genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  98  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29818056--29818080	13	1.9	13	100	0	50	16	24	32	28	1.96
29818623--29818657	18	2.1	17	89	10	54	54	22	14	8	1.67
29827603--29827653	21	2.4	21	86	0	66	27	15	25	31	1.96
29837684--29837744	30	2.0	30	96	0	113	55	8	3	32	1.45
29849654--29849725	36	2.0	36	100	0	144	30	22	16	30	1.96
29852233--29852325	46	2.0	46	81	8	107	21	22	21	34	1.97
29854512--29854536	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
29855957--29855998	18	2.4	17	81	18	50	19	4	16	59	1.54
29856091--29856343	68	3.9	64	75	9	199	30	16	28	24	1.96
29864620--29864682	31	2.0	32	84	9	85	47	0	4	47	1.23
29866190--29866319	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
29866206--29866357	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
29866206--29866355	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
29868961--29869133	18	9.6	18	74	9	129	35	12	15	36	1.84
29868949--29869133	72	2.6	71	77	7	203	36	11	14	36	1.83
29868949--29869213	18	14.3	19	69	14	126	36	12	15	36	1.85
29869791--29869863	36	2.0	36	100	0	146	19	19	24	36	1.94
29881273--29881519	40	6.2	40	91	2	381	27	26	20	25	1.99
29881273--29881519	79	3.1	80	90	2	372	27	26	20	25	1.99
29881273--29881519	119	2.1	120	89	2	381	27	26	20	25	1.99
29882788--29882962	48	3.7	48	90	0	253	30	25	8	36	1.85
29882941--29883221	49	5.9	49	94	4	486	29	28	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29882941--29883221	96	2.9	97	93	4	491	29	28	8	33	1.86
29887258--29887489	40	5.8	40	95	0	401	26	27	19	26	1.99
29888760--29888935	48	3.7	48	91	0	262	30	26	7	35	1.85
29888913--29889242	49	6.9	49	93	4	575	30	28	8	32	1.86
29888913--29889242	143	2.3	144	95	2	583	30	28	8	32	1.86
29900234--29900272	18	2.2	18	85	0	51	46	7	5	41	1.55
29901106--29901148	14	3.1	14	83	6	52	53	0	4	41	1.21
29901403--29901433	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
29901646--29902064	208	2.0	207	90	1	660	36	15	11	36	1.84
29908265--29908492	115	2.0	116	80	6	257	18	27	25	28	1.98
29909127--29909179	21	2.5	20	82	8	61	75	1	18	3	1.05
29918315--29918446	62	2.1	62	80	4	140	25	28	22	23	1.99
29922597--29922906	97	3.2	97	73	3	273	44	10	11	32	1.76
29923632--29923667	17	2.1	17	89	0	54	52	13	8	25	1.68
29924133--29924186	27	2.0	27	100	0	108	51	14	11	22	1.73
29927673--29927954	97	2.9	98	72	7	266	43	13	12	30	1.80
29927598--29927953	195	1.8	195	83	4	477	43	12	12	31	1.79
29927693--29927956	98	2.7	97	72	7	264	43	12	12	31	1.79
29928811--29928863	26	2.0	26	92	0	88	32	11	13	43	1.79
29929642--29929694	26	2.0	26	88	0	79	35	5	13	45	1.67
29930282--29930314	16	2.0	17	88	5	50	18	0	9	72	1.10
29942548--29942587	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29942678--29942713	3	12.0	3	93	0	63	63	2	0	33	1.08
29957964--29958495	47	11.3	47	88	1	762	30	10	31	27	1.90
29957965--29958495	94	5.6	94	91	0	848	30	10	31	27	1.90
29958131--29958206	23	3.3	23	65	23	59	30	7	32	28	1.86
29958155--29958230	22	3.2	24	66	23	70	30	11	32	25	1.91
29970594--29970767	46	3.8	46	78	7	190	21	18	29	29	1.97
29970591--29970759	93	1.8	93	92	0	284	21	19	29	29	1.98
29973705--29973773	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
29973696--29973783	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
29975700--29975875	46	3.8	45	78	10	194	21	19	29	29	1.98
29975696--29975867	93	1.8	93	92	0	290	20	20	30	28	1.98
29981363--29981548	40	4.6	39	86	6	182	26	20	26	26	1.99
29981363--29981548	80	2.3	80	81	9	211	26	20	26	26	1.99
29981397--29981567	80	2.1	81	80	10	192	28	21	25	25	1.99
29988387--29988470	43	2.0	43	87	0	123	23	19	28	28	1.98
29994044--29994624	27	21.6	27	85	3	690	27	21	9	41	1.84
29995865--29995912	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
29995960--29996015	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
29995955--29996015	20	3.0	20	95	0	113	36	9	19	34	1.85
29996065--29996183	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
29996065--29996183	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
29996375--29996438	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30001968--30002027	23	2.6	23	78	0	75	13	31	31	23	1.93
30004288--30004353	33	2.0	33	81	0	78	43	18	4	33	1.70
30011052--30011148	48	2.0	48	95	0	176	37	25	5	31	1.78
30025832--30025949	55	2.2	55	92	3	186	63	4	9	22	1.41
30025856--30025949	18	5.2	18	76	8	93	63	3	8	24	1.37
30026459--30026497	17	2.3	17	100	0	78	7	25	51	15	1.70
30033826--30033853	6	4.7	6	100	0	56	64	0	0	35	0.94
30042353--30042455	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
30050428--30050530	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
30057414--30057498	44	1.9	44	80	4	100	40	10	22	27	1.87
30057638--30057758	46	2.6	47	86	3	174	35	13	23	28	1.92
30057745--30058040	55	5.5	54	83	6	368	35	18	23	21	1.95
30057745--30058040	108	2.7	108	93	1	486	35	18	23	21	1.95
30059735--30060065	48	6.9	49	79	4	352	28	19	27	25	1.98
30059735--30060065	96	3.4	96	92	0	500	28	19	27	25	1.98
30063489--30063539	22	2.3	22	96	0	93	35	9	11	43	1.75
30086569--30086633	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
30086595--30086633	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
30091381--30091703	38	8.4	38	94	0	538	20	22	26	30	1.98
30095601--30095745	40	3.6	39	82	4	112	26	23	27	22	1.99
30095640--30095768	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
30102151--30102198	15	3.2	15	81	0	60	18	4	27	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30109365--30109412	15	3.2	15	81	0	60	18	4	27	50	1.65
30115902--30116012	56	1.9	58	89	3	172	27	14	24	33	1.94
30116021--30116121	41	2.4	40	77	12	96	27	18	24	28	1.98
30116544--30116574	15	2.1	15	93	0	53	19	3	25	51	1.62
30131456--30131601	37	3.9	37	95	0	238	26	32	18	22	1.97
30131751--30131935	50	3.7	50	97	0	336	31	24	7	37	1.82
30131905--30132004	47	2.1	47	90	0	155	27	28	11	34	1.90
30137927--30137970	20	2.3	20	81	11	58	50	6	0	43	1.29
30142015--30142072	30	1.9	30	82	0	71	15	27	32	24	1.95
30144169--30144314	28	5.2	28	83	0	193	34	22	19	22	1.96
30145528--30145681	77	2.0	77	94	0	272	24	23	12	39	1.89
30147953--30148176	40	5.6	40	88	3	315	24	23	26	25	2.00
30147957--30148176	83	2.7	80	89	5	311	23	23	27	25	2.00
30158094--30158277	40	4.6	39	79	6	156	28	22	26	22	1.99
30166166--30166278	40	2.8	40	87	0	163	28	22	27	22	1.99
30166122--30166308	40	4.8	38	76	10	155	28	21	26	22	1.99
30168854--30168999	40	3.7	39	85	4	186	21	30	21	26	1.99
30168847--30168998	39	3.9	38	85	5	187	23	29	21	25	1.99
30168847--30168998	79	1.9	78	84	6	200	23	29	21	25	1.99
30170864--30171035	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
30170856--30171031	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
30173427--30173515	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30173427--30173506	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
30173438--30173515	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
30176453--30176581	46	2.8	46	96	0	231	28	29	22	19	1.98
30179324--30179365	16	2.7	15	85	7	57	45	2	0	52	1.13
30179322--30179370	22	2.3	22	86	13	68	46	2	0	51	1.12
30181756--30181831	36	2.1	36	97	2	145	43	13	5	38	1.66
30181771--30181831	19	3.3	19	69	17	65	44	11	4	39	1.62
30190296--30190386	20	4.8	20	70	20	86	65	7	0	26	1.19
30190296--30190383	25	3.3	25	66	22	70	65	7	0	26	1.19
30190298--30190416	56	2.1	56	96	0	220	64	10	0	24	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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