genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  121  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35517392--35517543	40	3.8	40	82	6	173	23	26	22	27	1.99
35525381--35525588	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
35525407--35525588	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
35532261--35532385	43	3.0	42	83	2	142	31	28	19	20	1.97
35532272--35532385	42	2.7	43	83	1	131	32	27	20	20	1.97
35536306--35536374	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
35538003--35538040	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
35544316--35544384	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
35546013--35546050	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
35549287--35549546	49	5.4	48	94	2	400	30	9	31	29	1.88
35549648--35549769	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
35554805--35554940	29	4.7	29	81	4	130	27	13	23	35	1.93
35554892--35554963	29	2.4	29	86	2	90	26	19	25	29	1.99
35557112--35557242	48	2.8	48	87	2	185	35	25	17	22	1.95
35561474--35561500	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
35562166--35562375	43	4.9	43	81	2	208	31	25	15	26	1.96
35582756--35582967	71	3.0	72	77	4	259	48	13	3	33	1.61
35584925--35584970	22	2.1	22	84	8	58	58	8	2	30	1.40
35590025--35590063	11	3.5	11	89	0	60	12	10	17	58	1.61
35599073--35599170	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
35605664--35605741	39	2.1	38	87	4	113	46	2	15	35	1.60
35607967--35608027	30	2.0	30	87	0	86	40	6	24	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35609420--35609544	27	4.6	27	88	4	180	28	19	10	41	1.84
35610088--35610157	28	2.5	28	90	2	115	41	27	12	18	1.87
35611833--35611917	28	3.3	27	68	25	83	25	17	28	28	1.98
35613862--35614055	39	5.0	39	92	0	307	23	24	28	23	2.00
35624073--35624136	30	2.1	31	85	2	85	31	9	1	57	1.40
35628468--35628628	83	1.9	84	85	1	225	32	34	13	19	1.91
35636701--35637019	93	3.5	93	74	10	332	32	15	21	29	1.95
35636760--35637147	45	8.8	41	68	16	141	31	18	21	28	1.97
35636622--35637058	181	2.4	182	90	1	671	32	16	22	28	1.96
35637852--35637877	13	2.0	13	100	0	52	7	7	0	84	0.77
35638967--35639027	30	2.1	28	87	6	86	29	8	1	60	1.35
35650024--35650299	39	7.1	39	89	0	408	23	28	23	24	1.99
35650019--35650299	117	2.4	117	93	0	472	23	28	22	25	2.00
35670311--35670348	20	1.9	20	84	10	51	55	15	7	21	1.66
35675738--35675906	93	1.8	93	96	0	311	27	28	21	21	1.99
35675731--35675911	46	3.9	46	83	9	251	27	29	21	20	1.98
35677440--35677509	20	3.5	20	76	16	56	47	14	4	34	1.64
35679756--35679885	40	3.3	39	78	8	145	24	27	23	24	2.00
35679772--35679922	40	3.8	40	80	6	164	22	27	23	27	1.99
35679772--35679922	80	1.9	79	85	6	207	22	27	23	27	1.99
35683140--35683262	40	3.1	38	81	8	122	26	27	21	24	1.99
35683159--35683262	40	2.6	39	83	7	129	26	27	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35689333--35689397	25	2.9	23	80	15	66	64	9	1	24	1.31
35689359--35689397	19	2.0	20	90	5	62	69	10	2	17	1.28
35695185--35695225	5	8.0	5	86	2	55	73	7	0	19	1.07
35695185--35695223	10	3.9	10	96	0	69	74	7	0	17	1.05
35695775--35695822	20	2.3	21	79	10	55	45	6	8	39	1.59
35697065--35697121	24	2.4	23	83	13	80	49	1	1	47	1.22
35697897--35697922	12	2.2	12	100	0	52	69	15	0	15	1.20
35697965--35698192	122	1.9	122	85	3	316	28	22	3	45	1.70
35704658--35704695	20	1.9	20	88	0	58	10	36	31	21	1.87
35715048--35715145	43	2.3	43	79	8	110	34	26	16	22	1.95
35720040--35720122	37	2.3	37	95	2	150	44	13	3	38	1.61
35728806--35728902	43	2.3	42	82	5	115	31	26	18	22	1.97
35728869--35728967	44	2.3	42	81	8	119	35	24	16	24	1.95
35744680--35744714	17	2.1	17	100	0	70	54	5	5	34	1.48
35747700--35747727	13	2.2	13	100	0	56	35	35	0	28	1.58
35758134--35758313	67	2.8	64	79	9	186	25	30	15	28	1.96
35772215--35772397	40	4.6	40	77	6	149	25	24	26	24	2.00
35776817--35776952	27	5.0	27	77	5	123	41	20	8	29	1.81
35776931--35777016	27	3.1	27	81	9	93	39	13	9	37	1.78
35777070--35777130	27	2.3	27	80	5	70	36	18	24	21	1.95
35777944--35778013	25	2.8	25	84	4	79	22	22	27	27	1.99
35778161--35778251	42	2.2	42	93	0	155	32	13	21	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35780570--35780733	27	6.1	27	86	2	197	39	21	9	30	1.84
35780575--35780732	81	2.0	81	87	5	230	39	19	9	31	1.84
35780711--35780797	28	3.1	28	81	6	104	40	13	9	36	1.77
35781731--35781787	25	2.3	25	90	6	89	22	28	22	26	1.99
35781743--35781814	25	3.0	23	84	10	81	27	22	23	26	1.99
35781931--35782022	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
35782046--35782160	31	3.7	31	97	1	214	27	17	26	27	1.98
35784405--35784568	27	6.1	27	88	1	204	39	21	8	30	1.83
35784410--35784567	81	2.0	81	88	0	235	40	19	8	31	1.82
35784411--35784627	54	4.0	55	79	5	174	40	18	8	32	1.80
35784576--35784631	27	2.1	26	87	9	78	41	12	8	37	1.74
35785559--35785623	25	2.6	24	85	4	76	27	27	20	24	1.99
35785584--35785655	25	3.0	23	80	10	63	27	19	22	30	1.98
35785776--35785864	39	2.2	41	90	6	137	32	13	21	32	1.92
35785888--35786002	31	3.7	31	90	1	187	29	17	26	26	1.97
35795458--35795498	20	2.0	20	100	0	82	36	29	14	19	1.92
35810615--35810809	42	4.5	42	75	7	158	30	15	24	29	1.96
35820296--35820437	40	3.6	38	80	12	137	27	25	27	19	1.99
35820335--35820460	40	3.2	40	80	2	137	24	24	28	22	1.99
35826267--35826441	40	4.3	40	83	0	197	25	25	23	26	2.00
35829520--35829610	29	3.2	28	77	10	94	28	29	14	27	1.95
35842776--35842892	27	4.3	28	74	10	109	36	17	11	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35850920--35851113	50	3.9	49	79	6	194	24	19	28	27	1.98
35852912--35852942	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
35856801--35856915	18	6.1	17	76	12	95	30	0	22	46	1.58
35856802--35856914	57	2.0	57	89	0	172	30	0	23	46	1.58
35856815--35856927	9	12.2	9	79	5	118	30	0	21	46	1.57
35856802--35856927	57	2.2	57	86	0	171	30	0	21	46	1.57
35857742--35857791	23	2.2	23	96	0	91	34	14	16	36	1.88
35861195--35861227	13	2.5	14	85	14	52	27	0	42	30	1.56
35861199--35861230	13	2.5	13	95	5	57	34	0	40	25	1.56
35861699--35861733	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
35861837--35861910	26	2.8	26	87	4	96	48	2	8	40	1.47
35861846--35861920	26	2.9	26	90	4	107	44	4	6	45	1.48
35862150--35862254	14	7.3	14	72	9	68	45	35	0	18	1.56
35862196--35862254	21	2.8	21	78	0	64	45	35	0	18	1.50
35862149--35862254	15	7.3	15	68	13	53	45	34	0	18	1.57
35862768--35862822	28	1.9	29	82	10	69	58	7	0	34	1.26
35862958--35863041	40	2.1	40	84	6	109	27	22	17	32	1.97
35873404--35873467	30	2.2	29	97	2	119	34	23	17	25	1.96
35886635--35886816	40	4.6	40	87	2	260	25	26	23	23	2.00
35897598--35897670	28	2.6	28	80	0	83	26	15	32	26	1.95
35897645--35897698	28	1.9	28	88	0	81	20	12	38	27	1.89
35899749--35899966	40	5.5	40	91	1	323	22	28	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35902358--35902509	30	5.5	29	81	15	146	26	26	14	31	1.95
35902410--35902480	23	3.0	23	91	6	106	25	29	15	29	1.96
35902358--35902509	79	1.9	80	85	6	209	26	26	14	31	1.95
35910319--35910479	30	5.5	30	89	6	231	27	25	13	32	1.94
35910319--35910479	58	2.8	57	88	4	216	27	25	13	32	1.94
35928703--35928765	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
35941590--35941659	28	2.5	28	88	4	97	32	25	12	28	1.93
35942216--35942253	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
35942612--35942653	21	2.0	21	100	0	84	38	23	4	33	1.76
35944542--35944668	46	2.8	43	85	9	164	30	16	26	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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