genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  113  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34449140--34449197	30	1.9	31	85	3	82	25	22	8	43	1.82
34460761--34460802	20	2.1	20	100	0	84	30	4	14	50	1.63
34465268--34465325	30	1.9	30	89	0	89	36	10	22	31	1.88
34465667--34465835	46	3.6	45	82	10	191	28	20	29	21	1.98
34465664--34465929	47	5.7	45	76	10	198	28	19	29	22	1.98
34465667--34465929	140	1.9	141	82	5	336	28	19	29	22	1.98
34469755--34469971	46	4.6	46	75	11	163	28	19	29	22	1.98
34469755--34470020	140	1.9	141	79	3	304	28	20	29	21	1.98
34472170--34472235	32	2.1	32	97	0	123	48	16	0	34	1.47
34472479--34472538	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
34479324--34479372	10	4.7	10	76	18	55	28	22	10	38	1.87
34479312--34479406	32	3.0	32	87	0	127	29	25	9	35	1.87
34479509--34479582	28	2.6	28	87	4	87	25	32	14	27	1.95
34481390--34481432	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
34488632--34488795	43	3.8	43	76	7	136	28	29	19	21	1.98
34507600--34507656	28	2.0	28	100	0	114	33	14	17	35	1.90
34513462--34513486	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
34514577--34514691	44	2.7	42	84	9	151	22	17	26	33	1.96
34514691--34515913	620	2.0	620	99	0	2428	27	19	23	29	1.98
34520752--34520942	48	3.9	49	77	9	194	25	26	18	29	1.98
34520756--34520942	96	1.9	98	85	2	261	26	25	18	29	1.98
34522432--34522493	29	2.1	29	90	0	97	19	29	11	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34532235--34532410	50	3.6	50	77	13	172	25	19	30	24	1.98
34541204--34541456	46	5.5	45	75	16	168	27	19	28	24	1.98
34541334--34541606	48	5.7	47	77	10	236	27	19	28	24	1.98
34541242--34541603	46	7.7	47	73	13	189	26	18	29	24	1.98
34543928--34544156	48	4.7	47	78	4	199	27	26	17	29	1.98
34543928--34544157	96	2.4	96	80	5	250	26	26	17	29	1.97
34548692--34548751	24	2.5	24	83	8	68	53	5	1	40	1.33
34550325--34550363	19	2.1	19	100	0	78	20	5	5	69	1.28
34565380--34565529	18	7.9	18	67	14	77	37	16	12	34	1.85
34565705--34565899	45	4.3	45	91	0	282	41	18	19	20	1.91
34566308--34566349	5	8.2	5	89	5	57	38	23	0	38	1.55
34567680--34567714	9	4.0	9	88	7	54	17	11	0	71	1.14
34567680--34567726	17	2.7	18	86	6	69	17	10	0	72	1.12
34567680--34567722	13	3.3	13	83	9	52	16	11	0	72	1.13
34570343--34570466	48	2.5	50	85	5	164	23	34	16	25	1.95
34570449--34570483	17	2.1	17	94	0	61	25	31	20	22	1.98
34576231--34576331	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
34584058--34584158	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
34586123--34586252	64	2.0	65	92	1	217	43	19	14	23	1.87
34586255--34586309	25	2.2	25	80	9	58	23	20	20	36	1.95
34587539--34587639	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
34598943--34599043	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34606775--34606875	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
34610851--34610966	53	2.2	53	84	6	146	40	21	6	31	1.80
34610852--34610966	27	4.3	27	77	3	108	40	21	6	30	1.80
34612140--34612187	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
34612231--34612314	20	4.2	20	95	0	150	34	11	21	32	1.90
34612235--34612309	11	7.4	11	68	17	63	36	13	20	30	1.91
34612360--34612524	23	7.0	24	87	8	223	27	23	21	27	1.99
34612361--34612499	47	3.0	47	93	3	228	26	23	21	28	1.99
34615578--34615675	27	3.7	27	79	1	108	42	22	5	29	1.75
34615560--34615638	26	3.0	26	79	1	95	41	15	6	36	1.72
34615560--34615675	54	2.2	54	84	3	146	41	20	6	31	1.77
34615561--34615675	27	4.3	27	77	1	99	41	20	6	31	1.77
34616944--34617027	20	4.2	20	95	0	150	34	11	21	32	1.90
34616948--34617022	11	7.4	11	68	17	63	36	13	20	30	1.91
34617073--34617214	24	6.0	24	89	4	200	28	22	21	26	1.99
34617072--34617215	47	3.0	47	89	4	218	29	22	21	26	1.99
34617408--34617471	31	2.1	31	84	0	83	35	15	23	25	1.94
34618218--34618389	50	3.5	50	81	5	165	26	30	17	25	1.97
34618261--34618578	46	6.8	48	75	15	247	23	31	18	26	1.97
34618261--34618582	48	6.8	48	74	15	212	23	31	18	26	1.97
34621810--34621891	10	7.8	11	69	26	54	35	3	0	60	1.14
34621820--34621957	20	7.2	20	69	21	91	35	2	0	61	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34621808--34621940	31	4.3	30	74	19	105	35	3	0	60	1.17
34621808--34621957	13	10.5	13	69	19	61	35	2	0	61	1.15
34622205--34622254	10	5.6	9	77	15	50	44	2	0	54	1.11
34634140--34634518	206	1.8	206	90	0	605	30	18	22	29	1.97
34636231--34636371	30	4.7	30	74	17	109	34	4	0	60	1.21
34636242--34636371	17	7.6	17	68	26	71	34	3	0	60	1.20
34636233--34636371	20	6.9	20	66	27	57	33	4	0	61	1.21
34636256--34636372	20	5.8	20	68	24	75	34	3	0	61	1.19
34652601--34652648	15	3.1	14	78	21	51	39	2	0	58	1.10
34652807--34652899	44	2.1	46	83	4	118	37	23	6	32	1.80
34652881--34652944	16	4.0	16	87	0	92	31	29	1	37	1.67
34654442--34654472	12	2.6	12	89	0	53	32	19	9	38	1.84
34655624--34655750	42	3.0	42	83	0	164	29	22	21	27	1.99
34656141--34656170	15	2.0	15	93	0	51	50	6	3	40	1.45
34658491--34658534	18	2.4	19	88	3	63	47	2	4	45	1.35
34663503--34663634	48	2.8	49	80	5	137	28	19	24	28	1.99
34667779--34667819	16	2.6	16	96	0	73	26	12	31	29	1.92
34671921--34672033	47	2.5	47	80	7	126	23	18	21	36	1.95
34671944--34672041	46	2.1	47	81	5	110	24	19	22	33	1.97
34672151--34672193	22	1.9	23	86	13	63	27	9	11	51	1.69
34674451--34674519	21	3.4	21	71	15	72	34	1	7	56	1.36
34674506--34674536	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34676928--34676972	20	2.2	21	84	11	58	42	0	4	53	1.21
34679311--34679335	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
34681476--34681518	2	21.5	2	95	0	77	51	0	0	48	1.00
34682649--34682721	3	24.3	3	100	0	146	67	0	0	32	0.91
34683753--34683786	13	2.4	14	90	9	52	58	0	2	38	1.13
34685137--34685192	26	2.2	26	83	6	69	8	14	1	75	1.13
34685813--34685965	3	50.3	3	82	7	175	32	3	1	62	1.22
34690854--34690984	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
34690853--34690984	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
34697031--34697131	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
34704985--34705085	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
34706949--34707069	64	1.9	64	92	0	206	32	16	14	36	1.90
34707148--34707413	44	6.0	44	67	12	123	30	14	27	28	1.95
34707136--34707665	177	3.0	176	87	1	740	30	16	25	27	1.97
34707494--34707590	44	2.2	45	81	5	117	32	12	21	32	1.91
34707581--34708085	44	11.7	43	78	5	482	29	21	23	24	1.99
34707585--34708085	86	5.8	85	78	5	459	29	21	23	24	1.99
34707579--34708092	130	4.0	130	92	0	857	29	21	23	25	1.99
34708099--34708735	88	7.2	88	84	2	767	29	22	18	28	1.98
34708247--34708732	44	11.0	44	65	10	168	29	23	19	27	1.98
34708095--34708733	264	2.4	264	85	1	861	29	23	18	28	1.98
34708719--34708989	44	5.8	48	75	12	197	28	17	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34708770--34709028	44	5.7	45	76	11	215	28	17	26	27	1.98
34708718--34709024	140	2.2	140	90	1	472	28	17	25	28	1.97
34709517--34709569	25	2.1	25	89	6	81	3	13	0	83	0.79
34710229--34710485	3	85.3	3	80	9	265	31	3	2	62	1.23
34710745--34710794	21	2.4	21	96	0	91	36	14	8	42	1.74
34726774--34726905	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
34734636--34734767	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
34741978--34742035	23	2.5	23	91	5	91	24	20	18	36	1.95
34741998--34742042	23	2.0	23	90	0	72	22	24	17	35	1.95
34750347--34750420	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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