Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  48  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12090049--12090337
122
2.4
122
92
2
474
35
22
22
20
1.96
12090049--12090337
41
7.1
41
89
5
444
35
22
22
20
1.96
12090342--12090465
47
2.7
47
81
8
155
49
29
0
20
1.50
12090589--12090630
21
2.0
21
81
9
50
26
7
26
40
1.81
12090716--12090808
36
2.5
37
89
3
152
10
51
15
22
1.73
12091120--12091170
15
3.5
15
83
2
68
70
1
0
27
0.98
12091120--12091170
7
7.0
7
82
8
66
70
1
0
27
0.98
12091525--12091557
17
1.9
17
93
0
57
6
27
9
57
1.53
12094226--12094250
12
2.1
12
100
0
50
32
0
16
52
1.44
12095504--12095532
15
1.9
15
100
0
58
27
10
13
48
1.75
12096272--12096352
31
2.6
31
78
17
98
25
2
2
69
1.14
12096459--12096492
17
2.0
17
88
0
50
29
0
0
70
0.87
12096406--12096500
47
2.0
49
83
8
124
32
4
3
60
1.32
12096491--12096724
43
5.4
43
83
5
258
24
18
28
27
1.98
12100258--12100300
21
2.0
21
90
0
68
32
25
16
25
1.96
12109571--12109643
38
1.9
38
86
5
103
24
0
10
64
1.26
12110822--12110904
33
2.7
30
73
10
76
24
8
45
21
1.79
12110835--12110911
36
2.2
34
86
6
102
24
10
38
25
1.87
12110882--12111393
99
5.2
98
77
13
543
14
6
49
30
1.67
12110882--12111393
51
10.5
48
78
15
448
14
6
49
30
1.67
12110933--12111086
48
3.4
42
72
23
123
14
5
48
31
1.67
12111164--12111386
105
2.1
105
84
0
302
13
4
52
29
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12110849--12111386
285
1.9
280
88
6
785
15
6
49
29
1.69
12114539--12114580
21
2.0
21
95
0
75
16
23
11
47
1.80
12126261--12126298
14
2.9
13
81
11
51
18
13
10
57
1.63
12131470--12131508
17
2.3
17
86
0
51
35
30
15
17
1.91
12140617--12140650
18
1.9
18
94
5
61
52
2
11
32
1.53
12145742--12145818
38
2.0
38
94
0
136
48
10
18
23
1.78
12148230--12148317
20
4.3
20
72
7
61
45
19
22
12
1.84
12149593--12149617
11
2.3
11
100
0
50
72
8
0
20
1.10
12150501--12150563
33
1.9
33
87
3
92
46
9
12
31
1.74
12151150--12151214
31
2.1
32
82
2
78
40
1
1
56
1.18
12158822--12158888
33
2.0
33
100
0
134
29
14
23
31
1.95
12159852--12160128
50
5.5
50
92
0
437
35
15
22
26
1.94
12160108--12160166
31
1.9
31
100
0
118
28
20
25
25
1.99
12160121--12160212
46
2.0
46
89
0
139
26
22
23
27
2.00
12160168--12160236
31
2.2
31
84
0
84
26
20
26
27
1.99
12163257--12163485
87
2.7
86
83
4
257
35
22
20
21
1.96
12163476--12163686
45
4.7
45
68
10
153
29
18
22
29
1.97
12163535--12163899
196
1.9
196
90
1
579
31
17
22
28
1.97
12165133--12165223
36
2.4
39
75
18
93
46
3
6
43
1.46
12165385--12165452
28
2.4
28
80
4
75
22
2
7
67
1.29
12169733--12169763
15
2.1
15
93
0
53
22
6
22
48
1.73
12170391--12170429
19
2.0
20
85
5
53
56
0
5
38
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12170431--12170469
17
2.3
17
90
0
60
48
2
2
46
1.29
12170512--12170562
9
5.7
9
76
4
50
58
1
0
39
1.09
12170531--12170645
18
6.3
18
66
22
60
48
0
0
49
1.13
12170585--12170621
11
3.2
12
81
11
51
48
0
0
51
1.00
12170572--12170669
40
2.6
37
88
8
135
42
1
1
55
1.13
12170874--12170912
17
2.3
17
90
0
60
48
0
2
48
1.15
12170880--12170916
17
2.2
17
90
0
56
54
0
0
45
1.00
12170879--12170958
42
1.9
42
85
10
110
47
3
1
47
1.28
12173554--12173973
95
4.2
99
86
6
550
12
6
49
31
1.66
12173790--12174266
87
5.2
87
79
15
391
14
5
48
31
1.68
12173554--12174291
51
14.5
51
75
14
537
13
6
48
31
1.68
12173940--12174008
36
1.9
36
90
0
111
20
7
43
28
1.78
12174027--12174096
36
1.9
36
91
0
113
21
7
42
28
1.79
12174066--12174164
45
2.4
39
71
18
90
12
5
51
31
1.60
12180767--12180816
24
2.1
23
82
14
57
32
10
6
52
1.59
12185731--12185838
26
4.2
26
93
0
189
36
24
7
32
1.83
12192789--12192896
26
4.2
26
89
4
164
37
23
7
32
1.82
12194633--12194874
122
2.0
122
92
0
403
42
11
20
25
1.85
12196021--12196046
13
2.0
13
100
0
52
15
15
0
69
1.20
12198685--12198756
36
2.0
36
94
0
126
41
18
9
30
1.82
12198835--12198875
7
5.9
7
100
0
82
29
0
0
70
0.87
12209708--12209970
140
1.9
140
87
1
393
28
18
20
32
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12210038--12210088
16
3.3
16
70
29
56
29
3
25
41
1.73
12210785--12210817
3
11.0
3
93
0
57
69
0
30
0
0.88
12214275--12214434
35
4.6
35
85
0
212
25
22
15
37
1.93
12216226--12216251
3
8.7
3
100
0
52
65
0
0
34
0.93
12218426--12218464
2
19.5
2
100
0
78
48
0
0
51
1.00
12220025--12220228
101
2.0
101
92
1
338
30
13
19
36
1.90
12222256--12222289
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
12222887--12222946
16
3.8
16
74
14
54
63
0
1
35
1.05
12225284--12225340
25
2.2
26
87
3
80
56
1
0
42
1.10
12236855--12236916
26
2.3
27
75
13
65
59
8
4
27
1.46
12236865--12236928
26
2.6
25
72
16
60
62
9
3
25
1.40
12238449--12238642
44
4.4
44
90
0
271
22
30
15
31
1.95
12238672--12238927
88
2.9
88
91
1
390
26
24
18
30
1.98
12238627--12239018
132
3.0
132
83
5
429
26
24
18
30
1.98
12238627--12239030
220
1.8
220
92
1
693
26
24
18
30
1.97
12239083--12239351
68
4.0
68
82
3
335
28
20
23
26
1.99
12239082--12239337
136
1.9
136
88
0
386
27
21
23
27
1.99
12239363--12239745
87
4.4
86
75
6
304
22
20
21
36
1.96
12239365--12240002
132
4.9
132
83
6
683
21
19
22
36
1.95
12239452--12240090
175
3.7
173
77
7
619
21
19
22
36
1.95
12239539--12240005
43
10.7
43
78
6
406
20
18
23
36
1.95
12239584--12240088
86
5.8
87
73
10
300
20
19
22
36
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12240106--12240405
42
7.0
43
70
8
234
19
25
21
33
1.97
12239995--12240200
106
2.0
105
91
2
333
20
22
23
33
1.98
12240098--12240416
86
3.7
86
97
0
593
19
24
22
33
1.97
12240098--12240412
44
7.3
44
68
8
243
20
24
22
33
1.97
12240520--12240646
66
1.9
66
95
0
227
35
11
19
33
1.87
12240522--12240625
32
3.2
32
63
20
79
38
9
19
32
1.84
12242341--12242410
1
70.0
1
79
0
77
2
0
7
90
0.56
12242341--12242410
17
4.2
16
87
8
95
2
0
7
90
0.56
12242341--12242410
24
3.0
23
87
10
97
2
0
7
90
0.56
12245197--12245230
6
5.8
6
96
3
61
47
17
17
17
1.84
12248117--12248178
26
2.3
27
75
13
65
59
8
4
27
1.46
12248127--12248190
26
2.6
25
72
16
60
62
9
3
25
1.40
12248239--12248288
21
2.3
21
79
3
55
60
0
10
30
1.30
12248319--12248362
2
22.0
2
95
0
79
52
0
0
47
1.00
12248318--12248367
8
6.2
8
92
0
55
54
0
0
46
1.00
12254585--12254671
45
2.0
43
93
4
147
42
10
12
34
1.77
12256154--12256223
34
2.1
34
97
0
131
50
5
4
40
1.46
12257561--12257590
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
12260616--12260656
19
2.1
20
86
4
57
31
9
2
56
1.45
12263273--12263330
29
2.0
30
82
3
73
25
24
3
46
1.68
12269904--12269941
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
12270190--12270230
19
2.1
20
86
4
57
31
9
2
56
1.45
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12272460--12272493
5
7.0
5
86
6
52
44
17
0
38
1.49
12275198--12275222
7
3.6
7
100
0
50
64
0
12
24
1.27
12282496--12282580
42
2.0
42
97
0
161
29
27
16
27
1.97
12285019--12285077
29
2.0
29
96
0
109
20
18
6
54
1.66
12285248--12285358
43
2.6
43
88
0
159
34
29
12
23
1.92
12291324--12291372
24
2.0
24
100
0
98
32
20
16
30
1.94
12295444--12295484
22
1.9
21
85
14
57
58
2
7
31
1.38
12296729--12296765
16
2.3
16
90
0
56
27
27
8
37
1.84
12302289--12302331
19
2.2
20
84
8
54
30
23
2
44
1.66
12305252--12305478
40
5.7
40
91
1
332
23
21
29
25
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438