genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  229  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70514368--70514485	59	2.0	59	100	0	236	49	16	10	23	1.77
70523445--70523672	43	5.2	45	70	13	143	26	23	20	29	1.98
70523469--70523672	43	4.7	42	69	14	146	25	24	21	29	1.99
70523103--70523681	135	4.3	134	86	3	794	26	22	20	30	1.98
70537373--70537425	23	2.3	24	74	9	56	71	11	5	11	1.29
70545588--70545726	69	2.0	69	98	0	269	26	12	32	28	1.93
70553919--70554152	117	2.0	117	98	1	452	43	14	13	28	1.84
70557942--70558043	23	4.4	23	79	9	127	36	4	17	41	1.71
70557942--70558056	23	5.0	23	76	6	117	37	5	16	40	1.71
70559563--70559621	31	1.9	31	92	0	100	40	5	6	47	1.52
70559561--70559626	31	2.1	31	85	0	96	40	9	6	43	1.61
70566714--70566986	49	5.7	50	76	12	186	21	30	20	27	1.98
70566711--70566984	94	2.9	95	76	7	277	21	29	20	27	1.98
70566712--70566979	142	1.9	143	82	9	345	22	30	20	27	1.98
70579181--70579364	50	3.7	50	81	5	223	29	26	17	25	1.98
70587955--70588026	28	2.5	29	86	4	92	27	13	27	30	1.94
70595850--70595950	28	3.5	30	85	6	127	29	12	26	30	1.93
70595879--70595954	29	2.7	28	84	13	102	30	11	26	31	1.92
70603796--70603867	28	2.5	29	86	4	92	27	13	27	30	1.94
70605259--70605477	46	4.7	48	83	7	245	23	27	21	27	1.99
70605861--70605917	30	1.9	30	96	0	105	26	22	15	35	1.94
70609940--70610081	40	3.6	40	92	4	227	23	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70615279--70615305	13	2.1	13	100	0	54	14	33	29	22	1.94
70621671--70621855	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
70621672--70621863	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
70629683--70629867	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
70629684--70629875	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
70629683--70629900	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
70634008--70634037	14	2.1	14	100	0	60	33	23	0	43	1.54
70639054--70639155	29	3.5	29	95	0	186	29	14	29	26	1.95
70639054--70639215	29	5.6	29	84	2	107	26	16	32	25	1.96
70639050--70639176	58	2.2	59	85	4	179	29	14	30	25	1.95
70647031--70647130	29	3.5	29	94	2	177	29	15	30	26	1.95
70647031--70647190	29	5.6	29	82	4	98	26	16	32	25	1.96
70647027--70647156	56	2.3	55	83	8	149	27	14	32	25	1.95
70647027--70647151	58	2.2	58	84	7	168	28	15	31	24	1.95
70652672--70652775	27	3.8	26	75	9	84	34	10	27	26	1.90
70653448--70660205	877	7.7	881	84	2	8095	34	16	18	31	1.93
70660319--70660385	35	1.9	35	93	0	116	25	14	16	43	1.86
70663072--70663117	17	2.7	18	76	6	51	23	10	13	52	1.71
70666817--70666905	43	2.1	43	100	0	178	37	13	19	30	1.90
70668057--70668134	25	3.2	25	68	17	65	20	23	16	39	1.92
70668356--70668384	14	2.1	14	100	0	58	27	20	6	44	1.77
70673250--70673570	46	6.9	46	72	14	185	27	20	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70673257--70673604	138	2.5	136	81	6	380	26	19	29	24	1.98
70678516--70678719	40	5.1	40	84	2	248	25	21	26	26	1.99
70680295--70680408	51	2.4	48	85	11	148	18	18	32	30	1.95
70684460--70684527	34	2.0	34	97	0	127	33	35	16	14	1.89
70689897--70689930	15	2.3	15	100	0	68	38	32	0	29	1.58
70693618--70693715	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
70701295--70701392	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
70707083--70707177	26	3.4	27	71	22	88	18	5	21	54	1.63
70707079--70707197	58	2.1	58	98	0	229	21	5	19	54	1.63
70707099--70707189	26	3.3	26	71	21	85	23	4	20	51	1.65
70708636--70708694	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
70710749--70710849	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
70718693--70718793	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
70722089--70722215	47	2.7	47	80	0	146	32	29	14	22	1.94
70728612--70728658	23	2.0	24	83	4	60	53	12	6	27	1.63
70730120--70730303	48	3.9	48	89	1	271	27	16	26	29	1.97
70730118--70730303	95	1.9	96	90	1	293	26	16	26	29	1.97
70733512--70733606	40	2.4	40	82	7	113	23	25	27	24	2.00
70739782--70739821	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
70741533--70741570	19	2.0	19	100	0	76	47	26	5	21	1.71
70751218--70751377	41	3.9	41	78	12	177	22	22	28	26	1.99
70759972--70760028	30	1.9	30	96	0	105	26	17	22	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70762279--70762406	47	2.7	47	81	0	139	32	28	14	25	1.95
70768886--70769022	40	3.4	40	94	2	231	26	23	27	23	2.00
70772486--70772523	20	1.9	20	100	0	76	28	28	15	26	1.96
70779297--70779861	48	11.9	48	90	1	859	29	27	7	35	1.85
70779297--70779861	190	3.0	191	91	1	902	29	27	7	35	1.85
70795352--70795535	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
70798344--70798551	79	2.6	80	77	6	181	24	30	23	22	1.99
70798444--70798551	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
70811282--70811307	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
70814028--70814128	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
70821948--70822048	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
70832614--70832742	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
70832622--70832761	46	3.0	45	88	4	140	28	29	21	20	1.98
70835618--70835737	43	2.8	43	70	10	111	30	27	12	29	1.93
70844689--70845158	94	5.0	94	96	0	859	30	10	19	39	1.86
70845187--70845250	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
70849821--70849984	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
70849821--70850018	71	2.8	70	91	3	267	20	28	17	33	1.95
70856907--70857070	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
70856907--70857104	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
70865076--70865148	29	2.5	29	93	0	119	28	16	28	26	1.97
70865076--70865208	29	4.6	29	80	5	99	26	17	31	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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70907597--70907762	80	2.1	79	84	7	212	27	20	26	25	1.99
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70951146--70951256	42	2.6	41	81	5	123	29	16	26	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70952993--70953129	43	3.2	43	76	8	127	28	22	19	29	1.98
70955888--70955947	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
70957919--70958029	42	2.6	41	81	5	123	29	16	26	27	1.97
70959768--70959904	43	3.2	43	76	8	127	28	22	19	29	1.98
70965091--70965117	13	2.1	13	100	0	54	18	37	29	14	1.91
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70994998--70995063	23	2.9	23	93	0	105	59	6	15	19	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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