genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  174  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54248095--54248256	42	3.9	40	78	9	155	28	15	27	28	1.96
54251885--54252041	41	3.7	41	78	10	120	28	27	17	26	1.97
54257296--54257334	18	2.2	19	90	9	64	10	25	48	15	1.76
54270746--54270828	24	3.5	24	69	0	67	30	16	18	34	1.93
54270714--54270828	48	2.4	48	82	0	131	28	16	20	34	1.94
54286329--54286405	29	2.7	28	86	6	109	29	32	10	27	1.90
54286310--54286397	29	3.1	28	81	4	104	29	32	12	25	1.92
54286341--54286433	29	3.2	29	84	1	107	30	29	11	29	1.92
54288586--54288619	5	6.8	5	100	0	68	0	17	0	82	0.67
54288877--54288924	24	2.0	24	91	0	78	16	2	18	62	1.42
54292552--54292657	53	2.0	53	94	0	185	35	11	21	31	1.89
54294107--54294167	21	3.0	21	77	18	67	57	0	4	37	1.20
54294119--54294268	28	5.4	27	71	19	103	60	1	3	34	1.21
54294205--54294266	9	7.1	9	77	18	69	64	1	0	33	1.03
54294205--54294268	18	3.7	18	85	12	89	64	1	0	34	1.03
54294329--54294376	25	1.9	25	83	8	62	64	0	0	35	0.94
54295750--54296234	44	11.0	44	87	4	611	26	26	15	31	1.96
54307689--54307725	19	1.9	19	88	0	56	56	2	5	35	1.36
54307689--54307771	21	4.3	19	73	18	55	62	1	2	33	1.16
54307708--54307767	21	2.7	23	78	19	65	66	0	0	33	0.92
54307725--54307775	17	2.9	18	82	11	70	66	0	0	33	0.92
54307727--54307775	19	2.6	18	79	17	55	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54307744--54307855	47	2.4	49	76	11	117	58	3	0	37	1.22
54309346--54309399	26	2.1	26	96	0	99	22	18	16	42	1.89
54313458--54313573	61	1.9	58	86	5	160	50	3	4	41	1.39
54322311--54322518	40	5.2	40	83	2	220	25	25	23	25	2.00
54326606--54326646	21	2.0	21	85	9	57	26	2	21	48	1.63
54331702--54331734	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
54332149--54332182	17	2.0	17	100	0	68	58	11	5	23	1.55
54334476--54334789	47	6.7	47	76	14	249	27	19	30	23	1.98
54334476--54334789	46	6.7	46	77	10	239	27	19	30	23	1.98
54336110--54336162	2	27.5	2	81	7	65	47	1	1	49	1.23
54336796--54336848	27	1.9	28	84	3	72	62	1	0	35	1.06
54336799--54336860	20	3.3	20	73	17	60	61	3	0	35	1.12
54338800--54338889	44	2.0	44	80	6	101	50	3	0	46	1.18
54339825--54339866	19	2.2	19	86	0	57	26	11	2	59	1.45
54340377--54340409	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
54340500--54340546	21	2.3	21	78	14	53	57	0	0	42	0.98
54341305--54341346	2	21.0	2	95	0	75	50	0	2	47	1.14
54342356--54342406	17	2.9	17	75	13	50	60	0	0	39	0.97
54348270--54348433	42	3.8	42	73	3	148	29	17	23	30	1.97
54349246--54349338	43	2.2	43	92	0	150	25	25	19	29	1.99
54351044--54351119	29	2.6	29	78	0	80	25	35	18	21	1.95
54352499--54352661	24	6.8	24	97	0	281	37	25	17	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54359736--54359898	24	6.8	24	97	0	281	37	25	17	20	1.93
54360813--54360892	29	2.8	29	98	0	151	27	27	12	32	1.93
54365609--54365710	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
54373444--54373550	29	3.7	29	91	0	151	24	32	15	27	1.96
54379432--54379621	29	6.6	29	84	3	89	25	31	15	26	1.96
54379491--54379621	58	2.3	58	97	0	244	26	29	14	29	1.95
54379462--54379621	87	1.8	87	87	2	241	26	31	15	27	1.95
54382497--54382620	40	3.1	40	80	0	149	25	27	21	25	2.00
54389806--54389949	9	16.0	9	68	15	66	35	2	15	46	1.58
54389843--54389949	18	5.8	18	70	14	76	35	2	15	45	1.61
54392692--54392768	29	2.7	29	77	4	75	49	29	1	19	1.56
54394823--54394920	28	3.4	29	80	6	103	30	25	15	28	1.96
54396388--54396499	40	2.8	39	77	11	102	25	25	17	32	1.97
54401863--54402047	50	3.7	50	89	1	273	28	25	20	25	1.99
54407332--54407594	48	5.5	48	88	0	382	26	29	20	23	1.99
54416953--54417040	44	2.0	44	91	4	142	23	23	4	47	1.70
54422511--54422677	40	4.2	40	79	2	149	22	27	23	26	2.00
54428979--54429008	15	1.9	16	93	6	53	50	10	13	26	1.73
54429168--54429201	12	2.8	12	86	0	50	76	0	23	0	0.79
54429157--54429196	6	6.7	6	83	11	55	77	0	22	0	0.77
54429810--54429851	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
54431639--54431901	40	6.6	40	91	2	395	24	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54431639--54431934	80	3.7	79	89	4	384	25	21	26	26	2.00
54431639--54431934	40	7.4	40	88	5	340	25	21	26	26	2.00
54431639--54431934	120	2.5	120	85	8	381	25	21	26	26	2.00
54433513--54433563	6	8.5	6	95	0	75	27	17	5	49	1.70
54433513--54433563	18	2.8	18	90	0	84	27	17	5	49	1.70
54433846--54433877	16	2.0	16	100	0	64	50	6	18	25	1.70
54436709--54436813	26	4.0	26	97	0	201	30	6	26	36	1.82
54438415--54438553	27	5.1	27	86	2	172	18	24	22	34	1.96
54438415--54438553	54	2.6	55	88	2	192	18	24	22	34	1.96
54443840--54443948	26	4.6	26	79	20	141	32	7	24	35	1.83
54443840--54443948	21	4.7	22	81	16	107	32	7	24	35	1.83
54443862--54443948	46	2.0	43	88	11	131	32	6	24	36	1.82
54445108--54445137	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
54445531--54445638	27	4.0	26	85	8	126	16	24	22	37	1.94
54445704--54445743	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
54453045--54453189	43	3.4	43	77	11	147	30	27	18	23	1.98
54456050--54456101	12	4.4	12	80	4	61	71	7	21	0	1.11
54460510--54460682	43	4.0	43	68	18	126	25	14	24	35	1.94
54466649--54466697	23	2.1	23	84	0	62	44	14	22	18	1.85
54468959--54468989	7	4.4	7	100	0	62	54	0	12	32	1.38
54470592--54470688	27	3.4	28	84	4	106	29	25	13	30	1.94
54477962--54478062	28	3.5	29	86	6	125	29	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54490202--54490466	130	2.0	130	99	0	521	26	15	15	43	1.86
54495493--54495616	44	2.7	44	85	5	158	26	13	23	36	1.92
54498843--54498971	33	3.9	33	95	0	213	27	41	9	21	1.84
54501708--54501744	17	2.1	18	85	14	51	59	8	0	32	1.27
54504441--54504465	12	2.1	12	100	0	50	32	0	24	44	1.54
54504483--54504508	12	2.2	12	100	0	52	34	7	19	38	1.80
54504527--54504600	32	2.3	31	86	6	103	54	2	20	22	1.57
54505050--54505374	162	2.0	162	98	0	623	26	21	18	33	1.97
54521544--54521617	33	2.2	33	85	0	112	13	12	33	40	1.82
54523554--54523614	30	2.0	30	100	0	122	16	13	26	44	1.84
54524079--54524117	18	2.2	19	90	9	64	10	25	46	17	1.80
54528367--54528545	39	4.5	39	87	2	234	30	28	22	17	1.97
54535728--54535848	39	3.1	39	97	0	224	19	25	32	22	1.98
54540913--54541033	39	3.1	39	91	0	197	21	24	30	23	1.99
54553521--54553705	40	4.7	40	86	6	218	26	27	21	25	1.99
54558218--54558343	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
54558157--54558343	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
54566488--54566671	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
54566532--54566680	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
54574538--54574721	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
54574578--54574766	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
54597292--54597491	39	5.1	40	87	0	208	25	32	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54597328--54597492	39	4.2	39	90	0	258	24	32	19	23	1.97
54605762--54605922	39	4.1	39	96	0	286	25	32	19	22	1.97
54610547--54610659	40	2.8	40	82	5	138	23	23	29	24	1.99
54614358--54614549	39	4.9	39	91	0	285	25	32	19	22	1.97
54617276--54617495	120	1.8	120	89	3	345	25	22	25	26	2.00
54617276--54617472	40	4.9	40	95	0	349	25	22	25	26	2.00
54617276--54617535	80	3.3	80	88	3	258	26	22	25	25	2.00
54617274--54617535	120	2.2	120	83	6	327	27	22	24	25	2.00
54623995--54624085	45	2.0	45	91	0	146	37	23	14	25	1.92
54631930--54632020	45	2.0	45	91	0	146	35	24	14	26	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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