	24	84	3	185	32	31	14	21	1.93
86757786--86757826	17	2.4	17	87	4	55	43	4	0	51	1.23
86762179--86762213	14	2.5	14	100	0	70	31	22	14	31	1.94
86773197--86773297	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
86773226--86773301	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
86775558--86775666	36	3.0	36	86	2	146	26	29	20	23	1.99
86775812--86775995	47	3.8	48	87	5	282	31	27	5	35	1.81
86775812--86775994	97	1.9	97	89	5	291	31	27	6	35	1.81
86775828--86776122	94	3.1	94	83	9	309	28	28	9	33	1.89
86775965--86776158	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	33	1.90
86781678--86781714	18	2.1	18	100	0	74	13	37	16	32	1.87
86797295--86797391	40	2.4	41	81	3	117	25	16	26	30	1.97
86801761--86801801	22	1.9	21	85	5	55	21	31	36	9	1.86
86802408--86802486	35	2.3	35	93	0	131	41	16	16	25	1.88
86805278--86805342	25	2.6	25	85	2	85	30	18	24	26	1.98
86805602--86805633	16	1.9	17	93	6	57	21	6	6	65	1.38
86810507--86810562	28	2.0	28	82	10	69	16	16	44	23	1.86
86816609--86816655	21	2.2	21	100	0	94	23	27	31	17	1.96
86821722--86821905	40	4.6	40	73	11	137	24	23	27	24	2.00
86829951--86830018	32	2.1	32	91	0	109	38	20	11	29	1.88
86842990--86843323	49	6.9	49	95	1	541	34	9	27	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86842988--86843323	96	3.5	95	92	3	539	34	9	27	28	1.89
86843315--86843466	48	3.2	48	98	0	286	33	5	28	32	1.81
86843511--86843596	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
86849632--86849683	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
86855705--86855846	67	2.1	67	85	5	185	31	23	26	18	1.97
86857322--86857601	48	5.8	48	96	0	506	30	28	6	35	1.82
86861031--86861389	40	9.0	40	92	0	565	27	30	22	20	1.98
86862667--86862772	37	2.9	37	92	0	176	23	30	19	26	1.98
86862912--86863383	48	9.8	48	95	0	809	30	27	6	36	1.81
86870245--86870277	13	2.5	13	100	0	66	15	27	6	51	1.66
86870834--86870882	21	2.3	21	82	10	55	22	30	0	46	1.52
86871138--86871221	41	2.0	41	88	2	123	42	2	14	40	1.58
86872954--86873012	30	2.0	30	83	6	75	42	5	25	27	1.76
86883794--86883868	27	2.8	26	81	4	87	33	21	24	21	1.97
86887176--86887320	24	6.0	24	86	10	197	27	21	20	30	1.98
86887370--86887430	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
86887473--86887520	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
86887797--86887848	21	2.5	21	96	0	95	11	46	23	19	1.82
86888780--86889091	27	11.6	27	87	2	394	40	9	22	27	1.85
86897519--86897565	20	2.6	19	81	15	55	21	4	4	70	1.22
86900510--86900759	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
86907769--86908018	40	6.2	40	90	1	376	22	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86919003--86919031	9	3.2	9	100	0	58	24	13	0	62	1.32
86923480--86923527	2	24.0	2	95	0	87	52	0	0	47	1.00
86940058--86940097	13	2.6	16	74	25	50	30	0	12	57	1.36
86947867--86947969	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
86951977--86952106	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
86959190--86959319	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
86965569--86965671	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
86982591--86982758	40	4.2	40	82	3	178	25	26	22	26	2.00
86990581--86990748	40	4.2	40	82	3	178	25	26	22	26	2.00
87004336--87004555	40	5.6	40	79	5	223	26	25	22	25	2.00
87009493--87009527	17	2.1	17	94	0	61	37	22	14	25	1.92
87017625--87017657	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
87019912--87020074	24	6.8	24	98	0	308	36	26	17	20	1.94
87027844--87027958	24	4.8	24	97	0	212	35	26	17	20	1.94
87032798--87032830	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
87034632--87034694	15	4.2	15	75	0	63	50	14	19	15	1.77
87038433--87038819	47	8.3	47	91	1	589	27	29	8	34	1.87
87038741--87038816	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
87056206--87056278	35	2.1	35	100	0	146	39	19	5	35	1.75
87071847--87072053	53	3.8	54	75	3	193	38	18	22	20	1.94
87073870--87074025	42	3.7	42	76	1	132	28	23	16	31	1.96
87084955--87085126	27	6.4	27	89	1	256	36	19	15	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87085577--87085603	9	3.0	9	100	0	54	77	0	11	11	0.99
87087492--87087682	49	3.9	49	95	1	341	32	7	28	30	1.86
87087494--87087682	96	1.9	97	95	2	344	32	7	28	30	1.86
87087674--87087873	48	4.2	47	89	5	276	35	6	27	30	1.82
87087674--87087873	96	2.1	96	92	0	328	35	6	27	30	1.82
87087913--87088003	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
87092487--87092511	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
87096907--87096980	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
87096964--87097038	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
87096907--87097038	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
87104772--87104845	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
87104829--87104903	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
87104772--87104903	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
87107955--87108127	39	4.5	38	80	10	129	26	23	26	24	2.00
87107993--87108101	36	2.9	36	88	9	148	24	22	27	24	2.00
87115962--87116132	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
87118749--87118796	25	2.0	23	84	8	60	8	16	0	75	1.04
87125994--87126127	40	3.4	39	74	11	112	33	24	16	25	1.96
87126062--87126145	41	2.0	42	84	6	109	33	21	17	27	1.96
87128190--87128366	49	3.6	49	81	4	187	28	28	18	24	1.98
87128229--87128304	23	3.2	23	63	23	57	27	28	18	25	1.98
87128190--87128367	98	1.8	97	82	4	232	28	28	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87128704--87128750	22	2.1	22	88	11	69	17	23	6	53	1.66
87130047--87130109	15	4.2	15	73	15	58	55	15	15	12	1.69
87130045--87130104	30	2.0	30	87	6	86	55	16	16	11	1.70
87133062--87133249	49	3.8	49	88	1	241	28	27	18	26	1.98
87138653--87138860	40	5.2	40	86	2	267	27	26	21	25	1.99
87146747--87146951	39	5.2	39	88	4	279	26	27	21	23	1.99
87172236--87172442	35	5.5	36	79	16	183	25	21	28	25	1.99
87172244--87172442	74	2.7	71	78	14	199	25	21	28	25	1.99
87172233--87172444	40	5.6	39	81	15	216	24	21	28	25	1.99
87172320--87172463	40	3.9	36	80	14	127	25	20	29	25	1.99
87180273--87180428	40	3.9	41	86	10	232	23	21	28	26	1.99
87190193--87190236	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
87190462--87190681	40	5.6	40	90	3	340	28	26	22	22	1.99
87198785--87198828	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
87199052--87199272	40	5.6	40	92	2	358	28	26	22	22	1.99
87202223--87202259	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
87202816--87202991	46	3.8	46	74	12	180	20	18	29	31	1.97
87205283--87205345	28	2.2	28	88	0	99	20	20	42	15	1.89
87205597--87205670	26	2.8	27	85	6	98	39	21	12	27	1.89
87205662--87206123	27	17.2	27	88	2	653	27	21	8	41	1.83
87205662--87206123	107	4.3	108	88	1	669	27	21	8	41	1.83
87206426--87206451	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87206626--87206698	31	2.4	31	85	0	92	21	19	12	46	1.82
87206657--87206722	25	2.6	25	87	0	96	22	24	10	42	1.85
87219932--87219995	28	2.3	28	83	0	74	17	15	39	28	1.90
87220312--87220463	27	5.6	27	75	6	105	40	20	9	28	1.84
87220416--87220504	27	3.3	27	88	3	117	35	16	19	28	1.93
87220427--87220507	27	3.0	27	90	3	119	35	19	19	24	1.95
87229177--87229282	43	2.5	42	80	7	108	24	20	24	30	1.99
87233414--87233636	48	4.6	48	88	0	329	23	17	29	28	1.97
87239144--87239284	50	2.8	51	81	1	176	27	26	19	26	1.99
87244742--87244915	45	3.8	44	82	9	181	26	19	30	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
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