genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17017244--17017464	78	2.8	78	85	9	297	24	22	27	25	2.00
17023286--17023508	79	2.8	79	81	8	245	25	21	26	26	2.00
17023286--17023510	40	5.7	38	85	6	236	24	21	27	26	2.00
17023286--17023508	119	1.9	120	81	8	276	25	21	26	26	2.00
17023327--17023543	79	2.7	79	81	6	199	26	21	26	25	1.99
17026500--17026541	20	2.1	20	95	0	75	21	38	30	9	1.85
17030517--17030556	19	2.2	18	90	4	62	50	5	0	45	1.23
17038267--17038315	22	2.2	22	82	7	55	73	2	2	22	1.04
17038754--17038896	76	1.9	76	98	0	277	39	33	3	23	1.71
17040349--17040389	2	21.0	2	90	5	57	56	0	0	43	0.99
17040387--17040430	17	2.7	15	86	10	52	75	0	15	9	1.05
17042036--17042098	6	10.2	6	73	13	56	19	19	17	44	1.87
17042044--17042095	26	2.0	26	85	7	70	19	21	17	42	1.89
17042269--17042339	18	3.9	18	74	9	63	30	9	15	43	1.79
17043782--17043865	41	2.0	41	100	0	168	32	16	11	39	1.85
17048273--17048323	20	2.6	19	81	15	59	62	15	0	21	1.32
17048266--17048323	20	3.1	18	79	20	57	62	13	0	24	1.32
17048291--17048331	20	2.0	20	95	0	73	53	21	0	24	1.46
17050676--17050866	54	3.6	54	88	3	287	26	15	23	35	1.94
17056103--17056314	67	3.2	66	85	3	271	35	13	25	25	1.93
17056279--17056347	33	2.1	33	100	0	138	37	14	26	21	1.92
17056326--17056781	67	6.8	67	77	5	413	37	14	22	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17056311--17056774	134	3.5	133	81	2	511	37	14	22	24	1.92
17056312--17056781	201	2.3	201	81	3	509	37	15	22	24	1.92
17058558--17058829	135	2.0	135	87	2	395	37	9	21	31	1.86
17058845--17058961	43	2.8	42	75	7	128	35	15	22	27	1.94
17070008--17070088	21	3.9	21	73	3	74	49	16	16	18	1.80
17070283--17070321	7	5.6	7	90	9	62	41	12	0	46	1.42
17071375--17071407	13	2.5	13	100	0	66	12	51	18	18	1.76
17073140--17073164	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
17082016--17082295	43	6.5	42	81	4	249	30	26	16	26	1.96
17082380--17082447	34	2.0	35	82	8	86	55	2	2	38	1.30
17082487--17082559	12	5.8	12	72	15	58	67	1	1	30	1.08
17085576--17085733	42	3.7	42	84	9	169	28	26	14	30	1.95
17085802--17085950	31	4.8	31	82	3	174	26	27	18	28	1.98
17085802--17085950	62	2.4	62	86	0	208	26	27	18	28	1.98
17085926--17086054	50	2.5	51	87	5	190	25	22	16	35	1.94
17091847--17092016	49	3.5	48	89	1	227	28	30	8	32	1.86
17094572--17094792	115	1.9	115	78	5	241	35	20	13	30	1.91
17095598--17095650	21	2.5	21	84	3	70	26	49	5	18	1.70
17095605--17095645	14	2.9	14	85	0	55	19	51	7	21	1.71
17095611--17095671	21	2.9	22	85	4	81	29	45	4	19	1.71
17095663--17095739	21	3.6	21	70	17	61	45	27	1	25	1.61
17095640--17095746	14	7.5	14	71	11	65	43	31	0	23	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17096077--17096190	58	2.0	58	87	0	165	31	21	18	28	1.97
17097508--17097568	30	2.1	29	93	3	104	34	22	18	24	1.96
17098725--17098871	40	3.7	40	79	7	163	30	21	19	29	1.97
17099299--17099382	26	3.2	26	96	0	150	34	4	23	36	1.76
17100869--17100921	26	2.0	25	82	13	63	39	22	11	26	1.88
17104663--17104813	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
17104700--17104829	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
17104662--17104829	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
17108247--17108356	26	4.2	26	95	0	175	34	5	23	36	1.78
17113340--17113386	21	2.2	21	100	0	94	42	10	12	34	1.78
17114738--17114770	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
17115307--17115474	43	4.0	43	85	4	234	25	30	19	24	1.98
17120891--17120923	16	2.0	17	88	5	50	30	0	24	45	1.53
17124230--17124281	24	2.2	24	86	6	70	19	23	19	38	1.93
17124289--17124340	25	2.1	25	85	0	68	21	19	25	34	1.96
17124372--17124450	25	3.2	25	81	0	95	22	21	17	37	1.94
17127338--17127389	17	3.0	17	72	25	54	65	1	9	23	1.32
17131761--17132220	134	3.4	134	81	3	487	39	12	14	33	1.84
17132124--17132334	98	2.2	98	82	3	255	37	12	16	33	1.87
17142576--17142748	49	3.5	49	85	1	247	29	27	17	26	1.97
17142576--17142757	99	1.8	99	91	0	301	29	27	17	25	1.98
17143003--17143056	27	2.0	27	82	7	65	35	14	11	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17145275--17145359	23	3.9	23	78	9	88	41	22	17	18	1.91
17152005--17152809	131	6.2	131	89	0	1198	28	20	22	27	1.99
17152189--17152381	42	4.5	43	73	7	149	27	22	23	26	1.99
17152100--17152417	44	7.2	44	69	10	152	27	19	23	28	1.98
17152888--17152997	44	2.5	45	81	1	132	24	23	21	30	1.99
17152937--17153065	69	1.9	69	81	3	161	30	22	17	30	1.96
17153225--17153369	42	3.5	42	75	17	149	33	17	19	29	1.95
17154887--17154928	22	2.0	21	86	13	59	21	9	4	64	1.42
17154984--17155131	27	5.6	27	70	16	121	28	3	4	64	1.28
17155026--17155147	24	4.7	25	71	15	70	30	4	3	62	1.30
17155237--17155308	35	2.2	33	85	7	92	25	1	4	69	1.14
17155284--17155334	26	1.9	27	88	4	77	27	3	1	66	1.20
17155342--17155396	25	2.2	25	83	3	67	29	3	5	61	1.35
17155342--17155408	25	2.8	24	80	8	66	26	5	5	61	1.43
17158590--17158950	47	7.7	47	93	0	589	31	12	28	26	1.93
17158686--17158760	23	3.2	23	65	28	59	30	13	30	25	1.94
17158664--17158785	25	5.2	24	63	29	66	31	12	28	27	1.93
17158590--17158932	187	1.8	187	94	0	614	32	13	28	26	1.93
17161656--17161691	18	1.9	18	88	5	54	61	0	0	38	0.96
17162473--17162506	6	5.7	6	100	0	68	32	0	0	67	0.91
17162605--17162691	39	2.2	40	91	4	140	36	1	6	55	1.34
17164729--17164764	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17165438--17165476	18	2.1	19	90	4	62	10	2	2	84	0.81
17165549--17165573	10	2.5	10	100	0	50	8	16	16	60	1.58
17166953--17167029	40	1.9	40	89	0	118	14	14	33	37	1.86
17166954--17167048	40	2.4	39	82	6	113	13	13	36	35	1.85
17171211--17171267	28	2.0	29	90	6	91	70	7	1	21	1.20
17171212--17171274	28	2.3	27	86	2	90	65	7	1	25	1.29
17171388--17171421	2	17.0	2	88	11	52	47	2	0	50	1.16
17171923--17171956	7	4.9	7	100	0	68	70	0	0	29	0.87
17179924--17179958	17	2.1	17	100	0	70	42	22	5	28	1.76
17192235--17192455	48	4.6	48	87	1	264	26	29	19	24	1.98
17192187--17192459	96	2.8	95	79	4	307	25	28	20	25	1.99
17195698--17195763	33	2.0	33	90	0	105	27	13	15	43	1.84
17198252--17198312	30	2.0	30	96	0	113	29	27	3	39	1.72
17200033--17200067	18	1.9	18	94	0	61	20	31	8	40	1.82
17200317--17200355	21	1.9	21	89	5	62	33	43	15	7	1.75
17200468--17200582	58	2.0	59	82	5	144	40	1	8	49	1.44
17205198--17205296	33	3.0	33	92	2	164	28	12	14	45	1.80
17205460--17205513	25	2.2	25	100	0	108	46	16	3	33	1.65
17214748--17214910	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
17214748--17214940	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
17218265--17218310	23	2.0	23	100	0	92	34	4	13	47	1.62
17219407--17219434	13	2.2	13	100	0	56	0	14	0	85	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17227309--17227376	26	2.6	26	90	0	109	33	2	26	36	1.72
17227341--17227411	35	2.0	35	97	0	133	32	4	28	35	1.76
17227319--17227437	61	2.0	61	89	0	184	32	5	25	36	1.78
17227380--17227451	26	2.8	26	95	0	126	31	8	22	37	1.84
17228939--17228991	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
17231475--17231518	20	2.1	21	88	12	65	45	11	2	40	1.53
17232761--17232798	19	2.0	20	94	5	69	57	0	0	42	0.98
17232746--17232807	26	2.3	26	86	5	88	58	0	0	41	0.98
17232820--17232863	9	4.8	9	94	2	61	38	2	0	59	1.10
17232806--17232863	18	3.0	18	82	10	62	39	1	1	56	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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