genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.353.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  353  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110044233--110044291	27	2.2	26	81	3	73	28	10	16	44	1.81
110044313--110044465	27	5.8	26	73	12	107	30	9	23	36	1.86
110044297--110044403	54	2.0	53	81	5	126	30	9	21	38	1.85
110044327--110044438	26	4.3	25	76	14	68	28	9	25	36	1.88
110044322--110044438	52	2.2	54	79	8	125	29	10	23	35	1.88
110044428--110044598	27	6.4	27	85	5	222	39	7	24	29	1.81
110044428--110044598	54	3.2	54	87	3	249	39	7	24	29	1.81
110044418--110044622	27	7.7	27	82	4	211	37	7	23	31	1.82
110044428--110044598	81	2.1	79	89	4	254	39	7	24	29	1.81
110046581--110046727	30	4.9	30	82	9	158	48	14	17	19	1.80
110046602--110046752	24	5.7	24	75	19	122	48	15	17	18	1.82
110046602--110046727	6	20.8	6	78	16	136	49	14	17	19	1.80
110046884--110046985	27	3.8	26	85	5	123	37	21	22	18	1.94
110047143--110047207	22	3.0	22	82	8	78	33	23	23	20	1.97
110047632--110048190	27	21.3	27	86	4	682	25	21	18	33	1.96
110047632--110048190	53	10.6	53	84	6	620	25	21	18	33	1.96
110047633--110048190	80	7.1	80	84	7	644	25	21	18	34	1.96
110048175--110048246	26	2.7	27	85	6	94	27	9	20	41	1.84
110048374--110048546	27	6.4	27	86	2	240	38	6	24	29	1.82
110048374--110048546	81	2.1	81	91	2	276	38	6	24	29	1.82
110048185--110048570	27	14.7	27	74	10	140	33	9	22	35	1.85
110048374--110048591	81	2.7	81	84	1	213	37	6	23	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110050537--110050683	30	4.9	30	82	9	158	48	14	17	19	1.80
110050558--110050708	24	5.7	24	75	19	122	48	15	17	18	1.82
110050558--110050683	6	20.8	6	78	16	136	49	14	17	19	1.80
110050840--110050941	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
110051099--110051163	22	3.0	21	74	17	60	33	23	23	20	1.97
110051627--110051703	26	3.2	22	83	15	66	25	14	16	42	1.86
110051589--110052175	27	22.3	27	85	5	666	25	21	19	34	1.96
110051936--110051975	19	2.1	19	100	0	80	27	25	20	27	1.99
110052170--110052340	27	6.4	27	77	0	101	29	9	21	39	1.85
110052130--110052290	81	2.0	81	80	4	182	27	12	22	37	1.90
110052198--110052340	54	2.7	54	78	5	155	30	9	20	39	1.85
110052160--110052314	81	1.9	81	84	2	204	28	9	21	40	1.84
110052370--110052538	27	6.3	27	85	1	214	39	6	24	30	1.80
110052370--110052538	81	2.1	81	91	2	268	39	6	24	30	1.80
110052410--110052583	81	2.1	81	81	0	195	37	7	20	33	1.81
110054836--110054897	31	2.0	31	100	0	124	22	3	22	51	1.62
110066536--110066594	27	2.2	27	81	6	66	20	23	22	33	1.97
110074333--110074496	40	4.1	40	91	3	233	28	28	20	22	1.99
110074457--110074652	64	3.1	64	59	18	140	32	26	13	28	1.93
110074462--110074707	123	2.0	123	99	0	483	33	26	11	28	1.91
110082395--110082537	40	3.6	40	89	3	200	26	27	22	23	2.00
110082374--110082537	80	2.0	80	84	4	215	28	27	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110085080--110085213	37	3.6	37	86	2	180	23	31	17	26	1.97
110085247--110086107	48	17.8	48	92	2	1364	31	27	6	34	1.82
110089709--110089980	40	6.8	40	95	0	463	25	26	20	26	1.99
110091159--110091292	37	3.6	37	92	2	225	23	29	18	28	1.98
110091328--110091698	48	7.7	48	92	0	598	30	27	6	35	1.83
110098381--110098533	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
110098350--110098532	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
110110248--110110379	37	3.6	37	92	2	212	25	29	17	28	1.97
110110414--110111031	48	12.9	48	95	1	1060	30	27	7	33	1.85
110110414--110111031	145	4.3	144	96	0	1096	30	27	7	33	1.85
110114187--110114238	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
110114432--110114525	40	2.3	40	98	0	179	28	28	18	24	1.98
110116403--110116571	37	4.6	37	90	1	259	24	26	18	30	1.98
110116607--110116933	48	6.8	48	94	0	548	30	28	7	33	1.84
110121808--110121933	60	2.1	60	95	0	225	37	17	25	19	1.94
110123684--110123901	40	5.5	40	89	1	314	24	22	27	25	2.00
110126130--110126194	32	2.0	32	96	0	121	32	32	12	23	1.91
110126655--110126696	15	2.8	15	96	0	75	26	42	21	9	1.83
110131125--110131357	48	4.9	48	87	0	304	19	15	28	36	1.93
110136588--110136737	39	3.8	40	88	2	180	25	31	20	22	1.98
110136622--110136737	39	2.9	39	93	1	187	25	32	18	23	1.97
110144212--110144357	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110144244--110144395	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
110153292--110153437	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
110153324--110153475	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
110161366--110161513	39	3.8	39	80	13	146	22	27	23	27	1.99
110170999--110171248	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
110175272--110175343	28	2.5	28	88	6	101	29	27	13	29	1.95
110179239--110179432	39	4.9	39	94	0	334	24	32	20	23	1.98
110184665--110184748	34	2.5	34	88	5	109	30	20	17	30	1.96
110184674--110184748	34	2.2	34	92	4	125	30	18	20	30	1.96
110193798--110193995	71	2.8	70	91	3	285	33	17	28	20	1.95
110193832--110193995	71	2.3	71	98	0	319	35	17	28	19	1.94
110198025--110198072	23	2.1	23	100	0	96	29	4	35	31	1.76
110200367--110200423	27	2.1	27	100	0	114	43	33	3	19	1.68
110203179--110203329	43	3.5	42	81	7	162	22	17	27	33	1.96
110209041--110209326	40	7.2	40	92	0	466	28	25	23	22	1.99
110210705--110210730	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
110211136--110211259	27	4.6	27	75	12	103	41	24	8	26	1.82
110211187--110211290	27	3.9	27	79	5	102	41	22	8	27	1.83
110211282--110211692	27	15.2	27	89	1	545	30	22	8	39	1.82
110212203--110212324	6	19.8	6	67	14	61	21	18	11	49	1.78
110212215--110212281	31	2.2	31	88	0	98	20	20	11	46	1.82
110212225--110212312	37	2.4	37	92	0	140	21	19	12	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110212294--110212333	12	3.4	11	89	6	53	17	10	15	57	1.64
110216772--110216837	29	2.3	29	94	0	114	37	21	19	21	1.94
110216931--110217066	43	3.2	43	71	15	111	24	18	23	33	1.97
110222407--110222587	43	4.2	44	87	2	244	27	16	24	30	1.97
110231188--110231217	15	1.9	16	93	6	53	40	20	0	40	1.52
110233134--110233433	39	7.6	40	86	4	382	24	22	27	25	2.00
110235370--110235487	44	2.7	43	78	8	114	34	27	11	26	1.91
110244623--110244806	40	4.6	40	90	1	271	26	28	22	23	1.99
110244776--110245021	123	2.0	123	97	0	465	33	25	12	28	1.92
110255334--110255504	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
110255326--110255506	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
110258481--110258531	26	1.9	27	84	4	68	31	7	13	47	1.72
110261446--110261499	2	25.5	2	78	10	54	42	7	1	48	1.42
110262745--110262801	26	2.2	26	81	9	62	28	19	17	35	1.94
110272828--110273160	146	2.3	147	90	4	514	29	18	27	25	1.98
110272838--110273110	48	5.7	47	77	8	271	28	17	27	26	1.98
110272838--110273159	98	3.3	97	77	9	305	29	18	27	25	1.98
110275360--110275440	38	2.1	38	95	0	144	43	33	1	22	1.61
110276419--110276471	18	2.9	18	85	0	70	30	15	16	37	1.90
110283773--110283801	14	2.0	15	93	6	51	20	0	27	51	1.47
110284415--110284439	13	1.9	13	100	0	50	24	4	24	48	1.68
110284429--110284685	43	6.0	43	88	3	374	25	15	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110308209--110308241	16	2.1	16	88	5	50	36	3	0	60	1.12
110311823--110311864	6	7.0	6	100	0	84	33	33	0	33	1.58
110312698--110312748	16	3.0	17	80	13	52	47	3	1	47	1.32
110314650--110314766	62	1.9	59	84	5	153	49	4	5	41	1.44
110319024--110319335	46	6.6	45	74	12	195	22	28	19	28	1.98
110319655--110319713	30	2.0	30	93	0	100	25	23	13	37	1.92
110321755--110321816	31	2.0	31	93	0	106	24	17	12	45	1.84
110321952--110322026	22	3.4	22	70	14	73	60	12	14	13	1.60
110334567--110334636	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
110340970--110341179	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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