genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.322.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  322  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100735452--100735535	22	3.9	21	73	6	69	46	29	1	22	1.60
100736195--100736405	115	1.8	112	83	8	271	30	4	12	52	1.59
100739801--100739843	16	2.9	15	86	6	52	53	2	39	4	1.34
100742452--100742503	26	2.0	26	100	0	104	30	11	26	30	1.92
100747721--100747828	53	2.0	53	98	0	207	37	13	12	37	1.82
100747935--100748892	90	10.7	90	87	1	1347	30	15	26	27	1.96
100747939--100748892	444	2.1	447	88	2	1389	30	15	26	27	1.96
100750039--100750068	13	2.2	14	94	5	53	40	0	3	56	1.16
100752336--100752466	67	2.0	67	86	6	185	33	15	24	26	1.95
100753590--100753650	30	2.1	29	84	9	79	37	1	1	59	1.17
100753609--100753664	24	2.3	25	81	9	71	33	0	1	64	1.04
100753631--100753662	14	2.1	16	88	11	50	34	0	0	65	0.93
100753625--100753664	20	2.0	20	85	0	53	37	0	0	62	0.95
100773532--100773715	40	4.7	40	78	8	180	24	24	27	23	2.00
100773532--100773715	78	2.3	82	83	8	229	24	24	27	23	2.00
100782219--100782385	40	4.2	40	79	4	160	23	26	22	27	2.00
100786825--100786932	48	2.2	48	88	0	153	29	20	25	24	1.99
100786825--100786947	48	2.6	47	79	10	131	30	20	25	24	1.99
100792041--100792110	29	2.6	29	86	8	103	25	32	15	25	1.95
100799862--100799932	29	2.6	28	84	6	92	23	32	16	26	1.96
100803819--100803862	23	1.9	23	86	9	63	52	18	2	27	1.57
100808313--100808373	30	2.0	30	96	0	113	22	13	11	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100808319--100808384	30	2.2	30	86	0	87	25	12	13	48	1.77
100816462--100816499	20	1.9	20	88	0	58	50	7	10	31	1.66
100822928--100822966	21	1.9	20	89	5	60	17	25	41	15	1.89
100823083--100823137	28	1.9	28	85	10	76	18	45	20	16	1.86
100823083--100823144	29	2.1	28	82	11	72	19	45	17	17	1.86
100824125--100824253	50	2.6	49	83	10	156	24	30	19	26	1.98
100824118--100824294	49	3.7	50	78	12	178	24	30	18	26	1.98
100824118--100824296	99	1.9	99	84	8	253	24	30	18	26	1.98
100836406--100836572	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	25	2.00
100841096--100841198	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
100842827--100842987	71	2.3	71	86	2	234	17	26	19	36	1.94
100847409--100847584	49	3.6	49	79	8	173	23	29	18	27	1.98
100847404--100847672	46	5.7	47	74	9	160	24	27	18	28	1.98
100848666--100848726	32	1.9	32	89	0	95	26	24	8	40	1.83
100857707--100857749	15	2.7	16	89	10	70	44	6	16	32	1.74
100862222--100862296	34	2.2	34	92	2	125	26	22	22	28	1.99
100864515--100864638	48	2.6	49	82	7	146	28	22	28	20	1.99
100867746--100867772	9	3.0	9	100	0	54	55	0	33	11	1.35
100869126--100869250	46	2.7	46	89	0	187	32	28	18	21	1.97
100870447--100870483	18	2.1	18	100	0	74	27	10	10	51	1.70
100870728--100870755	13	2.2	13	100	0	56	14	32	35	17	1.90
100871602--100871630	13	2.2	13	100	0	58	44	31	0	24	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100881092--100881118	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
100883369--100883574	40	5.2	39	83	6	211	25	19	28	26	1.99
100883363--100883574	80	2.7	79	82	5	248	25	20	27	26	1.99
100883777--100883829	24	2.2	24	89	3	79	35	0	26	37	1.57
100883788--100883837	24	2.1	24	100	0	100	38	0	20	42	1.52
100889568--100889748	40	4.5	40	89	2	240	25	22	28	23	1.99
100889564--100889769	80	2.6	80	82	3	270	24	21	27	26	1.99
100889978--100890030	24	2.2	24	89	3	79	35	0	26	37	1.57
100889989--100890038	24	2.1	24	100	0	100	38	0	20	42	1.52
100895199--100895365	46	3.6	46	78	9	178	28	20	28	22	1.98
100899416--100899593	45	3.9	47	79	12	181	28	29	20	21	1.98
100899424--100899593	93	1.8	92	93	2	297	28	30	20	21	1.98
100905046--100905104	30	2.0	30	93	0	100	25	22	16	35	1.95
100905294--100905389	25	4.0	24	85	9	124	30	21	19	28	1.98
100905315--100905388	23	3.1	23	92	3	112	32	20	18	28	1.96
100905439--100905505	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
100913104--100913163	31	1.9	31	93	0	102	25	21	16	36	1.94
100913353--100913448	25	4.0	24	85	9	124	30	21	19	28	1.98
100913374--100913447	23	3.1	23	92	3	112	32	20	18	28	1.96
100913497--100913563	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
100916755--100916813	29	2.0	29	100	0	118	23	10	27	38	1.87
100918781--100918832	27	1.9	27	92	0	86	17	11	19	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100926673--100926704	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
100934987--100935019	10	3.4	10	87	8	50	30	0	6	63	1.18
100934986--100935077	9	9.9	9	73	18	55	33	1	6	58	1.31
100938940--100939211	136	2.0	136	98	0	526	31	19	14	34	1.92
100944990--100945088	30	3.3	30	71	12	78	37	0	3	59	1.13
100944989--100945087	29	3.3	29	70	6	83	37	0	3	59	1.13
100946645--100946703	29	2.1	28	90	3	91	33	6	22	37	1.80
100947570--100947614	21	2.1	21	91	0	72	77	6	0	15	0.96
100947570--100947616	10	4.7	10	79	10	51	76	6	0	17	0.98
100949699--100949728	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
100950135--100950179	15	2.8	17	80	13	58	64	6	0	28	1.19
100950137--100950179	16	2.6	17	78	10	54	65	6	0	27	1.18
100950395--100950445	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
100950407--100950455	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
100950442--100950484	21	2.0	22	81	4	52	69	9	2	18	1.26
100950847--100950926	22	3.5	22	75	18	90	52	0	3	43	1.19
100950852--100950925	25	3.0	25	69	15	82	50	0	4	45	1.20
100950826--100950925	48	2.1	48	96	3	186	52	0	4	44	1.20
100950838--100950938	48	2.2	46	89	7	150	50	0	4	43	1.30
100953696--100953873	39	4.5	39	90	4	236	24	20	29	25	1.99
100953696--100953899	79	2.6	78	82	6	207	24	20	28	25	1.99
100956503--100956897	173	2.3	173	95	0	709	28	21	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100958291--100958473	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
100966295--100966477	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
100971271--100971312	21	2.0	21	100	0	84	42	19	4	33	1.72
100976632--100976669	14	2.5	16	87	8	53	34	21	2	42	1.67
100980573--100980743	78	2.2	80	85	8	226	24	20	29	25	1.99
100980573--100980712	39	3.6	39	93	2	219	25	20	29	25	1.99
100980573--100980776	79	2.6	78	80	6	189	25	20	28	26	1.99
100986193--100986507	161	2.0	161	97	0	594	29	20	15	33	1.94
100994659--100994716	18	3.1	17	79	18	62	39	12	8	39	1.73
100994655--100994711	20	2.9	19	76	23	57	38	14	8	38	1.77
100997430--100997649	40	5.5	40	85	2	255	26	21	25	26	1.99
100997466--100997636	79	2.2	80	86	4	238	28	19	25	26	1.99
101001561--101001691	29	4.6	28	88	4	165	27	16	28	28	1.97
101019633--101019664	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
101030087--101030142	20	2.8	20	73	10	60	14	28	17	39	1.89
101030066--101030142	40	1.9	40	86	0	109	16	24	18	40	1.91
101032438--101032499	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
101032494--101032541	20	2.5	20	86	10	64	25	6	2	66	1.26
101035545--101035569	13	1.9	13	100	0	50	68	16	8	8	1.38
101044378--101044432	25	2.2	25	77	3	58	30	20	14	34	1.92
101050662--101050814	81	1.9	81	87	2	227	22	27	20	29	1.98
101053219--101053416	71	2.8	70	91	3	285	33	17	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101053253--101053416	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
101058613--101058637	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
101058660--101058789	39	3.3	39	93	2	208	17	22	29	30	1.97
101058660--101058816	39	4.0	39	89	2	174	17	20	29	31	1.96
101072881--101073177	47	6.3	47	93	0	468	33	8	30	27	1.86
101076905--101076954	25	2.0	25	92	0	82	26	14	26	34	1.94
101076907--101076960	25	2.2	25	86	0	72	29	14	22	33	1.94
101082445--101082482	2	19.5	2	83	5	51	44	2	2	50	1.30
101082961--101083163	81	2.5	81	76	0	217	29	18	22	30	1.97
101088001--101088249	49	5.1	49	96	0	444	34	10	26	28	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433