genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.148.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  148  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44378709--44378896	79	2.4	79	80	8	222	26	25	22	26	2.00
44384563--44384648	44	2.0	44	88	0	127	36	12	25	25	1.92
44384786--44384902	47	2.5	47	91	0	180	38	12	23	25	1.90
44384914--44385082	55	3.1	54	82	10	220	34	18	23	23	1.96
44384895--44385082	55	3.5	54	81	10	215	35	18	22	22	1.96
44393463--44393594	29	4.6	29	86	0	165	25	15	34	25	1.95
44401477--44401608	29	4.6	29	88	0	174	24	15	34	25	1.95
44404579--44404753	46	3.8	46	80	10	205	21	21	28	29	1.98
44404575--44404746	92	1.9	92	92	2	292	22	21	28	27	1.99
44416159--44416202	14	3.0	14	80	6	52	45	6	0	47	1.29
44424375--44424406	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
44427672--44427811	46	3.0	48	75	17	157	24	20	27	28	1.99
44427670--44427840	93	1.8	93	85	0	243	21	22	28	28	1.99
44428069--44428106	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
44431309--44431471	40	4.1	40	82	5	179	25	27	22	25	2.00
44431295--44431471	80	2.2	79	82	4	205	24	27	22	25	2.00
44439283--44439458	79	2.2	79	81	6	196	25	26	21	26	2.00
44439283--44439458	40	4.5	39	76	8	151	25	26	21	26	2.00
44446004--44446174	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
44446008--44446179	46	3.7	46	77	13	190	21	20	28	29	1.98
44446403--44446440	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
44451577--44451760	40	4.6	40	83	7	219	26	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44451602--44451756	83	1.9	83	90	0	247	26	27	21	23	1.99
44455929--44455980	27	1.9	27	84	0	68	32	17	25	25	1.97
44463540--44463630	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
44463670--44463867	47	4.2	48	96	1	364	32	27	6	33	1.82
44463883--44463918	18	2.0	18	88	0	54	33	22	11	33	1.89
44463781--44464025	123	2.0	122	98	0	472	32	26	8	32	1.87
44463982--44464270	49	5.9	49	92	3	483	29	27	8	33	1.87
44463982--44464272	96	3.0	96	92	3	483	29	27	8	33	1.87
44463982--44464270	145	2.0	146	92	2	481	29	27	8	33	1.87
44473195--44473273	37	2.1	37	92	0	131	21	26	18	32	1.97
44474315--44474367	27	2.0	27	84	0	70	28	15	20	35	1.93
44478312--44478377	28	2.4	28	82	2	71	36	22	21	19	1.95
44491932--44491964	17	1.9	17	100	0	66	48	12	24	15	1.78
44491949--44492000	27	2.0	26	92	3	86	40	19	13	26	1.88
44491947--44492022	26	2.9	27	82	4	100	39	15	13	31	1.86
44500900--44500940	21	2.0	21	100	0	82	46	0	24	29	1.53
44502920--44503060	40	3.5	40	93	1	212	24	26	22	25	2.00
44503932--44503957	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
44511115--44511255	40	3.5	40	93	3	214	25	27	21	24	2.00
44512130--44512161	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
44518400--44518584	79	2.3	81	81	7	209	23	27	24	24	2.00
44518393--44518584	40	4.8	39	73	8	145	23	28	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44524852--44524921	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
44532833--44532902	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
44540364--44540408	23	2.0	23	82	4	56	24	2	22	51	1.60
44548503--44548674	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
44548495--44548670	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
44551051--44551139	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
44551051--44551133	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
44551062--44551139	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
44554127--44554298	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
44554119--44554294	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
44556674--44556762	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
44556674--44556753	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
44556685--44556762	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
44559710--44559881	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
44559702--44559877	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
44562998--44563158	45	3.6	45	84	3	216	26	14	26	31	1.95
44565530--44565713	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
44565570--44565758	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
44570589--44570668	31	2.5	31	86	9	101	22	26	18	32	1.97
44570883--44571047	23	7.1	23	95	2	278	29	21	21	27	1.99
44570883--44571047	47	3.6	46	92	4	278	29	21	21	27	1.99
44571094--44571157	20	3.2	20	95	0	110	32	21	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44571099--44571153	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
44578698--44578777	31	2.5	31	86	9	101	22	26	18	32	1.97
44578971--44579179	24	9.0	24	92	5	308	28	21	22	27	1.99
44578992--44579178	46	4.1	46	91	5	299	29	20	21	27	1.98
44582447--44582473	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
44597075--44597278	46	4.5	45	82	11	197	23	30	20	25	1.98
44602768--44602841	29	2.6	29	93	0	130	28	14	31	25	1.95
44602825--44602900	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
44602768--44602900	58	2.3	58	81	2	142	26	17	32	24	1.97
44610499--44610572	29	2.6	29	93	0	130	28	14	31	25	1.95
44610556--44610631	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
44610499--44610631	58	2.3	58	81	2	142	26	17	32	24	1.97
44625856--44625953	26	3.8	26	89	1	153	29	22	21	26	1.99
44625856--44625953	52	1.9	51	93	2	169	29	22	21	26	1.99
44626002--44626068	20	3.3	20	87	4	91	31	22	10	35	1.88
44631743--44631784	20	2.0	21	86	4	59	23	7	14	54	1.64
44641662--44641707	14	3.1	14	93	6	74	26	0	30	43	1.55
44644041--44644098	29	2.0	30	83	10	75	37	25	0	36	1.57
44653938--44654191	40	6.5	40	91	4	376	24	22	27	24	2.00
44653937--44654191	119	2.2	116	88	4	370	25	22	27	24	2.00
44653938--44654191	79	3.2	80	90	4	376	24	22	27	24	2.00
44662001--44662148	40	3.8	38	80	11	151	26	24	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44662038--44662164	40	3.3	39	78	12	145	23	24	26	25	2.00
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44714414--44714640	84	2.7	82	89	4	323	19	20	23	35	1.96
44716097--44716122	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
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44718401--44718549	26	5.8	26	88	0	212	28	22	22	26	1.99
44719446--44719804	27	13.3	27	78	5	262	30	8	21	39	1.83
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44719782--44719912	27	4.9	27	88	3	183	43	7	19	29	1.79
44719837--44719929	27	3.4	27	89	0	69	38	7	19	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44728130--44728327	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
44728196--44728313	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
44728164--44728327	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
44735675--44735872	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
44735741--44735858	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
44735709--44735872	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
44738454--44738680	50	4.5	50	80	4	235	30	27	17	24	1.97
44744799--44744900	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
44747063--44747160	28	3.5	28	86	5	119	30	27	14	27	1.95
44754994--44755062	28	2.5	28	93	4	115	30	27	14	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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