genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  179  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55246855--55247072	80	2.7	79	82	9	266	25	20	27	26	1.99
55249131--55249264	47	2.8	49	86	5	193	25	32	19	23	1.98
55249312--55249432	46	2.7	44	87	7	154	23	31	19	24	1.98
55256349--55256398	25	2.0	25	81	11	59	8	34	2	56	1.40
55263124--55263187	27	2.4	27	84	5	67	26	17	18	37	1.93
55263406--55263439	17	1.9	17	88	5	50	20	38	26	14	1.91
55266017--55266069	27	2.0	27	85	7	72	26	15	22	35	1.93
55269282--55269433	27	5.6	27	78	6	155	40	21	8	29	1.82
55269276--55269451	54	3.3	54	80	3	201	39	21	8	30	1.83
55269282--55269485	81	2.5	82	78	7	186	39	20	8	31	1.83
55269480--55269597	27	4.4	27	83	0	146	33	22	19	25	1.97
55269480--55269605	54	2.3	54	84	0	162	32	20	22	24	1.98
55270302--55270364	28	2.3	27	78	15	67	17	19	23	39	1.92
55276970--55277120	27	5.7	26	75	6	124	41	21	7	30	1.80
55276964--55277121	53	2.9	54	78	7	160	39	21	6	31	1.80
55277103--55277174	27	2.7	27	72	8	67	40	25	9	25	1.86
55277159--55277211	27	2.0	27	88	0	79	33	16	22	26	1.96
55277839--55277890	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
55283931--55283974	17	2.6	17	89	7	63	25	11	27	36	1.90
55292836--55292886	19	2.7	19	93	0	84	13	39	25	21	1.90
55302691--55302739	25	2.0	25	95	0	89	26	20	10	42	1.84
55303467--55303697	48	4.9	48	78	7	235	25	26	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55303467--55303698	96	2.5	96	82	6	273	25	26	19	28	1.99
55303651--55303733	42	2.0	42	82	0	103	26	26	18	28	1.98
55306369--55306434	20	3.3	20	85	2	89	28	6	24	40	1.79
55307019--55307289	43	6.3	43	80	5	307	25	23	25	25	2.00
55307022--55307264	129	1.9	129	88	1	371	23	23	26	25	2.00
55307341--55307421	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
55309162--55309405	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
55309492--55309807	64	5.1	64	58	17	153	34	26	10	28	1.90
55309374--55310079	123	5.8	123	97	0	1299	34	25	10	29	1.89
55319235--55319364	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
55319251--55319402	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
55319251--55319402	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
55321726--55322137	198	2.1	199	97	0	772	28	20	17	33	1.95
55322429--55322473	11	3.9	11	80	11	54	44	0	0	55	0.99
55322462--55322493	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
55322785--55322812	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
55323405--55323438	14	2.4	14	90	9	52	44	23	0	32	1.54
55323600--55323821	41	5.4	41	92	0	356	18	23	23	33	1.97
55338084--55338153	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
55343941--55344088	40	3.7	40	85	3	181	25	22	27	23	2.00
55349292--55349361	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
55355810--55355859	24	2.1	24	92	0	82	54	14	2	30	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55355994--55356235	90	2.7	91	85	1	310	34	14	22	27	1.94
55359927--55359960	16	2.1	16	88	0	50	17	11	11	58	1.62
55366026--55366129	51	2.0	51	96	0	190	50	5	20	23	1.69
55371213--55371273	30	2.0	30	90	0	95	21	22	8	47	1.77
55372130--55372180	18	2.8	18	81	0	66	45	11	5	37	1.65
55372185--55372248	18	3.6	18	80	0	74	31	12	18	37	1.88
55373502--55373541	20	2.0	20	85	4	55	2	32	0	65	1.06
55373568--55373606	19	2.2	18	86	9	53	5	15	2	76	1.06
55373612--55373652	3	14.0	3	94	5	75	68	0	0	31	0.90
55375088--55375228	77	1.9	74	83	4	183	55	9	7	26	1.60
55376256--55376308	23	2.3	23	100	0	106	41	7	20	30	1.80
55378138--55378371	48	4.9	48	85	2	272	26	19	30	24	1.98
55378138--55378398	96	2.7	95	79	8	278	26	19	29	24	1.98
55382025--55382176	41	3.7	41	75	15	143	19	21	30	28	1.97
55390433--55390536	41	2.5	41	83	10	115	21	21	29	27	1.98
55390530--55390577	25	1.9	25	100	0	96	20	29	33	16	1.95
55397067--55397240	48	3.6	47	87	3	224	24	19	30	25	1.98
55397070--55397276	48	4.3	47	81	6	134	26	20	28	25	1.99
55402357--55402391	8	4.4	8	88	0	52	51	20	22	5	1.68
55402615--55402749	29	4.7	29	82	5	143	28	16	29	25	1.97
55403937--55404022	30	2.9	28	80	10	82	12	26	37	23	1.91
55403952--55404022	30	2.4	30	90	0	106	15	26	36	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55405231--55405554	105	3.1	104	91	3	535	55	14	0	29	1.39
55405613--55405731	60	2.0	60	96	0	220	52	12	1	32	1.49
55405895--55405945	6	8.3	6	84	4	57	0	23	0	76	0.79
55406212--55406265	25	2.4	22	80	17	65	51	0	1	46	1.11
55406212--55406274	23	2.6	25	80	11	71	55	0	1	42	1.09
55406706--55406755	25	2.0	25	96	0	91	38	8	18	36	1.80
55406915--55406975	11	5.8	10	74	16	52	63	1	6	27	1.28
55406911--55407003	21	4.5	21	77	10	84	63	1	5	30	1.23
55406957--55407002	18	2.4	20	82	7	60	65	2	2	30	1.16
55408595--55408657	30	2.3	25	72	25	63	61	1	0	36	1.05
55409287--55409449	78	2.1	78	98	0	317	50	5	6	37	1.50
55412482--55412631	42	3.6	42	77	7	160	30	17	23	29	1.97
55419241--55419315	37	2.0	37	100	0	150	29	8	24	38	1.83
55423434--55423588	42	3.7	41	86	3	202	28	15	26	29	1.96
55423434--55423588	85	1.8	84	86	4	222	28	15	26	29	1.96
55423724--55423753	16	1.9	15	93	6	51	26	13	23	36	1.92
55424845--55424926	43	1.9	43	100	0	164	45	18	9	26	1.80
55425640--55425725	45	1.9	45	92	0	145	36	24	13	25	1.93
55428794--55428879	20	4.3	20	79	2	84	37	18	31	12	1.89
55433461--55433645	40	4.7	39	82	9	223	26	26	22	24	2.00
55433461--55433645	79	2.3	81	82	8	236	26	26	22	24	2.00
55435731--55436079	43	8.2	43	79	4	323	31	28	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55435758--55436079	127	2.5	128	77	5	292	31	28	15	24	1.95
55435850--55436035	85	2.2	84	79	4	205	33	27	14	23	1.94
55436696--55437384	23	30.2	23	73	9	360	37	22	5	34	1.78
55436730--55437362	46	13.8	46	73	9	467	37	22	5	34	1.77
55436736--55437177	182	2.4	182	90	2	701	37	22	4	34	1.76
55436736--55437362	91	6.9	90	74	12	469	37	22	5	34	1.77
55436872--55437362	229	2.1	228	89	3	747	37	22	5	34	1.77
55437104--55437407	160	1.9	160	87	4	443	37	22	5	34	1.79
55439639--55439700	30	2.1	30	96	0	115	27	16	20	35	1.94
55442345--55442504	86	1.9	88	82	5	211	29	18	23	28	1.98
55443648--55443719	27	2.7	27	84	6	92	27	16	25	30	1.97
55443714--55443799	27	3.2	27	86	3	120	39	18	9	32	1.83
55443794--55443853	27	2.2	27	87	0	84	45	16	6	31	1.74
55443860--55444187	27	12.1	27	88	0	413	30	21	7	40	1.80
55444492--55444555	33	2.0	32	84	3	83	20	21	21	35	1.96
55444517--55444576	27	2.3	26	85	2	75	21	21	21	35	1.96
55444698--55444786	25	3.6	25	92	0	142	17	20	15	46	1.85
55444695--55444786	6	14.8	6	69	18	55	18	19	15	46	1.84
55446664--55446743	27	3.0	27	83	0	97	35	17	20	27	1.95
55446728--55446843	27	4.3	27	81	6	110	40	22	8	28	1.83
55446820--55447119	27	11.2	27	85	2	345	29	22	6	41	1.78
55446820--55447119	80	3.7	81	88	4	392	29	22	6	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55447382--55447441	27	2.3	26	85	2	75	21	21	21	35	1.96
55447560--55447678	6	19.3	6	67	17	66	19	20	13	47	1.83
55447560--55447654	31	3.3	30	77	17	110	20	20	13	46	1.84
55447588--55447654	25	2.7	25	92	0	116	19	22	13	44	1.85
55462522--55462676	76	2.0	76	96	0	283	47	5	18	29	1.70
55467662--55467725	31	2.1	31	90	0	101	21	23	15	39	1.92
55467919--55468062	24	6.0	24	86	8	195	27	20	20	32	1.97
55468116--55468178	20	3.2	20	97	0	117	30	19	14	36	1.91
55473264--55473424	29	5.6	29	85	4	121	26	32	16	24	1.96
55473263--55473424	58	2.8	58	85	3	202	25	32	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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