genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  84  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24907148--24907182	18	2.0	17	88	5	52	77	0	0	22	0.78
24908690--24908723	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
24913911--24913948	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
24913925--24913949	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
24913974--24914026	6	8.5	6	87	8	79	79	3	0	16	0.88
24914055--24914095	9	4.6	9	87	0	55	29	2	26	41	1.69
24914046--24914114	27	2.6	27	85	0	93	27	5	23	43	1.76
24914046--24914113	18	3.8	18	80	7	66	27	5	23	42	1.77
24914432--24914491	31	1.9	31	93	0	102	40	10	11	38	1.75
24914544--24914584	16	2.6	16	78	17	50	73	0	0	26	0.84
24914536--24914572	20	1.9	19	89	10	58	70	0	0	29	0.88
24915362--24915416	25	2.2	26	83	3	67	9	21	0	69	1.16
24925940--24925978	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
24926450--24926548	3	33.7	3	83	8	96	61	1	1	36	1.10
24926422--24926545	61	2.0	63	96	3	234	57	1	1	39	1.18
24928094--24928124	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
24929555--24929930	188	2.0	188	97	0	716	35	10	23	30	1.88
24930146--24930170	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
24930881--24931148	47	5.7	48	74	17	210	27	19	30	23	1.98
24930879--24931148	94	2.9	94	81	10	277	27	18	30	23	1.98
24938502--24938528	14	1.9	14	100	0	54	77	14	0	7	0.97
24939246--24939285	20	2.0	20	100	0	80	50	20	5	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24940525--24940564	20	2.0	20	100	0	80	30	30	0	40	1.57
24940967--24941055	5	17.8	5	100	0	178	59	0	0	40	0.97
24941084--24941123	19	2.0	20	85	4	55	37	10	5	47	1.59
24947315--24947379	22	3.0	22	80	8	78	33	21	23	21	1.97
24947810--24948300	27	18.3	27	86	2	657	24	20	21	33	1.97
24948282--24948409	27	4.7	27	83	3	132	29	8	21	39	1.83
24948296--24948409	27	4.2	27	88	0	147	30	7	19	42	1.80
24953239--24953374	31	4.4	31	84	3	150	49	13	16	20	1.79
24953255--24953374	6	19.3	6	68	19	68	48	13	17	20	1.81
24953511--24953612	27	3.8	26	81	5	114	38	20	21	19	1.94
24953771--24953835	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
24954262--24954699	27	16.3	27	87	3	578	24	21	20	33	1.97
24954681--24954808	27	4.7	27	84	3	132	28	9	22	39	1.85
24954695--24954808	27	4.2	27	89	0	156	29	8	20	41	1.82
24956590--24956786	53	3.6	54	77	3	164	22	23	16	37	1.93
24956619--24956797	55	3.3	54	75	3	182	20	22	17	39	1.92
24962286--24962547	96	2.7	96	85	3	357	23	30	19	26	1.98
24962272--24962544	144	1.9	144	82	4	345	23	30	18	27	1.98
24962279--24962544	48	5.5	48	80	7	297	22	30	18	27	1.98
24964116--24964166	17	2.9	17	78	21	52	47	0	29	23	1.52
24964126--24964172	17	2.7	17	78	21	53	48	0	29	21	1.50
24964255--24964301	25	1.9	24	91	4	76	38	0	38	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24967221--24967290	28	2.5	28	88	4	97	30	25	15	28	1.96
24974889--24974958	28	2.5	28	88	4	97	30	25	15	28	1.96
24979772--24979941	46	3.7	47	79	9	174	22	30	18	28	1.98
24988730--24988897	45	3.7	45	77	15	150	24	28	19	27	1.99
24992121--24992158	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
25000437--25000612	96	1.8	96	92	0	298	22	30	19	28	1.98
25000436--25000623	48	3.9	48	79	5	209	23	29	19	27	1.98
25003244--25003569	43	7.6	43	91	0	517	31	32	24	11	1.90
25003562--25003664	37	2.8	37	86	1	125	29	26	20	24	1.99
25003567--25003682	37	3.1	37	84	2	124	29	23	22	25	1.99
25004636--25004663	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25008608--25008645	18	2.1	18	85	9	51	23	0	10	65	1.23
25008645--25008675	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
25010502--25010574	26	2.8	26	76	19	71	52	0	0	47	1.00
25028500--25028536	18	2.1	18	100	0	74	40	21	0	37	1.54
25029817--25029889	28	2.6	28	75	10	69	75	4	17	2	1.08
25033713--25033753	13	3.1	13	85	3	55	9	4	4	80	1.00
25035331--25035358	5	5.6	5	100	0	56	42	0	39	17	1.50
25036627--25036694	3	22.7	3	100	0	136	66	0	0	33	0.92
25036693--25036724	3	10.3	3	93	6	55	34	0	0	65	0.93
25038974--25039091	59	2.0	59	100	0	236	27	6	28	37	1.82
25039239--25039285	24	2.0	24	86	0	67	21	14	19	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25042406--25042514	3	36.7	3	81	12	127	33	0	3	63	1.12
25042597--25042689	33	2.9	31	73	10	107	46	2	6	45	1.41
25042774--25042840	33	2.0	32	83	11	82	50	0	5	43	1.26
25042902--25042950	15	3.2	15	85	2	53	53	0	2	44	1.12
25042899--25042952	19	2.9	19	80	2	65	53	0	1	44	1.11
25043021--25043076	13	4.4	13	84	2	60	80	0	19	0	0.71
25043019--25043076	6	9.2	6	75	9	53	79	0	20	0	0.74
25043041--25043076	7	5.3	7	90	6	56	86	0	13	0	0.58
25043773--25043853	40	2.0	40	82	0	99	35	8	16	39	1.79
25044066--25044172	45	2.4	45	90	3	162	20	16	19	42	1.89
25044184--25044208	7	3.6	7	100	0	50	32	12	12	44	1.78
25050517--25050562	22	2.1	22	87	0	65	39	10	13	36	1.79
25052653--25053171	260	2.0	260	92	0	869	30	22	13	32	1.93
25055635--25055704	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
25055712--25055818	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
25062819--25062888	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
25062896--25063002	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
25068259--25068285	12	2.2	12	100	0	54	33	7	33	25	1.84
25068313--25068538	35	6.5	35	88	1	294	27	16	25	30	1.97
25070658--25070751	38	2.4	39	85	1	127	32	14	34	18	1.91
25070687--25070749	20	3.2	20	73	8	67	28	14	41	15	1.87
25072238--25072288	25	2.0	25	92	0	84	33	13	23	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25077579--25077611	17	1.9	17	100	0	66	63	0	18	18	1.31
25078540--25078675	26	5.2	26	93	0	227	33	5	24	37	1.77
25080150--25080202	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
25086221--25086322	34	3.0	33	81	2	114	30	16	15	37	1.90
25086531--25086620	45	2.0	44	82	2	108	22	17	20	40	1.92
25097336--25097468	39	3.3	40	86	5	189	23	21	29	25	1.99
25097336--25097468	41	3.3	41	89	6	202	23	21	29	25	1.99
25097335--25097500	79	2.1	78	81	8	194	25	21	27	25	1.99
25105364--25105548	40	4.6	39	82	6	151	22	23	29	24	1.99
25105364--25105543	79	2.3	81	83	7	226	22	23	29	23	1.99
25105365--25105581	79	2.7	77	76	16	201	24	22	28	24	1.99
25109894--25110019	49	2.6	49	83	2	155	25	27	19	27	1.98
25110038--25110155	46	2.5	47	81	9	134	26	27	17	27	1.98
25114948--25115012	27	2.4	27	84	0	85	38	23	20	18	1.93
25115164--25115402	27	8.9	27	84	2	275	25	20	18	34	1.96
25120206--25120246	21	2.0	21	90	0	64	29	29	21	19	1.98
25121639--25121778	43	3.3	42	86	4	199	28	30	17	24	1.97
25125972--25126000	15	2.0	15	93	6	51	20	0	3	75	0.94
25125987--25126039	18	2.7	19	82	11	63	28	0	3	67	1.07
25127381--25127437	30	1.9	30	85	0	78	40	8	21	29	1.83
25127945--25128096	64	2.3	67	80	10	175	32	16	29	21	1.95
25129758--25129788	14	2.2	14	94	0	53	51	29	0	19	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25129883--25129929	14	3.3	14	81	3	58	42	27	0	29	1.56
25129890--25129943	21	2.5	22	82	8	58	48	25	0	25	1.52
25130397--25130581	76	2.4	76	88	0	280	32	20	17	29	1.96
25130887--25130971	40	2.2	40	89	2	127	21	23	21	34	1.97
25138596--25138633	20	1.9	20	94	0	67	39	15	18	26	1.91
25143254--25143377	62	2.0	62	93	0	212	38	10	25	25	1.88
25156063--25156131	20	3.3	20	80	7	84	15	31	14	37	1.88
25156069--25156133	22	3.0	22	84	8	89	16	29	15	38	1.90
25156069--25156153	42	2.0	43	83	2	109	16	28	16	38	1.90
25158464--25158510	22	2.2	21	78	10	51	53	6	2	38	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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