genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  233  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71952128--71952225	43	2.3	40	83	8	124	33	28	15	22	1.94
71956046--71956073	13	2.2	13	100	0	56	71	0	7	21	1.09
71960150--71960196	20	2.3	21	75	10	53	38	19	21	21	1.94
71966852--71966980	42	3.1	42	78	4	109	32	28	15	23	1.95
71966968--71967091	37	3.4	37	83	4	162	26	30	16	25	1.97
71970289--71970315	8	3.4	8	100	0	54	22	37	0	40	1.54
71978146--71978308	71	2.3	70	98	1	317	34	17	28	19	1.94
71984582--71984699	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
71984550--71984713	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
71990989--71991106	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
71990957--71991120	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
71993117--71993266	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
71993141--71993324	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
71999080--71999203	39	3.2	39	88	2	169	29	29	18	23	1.98
72003678--72003779	42	2.4	42	83	0	114	34	29	13	22	1.93
72003744--72003835	48	1.9	48	88	4	141	28	27	14	30	1.95
72003831--72003970	37	3.8	37	84	7	171	25	30	17	26	1.97
72003831--72003967	74	1.9	73	87	7	206	26	30	16	26	1.97
72005379--72005481	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
72013422--72013524	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
72017108--72017138	11	2.8	11	100	0	62	25	0	0	74	0.82
72018522--72018781	68	4.0	64	76	11	215	29	16	29	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72028526--72028559	16	2.1	17	88	5	52	73	0	20	5	1.04
72041761--72041792	15	2.1	15	94	0	55	56	3	25	15	1.54
72045735--72046008	46	6.0	47	88	3	353	22	22	14	40	1.90
72048087--72048134	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
72049026--72049118	42	2.2	42	94	0	168	30	33	19	17	1.95
72050008--72050178	44	3.7	45	84	9	195	22	31	19	25	1.98
72049906--72050178	140	1.9	142	80	10	321	23	30	20	26	1.98
72051559--72051642	43	2.0	43	86	4	118	25	22	2	50	1.61
72065483--72065581	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
72072874--72072972	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
72076154--72076337	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
72076194--72076382	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
72081963--72082052	30	3.2	30	63	30	79	18	4	33	43	1.70
72081958--72082077	55	2.2	55	98	0	231	20	5	32	42	1.73
72090455--72090539	44	1.9	44	83	9	111	31	27	18	22	1.97
72092073--72092175	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
72095456--72095562	54	2.0	54	98	0	205	32	23	14	28	1.95
72096848--72096880	17	1.9	17	100	0	66	33	6	24	36	1.80
72101475--72101577	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
72108221--72108264	21	2.1	21	95	0	79	31	6	13	47	1.69
72109810--72110033	79	2.8	79	86	6	310	26	20	26	25	1.99
72109810--72110033	40	5.7	40	89	6	282	26	20	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72109817--72110066	79	3.2	78	82	11	285	28	20	26	26	1.99
72125626--72125807	40	4.6	39	89	4	251	28	18	26	26	1.98
72125613--72125807	39	4.9	40	88	7	258	27	19	26	26	1.99
72125613--72125807	79	2.5	77	85	8	259	27	19	26	26	1.99
72127184--72127325	60	2.4	60	98	0	275	26	15	24	33	1.95
72134270--72134421	43	3.5	43	93	0	259	11	25	32	31	1.91
72137451--72137476	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
72138176--72138264	36	2.5	35	80	10	92	46	15	6	31	1.72
72141858--72141895	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
72142124--72142292	46	3.7	45	77	13	182	30	28	18	21	1.97
72142125--72142295	93	1.8	93	92	0	288	30	28	19	21	1.97
72144692--72144754	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
72166748--72166880	69	1.9	70	92	1	223	32	13	17	36	1.89
72168201--72168495	47	6.3	47	92	0	464	35	8	28	27	1.86
72170881--72171268	40	9.7	40	91	0	535	25	21	28	24	1.99
72173325--72173457	69	1.9	70	92	1	223	32	13	17	36	1.89
72174778--72175072	47	6.3	47	92	0	464	35	8	28	27	1.86
72177456--72177843	40	9.7	40	90	0	526	25	21	28	24	1.99
72179899--72180031	69	1.9	70	92	1	223	32	13	17	36	1.89
72181023--72181137	24	4.8	24	89	3	151	24	33	5	36	1.78
72188978--72189053	24	3.2	24	88	0	116	19	35	5	39	1.75
72190174--72190229	31	1.9	28	86	13	78	28	16	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72195965--72196049	32	2.6	34	80	14	97	67	1	11	20	1.29
72210694--72210742	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
72211563--72211729	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
72213412--72213481	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
72213412--72213493	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
72219103--72219137	15	2.2	16	90	5	54	42	14	5	37	1.69
72222540--72222566	13	2.1	13	100	0	54	22	14	14	48	1.81
72224025--72224092	27	2.5	27	92	2	109	30	27	14	26	1.95
72229265--72229303	17	2.3	17	95	0	69	17	30	35	15	1.91
72229479--72230008	27	19.6	27	83	0	655	39	20	9	31	1.83
72229479--72230008	54	9.8	54	90	0	763	39	20	9	31	1.83
72229479--72230144	108	6.2	108	85	1	719	38	20	9	31	1.84
72229479--72230107	27	23.3	26	77	5	369	39	20	9	31	1.84
72230136--72230374	27	8.9	27	86	2	286	37	17	18	25	1.93
72230896--72230981	31	2.8	31	82	10	106	20	17	12	48	1.80
72230896--72230989	6	15.3	6	72	16	77	20	17	13	48	1.80
72230896--72230980	37	2.3	37	85	0	116	20	17	12	49	1.79
72244101--72244162	27	2.3	27	88	5	90	17	20	25	35	1.95
72247032--72247199	40	4.2	40	81	8	182	26	29	21	22	1.99
72247032--72247199	80	2.1	80	84	6	216	26	29	21	22	1.99
72249313--72249496	40	4.6	40	88	2	246	28	26	22	23	1.99
72253739--72253809	33	2.2	33	97	0	133	40	18	12	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72259270--72259332	22	2.8	23	83	9	76	22	28	11	38	1.88
72259552--72259608	16	3.4	16	75	4	51	36	12	12	38	1.80
72261209--72261371	39	4.2	39	91	0	245	23	19	31	25	1.98
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72270156--72270182	9	3.0	9	100	0	54	22	0	33	44	1.53
72275567--72275633	27	2.5	26	85	4	89	20	20	19	38	1.93
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72291346--72291536	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
72291386--72291536	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
72299386--72299576	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
72299426--72299576	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
72304326--72304426	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
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72311293--72311483	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
72311333--72311483	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
72315868--72315928	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
72328772--72328932	43	3.8	41	69	13	112	25	16	24	33	1.96
72334555--72334589	17	2.1	17	100	0	70	28	11	22	37	1.89
72336320--72336484	43	3.8	44	72	11	137	26	17	24	32	1.97
72344110--72344170	30	2.0	30	83	0	77	29	22	9	37	1.87
72350832--72350876	22	2.0	22	84	16	58	73	4	0	22	1.01
72350831--72350868	17	2.2	18	85	4	51	76	2	0	21	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72356103--72356276	49	3.5	50	85	6	221	37	14	14	33	1.86
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72362563--72362623	30	2.0	30	87	0	86	40	4	24	29	1.76
72364977--72365160	40	4.6	39	80	9	185	25	22	27	25	2.00
72365029--72365193	79	2.1	79	84	6	210	26	21	26	24	2.00
72374542--72374715	47	3.7	47	79	6	192	24	29	20	25	1.99
72375411--72375435	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
72380554--72380617	31	2.1	31	93	0	110	46	12	17	23	1.81
72382200--72382420	124	1.8	122	80	6	268	32	11	23	32	1.90
72382379--72382529	40	3.8	40	75	6	137	27	23	26	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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