genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  100  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30546790--30546860	32	2.3	31	81	9	92	39	5	4	50	1.45
30549491--30549543	18	2.8	19	71	5	54	35	16	7	39	1.78
30550620--30550701	3	27.7	3	86	7	114	32	0	3	63	1.12
30551032--30551058	8	3.4	8	100	0	54	74	0	11	14	1.08
30554928--30554967	14	2.6	17	74	25	52	55	7	5	32	1.50
30556470--30556515	21	2.2	20	85	14	58	43	4	4	47	1.42
30561242--30561295	26	2.0	27	82	10	67	25	12	22	38	1.90
30562357--30562575	37	5.9	37	93	0	357	26	33	18	22	1.97
30562738--30563017	47	6.0	47	92	0	443	26	28	12	32	1.92
30562774--30562849	23	3.2	25	63	24	63	22	34	14	28	1.93
30566897--30567004	26	4.2	26	92	0	171	37	22	7	33	1.82
30575007--30575114	26	4.2	26	91	4	164	37	21	7	34	1.81
30578245--30578326	25	3.3	25	79	6	85	29	21	28	20	1.98
30578245--30578373	25	5.2	25	75	1	80	32	20	26	20	1.97
30583535--30583687	25	6.2	25	91	6	242	35	25	6	32	1.82
30583535--30583687	51	3.1	51	91	6	253	35	25	6	32	1.82
30583535--30583687	76	2.1	73	95	3	270	35	25	6	32	1.82
30588551--30588581	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
30589850--30590124	136	2.0	137	95	0	498	32	24	18	24	1.97
30591904--30592044	26	5.4	26	95	0	255	36	24	7	30	1.84
30596011--30596058	22	2.2	22	88	0	69	66	10	12	10	1.44
30596011--30596066	22	2.5	22	85	0	58	64	10	12	12	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30602290--30602353	11	5.8	11	78	7	51	20	10	3	65	1.37
30602284--30602353	22	3.2	22	73	15	63	21	10	2	65	1.35
30602319--30602365	14	3.6	14	86	8	55	21	6	8	63	1.44
30602330--30602366	14	2.6	14	91	0	56	18	5	10	64	1.43
30603089--30603132	19	2.4	18	82	14	54	59	0	0	40	0.98
30603608--30603819	107	2.0	107	95	1	381	39	15	10	34	1.82
30607560--30607703	43	3.4	43	76	11	161	35	26	15	22	1.94
30607942--30608020	29	2.6	31	80	13	85	68	3	2	25	1.19
30613052--30613099	7	6.7	7	85	4	51	35	47	0	16	1.47
30613052--30613095	14	3.0	15	86	6	63	31	52	0	15	1.44
30613053--30613099	21	2.2	21	80	3	58	36	46	0	17	1.48
30613487--30613587	37	2.6	38	85	4	141	26	23	19	29	1.98
30613625--30613749	40	3.1	39	82	6	135	24	21	21	32	1.98
30615214--30615307	45	2.0	47	81	4	111	50	1	5	43	1.32
30617870--30618035	67	2.5	67	82	7	219	22	20	16	39	1.92
30617912--30618057	67	2.2	67	81	4	152	23	19	17	38	1.93
30618950--30618985	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
30620744--30620843	39	2.6	38	85	4	130	49	9	4	38	1.53
30620894--30620921	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
30623399--30623428	13	2.3	13	94	0	51	13	3	10	73	1.21
30638202--30638237	17	2.1	17	89	0	54	27	19	8	44	1.79
30640956--30641032	31	2.5	31	86	0	109	22	31	28	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30658575--30658599	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
30659086--30659138	25	2.1	25	82	6	63	54	1	9	33	1.43
30661338--30661632	86	3.4	86	92	1	421	21	21	21	35	1.96
30661525--30661761	129	1.8	129	92	0	402	21	21	21	35	1.96
30661425--30661891	215	2.2	217	91	1	769	20	21	21	35	1.96
30661656--30661798	44	3.3	44	68	11	132	18	22	22	36	1.95
30661651--30661847	86	2.3	86	92	0	322	20	20	21	37	1.95
30662001--30662131	44	3.0	44	74	15	119	21	21	22	35	1.96
30674099--30674123	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
30674604--30674656	25	2.1	25	82	6	63	54	1	9	33	1.43
30675427--30675469	22	1.9	23	86	13	63	72	2	13	11	1.22
30679407--30679445	18	2.1	19	85	4	53	20	30	0	48	1.50
30680525--30680564	21	1.9	21	84	0	53	55	2	15	27	1.53
30685724--30685771	5	9.6	5	100	0	96	20	58	0	20	1.40
30690626--30690684	26	2.3	26	87	0	82	25	28	18	27	1.98
30693788--30693974	40	4.7	40	89	2	270	25	28	21	24	1.99
30693768--30693978	80	2.7	79	87	4	309	27	27	20	24	1.99
30694725--30694752	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
30700162--30700227	33	2.1	30	91	8	105	30	12	21	36	1.90
30701871--30702078	79	2.7	80	87	3	307	27	28	19	24	1.99
30701875--30702075	39	5.1	40	86	4	266	27	29	19	22	1.98
30706803--30706830	13	2.2	13	100	0	56	42	28	7	21	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30707189--30707226	19	2.0	19	100	0	76	26	42	10	21	1.85
30709770--30709811	22	2.0	22	90	4	68	21	21	40	16	1.91
30715915--30715954	21	2.0	20	85	5	53	22	27	40	10	1.86
30717140--30717499	46	7.7	47	70	10	188	23	28	20	27	1.99
30727735--30727907	46	3.8	45	76	15	165	22	17	30	29	1.97
30727728--30727898	93	1.8	93	92	0	288	21	18	30	29	1.97
30729415--30729540	39	3.2	39	90	0	180	26	27	23	23	2.00
30732615--30732706	29	3.1	29	93	6	166	26	6	13	54	1.62
30732609--30732706	31	3.2	31	92	7	173	25	6	12	56	1.59
30747423--30747979	206	2.7	206	95	0	970	29	17	24	28	1.97
30747942--30748024	43	1.9	44	87	2	123	32	16	25	25	1.96
30749458--30749509	20	2.5	21	81	12	54	32	5	1	59	1.32
30749550--30749598	15	3.4	14	81	13	55	32	2	4	61	1.26
30757151--30757272	43	2.8	45	84	9	128	23	22	29	24	1.99
30757206--30757354	40	3.6	40	76	6	111	27	20	27	24	1.99
30760665--30760699	16	2.2	16	94	0	61	54	20	17	8	1.68
30760899--30761023	29	4.3	29	85	1	162	27	14	28	29	1.95
30765408--30765532	29	4.3	29	88	1	189	26	14	29	29	1.95
30768380--30768527	51	2.9	51	89	2	226	27	25	13	33	1.93
30768562--30768609	24	2.0	24	91	0	78	20	20	18	39	1.92
30771213--30771402	50	3.9	50	75	9	178	29	18	27	24	1.98
30771227--30771445	95	2.3	97	82	4	255	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30774218--30774353	27	5.0	27	82	0	155	41	16	19	22	1.90
30777479--30777628	42	3.5	44	77	9	157	29	20	24	26	1.99
30780215--30780271	28	2.0	29	82	3	71	40	3	24	31	1.72
30780216--30780280	28	2.3	28	81	2	67	41	3	24	30	1.70
30783887--30784060	49	3.7	47	76	13	153	24	29	21	24	1.99
30783862--30784069	93	2.2	95	82	10	248	25	30	19	24	1.98
30788678--30788860	40	4.6	40	85	5	212	25	26	21	26	1.99
30791754--30791965	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
30791754--30791965	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
30799739--30799948	79	2.7	79	81	3	235	24	26	21	26	2.00
30799743--30799948	40	5.2	40	81	4	211	24	27	22	26	2.00
30802561--30802772	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
30802561--30802772	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
30810573--30810784	40	5.3	40	81	2	203	24	25	22	26	2.00
30810573--30810784	80	2.7	80	81	2	239	24	25	22	26	2.00
30819870--30820209	130	2.6	130	81	6	366	34	17	18	28	1.95
30821573--30822556	132	7.5	132	91	1	1460	28	26	18	26	1.98
30821576--30822556	395	2.5	395	90	1	1529	28	26	17	27	1.98
30834079--30834466	130	3.0	131	78	9	386	35	17	17	29	1.93
30839590--30839802	46	4.6	46	78	9	184	24	29	16	29	1.97
30839679--30839802	47	2.7	46	80	8	153	24	29	17	29	1.97
30842758--30842877	27	4.4	27	82	4	116	41	13	19	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30842760--30842879	54	2.2	54	77	2	134	41	14	19	25	1.88
30844755--30844793	19	2.1	19	85	0	51	38	10	20	30	1.86
30861937--30862143	43	4.8	43	90	2	317	14	25	30	29	1.95
30867911--30868185	48	5.8	47	75	15	187	29	18	27	24	1.98
30867868--30868137	92	2.9	91	80	10	278	29	18	28	24	1.98
30877559--30877613	18	3.0	18	80	19	69	76	1	16	5	1.06
30883296--30883350	18	3.0	18	80	19	69	76	1	16	5	1.06
30883909--30884129	48	4.6	48	85	1	275	27	26	19	26	1.99
30891848--30891917	18	3.9	18	75	7	70	40	4	17	38	1.69
30893528--30893563	12	3.0	12	87	0	54	30	22	13	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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