genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  217  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67388752--67388925	93	1.9	93	96	0	321	20	21	29	27	1.98
67394437--67394608	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
67394429--67394604	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
67396832--67396891	24	2.5	24	100	0	120	33	0	38	28	1.57
67398317--67398428	27	4.2	26	80	7	125	16	23	22	37	1.94
67398317--67398428	54	2.1	54	86	3	154	16	23	22	37	1.94
67399484--67399517	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
67404989--67405204	40	5.5	40	92	4	334	24	28	23	24	2.00
67411277--67411467	40	4.8	40	80	6	194	24	23	28	23	2.00
67411330--67411468	39	3.5	39	83	6	156	25	24	28	22	2.00
67416524--67416739	40	5.5	40	91	4	325	24	28	23	24	2.00
67416524--67416743	79	2.8	78	90	4	327	24	27	22	25	2.00
67422141--67422187	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
67423595--67423706	27	4.2	26	82	7	125	16	23	23	36	1.94
67423595--67423706	54	2.1	54	86	3	154	16	23	23	36	1.94
67429679--67429781	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
67431824--67431987	78	2.1	78	83	5	199	28	29	20	21	1.98
67431872--67431987	39	3.0	39	92	0	196	27	29	20	22	1.99
67435363--67435423	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
67441736--67441862	46	2.7	46	85	6	150	21	19	25	33	1.97
67444112--67444160	24	2.0	24	100	0	98	28	10	28	32	1.90
67449607--67449668	26	2.3	27	81	10	74	35	27	11	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67449772--67449885	53	2.1	54	83	4	142	20	21	21	36	1.95
67449772--67449885	28	4.3	27	83	9	135	20	21	21	36	1.95
67451590--67451652	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
67457655--67457707	27	2.0	25	82	7	61	56	9	16	16	1.65
67458558--67458743	96	1.9	96	89	6	288	33	18	11	35	1.88
67462249--67462456	40	5.2	39	85	1	227	25	25	22	26	2.00
67462249--67462456	80	2.6	80	84	1	256	25	25	22	26	2.00
67470236--67470442	40	5.2	39	84	2	218	25	26	22	25	2.00
67470236--67470440	79	2.6	80	84	3	245	25	26	22	25	2.00
67474691--67474838	40	3.8	39	77	12	151	22	27	24	25	2.00
67478664--67478830	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
67478680--67478830	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
67486666--67486832	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
67486682--67486832	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
67489403--67489522	60	2.0	60	98	0	231	41	8	12	37	1.73
67489507--67489552	23	2.0	23	100	0	92	34	8	17	39	1.80
67491120--67491165	23	2.0	23	95	0	83	32	17	30	19	1.95
67491230--67491269	18	2.2	18	86	0	53	27	2	22	47	1.64
67493760--67493929	39	4.3	40	89	3	222	24	20	29	25	1.99
67493773--67493937	79	2.1	78	83	6	190	25	20	28	26	1.99
67497488--67497579	48	1.9	48	100	0	184	47	26	8	17	1.76
67501538--67501695	40	4.0	40	89	0	244	29	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67505927--67506056	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
67513961--67514090	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
67519202--67519383	39	4.6	39	86	1	238	24	21	30	23	1.99
67523286--67523331	20	2.2	21	84	3	58	17	19	19	43	1.88
67525631--67525672	21	2.0	21	100	0	84	33	4	28	33	1.78
67525982--67526123	49	2.9	49	97	0	266	34	9	26	29	1.88
67526115--67526218	48	2.2	48	94	0	181	32	5	27	33	1.81
67526258--67526348	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
67529375--67529447	20	3.3	20	66	23	56	28	32	19	19	1.96
67529390--67529472	27	3.3	27	65	22	72	27	31	19	21	1.97
67529372--67529488	47	2.5	47	97	0	216	30	31	17	19	1.95
67532187--67532316	71	1.9	71	85	7	187	20	29	16	33	1.94
67532185--67532349	68	2.4	71	81	7	187	21	27	15	35	1.93
67537400--67537437	19	2.0	19	94	0	67	18	26	18	36	1.94
67542878--67542922	22	2.1	22	83	4	56	68	0	22	8	1.16
67545212--67545355	40	3.6	40	95	1	254	25	30	20	23	1.99
67553127--67553306	40	4.6	40	90	2	267	25	30	21	22	1.99
67562286--67562417	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
67570099--67570229	29	4.6	29	87	0	156	29	15	31	24	1.95
67573452--67573488	19	1.9	19	88	0	56	27	8	5	59	1.48
67579221--67579317	6	15.8	6	76	12	90	47	15	17	19	1.83
67579230--67579327	31	3.2	31	91	0	151	47	14	18	19	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67579233--67579317	25	3.5	24	80	9	91	47	15	17	20	1.83
67579470--67579578	27	4.0	27	85	5	130	38	21	22	18	1.93
67579737--67579801	22	3.0	21	80	8	67	32	24	23	20	1.98
67580228--67580468	27	9.0	27	84	0	295	24	21	19	33	1.97
67580461--67580639	27	6.7	27	84	0	216	31	7	20	40	1.81
67580497--67580666	81	2.1	81	82	6	211	32	8	19	39	1.81
67580660--67580962	27	11.3	27	89	2	430	39	8	22	30	1.83
67583012--67583108	6	15.8	6	72	16	74	47	14	18	19	1.83
67583021--67583131	31	3.5	31	90	1	150	50	12	18	18	1.77
67583501--67583565	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
67583990--67584203	27	8.0	27	85	2	290	23	22	21	32	1.98
67583990--67584203	53	4.0	54	85	3	283	23	22	21	32	1.98
67583991--67584203	80	2.7	80	86	2	295	23	23	20	32	1.98
67584191--67584371	27	6.8	27	79	7	156	29	8	21	40	1.82
67584222--67584371	54	2.8	54	83	2	176	29	7	20	42	1.79
67584221--67584398	81	2.2	81	84	6	218	30	7	20	42	1.79
67584246--67584403	27	5.9	27	75	8	108	30	6	21	41	1.78
67584221--67584388	54	3.1	53	77	6	153	29	7	21	41	1.79
67584400--67584616	27	8.0	27	88	0	308	41	8	20	29	1.82
67584363--67584616	81	3.1	80	81	5	296	40	8	20	31	1.82
67584629--67584691	27	2.3	27	83	5	83	31	7	20	39	1.81
67584622--67584713	27	3.4	27	78	0	76	27	7	25	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67590947--67591252	152	2.0	155	96	3	564	52	13	7	25	1.67
67598943--67599011	34	2.0	34	100	0	138	40	2	17	39	1.64
67603277--67603311	15	2.5	15	90	9	56	5	22	0	71	1.07
67603285--67603333	20	2.4	21	90	10	75	4	20	0	75	0.96
67603308--67603389	45	1.9	42	85	9	112	8	17	3	70	1.27
67605064--67605357	27	10.9	27	91	0	446	30	21	7	40	1.81
67605094--67605502	27	15.2	27	84	4	173	34	22	8	35	1.83
67605350--67605558	54	3.9	53	78	5	172	40	20	10	28	1.85
67605350--67605527	27	6.6	27	81	2	169	42	20	9	28	1.83
67605350--67605557	81	2.6	82	81	5	210	40	20	9	28	1.84
67605427--67605558	27	4.9	26	81	9	108	38	21	9	30	1.86
67605546--67605762	27	8.0	27	85	2	292	35	19	22	23	1.96
67606036--67606082	25	2.0	24	83	8	60	31	21	23	23	1.98
67608457--67608801	27	12.8	27	93	0	539	29	23	6	40	1.81
67608781--67608819	18	2.2	18	95	0	69	23	28	5	43	1.75
67608754--67608846	45	2.1	45	85	4	125	24	22	7	45	1.78
67608700--67608901	99	2.0	99	80	1	226	32	20	6	40	1.78
67608673--67608913	126	1.9	126	80	1	277	33	20	6	39	1.79
67608838--67609054	27	8.1	27	76	6	158	40	20	8	30	1.82
67608876--67609083	54	3.9	55	77	8	182	39	21	9	29	1.85
67608850--67609004	81	1.9	81	85	2	213	41	20	9	29	1.83
67609045--67609262	27	8.1	27	81	0	256	38	19	17	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67609403--67609434	16	2.0	16	93	0	55	31	18	15	34	1.93
67609462--67609558	25	3.9	25	87	0	131	24	26	20	27	1.99
67611833--67611912	28	2.9	28	90	3	128	36	21	23	18	1.95
67618574--67618682	37	2.9	37	90	0	173	26	31	19	22	1.98
67618932--67619454	47	11.1	47	94	0	848	25	28	13	33	1.93
67619311--67619433	22	5.3	21	65	24	61	25	29	12	33	1.92
67623431--67623662	40	5.8	40	92	0	356	25	28	21	25	1.99
67624935--67625043	37	2.9	37	91	0	173	25	32	20	22	1.98
67625257--67625426	47	3.6	47	85	3	137	27	30	10	32	1.89
67625297--67625427	47	2.8	47	91	0	217	26	28	11	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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