genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.409.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  409  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127176920--127176949	14	2.1	14	100	0	60	33	6	0	60	1.23
127176920--127177076	64	2.5	58	75	16	136	34	6	5	54	1.48
127177007--127177064	23	2.6	23	83	8	66	34	3	5	56	1.38
127176930--127177013	23	3.3	23	73	17	62	34	8	4	52	1.53
127177169--127177203	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
127177260--127177321	29	2.1	29	85	5	81	27	4	4	62	1.36
127177291--127177354	25	2.5	25	82	2	83	32	7	6	53	1.55
127178392--127178432	20	2.1	19	90	4	64	19	9	0	70	1.14
127180694--127180794	48	2.1	48	85	3	141	29	26	7	35	1.85
127183021--127183067	5	8.8	5	93	4	58	14	2	0	82	0.75
127183026--127183067	6	7.5	6	94	5	63	16	0	0	83	0.65
127183021--127183067	11	4.3	11	86	10	69	14	2	0	82	0.75
127186496--127186520	11	2.3	11	100	0	50	56	0	8	36	1.29
127186844--127186883	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
127199350--127199384	4	9.2	4	87	12	56	74	0	25	0	0.82
127200057--127200113	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
127200508--127200566	21	2.8	21	97	0	109	15	28	27	28	1.96
127200508--127200578	21	3.4	21	88	3	99	16	26	26	29	1.97
127200487--127200592	42	2.5	42	81	6	115	16	21	25	35	1.95
127208944--127209041	48	2.0	49	96	2	180	27	15	20	36	1.93
127211754--127211803	16	3.1	16	79	2	55	34	2	0	64	1.05
127219612--127219652	21	2.0	21	85	4	57	36	0	2	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127222300--127222340	5	8.0	5	89	5	64	24	0	0	75	0.80
127229850--127229902	27	2.0	27	88	0	79	39	1	7	50	1.41
127234174--127234346	46	3.8	46	77	15	187	28	30	21	20	1.98
127234181--127234351	91	1.9	93	92	2	292	27	30	21	20	1.98
127236734--127236802	15	4.7	15	75	12	72	57	13	17	11	1.64
127236736--127236811	15	5.2	15	73	10	68	56	15	15	11	1.67
127239738--127239910	93	1.9	93	90	0	274	27	29	21	21	1.98
127239739--127239909	46	3.7	46	79	4	191	28	28	21	21	1.99
127244412--127244456	22	2.0	22	100	0	90	48	15	13	22	1.79
127249651--127249718	16	4.4	15	71	14	50	54	1	2	41	1.24
127249943--127250009	4	16.2	4	84	6	62	35	0	64	0	0.94
127249972--127250035	10	6.4	10	76	7	58	43	1	54	0	1.09
127249957--127250036	38	2.1	38	86	4	108	42	1	56	0	1.07
127249972--127250035	4	16.0	4	80	6	58	43	1	54	0	1.09
127255560--127255613	24	2.3	23	87	3	72	61	9	3	25	1.43
127257496--127257549	24	2.2	24	90	0	81	22	22	14	40	1.90
127260000--127260045	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
127263842--127263895	24	2.2	24	100	0	108	35	7	24	33	1.83
127271846--127271982	67	2.0	67	95	0	247	39	9	17	33	1.82
127272757--127272881	62	2.0	62	95	3	225	44	18	9	27	1.80
127273855--127273898	16	2.6	17	85	10	63	38	15	2	43	1.60
127279343--127279418	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127279379--127279469	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
127279372--127279469	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
127279829--127280044	45	4.8	45	69	8	170	26	25	16	31	1.96
127279984--127280279	78	3.8	78	85	2	405	25	22	17	34	1.96
127279984--127280279	157	1.9	156	86	2	423	25	22	17	34	1.96
127289082--127289157	22	3.7	21	76	15	77	42	17	5	35	1.72
127289118--127289189	17	3.9	18	87	7	101	37	15	9	37	1.80
127289681--127289720	19	2.2	19	86	4	55	52	0	2	45	1.14
127291617--127291646	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
127295280--127295304	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
127295650--127295678	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
127297447--127297478	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
127298027--127298072	22	2.1	22	84	8	58	63	4	21	10	1.44
127298165--127298190	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
127298752--127298778	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
127308270--127308313	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
127317004--127317251	137	1.8	137	86	4	365	53	14	8	23	1.68
127316936--127317311	137	2.8	137	72	13	323	52	13	11	22	1.72
127316936--127317320	138	2.8	136	72	14	323	52	13	11	22	1.72
127322735--127322798	13	5.3	12	78	15	62	65	1	29	3	1.17
127322738--127322796	18	3.2	17	79	13	64	66	1	28	3	1.18
127324911--127324965	24	2.3	24	83	0	65	32	20	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127329978--127330072	30	3.2	30	73	8	86	45	29	10	14	1.79
127329989--127330121	30	4.7	27	75	5	95	44	27	15	12	1.82
127330053--127330124	27	2.7	27	84	0	90	43	25	18	13	1.86
127336273--127336378	25	4.2	26	95	4	198	35	26	6	31	1.82
127337131--127337348	92	2.4	92	88	1	303	32	11	14	40	1.83
127338014--127338057	22	2.1	22	88	12	67	31	0	9	59	1.29
127338912--127338951	20	2.0	21	90	5	64	32	17	12	37	1.87
127346328--127346363	18	1.9	19	88	5	56	63	2	2	30	1.22
127346951--127347045	29	3.2	32	62	17	85	47	7	14	30	1.72
127346933--127347046	58	2.0	58	100	0	228	46	7	13	33	1.70
127350201--127350245	6	7.5	6	89	0	72	2	42	17	37	1.62
127357832--127357857	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
127361569--127361616	21	2.3	20	80	13	53	37	8	4	50	1.52
127362881--127362922	16	2.6	16	96	0	75	47	11	0	40	1.40
127362881--127362934	16	3.0	18	84	15	60	46	12	1	38	1.53
127364051--127364082	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
127365005--127365109	51	2.1	51	98	0	201	20	14	25	40	1.90
127366725--127366775	15	3.4	15	86	5	59	52	1	0	45	1.12
127366704--127366760	20	2.8	20	78	5	62	59	3	0	36	1.14
127366718--127366775	15	3.6	16	79	11	57	53	3	0	43	1.17
127373021--127373062	20	2.1	20	100	0	84	59	19	4	16	1.54
127373207--127373248	14	2.9	15	86	10	61	47	0	7	45	1.30
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127374247--127374281	17	2.1	17	89	10	54	71	0	0	28	0.86
127374247--127374280	18	1.9	17	88	5	50	73	0	0	26	0.83
127374535--127374610	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
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127374571--127374661	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
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127375600--127376288	248	2.9	236	87	5	999	24	23	19	33	1.97
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127385710--127385748	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
127391981--127392010	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
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127409382--127409406	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
127427142--127427237	35	2.7	35	86	0	138	39	30	11	18	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127429322--127429389	23	3.0	23	91	0	100	10	7	35	47	1.66
127433070--127433188	43	2.8	42	80	8	125	35	27	15	21	1.94
127433120--127433232	43	2.7	42	78	5	120	35	29	15	19	1.93
127437002--127437116	3	38.7	3	82	14	123	69	2	1	26	1.11
127437210--127437272	16	3.9	16	80	12	76	69	0	3	26	1.03
127437304--127437355	22	2.5	20	82	11	68	73	3	0	23	1.00
127441556--127441616	30	2.0	30	83	0	77	13	21	34	31	1.91
127443249--127443318	33	2.2	30	82	9	86	52	2	5	38	1.40
127443535--127443760	3	72.0	3	76	11	147	60	5	2	30	1.34
127444239--127444276	11	3.3	12	89	10	62	50	0	50	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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