genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.366.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  366  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114250128--114250802	251	2.7	250	92	3	1142	31	17	16	34	1.93
114250706--114250902	102	1.9	103	89	1	306	33	14	15	36	1.88
114250803--114251104	126	2.4	126	87	1	437	30	14	13	40	1.86
114251069--114251139	28	2.5	28	86	0	88	29	14	5	50	1.65
114252357--114252383	13	2.1	13	100	0	54	14	0	18	66	1.25
114252491--114252527	17	2.2	17	100	0	74	18	0	10	70	1.16
114253966--114254073	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
114261352--114261459	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
114262593--114262622	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
114266671--114266709	17	2.3	17	95	0	69	58	12	5	23	1.54
114281402--114281430	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
114281372--114281508	58	2.4	58	82	4	161	46	1	2	48	1.26
114281471--114281521	26	2.0	25	84	3	66	52	3	0	43	1.19
114281603--114281689	44	1.9	46	88	9	135	37	27	4	29	1.77
114281676--114281715	16	2.5	16	91	0	62	37	17	7	37	1.78
114281783--114281853	15	4.5	15	68	18	54	22	0	12	64	1.27
114286423--114286459	13	2.8	13	91	4	56	51	21	0	27	1.48
114288323--114288348	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
114295320--114295384	29	2.2	29	94	0	121	29	18	27	24	1.98
114298615--114298650	3	12.0	3	88	11	56	63	0	2	33	1.08
114298624--114298650	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
114298907--114298932	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114300988--114301131	42	3.4	42	62	9	94	18	23	33	25	1.97
114300944--114301119	85	2.1	85	93	4	302	19	23	32	23	1.97
114302298--114302353	24	2.4	24	81	3	69	35	14	30	19	1.91
114304967--114305189	79	2.8	78	89	5	322	25	28	21	24	1.99
114304965--114305189	119	1.9	120	85	6	314	25	28	21	24	1.99
114304965--114305189	40	5.7	40	83	6	287	25	28	21	24	1.99
114308373--114308408	4	8.5	4	88	11	54	0	25	0	75	0.81
114308377--114308411	18	1.9	18	100	0	70	0	28	0	71	0.86
114308371--114308423	22	2.4	22	87	6	72	0	32	0	67	0.91
114308379--114308423	18	2.5	18	85	7	56	0	33	0	66	0.92
114318534--114318573	18	2.2	19	86	13	57	65	5	10	20	1.42
114318568--114318647	23	3.3	23	70	29	67	57	0	3	38	1.17
114318568--114318670	13	8.6	11	71	25	52	58	0	3	36	1.23
114318711--114318764	22	2.5	22	82	8	58	64	1	0	33	1.04
114318715--114318831	12	9.8	12	69	16	66	65	2	1	29	1.15
114318704--114318772	33	2.1	32	82	12	79	65	1	2	30	1.16
114323029--114323200	93	1.8	93	88	0	263	30	30	19	20	1.97
114326129--114326192	31	2.1	31	85	5	85	21	12	20	45	1.84
114338642--114338692	26	2.0	25	88	3	75	50	3	1	43	1.31
114338771--114338864	44	2.1	44	88	7	136	35	25	5	34	1.79
114338846--114338900	16	3.4	16	89	0	83	29	27	7	36	1.84
114351113--114351174	23	2.7	22	82	9	79	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114351402--114351483	3	27.3	3	85	4	103	64	0	35	0	0.94
114352578--114352609	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
114352578--114352608	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
114357020--114357051	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
114357020--114357050	14	2.2	14	100	0	62	19	0	0	80	0.71
114358059--114358118	23	2.6	22	84	10	75	65	0	0	35	0.93
114359100--114359134	17	2.0	18	88	5	54	62	0	0	37	0.95
114361976--114362006	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
114364607--114364850	126	1.9	126	94	0	434	38	15	17	29	1.90
114364985--114365031	17	2.8	17	78	18	53	65	6	2	25	1.27
114365289--114365343	14	3.7	14	82	4	56	58	1	0	40	1.09
114365315--114365351	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
114365736--114365771	18	2.0	18	88	0	54	19	0	55	25	1.43
114365750--114365824	37	2.0	37	97	0	141	17	0	53	29	1.44
114365791--114365853	29	2.2	29	85	5	83	17	1	50	30	1.55
114366091--114366650	87	6.5	85	81	5	540	21	24	22	31	1.98
114366091--114366472	172	2.2	169	85	6	531	20	26	23	29	1.99
114366573--114367178	132	4.6	132	82	5	638	23	22	22	30	1.99
114366967--114367407	177	2.5	178	90	2	733	24	23	21	30	1.99
114367117--114367393	89	3.1	88	66	19	216	24	24	20	29	1.99
114368655--114368743	5	17.0	5	74	14	56	0	19	2	78	0.85
114368666--114368740	11	6.8	11	78	13	75	0	17	1	81	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114368666--114368741	6	13.7	6	73	13	65	0	17	1	81	0.76
114368701--114368743	15	2.9	15	87	12	63	0	16	0	83	0.64
114368656--114368743	23	3.9	22	79	5	86	0	18	2	79	0.83
114368665--114368743	17	4.8	16	76	3	68	0	17	1	81	0.77
114368665--114368741	38	2.0	40	87	5	113	0	18	1	80	0.78
114371256--114371300	21	2.1	21	91	0	72	15	24	22	37	1.93
114374784--114375026	125	1.9	126	94	0	425	38	14	17	29	1.90
114375125--114375175	13	4.1	12	78	16	50	66	0	3	29	1.09
114375162--114375207	21	2.2	20	84	3	56	63	8	4	23	1.42
114375489--114375519	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
114375491--114375527	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
114375523--114375626	29	3.4	29	67	19	70	60	4	6	27	1.42
114375502--114375626	59	2.1	60	82	11	150	62	4	5	28	1.36
114375910--114375945	18	2.0	18	94	0	63	16	0	58	25	1.38
114375935--114376027	37	2.9	32	81	15	95	19	0	48	32	1.49
114375925--114376002	37	2.1	38	95	2	140	19	0	51	29	1.47
114376623--114376695	33	2.2	33	82	0	83	50	15	16	17	1.78
114378875--114378917	20	2.2	20	91	0	68	30	0	0	69	0.88
114380129--114380217	42	2.1	41	81	2	106	58	4	4	32	1.38
114380771--114380802	5	6.2	5	96	3	55	18	0	0	81	0.70
114392557--114392710	21	7.3	21	65	5	87	14	20	16	48	1.82
114392544--114392733	42	4.5	41	83	3	218	16	20	16	45	1.85
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114392540--114392736	21	9.4	21	64	6	85	16	20	17	46	1.85
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114401963--114402099	60	2.3	59	81	8	143	27	24	18	29	1.98
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114412509--114412551	5	8.0	5	85	14	59	79	0	0	20	0.74
114412507--114412551	11	4.1	11	88	11	74	77	0	0	22	0.76
114413638--114413687	26	1.9	26	91	0	82	18	26	28	28	1.98
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114425495--114425680	101	1.8	101	84	0	255	26	18	26	28	1.98
114425448--114425732	150	1.9	151	84	7	364	25	16	27	30	1.97
114432165--114432246	26	3.2	26	96	0	146	32	7	23	36	1.82
114433699--114433748	26	1.9	26	95	0	91	32	22	14	32	1.93
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114436048--114436155	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
114437773--114437858	27	3.2	27	85	9	122	17	24	23	34	1.96
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114439275--114439568	50	5.9	49	73	8	191	26	15	25	32	1.96
114439319--114439600	150	1.9	151	80	0	332	25	15	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114439766--114439795	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
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114441841--114441920	24	3.3	23	82	3	88	37	6	6	50	1.53
114448810--114448888	32	2.5	32	83	2	97	27	11	12	48	1.76
114450484--114450540	17	3.2	19	83	14	77	66	3	14	15	1.38
114450539--114450580	21	2.0	21	90	4	66	38	0	0	61	0.96
114458210--114458266	27	2.1	27	87	12	82	40	24	0	35	1.56
114458211--114458252	16	2.6	16	81	7	50	40	23	0	35	1.55
114458956--114458991	17	2.3	15	90	9	54	0	33	0	66	0.92
114458962--114459019	21	2.7	21	78	19	57	3	27	1	67	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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