genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  130  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40023382--40023507	62	2.0	62	100	0	252	35	21	23	19	1.96
40025402--40025621	94	2.3	94	83	4	282	28	21	28	21	1.99
40025402--40025756	46	7.5	46	72	10	204	27	20	29	23	1.99
40025439--40025757	48	6.7	49	74	11	218	26	19	29	23	1.98
40030556--40030627	36	2.0	36	94	0	126	31	20	23	23	1.98
40031536--40031647	41	2.7	41	73	10	111	31	24	16	27	1.97
40035474--40035645	43	4.1	43	72	5	136	33	23	15	27	1.95
40039579--40039643	28	2.3	28	86	0	94	32	26	7	33	1.85
40039749--40039839	28	3.2	28	90	4	139	20	24	23	31	1.98
40039749--40039864	56	2.1	55	82	9	137	19	24	21	34	1.96
40040293--40040333	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
40041726--40041897	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
40041718--40041893	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
40044278--40044366	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
40044278--40044357	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
40044289--40044366	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
40047316--40047487	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
40047308--40047483	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
40056351--40056648	40	7.5	40	93	1	449	25	27	24	22	2.00
40057905--40057946	21	2.0	20	90	4	66	0	21	0	78	0.75
40068752--40068852	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
40076707--40076807	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40101588--40101680	32	2.8	33	77	8	100	29	25	19	25	1.99
40101991--40102043	26	2.0	26	82	7	63	22	16	20	39	1.92
40103290--40103349	24	2.4	25	83	8	70	20	40	5	35	1.74
40109889--40109941	26	2.0	26	85	7	72	20	16	22	39	1.92
40120202--40120254	26	2.0	26	100	0	106	28	18	15	37	1.91
40131008--40131045	15	2.5	15	80	12	51	18	2	0	78	0.86
40134021--40134072	22	2.4	21	81	12	61	57	25	5	11	1.55
40136337--40136448	29	4.0	27	72	14	82	25	31	14	28	1.95
40137943--40137974	16	2.0	16	93	0	55	21	6	25	46	1.74
40143021--40143063	18	2.4	18	84	0	59	34	18	13	32	1.90
40144099--40144213	29	4.0	29	74	5	90	26	31	13	28	1.93
40144295--40144332	19	2.0	19	85	10	51	18	34	15	31	1.92
40146620--40146648	14	2.0	15	93	6	51	51	27	0	20	1.47
40154497--40154547	24	2.1	24	100	0	102	37	7	15	39	1.77
40158171--40158203	13	2.3	15	90	10	52	30	0	9	60	1.27
40161295--40161319	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
40164123--40164166	21	2.0	22	86	4	63	61	0	0	38	0.96
40164121--40164190	32	2.2	33	82	7	81	61	0	0	38	0.96
40169369--40169414	24	1.9	24	86	0	65	43	4	34	17	1.69
40170961--40171027	27	2.5	27	85	0	89	41	14	14	28	1.86
40171385--40171463	27	2.9	26	73	3	68	21	16	20	41	1.90
40172803--40172879	38	2.1	36	81	16	86	46	2	1	49	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40177655--40177700	23	2.0	23	100	0	92	34	17	17	30	1.93
40178267--40178324	10	5.6	10	80	8	53	24	5	1	68	1.19
40178273--40178337	35	1.9	34	84	9	89	23	6	4	66	1.33
40178283--40178323	21	1.9	22	90	5	66	26	7	2	63	1.33
40179271--40179327	29	2.0	29	83	13	73	49	3	5	42	1.42
40182304--40182352	25	2.0	25	100	0	98	8	24	14	53	1.68
40185379--40185418	20	2.0	20	85	5	53	57	2	5	35	1.34
40187073--40187104	17	1.9	16	93	6	55	34	34	0	31	1.58
40189464--40189623	42	3.6	42	83	5	167	28	27	14	29	1.95
40189546--40189789	47	5.0	46	81	7	191	31	27	15	26	1.96
40189629--40189790	53	3.1	53	79	14	158	32	25	14	27	1.94
40195456--40195671	46	4.7	45	78	11	188	22	29	19	28	1.98
40202001--40202103	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
40206323--40206442	29	4.2	28	81	3	134	27	15	27	29	1.96
40207851--40208026	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
40207848--40208019	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
40214590--40214721	69	1.9	70	92	1	221	32	12	17	37	1.87
40215478--40215610	39	3.4	39	84	2	185	22	22	25	29	1.99
40216235--40216286	18	2.9	18	81	13	54	51	15	11	21	1.74
40216273--40216327	25	2.2	25	90	0	83	45	14	20	20	1.85
40216475--40216576	27	3.8	26	84	5	105	36	18	23	21	1.95
40216493--40216596	54	2.0	54	82	3	131	37	20	22	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40216735--40216799	22	3.0	22	77	8	69	33	23	21	21	1.97
40217055--40217085	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
40217226--40217497	27	10.1	27	86	3	334	24	22	20	33	1.97
40217539--40217879	27	12.7	26	83	6	342	31	9	20	39	1.84
40217619--40217879	54	4.8	54	89	0	398	31	8	19	39	1.83
40218725--40218856	39	3.4	39	87	2	158	20	24	27	28	1.99
40220489--40220531	16	2.7	16	85	0	59	51	16	20	11	1.75
40220747--40220858	29	3.9	29	79	1	127	26	14	26	32	1.95
40227450--40227620	93	1.8	93	93	2	299	21	21	29	28	1.98
40227454--40227625	46	3.7	46	78	14	201	21	21	28	28	1.99
40235023--40235195	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
40235020--40235190	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
40255123--40255344	40	5.6	40	92	1	358	27	27	22	23	1.99
40257469--40257515	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
40257776--40258036	46	5.9	46	83	7	306	22	24	14	38	1.92
40257776--40258036	91	2.9	87	84	9	305	22	24	14	38	1.92
40257954--40258029	38	2.0	38	97	0	143	25	26	17	31	1.97
40260160--40260207	11	4.2	11	74	10	51	62	0	2	35	1.07
40260154--40260209	24	2.3	24	84	3	67	58	1	1	37	1.19
40270355--40270415	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
40274133--40274170	13	2.9	13	92	0	67	28	34	31	5	1.80
40275274--40275380	42	2.5	42	78	3	117	28	28	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40277973--40278055	41	2.0	41	100	0	166	39	7	19	33	1.79
40281035--40281099	34	1.9	34	96	0	121	32	24	10	32	1.90
40285625--40285699	24	3.1	24	96	0	132	37	21	8	33	1.83
40286245--40286297	19	2.7	20	80	16	58	47	3	0	49	1.19
40291779--40292050	39	7.0	39	92	0	445	22	25	28	23	1.99
40293569--40293667	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
40300437--40300475	19	2.1	19	100	0	78	58	20	5	15	1.55
40322067--40322130	2	32.5	2	87	3	94	50	0	46	3	1.17
40322732--40322774	22	1.9	23	90	4	70	44	4	0	51	1.22
40335755--40335884	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
40335717--40335884	80	2.1	80	81	4	196	26	24	26	22	2.00
40338824--40338858	10	3.4	10	88	4	52	80	0	20	0	0.72
40340118--40340437	40	8.0	40	93	1	500	22	23	27	26	1.99
40341808--40341899	46	2.0	46	93	0	157	36	10	22	29	1.88
40368145--40368365	116	1.9	116	90	0	352	37	12	15	33	1.86
40371890--40371938	25	2.0	25	87	0	71	34	10	20	34	1.86
40379224--40379264	17	2.4	17	91	0	64	46	14	9	29	1.77
40384359--40384518	39	4.1	39	83	1	178	30	13	18	37	1.90
40389098--40389463	46	7.7	46	72	10	176	26	17	29	26	1.97
40390962--40391028	35	1.9	35	96	0	125	47	11	1	38	1.50
40397243--40397322	40	2.0	40	85	0	106	35	32	15	17	1.91
40404551--40404591	8	5.1	8	100	0	82	0	0	51	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40405370--40405405	18	2.0	19	89	10	58	11	30	41	16	1.83
40408732--40408776	22	2.0	22	100	0	90	42	31	8	17	1.80
40409125--40409162	16	2.4	16	86	8	51	65	0	0	34	0.93
40409157--40409203	23	2.0	23	88	12	69	59	4	0	36	1.17
40409180--40409233	19	2.9	19	83	10	67	62	5	0	31	1.18
40409135--40409233	19	5.1	19	70	21	55	61	4	0	34	1.15
40409837--40409979	9	14.8	9	66	16	54	56	3	2	37	1.31
40409910--40409977	20	3.5	19	76	20	68	60	1	2	35	1.21
40410679--40410910	9	25.7	9	67	18	69	28	3	4	64	1.27
40410678--40410763	28	3.2	27	77	8	86	22	1	6	69	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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