genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  289  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90174428--90174577	80	1.9	78	82	8	187	23	26	23	26	2.00
90182405--90182555	40	3.8	40	80	6	155	23	26	23	26	2.00
90186269--90186338	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
90190597--90190660	31	2.1	31	87	0	92	23	23	15	37	1.93
90190852--90191017	24	7.0	24	91	4	248	26	22	22	28	1.99
90191068--90191127	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
90191170--90191217	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
90195685--90195747	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
90195939--90196080	24	6.0	24	91	5	209	26	22	22	28	1.99
90195939--90196079	47	3.0	48	90	6	207	26	22	22	28	1.99
90195938--90196080	71	2.0	71	89	5	218	25	22	22	29	1.99
90196131--90196184	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
90196131--90196189	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
90200531--90200618	43	2.0	43	97	0	167	29	21	19	29	1.98
90202467--90202656	54	3.5	54	75	2	166	20	23	18	38	1.93
90206574--90206688	39	2.9	39	85	2	149	26	22	28	22	1.99
90206535--90206691	40	4.0	40	82	3	165	24	22	27	24	2.00
90206535--90206688	79	1.9	80	83	6	197	24	22	27	24	2.00
90206588--90206696	39	2.7	39	88	2	155	25	23	27	22	2.00
90206588--90206726	40	3.5	39	82	4	145	24	22	29	23	1.99
90206547--90206752	79	2.6	77	77	9	173	25	21	27	25	1.99
90207830--90207961	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90215035--90215136	29	3.5	29	91	0	159	29	14	29	26	1.95
90216604--90216752	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
90216645--90216752	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
90224691--90224839	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
90224732--90224839	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
90239230--90239338	39	2.8	40	82	2	139	26	22	26	23	2.00
90246556--90246644	29	3.1	29	87	4	119	30	25	14	29	1.95
90246860--90246898	16	2.4	16	91	0	60	5	20	23	51	1.67
90247652--90247681	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
90250625--90250832	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
90250627--90250832	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
90258676--90258883	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
90258678--90258883	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
90260653--90260689	19	1.9	19	89	10	58	72	0	8	18	1.08
90265658--90265882	49	4.7	46	73	14	145	25	27	18	29	1.98
90265847--90265977	46	2.8	46	81	4	149	24	28	16	30	1.97
90275445--90275593	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
90275486--90275593	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
90283561--90283709	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
90283602--90283709	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
90288312--90288397	42	2.0	42	95	0	154	27	22	8	41	1.82
90292459--90292693	50	4.7	50	74	6	208	28	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90292449--90292631	101	1.8	101	86	0	267	28	19	22	30	1.98
90292403--90292680	50	5.5	50	75	8	192	26	17	23	32	1.97
90294903--90295003	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
90296879--90296935	20	2.8	20	94	0	105	33	19	12	35	1.89
90296879--90296934	11	5.5	11	75	16	66	32	19	12	35	1.89
90300711--90300745	17	2.1	17	100	0	70	65	11	5	17	1.43
90301654--90301701	23	2.0	24	92	4	80	45	4	12	37	1.61
90301714--90301766	21	2.4	21	84	12	63	37	1	9	50	1.46
90305129--90305219	24	3.8	24	97	0	164	19	17	27	35	1.95
90305128--90305241	48	2.4	48	86	2	149	23	17	25	33	1.96
90312986--90313076	24	3.8	24	97	0	164	19	17	27	35	1.95
90312985--90313098	48	2.4	48	86	2	149	23	17	25	33	1.96
90320843--90320933	24	3.8	24	97	0	164	19	17	27	35	1.95
90320842--90320955	48	2.4	48	86	2	149	23	17	25	33	1.96
90328699--90328789	24	3.8	24	97	0	164	19	17	27	35	1.95
90328698--90328811	48	2.4	48	86	2	149	23	17	25	33	1.96
90332658--90332704	22	2.1	22	84	4	58	40	12	8	38	1.74
90336658--90336843	40	4.7	40	88	5	218	25	21	26	26	1.99
90336711--90336866	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
90344718--90344903	40	4.7	40	88	5	218	25	21	26	26	1.99
90350148--90350196	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
90352775--90352833	24	2.5	24	88	0	91	33	3	37	25	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90354229--90354339	27	4.2	26	83	10	134	15	23	23	37	1.93
90355365--90355398	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
90360561--90360631	24	3.0	24	95	0	124	35	1	36	26	1.66
90362057--90362140	27	3.1	27	81	13	102	15	22	22	39	1.92
90365721--90365759	14	2.8	14	96	0	69	38	2	20	38	1.66
90366212--90366263	15	3.2	15	73	19	50	42	1	1	53	1.23
90366297--90366333	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
90366345--90366399	20	2.8	20	85	0	65	50	0	0	49	1.00
90367884--90368014	46	2.9	44	84	6	156	23	29	17	29	1.97
90368660--90368710	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
90370982--90371144	35	4.6	35	78	3	157	39	30	12	17	1.86
90373452--90373486	13	2.8	13	91	8	56	85	0	0	14	0.59
90373452--90373486	6	5.8	6	87	12	54	85	0	0	14	0.59
90382934--90383051	63	1.9	62	96	1	218	44	13	20	21	1.85
90383248--90383295	6	7.5	6	82	13	51	0	52	0	47	1.00
90389572--90389606	17	2.1	17	89	10	54	65	0	0	34	0.93
90391301--90391353	16	3.2	16	86	5	61	69	11	0	18	1.17
90392981--90393156	68	2.6	68	79	12	175	33	16	28	21	1.95
90401772--90401872	28	3.5	28	84	4	103	28	13	27	29	1.95
90401801--90401872	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
90409764--90409864	28	3.5	28	84	4	103	28	13	27	29	1.95
90409793--90409864	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90411709--90411806	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
90420608--90420656	25	2.0	25	95	0	89	34	12	14	38	1.83
90422213--90422355	40	3.6	40	92	0	223	20	28	23	26	1.99
90422190--90422393	40	5.1	39	83	5	212	25	27	21	25	1.99
90422190--90422393	80	2.5	79	84	3	255	25	27	21	25	1.99
90427879--90428056	97	1.9	94	85	5	250	30	17	28	23	1.97
90431789--90431866	27	2.9	27	73	21	72	34	0	6	58	1.23
90433617--90433921	46	6.6	45	84	7	373	42	13	23	20	1.88
90433627--90433921	92	3.2	92	88	0	430	42	14	23	20	1.88
90433627--90433936	138	2.2	138	88	0	467	41	14	22	20	1.89
90438026--90438229	40	5.1	39	81	8	198	24	20	27	27	1.99
90438026--90438208	79	2.3	80	83	7	212	23	20	27	27	1.99
90438060--90438243	79	2.3	78	80	9	194	26	19	26	27	1.99
90441123--90441177	21	2.7	21	83	8	69	40	5	12	41	1.66
90441399--90441443	20	2.2	20	80	7	56	62	8	8	20	1.51
90443713--90443742	12	2.5	12	94	0	51	43	0	16	40	1.48
90444041--90444074	6	5.5	6	86	6	50	17	20	17	44	1.87
90444298--90444348	19	2.8	19	76	8	61	31	7	11	49	1.68
90444582--90444610	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
90449022--90449080	17	3.5	17	72	2	57	61	10	16	11	1.57
90449294--90449318	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
90449829--90449869	16	2.5	17	76	11	50	12	12	0	75	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90449902--90449971	34	2.1	34	100	0	140	40	8	11	40	1.72
90457518--90457549	10	3.2	10	90	0	55	21	12	0	65	1.25
90460429--90460536	53	2.0	53	96	0	198	30	16	16	36	1.91
90461071--90461116	21	2.2	21	88	0	65	10	36	2	50	1.50
90463519--90463626	45	2.4	45	81	3	128	25	14	28	31	1.95
90465673--90465754	26	3.2	26	96	0	146	30	4	26	37	1.77
90467312--90467423	27	4.2	26	83	7	125	18	23	22	35	1.96
90467313--90467419	54	2.0	54	85	3	144	19	22	21	36	1.95
90471629--90471662	5	6.8	5	100	0	68	17	0	0	82	0.67
90473183--90473227	22	2.0	22	100	0	90	24	13	22	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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