genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  205  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63424203--63424307	42	2.5	42	76	13	108	22	20	27	28	1.99
63427716--63427899	40	4.5	40	73	10	124	27	17	24	30	1.97
63429632--63429793	42	3.9	41	77	3	162	28	23	16	31	1.96
63438564--63438716	42	3.7	41	82	8	193	31	24	13	30	1.94
63441046--63441144	27	3.7	27	83	2	119	28	7	23	41	1.80
63442699--63442872	46	3.8	46	78	13	212	28	29	21	21	1.98
63442707--63442876	93	1.8	92	93	1	295	27	29	21	21	1.99
63444305--63444472	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
63452329--63452496	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
63461650--63461802	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
63461619--63461801	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
63465376--63465447	36	2.0	36	97	0	135	22	20	25	31	1.98
63467003--63467097	31	3.1	31	96	0	172	24	22	15	37	1.93
63467289--63467431	24	6.0	24	90	4	200	26	22	21	29	1.99
63467289--63467430	47	3.0	48	89	5	198	26	22	21	28	1.99
63467288--63467431	71	2.0	72	87	4	211	26	22	21	29	1.99
63467482--63467541	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
63467584--63467631	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
63474065--63474217	39	3.9	39	93	0	252	17	24	33	24	1.96
63476375--63476415	6	6.5	6	89	10	64	80	2	0	17	0.82
63476375--63476417	20	2.2	20	91	0	68	81	2	0	16	0.79
63476437--63476486	9	5.6	9	92	0	82	28	10	16	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63497001--63497099	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
63501417--63501444	14	2.0	14	100	0	56	50	7	7	35	1.57
63504033--63504065	4	8.2	4	100	0	66	27	0	0	72	0.85
63505181--63505226	22	2.1	21	84	4	56	54	4	0	41	1.20
63507300--63507344	2	22.5	2	95	0	81	46	2	0	51	1.13
63507597--63507658	25	2.5	25	94	0	106	20	20	20	37	1.95
63508905--63508951	17	2.8	17	93	0	76	36	21	19	23	1.95
63509195--63509333	58	2.4	58	81	4	147	31	19	20	28	1.97
63517781--63517852	20	3.6	20	86	0	99	13	30	33	22	1.93
63519245--63519420	40	4.4	40	90	6	261	25	27	23	23	2.00
63527199--63527376	40	4.5	40	92	3	272	24	28	24	23	2.00
63533079--63533113	10	3.4	10	84	7	52	54	0	0	45	0.99
63533304--63533341	16	2.3	17	95	4	69	26	5	13	55	1.59
63533456--63533522	14	4.4	14	75	14	53	37	4	0	58	1.19
63534184--63534236	4	13.2	4	91	0	88	50	22	1	24	1.59
63547155--63547193	19	2.1	19	100	0	78	38	25	15	20	1.92
63580021--63580375	46	7.7	46	89	2	484	38	15	23	21	1.92
63580093--63580167	25	3.2	25	61	24	63	38	16	22	22	1.92
63580021--63580375	91	3.9	92	89	2	484	38	15	23	21	1.92
63585299--63585654	46	7.7	46	90	2	493	38	15	24	21	1.92
63590570--63590926	46	7.7	46	90	1	502	38	15	24	21	1.92
63592196--63592259	22	2.7	24	80	14	78	17	26	18	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63595919--63596031	46	2.5	45	86	1	154	38	15	25	21	1.92
63597297--63597360	22	2.7	24	80	14	78	17	26	18	37	1.93
63600864--63600999	54	2.5	54	97	0	263	26	18	24	30	1.98
63601032--63601398	46	8.0	46	89	1	504	37	15	24	22	1.92
63607101--63607344	51	4.9	51	84	2	280	28	24	20	26	1.99
63607112--63607346	100	2.3	100	81	3	276	28	25	20	25	1.99
63608575--63608618	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
63612312--63612440	46	2.8	45	90	4	195	30	28	21	19	1.98
63612320--63612459	46	3.0	45	85	4	122	29	28	21	20	1.98
63615144--63615190	24	2.0	24	87	8	69	53	17	2	27	1.55
63619105--63619362	39	6.6	41	89	6	385	27	25	22	23	1.99
63628590--63628809	40	5.5	40	83	4	239	24	26	23	25	2.00
63630581--63630842	40	6.6	41	89	3	376	28	25	22	24	1.99
63632265--63632307	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
63632265--63632303	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
63636272--63636336	28	2.3	28	81	5	78	29	21	23	26	1.99
63636492--63636551	27	2.3	27	79	2	68	41	20	20	18	1.90
63636690--63636751	27	2.3	27	82	0	70	29	19	17	33	1.95
63642080--63642154	27	2.8	27	78	8	80	38	17	17	26	1.92
63642281--63642332	27	2.0	26	84	3	68	23	23	17	36	1.95
63642495--63642559	28	2.4	28	84	2	78	27	23	21	27	1.99
63646214--63646363	41	3.7	41	85	1	221	20	23	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63649355--63649392	19	2.0	19	85	10	51	18	21	39	21	1.93
63650034--63650133	33	3.2	30	75	18	89	26	23	23	28	1.99
63650055--63650133	33	2.6	28	80	17	104	25	25	25	24	2.00
63652101--63652259	43	3.7	42	78	11	171	22	16	27	33	1.95
63659208--63659406	51	3.9	51	88	1	292	29	27	14	29	1.95
63659430--63659547	52	2.3	52	90	0	191	27	22	13	36	1.92
63659430--63659545	24	4.4	27	81	15	145	27	22	13	36	1.92
63663157--63663205	24	1.9	26	88	12	75	48	10	4	36	1.56
63665430--63665511	25	3.3	25	77	0	101	28	20	21	29	1.98
63665430--63665521	25	3.7	25	77	0	94	26	21	22	29	1.99
63665430--63665544	50	2.3	50	84	0	158	26	20	23	29	1.98
63667360--63667403	22	2.0	22	90	0	70	47	11	11	29	1.74
63669458--63669682	79	2.8	79	84	7	303	25	27	22	24	2.00
63669458--63669681	119	1.9	120	84	8	305	25	27	22	25	2.00
63669439--63669682	40	6.1	40	86	6	293	25	27	22	25	2.00
63673370--63673485	42	2.8	41	76	8	126	34	25	14	25	1.94
63678663--63678717	24	2.3	24	100	0	110	21	9	30	38	1.85
63681750--63681781	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
63684608--63684790	24	7.6	24	96	0	321	37	24	16	21	1.94
63708285--63708351	33	2.0	33	100	0	134	32	14	26	25	1.95
63710091--63710130	20	2.0	20	100	0	80	20	10	20	50	1.76
63711980--63712108	46	2.8	46	86	2	170	30	27	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63712531--63712590	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
63714753--63714928	46	3.8	46	77	10	178	21	19	28	30	1.98
63714750--63714921	93	1.8	93	88	0	263	22	20	28	29	1.98
63729695--63729761	4	16.8	4	84	0	80	58	40	0	1	1.07
63729695--63729761	6	11.2	6	91	0	80	58	40	0	1	1.07
63731321--63731578	114	2.3	114	83	3	308	38	10	30	20	1.86
63738820--63738893	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96
63739938--63739990	20	2.8	20	81	13	58	5	15	1	77	1.04
63746430--63746479	21	2.3	21	79	3	55	18	32	34	16	1.92
63748134--63748178	24	1.9	23	86	4	63	20	24	24	31	1.98
63753887--63753955	5	12.8	5	75	17	59	7	18	0	73	1.05
63753877--63753978	40	2.7	37	83	10	134	7	18	0	72	1.14
63753889--63753977	39	2.3	39	92	5	146	8	17	0	73	1.09
63753913--63753978	19	3.4	19	72	14	62	10	18	0	71	1.14
63753905--63753977	21	3.5	21	74	9	78	9	17	0	72	1.10
63759465--63759554	29	3.1	29	85	1	110	32	26	11	30	1.91
63767880--63767962	43	1.9	43	82	0	103	21	18	31	28	1.97
63769710--63769750	21	2.0	21	85	0	55	36	9	0	53	1.34
63770376--63770744	46	7.8	48	75	9	278	25	28	18	27	1.98
63773469--63773545	36	2.1	37	95	2	138	18	22	31	28	1.97
63780017--63780080	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
63780272--63780412	24	6.0	24	87	7	200	29	21	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63780293--63780411	23	5.1	23	90	5	186	30	21	20	28	1.98
63780293--63780412	46	2.6	47	93	2	206	30	20	20	29	1.98
63780469--63780525	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
63780457--63780527	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
63780462--63780516	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
63780564--63780611	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
63781847--63782266	27	15.6	27	85	5	503	40	9	22	27	1.84
63785102--63785165	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
63785356--63785497	24	6.0	24	90	5	218	28	21	21	28	1.99
63785377--63785496	23	5.1	23	93	3	204	29	20	21	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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