genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  175  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54637135--54637189	21	2.6	21	85	0	74	25	34	14	25	1.94
54646191--54646248	21	2.8	21	86	0	71	37	46	3	12	1.58
54646325--54646390	28	2.4	26	73	16	71	39	22	21	16	1.92
54647820--54648092	139	1.9	141	91	2	451	49	13	25	10	1.75
54658147--54658309	39	4.2	39	92	0	254	22	20	32	24	1.98
54664077--54664208	29	4.5	29	95	1	237	25	24	13	37	1.92
54664077--54664208	59	2.3	59	94	1	239	25	24	13	37	1.92
54666753--54666915	39	4.2	39	92	0	254	22	20	32	24	1.98
54674831--54674869	19	2.1	19	100	0	78	23	35	20	20	1.96
54683199--54683268	25	2.8	23	76	20	61	31	18	25	24	1.98
54685703--54685754	6	8.5	6	87	12	79	15	0	1	82	0.75
54692005--54692226	47	4.7	47	73	15	176	28	18	29	22	1.98
54692002--54692229	94	2.4	94	80	2	278	28	18	29	23	1.98
54697644--54697832	29	6.5	29	84	3	229	26	15	30	26	1.96
54702813--54703035	47	4.8	45	75	10	173	29	17	30	21	1.97
54702813--54703031	46	4.7	46	74	10	158	29	17	31	21	1.97
54709641--54709815	95	1.9	94	90	1	278	42	16	6	35	1.73
54715193--54715321	33	3.9	33	93	0	222	20	7	41	30	1.81
54722314--54722441	32	4.0	32	87	0	202	45	7	11	35	1.70
54725218--54725277	5	12.0	5	85	0	84	41	1	20	36	1.62
54727105--54727203	29	3.0	34	75	17	118	40	22	14	23	1.90
54727346--54727393	21	2.3	21	96	0	87	31	10	37	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54729778--54729831	21	2.7	21	86	8	69	14	25	16	42	1.87
54730571--54730679	50	2.1	52	83	6	134	40	14	11	33	1.83
54736982--54737212	55	4.4	52	78	9	229	35	18	24	22	1.95
54736986--54737186	108	1.8	110	89	4	318	34	17	24	22	1.96
54737420--54737450	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
54741719--54741757	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
54742999--54743041	22	2.0	22	85	0	59	18	4	20	55	1.60
54745177--54745304	23	5.6	23	85	3	141	18	17	19	44	1.87
54745187--54745304	46	2.6	46	86	0	164	19	16	19	44	1.87
54758820--54758979	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
54764619--54764784	27	6.2	26	84	7	197	16	24	24	35	1.95
54764619--54764784	54	3.1	54	89	3	237	16	24	24	35	1.95
54764619--54764784	81	2.0	81	85	4	219	16	24	24	35	1.95
54766433--54766527	41	2.3	41	100	0	190	18	21	30	29	1.97
54768621--54768677	25	2.3	25	84	6	71	29	21	17	31	1.96
54770364--54770410	19	2.5	19	86	6	60	48	4	10	36	1.57
54770460--54770518	4	14.5	4	77	19	52	72	1	6	18	1.15
54771322--54771451	40	3.3	40	74	9	133	26	17	23	33	1.96
54773729--54773789	27	2.2	28	80	8	72	73	4	1	19	1.10
54773804--54773855	21	2.3	23	83	12	63	57	3	0	38	1.17
54776235--54776291	26	2.1	27	96	3	107	35	17	3	43	1.66
54781121--54781158	19	2.0	19	85	10	51	36	13	7	42	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54784665--54784759	43	2.2	43	83	3	120	29	13	24	32	1.93
54787565--54787736	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
54787557--54787732	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
54789646--54789734	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
54789646--54789725	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
54789657--54789734	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
54792640--54792768	46	2.8	46	96	0	231	28	29	22	19	1.98
54797815--54797951	41	3.4	41	75	9	129	30	27	18	23	1.98
54806119--54806409	24	12.1	24	97	0	510	20	18	25	36	1.95
54814234--54814336	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
54816860--54816929	32	2.2	33	84	2	88	25	18	28	27	1.98
54829981--54830173	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
54830011--54830173	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
54836496--54836688	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
54836526--54836688	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
54838726--54838862	29	4.8	29	79	2	134	25	29	15	29	1.96
54849502--54849704	40	5.1	40	90	1	300	23	22	28	26	1.99
54856949--54857151	40	5.1	40	90	0	309	23	22	28	26	1.99
54860672--54860820	76	2.0	76	89	4	230	31	14	7	46	1.71
54864904--54864952	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
54865775--54865941	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
54872882--54872930	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54873777--54873888	37	3.0	36	77	13	102	22	22	28	26	1.99
54881200--54881331	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
54887337--54887513	40	4.4	40	80	4	171	24	21	26	27	1.99
54887342--54887496	80	1.9	80	85	2	213	23	20	26	29	1.99
54887737--54887778	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
54892821--54893128	127	2.4	127	83	4	399	37	18	18	25	1.94
54895179--54895281	29	3.6	28	80	5	116	29	32	16	22	1.96
54903949--54904065	41	3.1	41	59	27	96	32	17	28	21	1.96
54903917--54904079	70	2.3	71	96	2	310	34	17	27	19	1.95
54905646--54906066	138	3.1	138	91	1	684	44	6	8	40	1.61
54906908--54906937	14	2.1	14	93	0	51	43	0	0	56	0.99
54907961--54907994	17	1.9	18	88	5	52	64	5	0	29	1.17
54911392--54911489	40	2.5	40	86	6	128	52	7	21	19	1.70
54922824--54923004	89	2.0	89	83	6	224	26	17	18	37	1.93
54922795--54923170	44	8.7	44	75	10	281	27	19	18	34	1.95
54923266--54923375	46	2.4	47	83	4	134	27	13	18	40	1.88
54923295--54924026	44	15.9	44	70	11	340	30	19	16	33	1.94
54922989--54923540	296	1.9	284	88	5	836	28	17	18	35	1.94
54923539--54923949	187	2.2	187	80	3	447	32	20	14	32	1.93
54923584--54923936	95	3.8	93	76	11	308	32	20	15	31	1.94
54926017--54926049	13	2.5	13	95	0	57	6	39	36	18	1.75
54927055--54927192	33	4.2	33	79	4	156	36	20	10	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54927067--54927220	65	2.4	65	92	1	263	37	20	11	31	1.88
54937036--54937166	33	4.0	33	78	7	151	32	23	10	33	1.89
54937038--54937191	65	2.4	65	92	1	254	35	23	10	30	1.88
54937038--54937211	33	5.3	33	74	7	149	35	22	10	31	1.89
54946002--54946123	45	2.5	50	75	15	137	40	19	19	20	1.92
54946014--54946117	45	2.3	45	86	0	145	41	20	17	21	1.90
54947394--54947455	32	2.0	31	87	9	90	53	6	0	40	1.27
54947709--54947817	3	37.3	3	75	15	95	60	4	0	34	1.17
54947789--54947813	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
54953702--54954038	48	7.0	48	91	0	532	36	7	24	31	1.83
54953702--54954046	144	2.4	144	93	0	602	36	7	24	31	1.83
54954179--54954249	37	1.9	37	94	0	124	22	19	32	25	1.98
54962939--54963327	130	3.0	130	90	0	616	25	13	21	40	1.89
54969139--54969170	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
54970443--54970483	20	2.0	20	100	0	82	31	4	0	63	1.15
54970499--54970542	19	2.4	18	80	3	52	43	2	2	52	1.26
54976586--54976644	26	2.3	26	81	0	64	44	3	3	49	1.36
54976602--54976653	26	2.0	26	100	0	104	38	3	3	53	1.37
54978442--54978482	16	2.5	17	76	15	50	48	4	0	46	1.23
54978931--54978964	17	1.9	18	88	5	52	38	23	8	29	1.85
54979771--54979812	20	2.2	20	86	4	59	9	33	33	23	1.87
54980860--54980884	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54994028--54994150	48	2.6	48	89	0	192	25	30	19	25	1.98
55000437--55000497	28	2.1	27	85	8	77	37	1	1	59	1.17
55000435--55000498	9	6.9	9	76	18	60	40	1	1	56	1.18
55000427--55000498	19	3.9	18	77	15	67	37	1	2	58	1.21
55002524--55002735	65	3.3	65	87	1	282	20	19	24	35	1.95
55004929--55004965	17	2.2	17	95	0	65	27	5	21	45	1.73
55007697--55007769	27	2.7	27	91	2	119	31	27	13	27	1.94
55012356--55012782	210	2.0	210	94	0	748	40	6	17	35	1.75
55013456--55013600	65	2.2	65	84	7	179	23	22	20	33	1.97
55013654--55013698	24	1.9	24	90	4	74	15	24	22	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
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